湘军攻打天京许久了，一直没有什么结果。清廷看到淮军作战有力，部前去协助。而当时统军攻打天京的湘军大将，正是曾帅的胞弟曾国荃。说起曾国荃，他和李鸿章还有一点小过节。
早在李鸿章刚投奔曾国藩的时候，曾国藩派李鸿章去曾国荃处办理营务。李鸿章为了对这位老师的弟弟表示尊重，特意拿出一把纸扇，请曾国荃题字留念。曾国荃居然得意洋洋地写了“门多将相文中子，身系安危郭令公”十个字，而且字体欠佳，歪歪扭扭。李鸿章看了之后嗤之以鼻，心想你不过是个秀才，还敢自比郭子仪！真是大言不惭。所以没呆几天他就告辞了。
李鸿章到上海后，曾国荃一再向李鸿章催促粮饷，弄得李鸿章很烦。再加上在几次调用人才的事情上，和曾国藩兄弟意见不一致，李鸿章和他们闹的不是很愉快。有这样几桩事情压着底儿，可急坏了向来好大喜功的曾国荃。一方面，他担心李鸿章来攻天京，会和自己抢功，这是他不能允许的；另一方面，他也清楚现在淮军的力量已经今非昔比，可能会很快收复天京。这样一来，自己这两年多的苦战不就白费了吗？殊不知，这时的李鸿章并不想因此得罪曾氏兄弟。于是，李鸿章就装起病来，在苏州、常州按兵不动，写信催促曾国荃快点行动。并说，自己准备掉头南下去攻打浙江。结果这又惹恼了闽浙总督左宗棠。左宗棠认为李鸿章是有意越境和自己抢功，这样，左、李两人之间又产生了矛盾。
李鸿章实在抵抗不住清廷的再三催促，于是写信给清廷报告自己的攻城日期，然后告诉曾国藩让他们早些行动，自己继续观望。李鸿章手下的将领不知道他的心思，个个摩拳擦掌，准备大干一场。大将刘铭传对李鸿章说，我们淮军的大炮只要一开，不到三五天就一定能将天京拿下！
1864年 7 月 19 日，就在李鸿章出兵的前一天，曾国荃部用地道埋炸药，轰塌了城墙，一举攻克天京。曾国荃终于拿到了梦寐以求的“首功”。事后，曾国藩拉着李鸿章的手说：我弟弟的面子，是靠你给保住的，我们得谢谢你。由此看出，李鸿章做事很有原则，他不愿意为了争夺眼前的小利益，就去破坏已经存在的某种秩序或者关系，这也显示出了他的高瞻远瞩和大将气度。就这样，曾经轰轰烈烈的太平天国农民运动终于被清政府镇压。然而，“内患”却远没有消除。南方的太平军余部，北方的捻军，还有西北的少数民族起义还在继续活动着。
湘军攻克天京之后，加官进爵的曾国藩却坐立不安。他太精于权术，也深谙官场之道。此时的曾国藩身为两江总督，督办江苏、浙江、安徽、江西等四省的军务，他统率的湘军已经达到 30 多万，亲自指挥的湘军就有 12 万人。此外，他还控制着四个省的厘金和粮饷。如此巨大的权势集中在他一个人的身上，岂能不让清廷猜忌！“功高震主”这四个字不时地敲击着曾国藩的心。他不由地琢磨起后路来。
曾国藩开始主动裁撤湘军，以保住清廷对他的信任。他还希望通过保留李鸿章的淮军，作为自己和清廷之间平衡的法码。曾国藩把手中的 12 万人分给了左宗棠、沈葆桢二人，对于朝廷最为担心的曾国藩的嫡系部队（即胞弟曾国荃所部），曾国藩也进行了大批裁撤，并安排曾国荃以生病为借口回老家调养。
1865 年 5 月，清政府的“剿捻”统帅僧格林沁在山东菏泽全军覆没。僧格林沁死在一个十几岁的童子兵张皮梗的手下，场面煞是惊人。清政府马上任命当时为两江总督的曾国藩为钦差大臣北上督师，让李鸿章以江苏巡抚署理两江总督。这意味着李鸿章即将掌握两江的军权和政权。李鸿章在各方面给曾国藩的剿捻活动以支持。首先是在兵力上，湘军已经被裁撤的差不多了，李鸿章调给曾国藩 33 个营的淮军。李鸿章又派出 10 个营的精锐部队航海前往天津然后转战到景州、德州。李鸿章在粮饷上也给予曾国藩很多支援。他知道，在“剿捻”的大计面前，湘军和淮军必须团结一致。
曾国藩的此次剿捻，先后调集淮军 6 万。这些淮军一律装备着洋枪洋炮，还有堪称完备的独立炮队。可是，曾国藩在指挥淮军时却很不灵光，因为淮军只听从李鸿章的调遣，而这一点他并不是不知道。曾国藩心中即使有一些怨恨和牢骚，也只好徒自兴叹。他此刻最大的感叹，就是湘军的盛况已去……曾国藩剿捻并不尽如人意，1866 年 9 月，捻军大破开封附近湘军战线。曾国藩得知后，十分忧虑，一下子病倒了。曾国藩给朝廷写了请罪书，还把李鸿章叫到身边帮忙。可是，清廷却发来了圣旨，让曾国藩返回两江总督任内，令李鸿章为新的钦差大臣，接替剿捻重任。曾国藩脸都气紫了，真是太有失颜面了。他为了平衡心态，一再要求留下来维持军心，可是清廷却让他赶快回到两江去。
李鸿章派人到曾国藩那里去取大印，曾国藩本来就生着病，看到此景格外感伤和落寞。他无奈地说，这么快就拿走了？我还以为得办个交接仪式呢！李鸿章接任后，得意忘形，根本没有把捻军放在眼里。不久，他就尝到了接连四次溃败的苦滋味。这四次分别在罗家集、倒树湾、尹隆河、六神港。捻军突破曾国藩的河防之后，在 1866 年 10 月分为东西两部：赖文光和任化邦率东捻军在河南活动，张宗禹率西捻军攻打陕西。
捻军和太平军不同，他们人数较少，没有根据地，作战灵活，采取游击战术。湘淮军则人数众多，调动起来很困难，经常被捻军牵着鼻子走，疲于奔命。和李鸿章交手的东捻军将领赖文光足智多谋，任化邦骁勇善战，二人配合的相当默契。淮军各营统率又各自为政，争功心切，互不相帮。所以，李鸿章吃了不少苦头。李鸿章吸取教训，重新改组队伍。他把淮军改编成四支精锐部队，即铭、武毅、鼎、勋四个营。此外，李鸿章还增加骑兵的力量，严加训练。因为捻军在北方平原上惯于骑马，来去无踪，飘忽不定，淮军的骑兵怎么也追不上人家。
为了尽快地训练骑兵，刘铭传采取了一个办法。他把一个金元宝吊在大营门口，并点上一炷香。下令说，在一炷香的时间里绕着营盘骑马跑三圈，谁第一个到达就给谁这块金子。这个办法十分有效，骑兵们奋勇操练。三个月之后，跑的最快的兵士，已经能在一炷香的时间里，绕着十四个营盘跑三圈了。
在对付捻军的战略上，李鸿章采取了“倒守河运”的方法，意图是：捻军已经在 1867 年的夏天突破运河防线，进入山东，李鸿章决定守住运河西线，不让捻军回师。决心已定，李鸿章不顾山东巡抚丁宝桢的不满，把大营搬到济宁。这样，山东就成为主战场。李鸿章还采用了“进扼胶莱”的方针。胶莱河位于山东半岛中部，是元朝时候的一条运河，用于沟通东海和渤海。当时捻军已经进入登州和莱州。李鸿章命淮军各部分守胶莱河。捻军识破李鸿章的意图，多次反扑胶莱河各处，8 月，突破东军王心安部防线。李鸿章别无他法，继续死守运河防线。可是，运河防线却一再被攻破。曾国藩对他这招儿失去了信心，劝李鸿章另想办法。可是，李鸿章却不为所动。他对曾国藩说，我相信，坚持到底一定会胜利。后来，捻军多次想过运河而不成，只好改去鲁南、苏北一带游击。刘铭传买通任化邦手下的一个小头目开枪射死了任，于是捻军大乱。最后，赖文光也英勇就义。
淮军成功地剿灭了东捻军，可是李鸿章和淮军将领并没有得到多大的赏赐。李鸿章只加授一等骑督尉世职，刘铭传只加授三等轻车督尉世职。显然，朝廷有意压制日益壮大的淮军。淮军内部开始怨声载道，刘铭传、郭松林、潘鼎新要求放三个月假回家，刘秉璋和李昭庆要求不再带兵改当文官。有时候，这些将领喝酒之后就找李鸿章吵架，尤其是刘铭传，大骂李鸿章无能，不能为部下讨取赏赐和利禄。在济宁的李鸿章每日被内部矛盾困扰，淮军面临着有史以来最大的危机。
此前，西捻军采用围魏救赵的策略攻打河北，希望解救东捻军的危急。他们冲破壶口河防，进入冀南，再经顺德、保定、易州，直逼北京附近的房山县。但是，他们还是晚来一步，这时的东捻军已经全军覆灭。然而，京师附近没有兵力，防务空虚。捻军北上，顿时让清廷上下一片惊骇。于是，朝廷连下五道诏令，要求李鸿章速来京城保驾。可是，淮军将领们谁也不肯带兵北上。李鸿章因为这次救援不利，受到处罚，被撤销刚刚加封的骑督尉世职，革去双眼花翎。一天晚上，李鸿章正冥思苦想难以入眠，忽然听见外面吵闹喧哗。原来一些淮军将领正在吵吵要带兵北上，拿下京师，造清廷的反。李鸿章听到这里，赶紧跑出来劝他们不能有这种造反的想法，可是没有人理会他。李鸿章十分苦恼，朝廷本来对自己不满，如果淮军再闹下去，真不知该如何收场。即将离营的刘秉璋悄悄对李鸿章说，现在大家都不听你的，你找潘鼎新想想办法。潘鼎新是个读书人，深明大义，又是您的学生，你如果做通了他的工作，其他人就好办了。刘秉璋又去找潘鼎新说，我们是多年的好朋友，你又是老师的学生，如果老师真的被你们闹的倒台了，对你们有什么好呢？你们还有什么前途可言呢？
第二天，李鸿章找到潘鼎新说，你知道我被处罚了吗？潘鼎新说知道了。李鸿章说，你不为我的前途担忧吗？潘鼎新说：这有什么好担忧的，只要以后再立功劳，朝廷还会给你加官进爵的。李鸿章说：那你就赶快带兵北上护驾，帮我将功补过吧！潘鼎新带着人马先走了，于是，其他的人也纷纷跟着北上了。只有刘铭传请了三个月的假回到家里。李鸿章费了一番周折终于将内部矛盾解决。接下来又面临着剿灭西捻军的任务。李鸿章依旧主张重视河防，可是自比“当今诸葛”的左宗棠，却一意主张全力追剿捻军，二人就此争执不下。李鸿章一直看不上左宗棠用兵，他写信给曾国藩说：这个当今的诸葛亮，总是跟着诸多将领后面寻贼。这时，朝廷派来恭亲王督阵，要求他们一个月内必须破贼。
一个月之后，张宗禹率捻军一路攻到天津南郊。李鸿章、左宗棠二人由于作战不力，都遭降职两级处罚。经过这次的教训，李鸿章和左宗棠终于达成一致的战略主张，即河防和追剿并重。可是，前方缺少力敌的主将。当时，刘铭传由于常年的骑马，得了一种病叫“跨马痈”，大腿上长了毒疮。经医治后，虽然病愈，但身体十分虚弱，加上没有得到应有的奖赏，心中总是不平，所以当其他将领都带兵北上的时候，只有他告病在家休息。曾国藩得知情况之后，派人前去慰问，并捎去一封信劝说他：你和李鸿章是人间难遇的知己，你应当早日奔赴前线，帮助他建立这个历史功勋，你自己也会名垂青史。刘铭传看完信后，大为震动，马上奔赴前线，率部杀敌。在剿捻结束之后，刘铭传被授予一等男爵，这正应了曾国藩的预见。
1868年 8 月 16 日，淮军把张宗禹围困在山西茌平县南镇，张宗禹带着亲兵 8 名（一说是18 名）来到徒骇河边，他脱下衣服，跳入水中。追来的刘铭传部士兵看见地上的衣服，轻信张宗禹的亲兵之言，认定他已经淹死。李鸿章上奏朝廷称张宗禹已死。左宗棠却认为，张宗禹生不见人，死不见尸，怀疑李鸿章撒谎向朝廷骗功，派人到处搜索。李鸿章知道后，特别气愤，觉得左宗棠此举是嫉妒，找茬儿。于是两人之间的矛盾进一步激化，从此做了一辈子的仇人。
有学者认为，张宗禹当时并没有死，很可能流落并隐居在沧州东北的一个小村庄里。不管张宗禹最后究竟是怎样，李鸿章、左宗棠等人是剿捻有功，不但被解除了处罚，还得到了奖赏。李鸿章被授予湖广总督、协办大学士，左宗棠仍做陕甘总督，两人都加了太子太保衔。但是，清廷却把两江总督这个特别重要的位置，授予了功劳和才能远远不如李鸿章的马新贻。李鸿章心里清楚，这是清廷有意压制自己，恐怕自己成为曾国藩之后的朝廷又一个新的“大敌”。至此，中国近代史上历时 18 年之久的太平天国和捻军起义终于结束。李鸿章用镇压人民起义的鲜血，染红了自己的顶戴，照亮了自己的前途。
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