隗嚣再遣张玄入河西，游说窦融与己联兵，共击冯异，将汉兵赶出关外，秦地的安全就有保证。
窦融派弟窦友和刘均去洛阳，行至高平，获悉隗嚣反叛，道路阻绝，只好返回。窦融又派司马席封择山间小路去洛阳。
窦融知隗嚣反，作书责之，曰：“伏惟将军国富政修，士兵怀附。亲遇瓦会之际，国家不利之时，守节不回，承事本朝。后遣伯春，委身于国，无疑之诚，于斯有效。融等所以欣服高义，愿从役于将军者，良为此也。而忿悁之间，改节易图，君臣分争，上下接兵。委成功，造难就，去纵议，为横谋。百年累之，一朝毁之，岂不惜乎？殆执事者贪功建谋，以至于此，融窃痛之。当今西州地势局迫，人兵离散，易以辅人，难以自建。计若失路不反，闻道犹迷，不南合子阳，则北入文伯耳。夫负虚文而易强御，恃远救而轻近敌，未见其利也。融闻：智者不危众以举事，仁者不违义以要功。今以小敌大，于众何如！弃子徼功，于义何如！且，初事本朝，稽首北面，忠臣节也；及遣伯春，垂涕相送，慈父恩也。俄而背之，谓吏士何？忍而弃之，谓留子何？自起兵以来，转相攻击，城郭皆为邱墟，生人转于沟壑。今其存者，非锋刃之余，则流亡之孤。迄今伤痍之耻未愈，哭泣之声尚闻。幸赖天运少还，而将军复重其难。是使积痌不得遂瘳，幼孤将复流离。言之可为酸鼻。庸人且犹不忍，况君者乎？融闻：为忠甚易，得宜实难。犹人太过，以德取怨。知且以言获罪也。区区所献，唯将军省焉！”
隗嚣得书，不纳，窦融怒曰：“善言不入，是所谓下愚不移也！”乃与五郡太守共厉兵马，上书请旨，欲出境击嚣。
梁统恐众心忧有疑虑，摇摆不定。为坚众心，遂杀张玄以示众。
吴汉、王常、刘歆、刘向入武关向北，将兵屯于长安城郊。吴汉令刘歆、刘向统领兵马，自和王常入城汇冯异。
冯异和吴汉、王常商议，马上就要开兵见阵，攻打隗嚣，漆邑、汧城、栒邑都是军事要地，不容有失。请吴汉、王常坐守长安，自己去栒邑，祭遵屯兵汧城，请耿弇到后进漆邑。俟马武、盖延至长安后准备下一步的军事行动。
盖延、耿弇入武关后，欲主动寻找战机，率兵向西行，派人通知马武部，请其西行相助。
盖延、耿弇两部汉兵一路向西，行至山区，二人因地理不熟，恐中埋伏，未敢冒进。耿弇派苞梁带一支小分队探路，苞梁回来后道：“回将军，山中之路崎岖狭窄，但穿过此山，地势开阔，山中无伏兵。”二将率兵进入山中。行了多时，苞梁指指前面道：“前面是转弯处，转过这道弯，不过三五里。就可以出山了。”刚至转弯处，突然，两侧山上军旗高举，帅字旗下，大将王元高叫：“本将军恭候多时了！”随即巨木、圆石滚滚而下，汉兵队伍顿时散乱，纷纷后逃。王元指挥陇兵冲下山来，汉兵溃退之中，死伤无数。此时马武已经进山，得知前面情况，命令就地扎住阵脚，分兵立即占领两侧高处，自带亲兵一千，向前冲去。溃退的汉兵纷纷从马武两侧而过，马武不见盖延、耿弇，知二人现在应在最后，加速快行。盖延、耿弇等果然没及时撤出，被王元兵众包围。马武持枪一阵挑杀，冲透重围，将汉将们救出。可王元率兵死死咬住追杀，马武大怒，率亲兵们向前杀去，方才将王元杀败。汉兵退出山后，经清点，折去三千多人，苞梁也阵亡山中。
盖延、耿弇于山中被伏击战败的消息传入长安，冯异不敢耽搁，和祭遵出城而去。祭遵自去汧城，冯异率部去栒邑，行至半路，得知隗嚣大将行巡率兵去攻打栒邑，命令部队跑步前进。于匡道：“大将军，陇西兵众，乘胜而往，士气正高，不可与之争锋。”邓晔道：“嚣兵获胜，纯属偶然，盖延若不西行，王元不过是狗咬尿泡空欢喜。”冯异道：“虽属偶然，也有其必然性，战争时期，什么情况都有可能发生，关乎成败的因素很多，稍有不慎，就可能打败仗，甚至满盘皆输。栒邑虽小，关系重大，栒邑若失，则三辅动摇，直接威胁长安。必先抢先进驻栒邑，我方安心。兵法云：‘攻者不足，守者有余。’其兵虽多，我则以逸待劳，此锋岂可不争哉！”
行巡乃行武出身，做为大将，又自幼生长在陇地，自然知道栒邑的重要，一路急行军赶到栒邑城下，却不料由于路途稍远，已然失了先机，冯异已先一步进入城中。行巡见城上守城兵稀少，大喜，以为汉兵未至，下令攻城。栒邑守军知冯异蛰伏城中，胆气倍增，拼命抵抗，战至天晚，行巡鸣金收兵。
半夜时分，冯异亲自率兵劫营。行巡毫无准备，汉兵一声呐喊，杀入行巡营中。行巡无力抵抗，大败而逃，冯异率兵追杀数十里，大破之。
祭遵在汧城得盖延相助，大败王元。
陇西、北地震动，于是，北地豪长耿定等叛嚣归汉。
汉军大捷的消息传至洛阳，马援也奉诏回到帝都。
建武帝刚办完大傅卓茂的后事，任命邓禹为太傅。立即召见马援。马援献上游说陇西大将，使之归汉的计策，建武帝大喜，马援原是隗嚣属下绥德将军，又是智囊，对隗嚣集团可谓是知根知底，由他自往游说，必事半功倍。于是，拜马援太中大夫，拨给五千骑兵，令其西行，并护送来歙至长安。颁诏曰：“制诏大司马、汉忠、虎牙、建威、捕虏将军：虏兵猥下，三辅惊恐。栒邑危亡，在于旦夕。北地营堡，按兵观望。今偏城获全，虏兵挫折，使耿定之属，复念君臣之义。征西功若丘山，犹自以为不足。孟子反奔而殿亦何异哉？今遣太中大夫赐征西吏士死伤者医药、棺敛，大司马以下亲吊死问候，以崇谦让。”紧接着，又颁了第二道诏书：“天水、陇西、安定、北地各郡官吏、百姓被隗嚣诱入歧途者，三辅遭赤眉之难时，有犯不道罪者，从殊死罪以下，皆赦免之。”
诏令征西大将军冯异进军义渠，斩断芦芳伸出的魔爪，并领北地太守事。
来歙、马援走后，窦融特使司马席封也历尽辛苦来到洛阳。建武帝嘉许窦融，诏令右扶风修砌融父之墓。赐融汉宗室外属图及《太史公??五宗》，《外戚世家》，《魏其侯列传》。并外方进贡之物。
建武帝为确保安东之国策顺利实施和发挥更大实效，颁诏曰：“设置官吏，所以为人也。今百姓遭难，户口减少，而县官吏职所置尚繁，其令司隶、州牧各实所部，省减吏员。县国不足置长吏可合并者，上大司徒、大司空二府。”
由是，合并减少四百余县，官吏职位减去十分之九。
冯异率汉兵开往义渠，青山渠帅肥头少卿知征西大将军前来，率部众万人降汉，共同击败贾览，斩首千余级。于是，上郡、安定属汉。帝命冯异复领安定太守事。
马援游说嚣将间，高平第一守将、安定人高峻归降。来歙承制拜其为通路将军，封关内侯。将军任禹也随马援降汉，马援又作书劝大将军杨广，杨广不答。
窦融发五郡兵马攻打隗嚣盟军先零羌封河，大败之，斩首千余级，得牛羊万头，谷万斛。
建武帝知延岑出兵汉中，拜大司农李通为前将军，命率王霸、侯进打击延岑，三战三捷，将延岑逼退。公孙述派兵来援，也被打败，延岑撤兵退出汉中。
建武六年十二年二十八日，建武帝下诏曰：“顷者师旅未解，用度不足，故行十一之税；今军士屯田，粮储差积；其令郡国收见田租三十税一，如旧制。”
隗嚣认识到，反汉不过半年，战局便急转直下，汉兵胜王元、破行巡、收肥头少卿、驱贾览、败封河、退延岑。马援又在后院放火，唆使大将判离，军心已经浮动，使自己陷入极为不利的境地。于是定下主意，采取缓兵之计，上书建武帝谢罪曰：“吏人闻大兵卒至，惊恐自救，臣嚣不能禁止。兵有大利，不敢废臣子之节，亲自追还。昔虞舜事父，大杖则走，小杖则受、臣虽不敏，敢忘斯义？今臣之事，在于本朝，赐死则死，加刑则刑，如更得洗心，死骨不朽。”
大臣们认为隗嚣推卸责任，粉饰祸心，语言激烈，冲撞圣君。眼见败亡在即，乃行缓兵之计，岂是真心悔过！请旨诛杀其子隗恂。
帝知隗嚣玩的什么把戏，但只要有一线希望，仍打算不动兵而屈之。作书使来歙派使至天水以复嚣。书曰：
“昔柴将军与韩信书云：‘陛下宽仁，诸侯虽有亡叛而后归，辄复位号，不诛也。’嚣曾为文吏，晓义理，故复赐书。深言则似不逊，略言则事不决。今若束手，复遣恂弟归阙庭者，则爵禄获全，有浩大之福矣。朕年垂四十，在兵中十岁，厌浮语虚辞。即不欲，勿报。”
隗嚣见建武帝不但识破己计，紧跟着回了一计。自己将长子送入洛阳，早已万分后悔，怎肯再将次子隗纯送入洛阳为人质。思来想去，以自己的实力是不足以抗汉的，只好投公孙述做靠山，遂遣使向公孙述称臣。
建武七年三月，公孙述封隗嚣“朔宁王”。
五月，大司空宋弘免职，任命前将军李通为大司空，率本部回京。任命汉忠将军王常为横野大将军。
秋天，隗嚣集三万马、步军攻安定，冯异率诸将于阴槃布阵阻击，隗嚣无法推进。又遣别将下陇攻祭遵，冯异请来歙至汧城助之。
朝中大臣再次请帝诛隗恂，帝未应，打算率兵亲征，派使诏告窦融，命其率兵东进，参加会战，剿灭隗嚣。却逢秋雨连绵，道路泥泞难行，西北洪水频发，桥断路毁，无法开战，乃罢亲征。
窦融已率兵至姑藏。接诏退兵河西。
来歙奉帝诏，作书招降王遵。王遵，霸陵人，字子春，携家眷东归洛阳，帝拜为太中大夫。
建武八年初，大年尚未过完，来歙、祭遵率兵欲攻打略阳。途中祭遵病重，由军中郎中调理着，坚持前行。可天空中突然飘起了雪花，祭遵道：“来中郎，我记得，去年八月十五，咱们是在雨中渡过的，这民谚说的好呀，八月十五云遮月，正月十五雪打灯。今天不正好是正月十五吗？”来歙见祭遵骑在马上直打晃道：“还真是，这就是经验之言，是百姓在生活中总结出来的。祭将军，我听你这咳嗽是越来越重了，身体还行不？如不能坚持，先回去。”祭遵道：“本来就是去突袭，若就此罢战，过完年战机就全失了。”来歙问郎中，郎中道：“体中生痰症，高烧一时难退。”来歙意欲回兵，祭遵死活不干，来歙道：“将军病的这么重，无法指挥战斗，况且主帅染恙，则会影响士气。”祭遵态度坚决，执意前行，来歙苦劝不住。可雪越下越大，来歙道：“将军，你率大军回去，我只选两千精兵前往，可期一举成功！”祭遵也实在无法再坚持，退回汧城。
来歙带着两千精兵，抬着云梯，避开大道，冒着暴雪，绕过番须、回中，神不知，鬼不觉直抵略阳城下，突然攻入城中，杀死守将金梁，一举将略阳城占领。
来歙派人速回汧城，调一万兵马来守略阳，并报大司马、征西及横野等将。
隗嚣得知略阳已失，大惊失色道：“汉兵从何而至，竟有这般神速？来歙果有大将之才也。”派王元据陇抵、行巡驻番须口、王孟堵鸡头山道、牛邯屯瓦亭，亲率数万大军攻打略阳，誓要将略阳夺回。公孙述也派大将李育、田弇带兵相助。
捷报传到洛阳，建武帝龙颜大悦。众大臣不解，帝道：“来将军在西北数年，又独具战略眼光，略阳虽小，却是心腹重镇，心腹已坏，肢体易解矣！”
又闻吴汉率大兵前去援助来歙，帝道：“去年洪水泛滥，收成大减，略阳城小，屯粮不足，无法供应大军，番须、回中等地未收，通途受阻，不利于城外野战。略阳城坚，一万余军守之可也，嚣久攻不克，方有隙可乘。命快马加鞭，换马不换人，速将吴汉追回。”
却说隗嚣将略阳围住，四面攻打，搭云梯、筑土山，均无法攻克。来歙与将士们固守城池已历时三月，拆屋断木以为兵器，所幸城中粮草未断，士气尚存。
四月，建武帝调岑彭入长安，着大司空李通监国，起大兵御驾亲征。光禄勋汝南人郭宪拦驾谏曰：“东方初定，车驾未可远征。”帝不从。郭宪拔出佩刀将车靷斩断，帝命卫士将其推开，大军一路西行。将到漆邑，由建威将军耿弇接入城中。众大臣以王师之重，不宜涉远入险进谏。帝曰：“已入三辅之地，众卿不必复言。”知马援也入漆邑城候见，招来问计。马援进言道：“陛下，隗嚣将士，已兆土崩，王师一进，必破无疑。”说完，在帝前聚米为山，指画地势，详解途径，又言何处可攻、何处可守、何处可伏。帝眼前一亮，大悟道：“虏已在朕目中了。”
窦融起五郡之兵，及小月氐骑兵、辎重五千余辆，再次进入姑藏。派使入漆邑，请示拜见圣君之礼仪，帝闻而善之，起驾至高平，设酒会请融，并引百官相见，遍犒三军。命大军分数路发起进攻，汉兵势如破竹，隗嚣兵败，退回天水，蜀将李育、田弇退保上邽，略阳之围顿解。
建武帝进入略阳城中，大排盛宴，犒劳将士。为彰来歙首功，赐坐特席，位居诸将之首。又赐来歙之妻缣千匹，封窦融安丰侯，食邑四县。窦友为显亲侯；武威太守梁统为成义侯；酒泉太守竺曾为助义侯；张掖太守史苞为褒义侯；金城太守库均为辅义侯；敦煌太守辛彤为扶义侯。
众臣谢恩毕，窦融以久专方面辖制五郡，手握重兵自是惴惴不安，恳请帝另择贤臣镇守凉州，愿随驾从征。帝曰：“朕与将军，如左右手耳！执辞谦退，何不晓朕意！勉循士民，无擅离部曲。”命其率部回河西，窦融拜辞而去。
太中大夫王遵，自应来歙之劝弃隗嚣归汉后，深得信用。王遵与牛邯甚厚，知隗嚣不久见灭，恐祸及好友，乃作书至瓦亭劝说牛邯，书曰：“遵与隗嚣歃盟为汉，自经历虎口，践履死地，已十数矣。于是周洛以西，无所统一，故为王策，欲东收关中，北取上郡，进以奉天人之用，退以惩外夷之乱，数年之间，冀圣汉复存，当挈河陇奉旧都以归本朝。生民以来，臣人之势，未有便于此时者也。而嚣之将吏，群居穴处徒，人人抵掌，欲为不善之计。遵与孺卿日夜所争，害己及身者，岂一事哉！前计抑绝，后策不从，所以呤啸扼腕，垂涕登车，幸蒙封拜，得延议论，每及西州之事，未尝敢忘孺卿之言。今车驾大众，已在道路，吴、耿骁将，云集四境，而孺卿以奔离之卒，拒要厄，当军冲，视其形势何如哉？夫智者睹危思变，贤者泥而不浑，是以功名终申，策画复得。故管仲束缚而相齐，黥布仗剑以归汉，去愚就义，功名并著。今孺卿当成败之际，遇严兵之锋，可为怖慄。宜断之心胸，参之有识，毋使古人得专美于前，则功成名立，在此时矣。幸孺卿图之！”
牛邯得书，徘徊数日，觉得西州不过一隅，终是难御强汉，子春之言，实乃善语，于是降汉。帝亦拜为太中大夫。
牛邯归汉，嚣营震动。于是，大将十三人、属县十六、兵卒十万叛嚣归汉。
隗嚣大恐，急派王元入蜀求助，自携众离天水奔西城，入大将军杨广军中。
建武帝诏告隗嚣：“若束手自诣，父子相见，保无他也。高皇帝曰：‘横来，大者王，小者侯。’若遂欲为黥布者，亦自任也。”
隗嚣终是不降，于是，帝降诏驰回洛阳，诛隗恂。
命大司马吴汉、征南大将军岑彭攻西城，虎牙大将军盖延、建威大将军耿弇攻上邽。
时间如白驹过隙，匆匆逝去，转眼间进入八月。大司空李通使快马飞报：“颍川盗贼复聚，略乡攻县，河东郡守军叛乱，京师骚动，恳请回銮靖寇。”建武帝不禁叹息曰：“悔不听郭子横之言。以至有此乱，朕意返回安东。”执金吾寇恂进言：“颍川百姓素有从众跟风之俗，知陛下涉远伐陇，受妖者蛊惑而聚，此处征伐，正处紧要之时，圣上未可东归，臣愿披坚执锐前去讨伐。”帝曰：“东方平定时短，尚未稳定，颍川、东郡迫近帝都，如不及时戡乱，其势则会蔓延，其危更甚于陇蜀。”下诏与大司马：“朕东归平叛，两城若下，卿可将兵南击蜀虏。人苦不知足，即平陇，复望蜀。每一发兵，头发为白。”
建武帝命王常随驾返回。寇恂请为先锋，帝命寇恂：“直指颍川。”
寇恂来到颍川，贼首知御驾亲征，寇恂来至，知无可免，率众伏地而降。寇恂奉诏惩其首恶，赦免从众。颍川百姓又恢复了往日的平静，待御驾也来到颍川，百姓扶老携幼，跪拦圣驾，众声一致道：“恳请陛下，复借寇君一年！”建武帝思忖：再有一年时间，东方就会基本稳定了。于是对寇恂道：“颍川地近京师，安定尚需时日，今百姓请留爱卿，可卿刚任九卿，又要还归地方，望卿以国事为重。”
建武帝将寇恂留长社县，镇抚吏民，起驾还京。
派大司空李通、横野大将军王常率兵开往东郡，征剿叛军。考虑到寇恂曾任颍川太守，寇恂前往颍川，收到奇效。耿纯也曾任东郡太守，在任四载口碑不错，现免官在京，不如仿颍川事。于是拜耿纯为太中大夫，随军前往。
东郡吏民闻耿纯至，竞相来迎。贼众闻之，九千余人至军前弃戈跪降，大军不战而返。李通、王常将当时的情景奏报，帝下诏，任耿纯为东郡太守。
建武帝考虑在陇西作战的各部队，如果不能尽快剿灭隗嚣，平息陇地，必会受到军粮不足之困。现在看来，战争不会一时半刻间结束。于是下诏：“吴、冯、岑、祭、盖、耿及诸将，诸郡甲卒但坐费粮食，若有逃亡，则沮败众心，宜遣老羸之卒，留精壮之士，以利攻伐。”
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