然而，世界还经历了一场比政治和工业革命更深刻、更重大的变革。在饱受长期迫害之后，科学家们终于赢得了行动的自由。现在，他们试图探索那些制约宇宙的基本规律。
对科学的偏见
埃及人、巴比伦人、迦勒底人、希腊人、罗马人，他们都曾对早期科学的模糊观念及科学研究做出过自己的一份贡献。可公元4世纪的大迁移摧毁了环地中海地区的古代世界，随之兴起的基督教排斥人类的肉体而重视灵魂，将科学视为人类妄自尊大的表现之一。因为教会认为它试图窥探属于全能上帝领域内的神圣事物，与《圣经》宣告的七重死罪具有密切的联系。
文艺复兴在有限的程度上打破了中世纪的偏见之墙。然而，在16世纪初期取代文艺复兴的宗教改革运动对“新文明”的理想却抱以敌意。科学家们如果胆敢逾越《圣经》所划下的狭隘界线，他们将再度面临极刑的威胁。
我们的世界充斥着伟大将军的塑像，他们跃马扬鞭，率领欢呼的士兵们奔向辉煌的胜利。可在不少地方，也矗立着一些沉静而不起眼的大理石碑，默默宣示着某位科学家在此找到了长眠之地。1000年之后，我们可能会以截然不同的方式面对这个问题。那一代幸福的孩子们将懂得尊重科学家惊人的勇气和难以想象的献身精神。他们是抽象知识领域的先驱和拓荒者，而正是这些抽象知识使我们的现代世界变成了活生生的现实。
这些科学先驱中的许多人饱受贫困、蔑视和侮辱。他们住在破旧的阁楼，死于阴暗的地牢。他们不敢把名字印在著作的封面上，也不敢在有生之年公开自己的研究结果。常常，他们不得不将手稿偷运到阿姆斯特丹或哈勒姆的某家地下印刷所去秘密出版。他们暴露在教会的敌意面前，无论天主教徒还是新教徒都不会对他们怀有丝毫同情。布道者永无休止地以他们为攻击的主题，并号召教区民众以暴力去对付这些“异端分子”。
他们也能这里那里地找到几处避难所。在最具宽容精神的荷兰，虽然普通市民对这些神秘的科学研究好感寥寥，但他们不愿去干涉别人的思想自由。于是，荷兰成了自由思想者的一个小型庇护所，法国、英国、德国的哲学家、数学家及物理学家们纷纷来到这里，享受短暂假期，呼吸一下自由的空气。
在此前的章节里，我己经告诉过你13世纪最杰出的天才罗杰·培根如何被迫长年禁笔的事情，以免教会当局再找他的麻烦。500年过后，伟大的哲学《百科全书》的编写者们仍然处于法国宪兵不间断监视之下。又过去半个世纪，达尔文因大胆地质疑《圣经》所描述的创世故事，被所有的布道坛谴责为人类的公敌。甚至到今天，对那些冒险进人未知科学领域的人们的迫害仍未完全停止。就在我写作关于科学的这一章时，布莱恩先生正在对群众大力宣讲“达尔文主义的威胁”，并提醒听众们去反击这位伟大的英国博物学家的谬误。
不过，这些统统是旁支末节。该做的工作最后还是完成了。科学发现与发明创造的最终利益，到头来依然为同一群大众所分享，虽然正是他们将这些具有远见卓识的人们视为不切实际的理想主义者。
科学逐渐被认可
在17世纪，科学家们纷纷将注视的目光投向辽远的星空，研究我们身处的行星与太阳系的关系。即便如此，教会仍然不赞同这种不正当的好奇心。第一个证明太阳是宇宙中心的哥白尼直到临死前才敢发表他的著作。伽利略一生中的大部分时间生活在教会的密切监视之下，但他坚持不懈地透过自己的小望远镜观察星空，为伊萨克·牛顿提供了大量的观察数据。当这位英国数学家日后发现存在于所有落体身上的、被称为“万有引力定律”的有趣习性时，伽利略的观察对他可是大有助益。
这一定律的发现至少在一段时期内穷尽了人们对天空的兴趣，他们开始转而研究地球。17世纪中期，安东尼·范·利文霍克发明了便于操作的显微镜，这使得人们有机会研究导致人类患上多种疾病的“微”生物，为“细菌学”打下了坚实的基础。多亏有这门科学，在19世纪的最后40年里，人们陆续发现多种引起疾病的微生物，使这个世界上存在的许多疾患得以消除。显微镜还使得地理学家能够仔细研究不同的岩石和从地层深处挖掘出来的化石（史前动植物的遗体）。这些研究证明，地球的历史比“创世纪”所描述的要久远得多。1830年，查理·莱尔爵士出版了他的《地质学原理》。它否认了《圣经》讲述的创世故事，并对地球缓慢的发展过程做出了一番远为有趣的描述。
与此同时，拉普拉斯正在研究一种有关宇宙形成的新学说，它认为地球不过是生出行星系的浩瀚星云中的一块小斑点而已。此外，还有邦森与基希霍夫在透过分光镜观测我们的好邻居太阳的化学构成，而首先注意到它表面的奇异斑点（太阳耀斑）的是老伽利略。
同时，在与天主教和新教国家的神职当局进行过一场艰苦卓绝的斗争后，解剖学家与生理学家最终获得了解剖尸体的许可。他们终于能够以对于我们的身体器官及特性的正确知识来赶走中世纪江湖医生的胡猜臆测了。
自人类开始遥望星空，思索为什么星星会呆在天上，几十万年的时间缓慢逝去。而在不到一代人的时间里（从1810到1840），科学的各学科所取得的进步超过了此前几十万年的总和。对于那些在旧式教育下长大的人们来说，这肯定是一个非常可悲的年代。我们可以理解他们对拉马克和达尔文等人怀有的恨意。虽然此二人并未明确宣告，人类是“猴子的后裔”（我们的祖父辈惯常将其当成人身攻击来痛加控诉），可他们确实暗示了骄傲的人类是由长长的一系列祖先进化而来，其家族的源头可以追溯到我们行星的最早居民——水母。
主宰19世纪的兴旺发达的中产阶级建立起自己充满尊严的世界。他们欣然使用着煤气、电灯，以及伟大科学发现所带来的全部实用成果。可那些纯粹的研究者，那些致力于“科学理论”（没有这些理论任何进步都不可能取得）的人们却饱受怀疑。直到前不久，他们的贡献才最终被承认。今天，以往将财富捐献出来修建教堂的富人们开始捐资修建大型实验室。在这些寂静的战场里面，一些沉默寡言的人们正在与人类隐蔽的敌人进行着殊死搏斗。时常，他们为未来的人们能享受到更幸福健康的生活，甚至牺牲掉了自己的生命。
事实上，许多曾被认作是“上帝所为”而无法治愈的疾病，现在已被证明仅仅是出于我们自身的无知与疏忽。今天的每一个儿童都知道，只要注意喝清洁的饮水，就能避免感染伤寒。可医生们是在历经多年努力之后，才使得人们相信这一简单事实。对口腔细菌的研究，使我们有可能预防蛀牙。如果非拔掉一颗坏牙不可，我们无非是深吸一口长气，然后高高兴兴去找牙医。1846年，美国报纸报道了利用“乙醚”进行无痛手术的新闻，欧洲的好人们不禁对这一消息大摇其头。在他们看来，人类居然试图逃脱所有生物都必须承受的“疼痛”，此举近乎对上帝意志的公然违背。此后又经过了多年，在外科手术中使用乙醚和氯仿才被普遍接受。
可追求进步的战役毕竟打赢了。偏见之墙上的裂口越来越大。随着时间的流逝，古代的愚昧之石终于土崩瓦解，一个新的、更幸福的社会制度的追求者们冲出了包围圈。可突然之间，他们发现自己面前又横亘着一道新的障碍。在旧时代的废墟中，另一座反动堡垒矗立了起来。为摧毁这最后一道防线，成百万的人们在未来的日子里献出了自己的生命。
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