元丰八年（1085年）二月，宋神宗病危，宰相王珪率宰执入见，请求立储，由皇太后同听政。神宗已说不出话，只是点头首肯。王珪他们所说的皇太后即指神宗的母亲英宗高皇后。高太后出身将门，曾祖是宋初大将高琼，外曾祖就是曹彬。他对熙丰新法一直持否定态度，但严格恪守宋朝的家法，并不出面干预。
三月一日，高氏垂帘听政，宣布立神宗第六子赵煦为皇太子。高太后知道大位更迭在即，一方面命侍卫禁止神宗的兄弟雍王赵颢和曹王赵頵随意出入皇帝的寝殿，一方面暗地让人按十岁孩子的模样缝制一件黄袍。尽管赵颢和赵頵也是高太后所生，但她在皇位传递上显然主张父死子继，而不像太祖之母杜太后那样希望自己的儿子一个个都当皇帝。
在神宗弥留之际，另一个宰相蔡确与职方员外郎邢恕密谋，准备拥立赵颢或赵頵，由邢恕去找高太后的侄子高公绘兄弟，高公绘一口拒绝：“你这不是陷害我们高家吗！”蔡确、邢恕见谋立不成，反咬高太后要立赵颢。
五日，神宗去世，赵煦即位，年仅十岁，此即宋哲宗。高太后在哲宗即位典礼上向群臣特别表明自己的态度：“子继父业，其分当然！”在其后九年里，她以太皇太后的身份垂帘听政，顺利地完成了皇位的交接。
神宗去世，司马光从洛阳进京奔丧。卫士见到他，都致敬行礼。老百姓在道路两旁欢迎他，高喊着：“无归洛阳，留相天子，活我百姓！”高太后派使者问他当务之急，他上了好几篇奏札，归纳起来，一是广纳谏言，一是废除新法。尤其对新法，他持全盘否定态度，认为变法派完全在“舍是取非，兴害除利”。
不久，司马光以门下侍郎入朝，吕公著也以尚书左丞被召。这时，宰相是蔡确与韩缜，章惇知枢密院事，他们都是变法派。司马光执政以后的第一道札子就是《请更张新法》，他把新法比成毒药，认为必须全部废止。
变法派放出抵制的舆论，援引孔子的话头“三年无改于父之道，可谓孝矣。”司马光针锋相对的还击，他一方面把神宗与王安石、吕惠卿分开，说新法都是王、吕所为；另一方面他强调高太后是“以母改子，非子改父”。
把新法与神宗撇清，显然是自欺欺人，但这种政治手段往往在清除旧权威的当口被袭用。所谓“以母改子”，深契高太后心意，但只是在字面上绕开了“以子改父”，从皇权继承角度却是讲不通的，因为继承皇位的是神宗之子，而不是高太后。这也为日后哲宗绍述提供了逆反的口实。
司马光认为朝中尽是变法派的天下，便推荐刘挚、赵彦若、傅尧俞、范纯仁、范祖禹、唐淑问，以为他们的品行学问可以担任台谏或经筵官；还推荐了吕大防、王存、孙觉、胡宗愈、王岩叟、苏轼、苏辙等，希望朝廷委以重任，尽其才干；并建议让文彦博、吕公著、冯京、孙固、韩维等德高望重的旧臣各举人才。于是，一大批反变法派联骈入朝，力量对比顿时改观。
神宗去世的当年七月，首先废除的是保甲法。十一月，罢方田均税法。十二月，市易法与保马法也相继废罢。次年，改元元祐元年（1086年），废除新法工作雷厉风行的推开，史称“元祐更化”。
闰二月，右司谏王觌向变法派大臣发起攻击，说：“八个宰执，奸邪居半，让一两个元老怎么施展抱负！”接着连续上奏指斥蔡确、章惇、韩缜。孙觉、刘挚、苏辙、王岩叟等其他台谏也猛攻蔡确，于是，蔡确罢相，章惇罢知枢密院，分别出知州郡。四月，韩缜也罢相出朝。司马光与吕公著先后拜相，宰执大臣转入反变法派的掌握之中。
司马光和高太后全面而彻底的废除新法，变法派竭力反对，反变法派也有不同的意见。范纯仁是范仲淹的儿子，与司马光又是姻亲，认为新法只要去掉那些太过份的，“徐徐经理，乃为得计”。
三月，司马光要求各州县五日之内罢免役法，在江宁闲居的王安石听说，不禁惊愕失声道：“连这都要废除吗？”许久，又说：“这法终不可罢！我和先帝讨论了两年才实行的，连细节都考虑到的。”
司马光同一阵营内对免役法行废的争论也十分激烈。同知枢密院事范纯仁认为，“此法熟议缓行则不扰，急行则疏略而扰，委非其人，其扰滋甚”。苏轼说得更在理：“差役免役，各有利害。免役之害，聚敛于上，而下有钱荒之患；差役之害，民常在官，不得专利于农，而吏胥缘以为奸。”对免役法如何存利去害与司马光争得面红耳赤，但司马光固执己见，令苏轼私下里感慨大呼“司马牛，司马牛”。南宋吕中也以为：因其利而去其害，差役免役二法均是可行的。苏轼在这一问题上远比司马光通达。
五天恢复差役法的期限，只有知开封府蔡京如期完成，他是一个典型风派，很快从变法派阵营倒向反变法派。司马光高兴地说：“如果每人都像你这样，有什么不能贯彻的？”范纯仁对司马光说：“你这是让人不要说话。这与那些新近迎合王安石邀求富贵有什么不同呢？”
八月，范纯仁因国用支绌，建议仍行青苗法，很多人以为不妥。司马光正抱病在家，闻讯急忙入见高太后，追问是哪个奸人主张重新实行这个方法的，吓得范纯仁在旁不敢吱声。
王安石是这年四月辞世的。司马光认为，安石文章节义过人处很多，变法是因为不晓事体而喜欢更张，现在矫其失、革其弊，有人百般诋毁，我们应该对他优加厚礼，拯救风气。五个月后，司马光也去世了，这时新法已废除殆尽。
他俩曾是朋友，但大变法使他们成为政敌。尽管如此，他们所争的不是个人的权力，而只是治国方略的出处异同，对对方的人格才学仍抱着充分的尊重。在坚持自己政见上，他们都过份自信和固执，听不进不同意见，并以为自己这么做是忧国忧民。他们都是君子，但作为政治家，处理问题却过于绝对化，都或正或反的给当时的国计民生留下了种种问题。
王夫之这样描述以司马光为首的元祐更化：“进一人，则曰此熙丰之所退也；退一人，则曰此熙丰之所进也；行一法，则曰此熙丰之所革也；革一法，则曰此熙丰之所兴也。”王安石已经听不进不同意见，容不得反对人士，司马光对新法缺乏分析，不分是非，全面否定，一切复旧，比安石走得更远，做得更绝。连朱熹都讥讽这种一切以熙丰划线的思路，是“闭着门说道理”，因而“矫熙丰更张之失，而不知堕入因循”。
熙丰新法已经操之过急，元祐更化更是急于熙丰。南宋吕中指出：“去熙丰小人不可以不急，而变熙丰之法则不容以太急。”熙丰小人之说还值得商榷，但政局与制度的转圜承受不起这种大起落的折腾，还是说在点子上的。总的说来，司马光是一流的历史学家，却不是一个成功的政治家。
对变法派的打击也在不断升级。紧随蔡确、章惇、韩缜之后，吕嘉问、邓绾、李定等也相继被贬。范纯仁建议说：“录人之过，不宜太深。”高太后下诏，与前朝变法有关者台谏不必再追究，但立即遭到台谏官义正言辞的驳斥。
针对有人主张除恶务尽，吕公著处理问题比较稳健持平，以为治道去其太甚者，应该让那些变法派改过自新，不能使他们自暴自弃。但这种正确意见往往被情绪化的反驳所淹没。
吕惠卿早在神宗时就被贬出朝，那是变法派内讧的结果。现在，他遭到反变法派的清算，元祐元年，他被建州安置，一贬就是九年，其间他连冷水都不敢喝，唯恐喝了生病，被说成是对朝廷不满所致。
蔡确罢相以后，次年再贬至安州（今湖北安陆），出游当地车盖亭时作诗十首。知汉阳军吴处厚与他有过节，元祐四年得到这诗后就捕风捉影的作了笺注，上书中书，指斥蔡确曲折用典以唐高宗传位武则天事影射高太后。台谏刘安世等劾论不断，高太后大为震怒，命宰执讨论处理方案。
这时，吕公著刚去世，文彦博以平章军国重事提议贬至岭南。右相范纯仁对左相吕大防说：“贬至岭南这条路，自真宗乾兴以来荆棘近七十年，我辈一开，恐难自免。”但终于决定将蔡确安置新州（今广东新兴）。纯仁对高太后进谏道：“朝廷不能以语言文字之间，暧昧不明之过，贬黜大臣。不能开这种先例。”御史中丞李常、中书舍人彭汝砺和侍御史盛陶也都反对这种罗织之风，都被贬黜。
宰相吕大防与执政刘挚向高太后建议为蔡确换一近地州郡，她在帘后厉声说：“山可移，此州不可移！”不久，纯仁也被罢相，因为竟有台谏指责他与蔡确结党，意气情绪已使部分反变法派不分是非曲直了。
蔡确一案牵连颇广，梁焘开出两张名单，一是所谓蔡确亲党，有章惇、蒲宗孟等四十七人，而是所谓王安石亲党，有吕惠卿、蔡确等三十人。蔡确最后死在贬所，朝野震动，新党就把这口怨气憋到绍圣绍述，吐还给了所谓的旧党，连开列名单的方式都为元祐党籍碑所效法。范纯仁等人的说法是深具眼光的，但当时的高太后与明清以后锻炼文字狱的独裁者并未从中得到警悟。
元祐五年，平章军国重事文彦博退了下来，吕大防独相，见熙丰新党反弹得厉害，便与门下侍郎刘挚打算引用一些新党，来点安抚，搞点“调停”。但遭到御史中丞苏辙的驳斥，他提醒高太后“勿使小人一进，后有噬脐之悔”。高太后以为说得在理，调停之说便断了下文。
司马光是一个有号召力的人物，自他去世后，位居要津的反变法派失去了凝聚力，这一现象在吕公著死后日渐加剧。除吕公著、吕大防、范纯仁和范祖禹等独立自守，不少朝臣大致按籍贯划分为洛党、蜀党和朔党。洛党首领是程颐，其下有朱光庭、贾易等，不少人都是程门子弟。蜀党首领是苏轼，其下有苏辙、吕陶等。朔党领袖人物有刘挚、王岩叟、刘安世、梁焘，其下成员颇多。如果说，他们在熙宁时与新党争辩新法，还是出于关怀苍生黎民的公心，那么，他们在元祐间分朋立党，除了学风旨趣那么点差异，剩下的就只有党派的私利和意气了。
元祐更化以后，程颐担任崇政殿说书，这是一个经筵官的差遣，为皇帝上课说经，他也真得以帝王师自居。人们对他说文彦博对皇帝还毕恭毕敬，他回答说：“他是三朝老臣，侍奉皇帝自应谨慎。我以布衣来为皇帝上课，不自重行吗？”这种酸味，与苏轼的风格格格不入。
司马光死后数日，朝廷大享明堂，事后大家去司马光邸宅吊唁，程颐以为于理不合，因为某天如果悲哀当哭，就不应该欢乐而歌。苏轼当即嘲讽道：“这是汉代蒙冤被斩于市的叔孙通制订的礼。”大概就在这时或前后不久，苏轼还送过他一个绰号，叫作“鏖糟陂里叔孙通”。 鏖糟陂是开封城外的地名，用来借喻程颐不过是一个蹩脚的乡巴佬儒生，程颐这就结下了怨气。
数月以后，苏轼以翰林学士的身份出题策试馆职，题目说：“今朝廷欲师仁宗之忠厚，惧百官有司不举其职而或至于偷（偷谓苟且）；欲法神宗之励精，恐监司守令不识其意而流入于刻（刻谓峻刻）。”苏轼自辩说试题着眼当前吏治，且经御笔批点。朔党的王岩叟以为苏轼出题失当，推卸责任更罪不可恕。
蜀党的吕陶上书辩护，挑明了苏轼与程颐的个人恩怨，特别提到了朱光庭的籍贯，希望朝廷不要助长朋党之争。但王岩叟、朱光庭却仍紧追不放，上书不止。范纯仁的见解比较公允，他认为苏轼“偶失周虑，本非有罪”，但“相互攻讦，流弊渐大”，不过朝廷也不必因此惩治上书言事的台谏官。但高太后在为苏轼开脱的同时，还是贬斥了有关的台谏官。
通过这一事件，洛蜀朔党争正式公开化。元祐二年夏秋之际，哲宗因患疮疹不能听讲经书，程颐就指责高太后：“既然皇帝不能上殿，太皇太后怎能单独垂帘听政呢？”高太后受不了这种道貌岸然的批评，免去他经筵侍读的差遣。
洛党不甘心自己在朝实力的削弱，贾易就上疏指斥吕陶党附二苏，背后有文彦博、范纯仁撑腰。对这种不负责任的牵扯，高太后大为不满，让宰相吕公著惩处。吕公著虽以为贾易恣意诋毁，但因是台谏官，责罚太重，不利于广开言路，只是免去言职，外放州郡。不料贾易外放以后，还是咬住不放，超越了职权范围，引起了普遍反感，被贬至广德军。
元祐六年，贾易再次弹劾苏轼，这次翻的是旧帐。说是神宗去世时，苏轼在扬州赋诗道“山寺归来闻好语，野花啼鸟也欣然”，全国人民悲痛万分，他却“闻好语”、“也欣然”，岂不罪该万死。苏轼这诗是在游上方寺以后所写，与神宗之死了无关系。贾易继吴处厚以后，企图再制造一起文字狱，以打击蜀党。
元祐六年二月，刘挚由执政升为右相。刘挚性格峭直激烈，元祐初任台谏官时嫉恶如仇，无意中开罪了不少人。投机分子邢恕曾与他同学与程颢门下。邢恕此人好钻营，奔走于王安石、司马光、吕公著和蔡确之门，神宗逝世前，在拥立新帝上押宝，差点把自己赔进去。哲宗即位后，他又替高公绘出主意，建议尊崇哲宗生母朱太妃，以便在高太后死后留个后路。高太后见奏，直到侄子大字不识一个，问明了底细，把邢恕发落到永州做酒监。
因有那么一层交易，刘挚在信里劝邢恕“为国自爱，以俟休复”。郑雍、杨畏一直想找刘挚的碴，辗转搞到了这封信，把“以俟休复”解释为“等太皇太后他日复辟”，还搜集到刘挚曾教过章惇之子功课的情报，一并呈送给高太后。
与此相呼应，揭发刘挚与邢恕交通的奏疏，高太后一下子收到十八份。她原来对刘挚的好印象，立即大打折扣，认为他笼络章惇与邢恕，在为自己留退路。正直之士的劝谏，刘挚本人的辩白，在一边倒的舆论面前显得苍白无力。十一月，刘挚罢相出朝。
郑雍开列了一张刘挚同党的名单，计有王岩叟、刘安世、王觌、朱光庭、梁焘、贾易等三十人，其中固然多朔党，但洛党的朱光庭与贾易也在其间。开名单，划同党，已成一时风气。杨畏此人，人称“杨三变”，最先追随王安石与吕惠卿，元祐更化时向司马光献媚，而今又帮助左相吕大防挤走右相刘挚，他这种倾危反复的勾当在绍圣期间还有新表现。
元祐八年秋天，高太后病重，问宰执自己垂帘九年有否施恩高氏的情况（她自觉裁抑外戚的表率，赢得了朝廷内外的敬佩。据说，有一年元宵节，她为高家外戚推恩，吩咐给年长的每人送两匹绢，给年幼的只分两个乳糖狮子）。她当着哲宗说：“先帝追悔往事，至于泣下，这事官家应该好好记着。老身殁后，必然有很多人来教唆官家，应该不要听。”在总结自己垂帘的政绩和更化的根据后，她向哲宗留下了政治遗言，撒手归天。
高太后的去世，是元祐更化结束、绍圣绍述开始的标志。有记载说，“方其垂帘，每有号令，天下人谓之快活条贯”，甚至称颂她是“女中尧舜”，但这些恐怕都是反变法派的评价。高太后听政期间，以母改子，尽废新法，大有矫枉过正之处，整个元祐更化谈不上是政治改革，在经济政策上旧党也毫无积极的建树，只是一场情绪化的清算运动。如果说，熙丰变法还是旨在解决国家社会问题（虽然没有完全解决好），但元祐更化反而使这些国家社会问题治丝而棼。
更为关键的是，元祐更化虽然纠正了熙丰变法中的部分弊病，却在北宋后期政治上留下了严重的后遗症。这一期间的许多人事，新旧党之间的党同伐异，旧党内部洛蜀朔党的杯葛恩怨，高太后与宋哲宗祖孙之间的龃龉隔阂，到绍圣绍述时都搅成一股逆反的合力，以更大的势能喷发出来，影响到其后的政治局势与历史走向。
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