李鸿章对日战争的失败，使清廷极不满意，光绪帝决定给予他革职留任的处分，并裭夺其黄马褂。随着威海卫战败、辽阳战败，清政府非常担心北京失守，于是清廷派出多人去和日本谈判，但是均被驱回，日本方面暗示说，只有让李鸿章来才可以。
1895 年 2 月 13 日，朝廷命令李鸿章为头等议和全权大使，取消处分赏还黄马褂，让他火速来京议事。李鸿章知道事关重大，接到命令之后，急急赶往北京。李鸿章无法做到让自己置身于事外，高高挂起。此时的李鸿章，只有一个念头，只要大清帝国需要，就要为大清帝国赴汤蹈火，在所不辞。此刻，自诩为泱泱大国的清朝，似乎除了李鸿章就没有第二个人能担当起这样的使命。事实上，恐怕也没有第二个人肯于去担当这样的使命了。只有李鸿章，毅然决然。李鸿章在心里已经做了最坏的准备，在和朝廷谈话时，表示自己无法担当割地这样的责任。最后朝廷给予他全权处理的权力。
1895 年 3 月 20 日，李鸿章带领儿子李经方和美国顾问科士达到达马关。在马关的春帆楼上，他与日本全权代表伊藤博文和陆奥宗光开始谈判。经过三次谈判之后，李鸿章感觉身心憔悴。因为耗费这么多天的精力，居然没有什么任何意料中的进展。然而，意外却不期而至——这天，同以前一样，李鸿章无奈地走出春帆楼，即将到达所住的行馆时，忽然，一个年轻的男子从人群中冲了出来，随即以手枪向李鸿章射击，子弹击中了李鸿章的左颊。周围自然是一片慌乱。原来，此人名叫小山，是一个极端的日本侵华分子。他希望中日战争一直打下去，不愿意和中国议和，所以决定刺杀李鸿章。李鸿章被刺，昏厥过去。随行的西医马上采取急救措施。李鸿章醒来之后，表现得很镇静。李鸿章看着衣服被血染红，长叹一声说，“此血可以报国矣”。由于子弹卡在他左眼下的骨头缝里，没有医生敢在这个位置下手术刀，李鸿章给朝廷的电报只有六个字：“伤处疼，弹难出。”
李鸿章遇刺之后，国际舆论哗然，纷纷谴责日本。日本害怕列强干涉，只得宣布无条件休战。日本本来想见好就收漫天要价，结果行刺事件的发生使得日本的计划被破坏。伊藤博文惋惜地说：此次事件的严重性，超过在战场上一两个师团的溃败。日本天皇和皇后分别派出御医和护士，让他们好生给李鸿章治疗。伊藤博文也以私人身份前去探望。顺便说一下，李鸿章和伊藤博文二人，在人生经历上有很多相似之处，其中更巧合的就是两个人都曾经遇刺。虽然发生了遇刺事件，李鸿章还得坚持谈判。面对日本人割让辽东、台湾、澎湖，赔款军费３亿两白银的漫天要价，李鸿章实在难以认可。清廷在给李鸿章的电报中，均是模棱两可的“着鸿章酌量办理”。
在最后签字的前一天下午，日方的要求极其苛刻。只允许中方回答“允”或者“不允”，李鸿章没有丝毫讨价还价的余地。李鸿章一直磨到天黑，希望能够再减少两千万两，最后，甚至含泪请求伊藤博文说，就算给我这个老头子回家的旅费吧。伊藤博文根本不予理会。晚上，伊藤博文还威胁李经方说，如果明天你们还不签字的话，你们这些代表能否安全回家，我怕都不能真正保证了。就在这样的情况下，1895 年 4 月 17 日，李鸿章父子被迫在《马关条约》上签字。
1895 年 4 月，李鸿章带着《马关条约》草约和脸上的绷带，还有懊恼沮丧的心情回国时，发现自己早已成了举国之“公敌”。朝廷斥责他办事不力，官员说他丧权辱国，民间传说他拿了日本人的银子。更有人公开声明说，要不惜一切杀掉他，以雪“心头奇耻大辱”。 只有那一句话，让李鸿章闻后不能不老泪纵横。其时，全体军机大臣集体上奏给光绪帝，奏折中有此一语：“中国之败，全由不西化之故，非鸿章之过”。
当举国上下一片讨伐李鸿章之时，沙俄突然跳出来声称，要帮助清政府讨回辽东半岛，这让清政府眼前一亮。 本来，俄国就一直打着朝鲜和中国东三省的主意，它是想伺机夺取不冻港，拥有自己的东方出海口。为此，从 20 世纪 90 年代起，就开始修建西伯利亚铁路。他们梦想着铁路能从中国东三省穿过，利用旅顺和大连这两个不冻港。中日战争爆发，李鸿章请求沙俄调节，沙俄也是抱着观望的态度，直到中国战败。
俄国并不希望这样的结局。如果日本在控制朝鲜后，再控制了辽东半岛，沙俄在华利益就会受到极大的损失。于是，沙俄联合了德国和法国为清政府说话，要求日本归还辽东半岛。德国和法国是出于什么目的呢？法国是想通过俄国牵制德国，德国是想讨好俄国，让俄国把目光放在远东地区，自己好在欧洲下手。这，就是所谓“三国干涉还辽”事件之起因。后来，“三国干涉还辽”成功了。《马关条约》最后是这样的收场：清政府赔款 2 万万两，并付给日本“赎辽费”3000 万两，割让台湾、澎湖。虽然，今天我们可以客观的看待李鸿章，不能把卖国的罪名安在他一个人的身上。但是必须承认这样一个事实：李鸿章从晚清政府的利益出发，和晚清政府一起出卖了中国的部分主权和领土。
由于签订《马关条约》而被免去显赫职务的李鸿章，心里并不怨恨清廷的处罚。李鸿章知道，大清帝国必须要惩办一个“卖国贼”以平息众怒，李鸿章必然成为大清帝国卖国的替罪羊。
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