此时吴汉已获知西城守将杨广病死，正欲全力攻打，接到帝诏，认为此时处紧要关口，兵乃多多益善。将在外，当以实际情况而定，君命可有所不受，于是决定暂不发羸卒东归。下令：“加紧日夜攻城。”两军攻防，好不惨烈。大将王捷登城高呼：“汉兵听着！我等为隗王守城，誓死效忠，愿诸将急退，捷当以死铭志！”说罢，挥剑自刎，剑锋过后，首、身分离，躯体兀自站立，腔中鲜血自项中朝天喷出，血尽而倒。汉兵见之，无不骇然色变。士气怦然而落。吴汉大喝道：“此辈不达天时，误投佞主，至死不解其愚。帝德浩瀚，天兵数围，汝等应急当开城归顺，永保乐佚！”只听城上嚣兵鼎沸：“宁亡不降！”吴汉大怒。督兵攻城，嚣兵拼命，矢石如雨，只得退兵。日复一日，汉营军粮渐少，士兵逃亡越来越多。吴汉、岑彭令军士们掘土石，筑截山谷泄道，积壅谷之水以灌西城。只见大水奔腾而下，咆哮着涌向西城。须臾间水高丈余，升势方才减缓。城上守兵大惊道：“今番尽为鱼鳖矣！”隗嚣也失声而泣，与妻、子诀别，欲自刎，身边众将急忙拦住。正在此时，忽闻远处鼓声大作，喊杀连天，众将簇拥着隗嚣登城眺望。只见大将王元请来蜀兵，扒开泄道，大水顺而退之，遂入城中，救得隗嚣归冀城。
吴汉军中粮尽，下令撤兵。隗嚣闻汉兵撤退，王元、行巡、周宗率兵追杀，汉兵已无斗志，抵敌不住，嚣兵已逼近中军。这时，只见汉兵之中，一铁塔般大将跃马腾空，直落入嚣阵。人若天神，马若奔龙，一杆偃月大刀疾若闪电，嚣兵首级接连飞落。一员战将前来迎敌，方才一合，连人带马被分为四段。王元、行巡、周宗三人一齐上前，苦是抵挡不住，败阵而回。隗嚣在远处看的真真切切，道：“世间盛传，岑彭骁勇无敌，今非亲眼所见，实无法想象，此乃天将哉！惜乎，我却不能得之！”
岑彭杀退嚣兵，吴汉率军安全退回长安。岑彭率本部返回津乡继续打造楼船，操练水师。吴汉败退，引发全线崩溃。来歙、盖延、耿弇也撤兵回长安。只有祭遵坚守汧城，实为最前哨。
隗嚣发兵将安定、北地、天水、陇西尽皆收回。
吴汉部下校尉温序被隗嚣将苟宇所获。隗嚣劝其归降，温序怒骂，伏剑而亡。隗嚣命温序属下从事王忠扶其灵柩归洛阳。帝嘉温序之忠，赐冢地，拜其三个儿子为郎。知汉兵败，曰：“此乃吴汉违诏，遂弃前功也。”降诏祭遵：“将军连年距难，众退卿独留，功劳斐然。兵退无宿戒，粮食不豫具。今乃调度，恐力不堪。国家知将军不易，亦不遗力。今送缣千疋，以赐吏士。”
建武九年正月，祭遵病的越发重了，郎中回天乏术，祭遵病故于汧城。临终遗言：“牛车载丧，薄葬洛阳。”
建武帝闻祭遵病故，大惊，急降诏，命冯异进驻汧城接掌祭遵军，派将护灵柩回洛阳。
建武帝亲率百官到祭遵府中，见府中设置寒酸，又无仆佣，祭夫人身着布衣，裳不加缘。灵堂布置过于简陋，问左右：“怎么会是这样？”大臣回道：“祭遵将俸禄、食邑所得尽充军资，家无私财。”帝闻言而恸。即下诏：“着河南尹迎送灵车，大长秋经办丧事，大司农给付费用。”
灵车将至洛阳，帝携百官出城立迎。灵车过，已泣不成声。至葬，帝车驾临府，命朱轮容车，四百骑士列军阵送葬。祭遵无子，胞兄祭午买民女送之，劝其纳妾，遵拒纳。至终也无家事相托。帝感之，谥曰：“成侯。”后常厚赐祭遵夫人，以令衣食无忧。
博士范升上疏：“宜因遵薨，论叙众功，详案《溢法》，以礼成之，显章国家笃古之制，为后嗣法。”
此后每逢朝会，帝常感叹：“安得忧国奉公如祭征虏者乎！”
卫尉铫期私劝帝曰：“陛下至仁，哀念祭遵不已，群臣各怀惭惧呢。”帝遂纳言。
由于去年秋季西北地区发生了大面积的洪涝灾害，田亩大幅度减产，有些地区出现绝收的现象，许多百姓流离行乞。隗嚣军中也已出现极度粮荒，隗嚣身为王爵，却也只能用大豆、糙米充饥。于是派人向公孙述求救。隗嚣终于当上了王爷，满足了自己的虚荣心，虽说这个王爷不是自立，而是乞讨所得，并且付出了长子及将士的性命。这些年来，自己争强好胜之心，一直受到建武帝的压制和汉兵的严厉打击，常常感到郁闷塞胸，已积郁成疾。可成都的粮草迟迟没有动静，军中大批士兵逃离。建武九年正月，隗嚣吐了数口鲜血，恚愤而亡。
王元、周宗、行巡等大将遂立隗纯为王，再次派人向成都求粮。公孙述派大将田弇、赵匡押运粮草至冀城援助隗纯。
西方在闹粮荒，东方的年景也不好，虽然全国并府县，精减吏员，实行三十税一的税收政策，百姓的日子有了一定程度的好转，但必竟受多年战争的影响，一时难以完全恢复。
建武帝闻隗嚣已死，隗纯为王。四月，下诏：令来歙为监军，马援副之，任命冯异行天水太守事。冯异早想率兵攻打冀城，因有大司马坐镇长安，冯异也不敢随意动兵。此时接受诏命，率兵攻打冀城。
隗纯兵有了军粮，士气又振作起来，冯异攻打数月，不克。
来歙上书曰：“公孙述以陇西、天水为藩蔽，故得延命假息。今二郡平荡，贼智计穷矣。宜益选兵马，储积资粮。昔赵之将帅多贾人，高祖悬之以重赏。今隗嚣新亡，兵人疲馑，若以财谷招之，则其众可集。臣知国家所给非一，用度不足，然有不得已也。”
建武帝命筹集军粮六万斛，并牛羊驴数百匹，调马成押送至汧城并参加西方征伐。
大司马吴汉派耿弇攻打安定、北地；盖延击街泉、略阳等地；马成、刘尚攻河池、武都。展开夏季攻势。
却说冯异攻打冀城，探知属将田弇、赵匡率兵偷袭天水，于路设伏。田、赵二将正行之间，突然，山后一彪汉兵兜头拦住，一看是冯异，次第上前，被冯异一一挑落，一路追败兵至落异门。此城有隗纯大将王元镇守，冯异继续攻打数日，竟患暴疾殁于军中。
洛阳城中，西城墙上主旗被狂风折断，城门校尉逐级上报，帝问左右：“当主何事？”回道：“不吉，主西线损一上将。”星谶官也报于宫中：“天箕星坠于西方。”帝惊问：“应于何人？”回道：“应征西大将军。”
未几，噩耗报于帝前，建武帝大恸，梗咽难语。冯异通《左氏春秋》，熟《孙子兵法》，自父城巾车乡始追随左右，亲若手足。难时，以豆粥、麦饭相供，不忘自己寿诞之日。爱兵爱民，不言已功，被誉为“大树将军”。战功卓绝，忠心耿耿，尚未至不惑之年便弃朕而去，惜哉！痛哉！下旨：“朱轮容车归洛，行国葬礼。”铁源、关诚迎出雍门，亲扶灵车至冯府，并守灵、送葬。谥曰：“节侯。”令其长子冯彰嗣。第二年，帝感冯异之功，封其次子冯诉为析乡侯。后三辅百姓感其恩德，于上林苑立庙四时祭拜。
却说汉兵征伐数地，激战正酣，芦芳勾结匈奴多方滋扰，帝闻奏报，道：“荆楚有岑彭，谅寇不能深入。”下旨调王常、朱祐、王霸、杜茂、侯进汇于吴汉，击芦芳。
芦芳知汉兵至高柳，请匈奴兵前来助阵，亲自率兵前来迎战。只一仗，芦芳被打的落荒而逃，汉兵正在追击，突降暴雨，土地泥泞，汉兵立足不稳。匈奴兵却惯于此战，反身杀回，汉兵败退，采取守势。帝闻知，料芦芳绝非一役可灭，乃将大司马吴汉召回洛阳。调王霸屯涿郡、朱祐屯常山、侯进屯渔阳，任王霸为上谷太守，令杜茂留屯高柳以御芦芳。
建武帝欲再次御驾亲征陇西，调渔阳太守郭守任颍川太守，替回执金吾寇恂。圣驾入长安，复欲进至汧城，寇恂谏道：“长安道里居中，应接近便，安定、陇西必怀震惧，居长安可制四方。今士卒疲倦，方履险阻，非万乘之固，幸至汧城，当戒颍川，东郡之变。”帝不以为然，进驻汧城。
此时，耿弇正率太中大夫窦士、武威太守梁统等围攻高平第一。守将高峻原已由马援招降，被拜为通路将军，封关内侯。自吴汉等败还长安，高峻叛汉，为隗嚣镇守高平第一。此时被耿弇围攻，怕因自己反复，心惧被诛，不敢降，拼死守城。
建武帝对寇恂道：“高峻曾弃隗嚣归汉，势危则复归隗嚣，今隗嚣已死，纯资历、威望具浅，不足摄众。高峻仍有可能归来，卿去试劝之。如峻不降，当大兵击之。”
寇恂来到耿弇军中，派人将招降书送与高峻，高峻遣军师皇甫文出城相会。皇甫文辞礼不屈，颇为放肆，毫无降意，寇恂大怒，喝令诛之。众将急劝：“高峻精兵万余，卒多强弩手，西遮陇道，连攻不克，今欲劝其归降，不可杀其军师！”寇恂不听，将皇甫文诛杀，令其副使将首级带回报信：“军师无礼，已戮之，欲降，急降，不欲，固守。”
副使回到城中，高峻献城而降。
诸将不解，请教寇恂：“敢问斩杀其使，反而归降，何也？”寇恂道：“皇甫文身为军师，实也智囊，系峻之心腹。今来，乃探路思计者也，辞礼不屈，则必无降意，使其全身而退，一则损我军威，再则升其士气，于我军不利。而斩之，峻则胆丧，是以降耳。”诸将乃服：“吾等不及也。”
帝下诏将高峻送至洛阳。
高峻复降汉，引发隗纯全线崩溃。
建武十年十月，隗纯、周宗、行巡、苟宇、赵恢等出城投降，王元弃落异门逃奔公孙述。
帝下诏：将周宗、赵恢及隗氏宗族迁徙到洛阳以东。隗纯、行巡、苟宇徙至弘农。帝携百官返回洛阳。后隗纯与宾客数十骑潜逃朔方，行至武威被擒获，悉数诛死。
汉军征陇四载，历尽艰辛，折损两员大将军及无数汉兵生命，终于将陇地平定，取得了胜利。
金城属地各县，所属尽多羌族，原已依附隗嚣，此时，吴谿、先零等羌虏又聚而生乱。来歙率马援、盖延、刘尚进击金城，斩杀数千人，获牛羊万余头，谷粮数十万斛，赈于各地饥民，于是乃安。来歙上书表马援为陇西太守，帝准奏。
建武十一年三月，建武帝认为陇西已经稳定，天气已经转暖，大军已经得到了休整，是到了平蜀的时候了。于是命来歙率盖延、马成攻打下辨、河池。调吴汉率刘尚、刘歆至津乡汇于岑彭，从东攻蜀。
吴汉兵至津乡，岑彭已征南阳、武陵、南郡兵、又征桂阳、零陵、长沙水军万余，总计十五万兵马，大小战船数百艘。吴汉道：“岑将军，陆战快捷，水兵何用，徒费军粮，不如遣回。”岑彭道：“大司马，蜀兵乃盛，又多沿江连营，正用水兵摧之。”吴汉道：“不然，江水自西向东顺流而下，我军逆水，如何能战，水军若败，则影响士气，不用也罢。”岑彭道：“陆兵西进，多为山道，崎岖难行，若弃水军，乃是将水路拱手相让也。蜀兵若乘船断我后路，奈何？”吴汉道：“步兵攻伐，必与水兵脱节，水兵派不上用场，还是徒费军粮。”岑彭道：“水兵即集，不趁势进取，益长寇志而阻我心。”二人争执不下。吴汉道：“不如这样，你我联名上奏，请旨定夺。”
帝接到奏折复曰：“大司马习用步骑，不晓水战。荆门之事，由征南公为重而已。”任命太中大夫郑兴为监军至津乡。
岑彭对吴汉道：“大司马，蜀兵依岸沿江面搭起浮桥，打下木桩，建成水寨，有大小战船数百只。将军任满、程汛谙熟水战之法，急切间难以攻破，必候东风大作，鼓帆而进，水陆并攻，方收奇效。”吴汉道：“何时风可转向？”岑彭道：“最多五日便见分晓，此战当以水军为先锋，破蜀水寨后，水军亦当在此扎寨，上游江道变乍，水流湍急，水兵难以控舟，只可运输，无法进行水战，那时，就要看陆兵了。”
吴汉道：“好，就由将军布置。”
果然不出岑彭所料，第五日寅时，东风狂作，岑彭大喜曰：“此乃天助我也。”命令登船，偏将军鲁奇率桡船百余艘，人皆匿于船舱中，两侧船帮有孔，船桨从孔中伸出划水，可避敌箭。每船三十人，扬帆而进。藏宫、刘隆、刘歆沿江岸挺进。吴汉自统兵去攻打夷陵。
只见狂风鼓帆，逆流猛进，冲破千重浪。将要接近水寨，鲁奇只见桡船左摇右摆，再看冲在前面的二十多只桡船无不如此。知被水下桩柱及钩子钩拦住，命下水毁桩。
浮桥楼上的任满见汉兵桡船被钩住，无法动弹，大喜，命寨中战船杀出。蜀军虽是逆风，却是顺水，无帆而进，却也不慢。鲁奇大惊，眼看敌船将到眼前，桡船已能前行。鲁奇又命一部分水兵下水凿漏敌船，蜀军一见，也纷纷跳入水中，双方在水下厮杀。只见一股股鲜血从水下冒出，须臾间把江面染红。双方战船被凿漏近半。蜀军战船除被凿沉外，均顺江漂至下游，被岑彭跟进的楼船截杀一阵，几乎尽没。
鲁奇只剩五十余艘桡船，一千五百水军，攻至浮桥处，鲁奇命放火箭烧浮桥。顿时，千余火箭齐发，如流星雨般壮观。顷刻之间，楼、桥俱着，风怒火盛，蜀兵纷纷逃命。只听见轰天价一声巨响，浮桥崩塌。大将军任满乘船欲逃，被鲁奇赶上，跳上敌船，一枪将其刺死。岑彭率楼船赶到，将蜀水兵消灭。南郡太守程汛逃到岸上，被刘隆生擒活捉，只有翼江王田戎逃往江州。
此一战，蜀军水军覆灭，死五千余人，收降水、陆兵两万余人，编入军中。汉军损失水兵两千余人，大小战船六十余艘。
岑彭表刘隆为南郡太守，记鲁奇首功一件，报捷入京。
帝降诏：拜岑彭为益州牧，所下各郡，兼行太守事；拜刘隆为南郡太守；赐鲁奇缣千疋，嘱再立新功。
岑彭督兵欲拔江州，传下军令：“勿得掳掠百姓，违令者斩！”三军肃然。所到之处，秋毫无犯，百姓戴德，以牛酒相迎。岑彭见到长者，执礼安抚，对众道：“大汉哀怜巴蜀，久见虏役，故兴师远伐，以讨有罪，为民除害。”使汉兵不受牛酒。百姓大悦，沿途开门而降。到达江州，见城固墙厚，守兵万余，非短时能克，留属下威虏将军冯峻率两万汉兵继续攻城，自引兵北进，渡过汉水，攻克垫江。挥兵西进，一鼓作气拿下平曲。两处收得降卒数千人，米谷数十万石，分给各军及沿途百姓。
北路军来歙率盖延、马成从天水南下，攻打下辨，大败王元、环安，斩首数千级，蜀兵退至河池。汉兵跟至，复败蜀兵。王元、环安继续向南撤退，来歙命汉兵追击，至晚方罢战安营。
环安门下一宾客自报奋勇，于后半夜潜入汉军帅帐，见来歙熟睡，短刃插入来歙前胸。来歙大叫一声，惊动帐外卫士，蜂拥而至，将刺客乱刀砍死，不敢怠慢，忙通禀马成、盖延。盖延先至，见来歙胸中利刃，鲜血已染红衣襟，不禁潸然泪下，伏地而泣，不能仰视。来歙怒斥盖延道：“虎牙安敢如此！我为刺客所伤，命在顷刻，恨无以报国，急招你来，以国事相托，何反做女儿状！我刃虽加身，尚能勒兵斩汝，快取纸笔！”吏属展纸蘸墨，来歙左手托刃，书曰：“臣夜入定后，为贼所伤，不敢自惜，诚恨奉职不称，以为朝廷延羞。夫理国以得贤为本，太中大夫段襄骨鲠可任，愿陛下裁查！又臣兄弟不肖，终恐被罪，陛下哀怜，数赐教督。”
写罢，将笔掷去，气绝而亡。
马成、盖延派人将来歙灵车送回洛阳。建武帝悲痛不已，泪流满面。帝与来歙自幼亲厚，来歙实有帅才，事业正蒸蒸日上，却英年早逝。帝亲自凭吊送葬，谥曰：“节侯。”
建武帝再次亲临长安，坐镇平蜀。命杨武将军马成督北路汉军。
公孙述命王元分兵南下和延岑、吕鲔、公孙恢拒守广汉县，扼守要道，以和岑彭决战，派侯丹率兵两万前往屯守黄石，以切断南路。
岑彭分兵四万交与藏宫，刘歆及护军杨翕为辅，令沿涪水在平曲与德阳间布下疑兵，以拒延岑、王元。岑彭率两万人马返回江州，命冯峻安心攻打江州，然后悄悄向西南行至黄石，突然发起猛攻，将黄石占领。而侯丹正在来黄石的途中，岑彭令属下二将各领三千人马沿江北岸设伏。
侯丹率兵来到黄石城下，见城门洞开，正欲进城，突见汉兵杀出，岑彭手握大刀奔向自己，大惊，可自己的部队属行军队列，延绵数里，如何行得军令，顿时败溃，后队又遇两处汉兵杀来，蜀军四处逃亡，作鸟兽散，腿慢的均做了刀下之鬼。
岑彭整顿兵马沿着江水一路向西，江阳、僰道不战而下。又延江水折向北方。南安、鱼涪津、武阳蜀军弃城而逃。岑彭一路奔袭近千里，进驻武阳。
公孙述刚接到侯丹兵败的消息，就闻岑彭已屯武阳，屈指算来，从侯丹兵败到现在不过数日，遂大惊失色：“汉兵竟有如此神速！”
武阳乃犍为郡郡府，系成都南面屏障。西依彭山和江水，岑彭占据武阳，则可与公孙述对峙。公孙述失了武阳，成都顿时受到了直接威胁。武阳距成都不过百余里，虽然中间还隔着小城广都，却可以说抬脚即至，公孙述如何不惧？急调延岑回兵成都，抵御汉军。
却说藏宫率兵抵御延岑、王元等蜀兵，粮草渐少，更兼蜀兵势大，倍于汉兵，原归降蜀兵已开始陆续逃离。藏宫将逃兵抓回，诛杀示警，虽收了些效果，却不能完全扼制。正在发愁，建武帝派谒者率兵押运粮草及七百匹战马来援。藏宫大喜，照单全收。谒者道：“藏将军，奉帝命送与征南大将军，今若将留于此，无法交差。 ”藏宫道：“谒者无忧，我等均为征南部属，你就是送到武阳，岑征南也会分配我等。蜀道难行，这不是费劲折腾吗？交于我，你就算很好地完成任务了，放心吧。”
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