建武帝闻吴汉屠城、焚宫，怒责吴汉、刘尚。曰：
“城降三日，吏人服从，孩儿老母，口以万数，一旦放兵纵火，闻之可为酸鼻！尚乃宗氏子孙，曾为吏职，何忍行此之暴！仰视天，俯视地，观放麑啜羹二者孰仁？良失斩将吊人之义也！”
又闻常少、张隆劝谏公孙述归汉，述不纳，忧忿而死，下诏，追赠以礼，改葬之。追赠常少为太常，张隆为光禄勋，忠节之士，皆蒙旌显。程乌、李育以有才干，擢用之。谥高午为“珣侯”。厚抚其家眷。
诏至成都，吴汉、刘尚回折谢罪。于是蜀地百姓方悦，始归心于汉。
十三年正月，大司马吴汉奉诏，收拾成都鼓乐师、乐器、葆车舆辇、祭祀法物等，率兵顺江而下返回帝都。将要到宛城时，有诏至，令其回家祭祖，赐谷物两万斛。又增加藏宫封邑，更封酂侯。又追思岑彭之功，封其幼子岑淮为谷阳侯。
吴汉将至洛阳，建武帝令百官出城相迎，大饷军士。
蜀地已平，大规模的征伐已基本结束，复高祖之伟业，行国家之一统的宿愿即将完成，建武帝如做梦一般。为了这张宏图，大哥、二哥、子丰兄长等英年早逝，他们和无数鲜活的生命化作绚丽斑斓的浓彩，无比豪放地飞嵌在这张宏图之上。他们为抚平满目疮痍的社稷做出了杰出的贡献。
建武帝下旨，大封功臣三百六十五人，其外戚恩泽封侯者四十五人。
更封孔子后裔孔安为宋公; 周公后裔姬常为卫公.
徙封广阳王为赵王。
增铁源安次县食邑。
拜苗杰忠义将军、封鮦阳侯。
天下初定，民心已稳，百事从尚，帝诏窦融与五郡太守入京奏事。
凉州牧窦融接到诏书，准备妥当，与武威太守梁统、张掖太守史苞、酒泉太守辛彤、敦煌太守竺曾、金城太守库钧，携大批宾客，驾乘千余辆，赶马、牛、羊十余万至洛阳近郊。窦融缴上凉州牧、张掖属国都尉、安丰侯印绶。帝命还侯印，拜为冀州牧。大司空李通请辞去职，帝纳之，数月后进融为大司空。
窦融认为自己并非皇帝旧臣，初始入朝，便得恩宠，封如此高官，心甚不安。每一入朝，卑恭已甚，数次请辞爵位。见帝不允，上书曰：“臣融年五十三，有子年十五，质性顽钝。臣朝夕教导以经艺，不得令观天文、见谶记，诚欲令恭肃畏事，恂恂循道，不愿其有才能。何况乃当传以连城广土，享故诸侯国王哉？因复请间求见。”帝仍不许。知融乃欲谦让，下诏曰：“日者知公欲让职还土，故命公署热且自便。今相见，宜论他事，勿得复言。”及上朝后，窦融乃不敢重请。帝下旨令行卫尉事，拜窦友为城门校尉。
建武帝采纳建义大将军朱祐建议，徙封邓禹为高密侯，贾复为胶东侯，与李通参与朝政大事。
擢升沛郡太守韩歆为尚书令。
却说骠骑大将军杜茂，守卫北方，抵御芦芳及匈奴。杜茂令边卒守堑壕，筑城堡，开荒地，广屯田，谷丰粮足。却因军吏冤杀无辜，受牵连，降修侯为参蘧侯，调任渔阳太守。命蜀郡太守张堪前往接管茂营汉兵，遣谒者段忠率各郡减刑者配归张堪。
芦芳闻杜茂去职，与匈奴联兵，秉隙进攻，占据高柳。
建武帝不欲继续劳兵，特使大司马吴汉北往，督徙边民，尽入内地。
芦芳率贾览进攻云中，留大将随昱镇守九原。芦芳、贾览与张堪数次交兵，不能取胜。随昱度芦芳不识时务，以雀蛋击巨石，必灭无疑。于是暗自部署胁芦芳降汉。芦芳获知后，大恐，遂离部众，和十余骑逃入匈奴。
建武帝拜随昱为五原太守，封镌胡侯。遣使携重金入匈奴，购芦芳人头。匈奴单于不忍加害，又贪重金，只好请芦芳离开返回汉境。芦芳似丧家之犬，无所归依。属下闵堪、闵林兄弟将芦芳迎入高柳。芦芳遣使入洛阳请降。建武帝封芦芳为代王，封闵堪为代相，闵林为代太傅。赐缣三万疋，使其和好匈奴。
芦芳上书谢恩，书曰：
臣芳过托先帝遗体，弃在边陲。社稷遭王莽废绝，以是子孙之忧，所宜共诛，故遂西连羌戎，北怀匈奴。单于不忘旧德，权立救助。是时兵革并起，往往而在。臣非敢有所贪觑，期于奉承宗庙，兴立社稷，是以久僭号位，十有余年，罪宜万死。陛下圣德高明，躬率众贤，海内宾服，惠及殊俗。以归附之故，赦臣芳罪，加以仁恩，封为代王，使备北藩。无以报塞重责，冀必欲和辑匈奴，不敢遗余力，负恩贷。谨奉天子玉玺，恩望阙庭。
建武帝降诏：明年正月入朝。
芦芳奉诏起程，时岁末冬深，行至昌平。帝遣使迎住，诏令改期入朝晋见。芦芳慌恐，怏怏而还，知己称帝于前，终难相容，于是聚众而反。闵堪、闵林怒其乃反复小人，勒兵相攻。双方对峙数月，匈奴单于遣数百骑接芦芳夫妇入匈奴。十余年后，芦芳死于匈奴境内。
天下大定，建武帝为答谢众功臣，常在宫中设宴相乐。一日，说到高兴处，道：“诸卿若不遇到朕，你们自己酌量着，爵禄能有几何？”邓禹道：“臣少时好学，大致可以做到文学博士。”帝笑道：“太谦逊了，卿志修行严整，为何不能官至功曹？”马武道：“臣颇具武勇，可为都尉，若不济，也能混个亭长，缉捕盗贼。”帝又笑道：“你若不被亭长捕去，实为大幸了。”众臣相随大笑。马武嗜酒，豁达任性，常于酒后语折同僚，无所避忌。众人知帝对其特加恩宠，稍微纵容，常常以为笑乐，事后常告诫之，所以均不与计较。
时太子刘强，常在帝侧，问及攻伐方略，帝正色道：“从前卫灵公问战阵，孔子不对答，此事非你所宜问。”
数日后，建武帝收耿弇、朱祐大将军印绶。遣散地方兵。
贾复知帝欲偃武崇文，遂与邓禹请削兵权，不逢帝诏入朝则闭门讲经。
阴贵人胞兄阴兴，为黄门侍郎，守期门仆射，后拜典将武骑。常随军从征，平定郡国，常为僚属操持车盖，遮风挡雨，兢兢业业，不辞劳苦，帝迁侍中，赐爵关内侯。阴兴叩辞，道：“臣未有先登城陷阵之功，而一家数人并蒙封爵，合天下觖望，诚为盈溢。臣蒙陛下、贵人，恩泽至厚，富贵已极，不可复加。至诚不愿。”帝嘉之，不夺其志。阴贵人问其故，答曰：“贵人不读书吗？亢龙有悔，做为外戚之家，若不知进退，嫁女欲配王侯，迎娶惟视公主，愚心实不自安。富贵有极，人当知足，何必奢夸，为人所议责。”阴贵人顿悟，始不为宗亲求爵位。
兴与上谷人鲜于裒关系不睦，知其贤，荐与帝，帝重用之。与张汜、杜禽甚相友善，知二人华而不实，终不为二人进言，只以私财赠与之。
建武十五年三月，大司马吴汉及朱祐上书请求分封皇子，窦融、李通、邓禹、贾复也纷纷附议。建武帝共有十一子，郭皇后生五子：强、辅、康、延、焉。阴贵人生五子：阳、苍、荆、衡、京。许美人生一子：英。除嫡子刘强立为皇太子，其余皆无封号。
于是，四月初二，以太牢告祭宗庙，十一日派大司空窦融祭告先祖。按年序封皇子辅为右翊公；英为楚公；阳为东海公；康为济南公；苍为东平公；延为淮阳公；荆为山阳公；衡为临淮公；焉为左翊公；京为琅邪公。
六月底，下诏实行“度田令”，州郡核实耕田亩数以及百姓户口、年龄，查二千石长吏中徇私舞弊者。
由于连年不断的战乱，各地豪族蜂起，拥兵自重，强占了大量土地，他们贿赂地方官员，相互勾结，沆瀣一气，多为诈巧，不务实核，将百姓的房舍，里落都作为田地进行丈量，却隐瞒豪族土地，至使百姓嗟怨。
建武帝逐一批阅度田奏折，却见陈留郡奏折中夹一条，文曰：“颍川、弘农可问，河南、南阳不可问。”帝不明白是什么意思，将陈留使者叫进宫中盘问。使者谎称此条是在洛阳长寿亭中所拾，不小心夹到奏折中。十二岁的东海公刘阳时在帝侧，见帝怒，说道：“吏受郡赦，当欲以恳田相方耳。也就是陈留太守让他询问颍川、弘农、河南、南阳等地所报的恳田数，再和其他地方相比较，以不使陈留所报之数相差太多。”帝道：“即如此，何故言河南、南阳不可问？”刘阳答道：“河南帝城，多近臣，南阳帝乡，多近亲，田宅逾制，不可为准。”帝再问使者，使者见瞒不过去，只好如实禀奏。竟如刘阳所言，帝乃遣谒者考实，查奸状。
入冬，建武帝下诏：“大司徒欧阳歙，前为汝南太守、扬州牧，度田不实，藏罪千余万，下狱。”
欧阳歙，字正思，王莽时任长社宰、更始朝任武原令、建武帝任其为河南都尉行太守事，封为列侯。历任河南尹、扬州牧、汝南太守。后接侯霸任大司徒。
欧阳歙东窗事发，锒铛入狱，其门下弟子为救恩师，求哀者多达千人，有的自削发，谓自受髪刑。十七岁的弟子礼震从家乡平原赶到京师，当行至获嘉县时，即袒行，并上书道：“臣师大司徒欧阳歙，学为儒宗，八世博士，而以藏咎当伏重辜。歙门单子幼，未能传学，身死之后，永为废绝。上令陛下获杀贤之讥，下使学者丧师资之益。乞杀臣身以代师命。”当书上报至建武帝时，欧阳歙已死在狱中。
大司徒掾属陈元又上书追颂之，建武帝为平息欧阳歙之死引发的诸事：“赐棺木，赠缣三千匹。”
任命戴涉为大司徒。
建武十六年，河南尹及诸郡守十余人，坐度田不实，皆下狱死。诛虏将军刘隆亦被捕下狱，特免死，废为庶人。
随着度田令的进一步实施，激发了民变，“青、徐、幽、冀四州尤甚。”建武帝令郡县追讨镇压。可兵至则散，去则复结。帝无奈，下诏令：“五人共斩一人者，除共罪。”于是“更相追捕，贼并解散。”
建武帝下令将大姓兵长，迁徙至别郡，赐与田宅，使之安居乐业。反度田终于平息了。
东海公刘阳，十岁能通《春秋》，甚是聪慧，帝视为神童，越发喜爱。郭皇后见帝偏宠刘阳，知其将来必威胁到皇太子和自己的地位，将其视为眼中之钉，每见之则讥言相讽，恶语相加。帝知后，数次相劝，可郭皇后却变本加厉，帝恶其行，劝其应母仪天下，对所有的皇子、公主均视如己出。郭皇后毫无收敛之意，一年多来使得建武帝不胜其烦，斥责之。不料，郭皇后竟大吵大闹，帝恼怒，拂袖而出。
冬十月，下废、立皇后诏，曰：
“皇后怀执怨怼，数违教令，不能抚循他子，训长异室，宫闱之内，若见鹰鹯。即无关睢之德，而有吕、霍之风，岂可托以幼孤，恭承明祀。今遣大司徒戴涉、宗正刘吉执节，其上皇后玺绶。阴贵人乡里良家，归自微贱。‘自我不见，于今三年。’宜奉宗庙，为天下母。主者详案旧典，时上尊号。异常之事，非国休福，不得上奏称庆。”
殿中侍讲郅恽进言道：“臣闻，夫妇之好，不能言之于子，况属臣下？但愿陛下念其可否之计，无令天下有议社稷。”
建武帝答道：“卿能恕己量主，知朕必不有所左右而轻天下也。”
遂升右翊公刘辅为中山王。封郭圣通为中山太后。余者九子，皆由公爵进封为王爵。
徙封中山太后弟郭况为阳安侯。
封中山太后从兄郭竟为新亭侯，郭匡为发干侯。
建武十七年十月，帝幸章陵，再次回到旧居。至父母的居室，驻足、焚香，无限缅怀。又到自己的小屋转转，道：“这就是朕的旧居，幼时便起居在此，读书休息。”又到大哥、二哥的房中看看。又携众到地头看看，道：“朕幼时喜稼穑，常在地里劳作，那些把式现在还没有忘记呢！”铁源道：“陛下，现在天凉了，百姓们都在积肥或歇冬，不如明年开春再来。咱们君臣一同干干农活。”帝道：“那感情好，再请几个，咱们比一比翻地打畦。”众臣跟着都笑。帝又对县令道：“故居保护的不错，朕挺满意。由朝廷出钱，再把祠堂、宗庙修一修。宴席准备的怎么样了？天黑的早，早点开席吧。”县令忙不迭地答应。
祠堂大厅中，建武帝大会宗室及县里六十岁以上的长者，酒至半酣，一族婶道：“文叔少时，喜于稼穑，不善言语，和伯升对照鲜明，且不与人争执，谨信诚实，性情柔和，待人亲善。谁敢想，今日竟如此尊荣。”帝听后大笑道：“朕治理天下，亦欲以柔道行之。”众皆欢。
却说南方诸国，自秦朝时，分设郡县，然言语各异，礼教未通。历二百余年，习稼穑、制冠履、知姻娶、粗通汉仪。时交址太守苏定以法守之，麋冷县雒将生二女：征侧、征贰，精通武艺，勇力超群，不耐恪遵汉制，扯旗造反，霸害一方，大乱南边。交址、九真、日南、合浦等地尽皆响应。征侧统领各部，攻占岭外六十余城。征侧遂自立为王。拜征贰为大将军，交址及诸郡太守，仅得自守，无力征剿。
十八年初，帝拜陇西太守马援为伏波将军，起用刘隆，拜为持乐侯为马援副将，督楼船将军段志率兵南击交址。
伏波将军马援率水、陆雄师五万南下，又征发长沙、桂阳、零陵、苍梧万余兵勇。命段志统领水军，分兵五千与刘隆，令其为先锋官，逢山开道，军抵浪泊。
征侧自立为王，总认为天高地远，独霸一方，为所欲为，却不料这么快建武帝便派大军前来，且已至浪泊。征侧不敢怠慢，命大将军征贰统兵一万前去迎敌。自率数万大军跟进。
征贰来到浪泊，上前挥刀挑战。征贰身长力大，武艺超群，勇冠南国。可部下必竟是乌合之众，不晓排兵布阵，只散乱簇拥，不成章法。
刘隆挺抢上前，来战征贰。刘隆自随刘伯升起兵，十余年来，征战四方，可从未与女将交过手，猛一交手，心态竟没有调整过来，一时被逼的手忙枪乱。刘隆大惊，心道：“怪不得她们姐妹能够称雄南国，手段还真不含糊。这也就是我，要换成别人，此刻还不知会怎么的呢。”刘隆调整好情绪，抖擞精神，接着再战。征贰纳闷，这眼看就要打胜了，怎么突然间像换了个人似的。又斗有二十回合，征贰抵敌不住，败回阵中。刘隆指挥汉兵冲杀过去。南兵虽是乌合之众，究竟人多势众，双方正在混战，马援赶到，汉兵排山倒海般杀将过去，南兵大败回逃，征侧统率大军迎着，汉兵方才住脚。
征侧亲自出马，刘隆上前迎住，此番大战，更不同前。征侧武艺竟又比其妹高出一筹。一杆大刀龙飞凤舞，着实精妙，果真巾帼不让须眉。二人大战三十余合，征侧方败。马援挥兵冲杀，南兵敌不住百战雄师，征氏姐妹率败兵退入交址城中。
此战斩首数千级，降者万余人。汉兵将交址围住攻打，历时月余，城内防守渐弱。
征侧道：“马援兵精将勇，锐不可当，今困于此，奈何？”
征贰道：“汉兵攻城有方，此城难以坚守，不如退兵山中，据守禁溪穴。汉兵不善山地战，又有瘴气相阻，汉兵中瘴气，虽不死绝，恐粮也不济，必然退兵，到那时，我等再复出。”
征侧道：“此言不错，山中易守难攻，穴中储粮足备，准备连夜突围。”
天刚黑透，南兵突围而去，马援率兵追赶，必竟地理不熟，又是天黑，追至山下，南兵已无踪迹。马援怕中埋伏，不敢冒进，汉兵止于山脚。
天至黎明，马援见山峦叠嶂、山道崎岖，战马、船只派不上用场，命段志在山外扎营，自率步兵进入山中。命刘隆只寻南兵遗失之物跟踪而进。行了多时，一降卒向马援进言道：“大将军，再往前走，就是清浪滩，瘴气弥漫，人若吸入瘴气，就会中毒，轻者如患疟疾，浑身哆嗦无力，重者性命难保。武溪之水，更不可饮，误饮者顷刻间毙命。”
马援道：“南方瘴气，我也听说过，系腐败叶草及动物尸体所致，果是毒气，此一路追踪，征侧等料也从此而过，如何却不惧瘴气？”
降卒道：“将军有所不知，此瘴气日出而起，日中而盛，夜深之时方退尽，要过此地，需至后半夜。”话音刚落，只见天空中数只飞鸟哀嚎着跌落水中而亡。
马援惊道：“此瘴果然了得！”下令后撤。
俟至后半夜，马援下令前进。汉兵正行间，突然无数羽箭从前方射来，士兵大批中箭倒地。刘隆急令熄灭火把，摸黑而战，将南兵打退。等汉兵大队来到，天已放亮，刘隆对马援道：“中了埋伏，伤亡不算大，还好。”马援道：“此乃意料中事，防不胜防。此地还无完全脱离瘴气覆盖区域，久留不得，还得再向前走。”
马援亲自登高远眺，望着绵绵起伏的山脉，崖峭林茂，想着汉兵拔山涉水、征程近万里、历尽艰辛，想着清浪滩瘴毒之险恶，慷慨悲歌：
滔滔武溪一何深，
鸟飞不渡，
兽不敢临，
嗟哉武溪多毒淫。
左右听之，莫不感慨而涕。
马援望着远处几个山峰，指着一个道：“此处乃必经之途，必有南兵屯守，若不能夺之，我军将会被困于此。”刘隆道：“将军放心，我去夺来。”
说罢，刘隆率五千先锋营前去攻山头。可南兵居高临下，占尽优势，羽箭、滚石纷纷而下。刘隆没了坐骑，顿时没了驰骋疆场的威风，眼见汉兵损失惨重，只好撤回。
休整半日，马援、刘隆分两队攻山，均折羽而返。
至此汉兵被阻，马援命伐巨木扎营寨，士兵已有人因中瘴气而病倒。日子一天天过去，汉兵被阻已有一个多月，中瘴气者越来越多，山下传来消息，楼船将军段志，因误饮溪水染病身亡。马援痛惜不已，派偏将接管水军营寨。
刘隆道：“将军，瘴气熏人，部队染病者已逼近半数，患者已开始成批死亡，士兵们畏惧瘴气，已有怨言。既然无法取胜，不如退出此山，在山外扎营。”
马援道：“我等历尽千辛万苦，方追至此，若畏难而退，岂不前功尽弃。此二妇不除，南国不靖，必要斩草除根，方能永绝后患。你可多派些分队，走的更远一些，再寻土居之人，问问解瘴之法。”
刘隆领命而行，果然请来一土居老者。马援道：“老人家，此地人迹罕见，鸟兽短行，老人家却安居在此，莫非仙者？”
老人道：“将军说笑了，此地称西里，环境险恶，不易居住，却可以避开人世烦杂，实乃清静之所。将军欲问避瘴之法，据我所知，初患之时，用细针刺双唇则可缓解，若重时，此法就不灵了。天地生万物，自有相生相克的道理，此间瘴气虽毒，却有一物能克之。”说完将手中一植物扬了扬，道：“这个叫薏苡，遍生此地，口含此叶，可避瘴毒，若病重时，以其果熬水饮之，则有奇效。南国多雨，空气湿闷，北方之人难以耐受，阴囊处多生疥疮，可食辣椒以御之。”
马援大喜，以重金谢之，老者道：“自耕自食者用不着此物。”说完自行离去。
马援命士兵采集薏苡果叶，熬水饮之。
刘隆道：“将军，属下此次出寻老者，见一水溪，定是南兵饮水之源，可派重兵前去，截断其源水，南兵必乱。”
马援道：“太好了，我心中一直寻思这个地方，真是得来全不费工夫，可派一偏将，率三千人截之。”
汉兵食了良药，病体日见恢复，南兵没了饮水，顿时大乱。马援、刘隆一举夺下了山头，南兵退入禁溪。
汉兵乘胜追击，经一番激战，南兵退入禁溪穴中。
禁溪穴是一大溶洞，高阔深长，洞中钟乳垂挂，清凉惬意，宛若仙境。征侧为防不测，刻意经营，洞内食物可用一年。洞口虽被汉兵封住，征侧却是不怕，自在洞中天地纳福，不信汉兵不退。
马援虽然守住洞外，却也无法攻入，双方对峙，已然过了数月。马援获知洞内粮食可食一年，不禁发愁，这一年之久如何等得。再者，此洞决非只此一个洞口，若征氏姐妹率洞中南兵从它处潜逃，那自己不就成傻子了。徒令天下之士贻笑。想到此，心生一计，令刘隆率兵去寻别的出口，自己在洞口前多置木材、树叶，于顺风时点火闷烟灌入洞中。
此招果然见效，刘隆于浓烟出处发现了另一出口，屯兵守住。洞中南兵终日被浓烟熏呛，实在忍无可忍，冲杀出洞，被汉兵杀死无数。征氏姐妹只好出洞投降。马援下令：“立斩不赦。”
马援灭了征侧、征贰，率兵下山进驻交址，将两颗首级送回洛阳。接连三天犒劳三军，炖肉摆酒。
马援对属下道：“我从弟少游常劝诫我的豪放慷慨，曰：‘人生一世，但求衣食足备，乘泽车，御骊马，能任郡掾吏，守祖茔，称善人，可也。何必辛辛苦苦广聚财帛？当前些时我等被阻清浪、西里间，被瘴毒熏潦，仰视飞鸟坠水，目睹将士病、亡，想起少游之言，当真满腹感慨。可我等披蒙大恩，为国效力，真乃大丈夫豪迈人生哉！”
军队休整完毕，马援挥兵进军九真，征剿征侧余党都羊等。从无功至居风，斩获五千余人，南国悉平。
西于县民有三万两千众，马援奏请分为封溪、望海两县，帝准奏。
马援令郡县实行汉制，修筑城郭，开凿河渠，灌溉良田，用汉律约束百姓。
马援驻军居风，在交州日南郡最南端的象林县南界设立铜柱，做为界碑，上书：“大汉伏波将军马援建此。”以与西、南诸国分疆。
马援凯旋回京，建武帝与众臣道：“伏波论兵，与朕意合，诏封为新息侯，食邑三千户。
亲朋故人迎贺之，回至府中，平陵人孟冀也前来恭贺。马援道：“我希望你能有善言以教我，怎么同众人一般言语。昔武帝时，伏波将军路德博，开置南疆九郡，只封食邑数百户。我今不过微劳，帝却恩赐三千户。功薄赏厚，何以能长久乎？好男儿当战死疆场，马革裹尸还葬耳！”冀曰：“惭愧，我不及将军也。”
马援上奏折，言南征遇瘴，楼船将军段志及汉兵死者十有四五，请帝善抚之家眷。
帝准奏，赐援兵车一乘，朝见位次九卿。徙刘隆为慎侯、拜为骠骑将军。
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