1864 年 7 月 19 日湘军攻陷天京，标志着以太平天国为中心的农民运动开始退潮，清朝封建统治渡过难关而趋向稳定。南方的太平军余部、北方的捻军以及西北的少数民族起义虽然继续坚持数年之久，但已经无力扭转乾坤了。
经过农民运动风暴的扫荡，爱新觉罗氏皇权趋于衰落，曾国藩、左宗棠、李鸿章等汉族地主官僚崭露头角。汉族地主官僚建立的湘淮军取代了经制军八旗兵和绿营兵的地位，许许多多湘淮军将领一跃而成为督抚、提镇等地方军政大员，中央政府对武装力量和地方政权的控制大大削弱。以慈禧为首的清廷对曾、左、李等汉族地主官僚既不得不依靠之以支撑危局，又鳃鳃然限制其坐大以防范内轻外重之患。
在湘军攻陷天京之后，曾国藩与清廷的关系骤然紧张起来。清廷深切地感到自己统治的最大威胁并不是太平夭国余波，而是手握重兵、广揽利权的曾国藩。当时曾国藩总督两江，督办江、浙、皖、赣四省军务。他所创建的湘军已增至 30 万众，他直接指挥的湘军包括其嫡系曾国荃部在内亦多达 12万人。他还控制着皖、赣等省厘金和数省协饷。他因“用事太久，兵柄过重，利权过广，选者震惊，近者疑忌”。而权势远在曾氏之下的左宗棠、李鸿章等同清廷的矛盾则降到次要地位。清廷为了防止曾国藩的权势继续膨胀而同自己分庭抗礼，便采取了压抑曾国藩兄弟，扶植左、李等人与之抗衡的分而治之的策略。1864 年 11 月 6 日即在湘军攻陷天京尚不到 4 个月的时候，清廷突然命令曾国藩前往皖、鄂交界“督兵剿贼，务其迅速前进，勿少延缓”，而改派李鸿章署理江督事。曾的幕僚赵烈文为此发出“殊咄咄可怪”的惊呼，曾国藩本人也“意殊寥落”。虽然不及一月清廷就收回了成命，但此举却是明显的杨李抑曾。
长期浮沉宦海的曾国藩，鉴于“自古握兵柄而兼窃利权者无一不凶于国而害于家”的惨痛教训，认识到“远权避谤”的重要和追切性。他对曾国荃说：“处大位大权而兼享大名，自古曾有几人能善其末路者？总须设法将权位二字推让少许，减去几成，则晚节则渐渐可以收场耳。”裁湘留淮就是他“以退让二字保全晚节”的主要措施之一。他认为裁湘留淮既可消除清廷疑忌，又能借助淮军“以济湘勇之穷”，稳操兵权，从而保住自己在清朝统治集团中的地位。他致书李鸿章说：“惟湘勇强弩之末，锐气全消，力不足以制捻，将来戡定两淮，必须贵部淮勇任之。国藩早持此议，幸阁下为证成此言。兵端未息，自须培养朝气，涤除暮气。淮勇气方强盛，必不宜裁，而湘勇则宜多裁速裁。”李鸿章既窥见到清廷的用心，又看穿了曾国藩的真实意图，因而决定投双方之所好，坐收渔人之利。他深知在专制制度下“兵制尤关天下大计”，淮军兴衰关乎个人宦海浮沉。他致函曾国藩表示支持裁湘留淮的决策，说“吾师暨鸿章当与兵事相终始”，淮军“改隶别部，难收速效”，“惟师门若有征调，威信足以依恃，敬俟卓裁。”由于曾、李达成默契，所误战机，曾国藩曾宣言批评道：
目下淮勇各军既归敝处统辖，则阁下当一切付之不管， 凡向尊处私有请求，批令概由敝处核夺，则号令一而驱使较灵。……以后鄙人于淮军，除遣撤营头必须先商左右外，其余或进或止，或分或合，或保或参，或添勇，或休息假归， 皆敝处径自主持，如有不妥，请阁下密函见告。
经此波折，李鸿章虽然有所收敛，但并没有屈服。他在受到曾国藩批评后，致函潘鼎新说：“湘军将帅，藐视一切淮部。如后生小子亦思与先辈争雄，惟有决数死战稍张门户。”怨恨之情，溢于言表。
李鸿章在调兵的同时，还以后路筹饷自任。自 1865 年 6 月起至 1867 年1月止，督军剿捻的曾国藩实收饷银11069802两，报请核销总数则为11026452两，结余 43350 两。这笔巨款主要是由李鸿章负责在江苏筹集的。当时兵饷“根本在吴”，而厘金为其大宗。李鸿章认为苏省疮痍之后，农田荒废，钱漕多请蠲缓，“正项既不足以养兵，必须厘金济饷”。当时只有商业尚未减色，抽厘助饷，各省皆然，何况江海通衢，“利无钜于此者”。李鸿章依仗权势，横征暴敛，引起江苏士绅的强烈不满和严厉弹劾。1865 年 7 月江苏吴江人、内阁中书殷兆镛和江苏常熟人、给事中王宪成先后上书抨击李鸿章在江苏“霸术治民”，“恃功朘民”，“不闻德政，惟闻厚敛”，岁人厘捐达4000 万两，罪不容诛。清廷据奏谕今“李鸿章将不肖委员严加裁汰，厘卡仍以归并为主，俟军务肃清，再行次第裁撤”，并将江苏厘捐收支情况“造册报部覈销”。这可以说是李鸿章跻身封疆之后遇到的第一次政治危机，因而“怆惘”不已。曾国藩也忧心忡忡，致书规劝：“惟末世气象，丑正恶直，波澜撞激， 仍有寻隙报复之虑。苟非极有关系，如粪桶捐、四千万之类，断不能不动色相争，此外少有违言，即可置之不问。……总宜处处多留余地，以延无穷之祐。”但是，李鸿章却深知问题的严重性，决意不顾“合诟忍尤”的师训，以攻为守。他致函友人说：
自殷兆镛奏稿发钞，知者咸为不平，不知者藉以吓制， 而吴人或因此造谣抗闹，鄙人别无他计，做一日官，带一日兵，即办一日厘捐，与其病农，不如病商，况非真病也。如有旨离任督剿，必请责成后来者为办厘饷，否则必另拨有著之饷，否则弃军撤官可也。
李鸿章首先安定僚属，说“我辈所争在是非不在利害，在理不在势”，其咎与怨皆鸿章一人任之，惟赖诸公随时确查弊端，就近整顿，以匡不逮。随即复奏辩驳，指责王宪成“不识时务”，殷兆镛“意存倾陷”，声称“殷兆镛以苏属巨绅，为贵近之臣，不以国家大局为念，乃倡为浮议，肆口诋诬，上以眩惑朝廷之听，下以鼓动愚民之气，远近传播，使有藉口，以遂其背公藐法之私。臣因不能不寒心，以后官斯土者，更无所措手。”李鸿章所以敢于抗疏辩护，是因为他自信前此有功于清廷，并看准清廷有赖于自己筹划剿捻的调兵、集饷事宜。他抓住时机，全力反击，“聊表心迹， 以观上意之从违为进退耳。”清廷从维护自身统治的大局出发，对于李鸿章及其淮军，既想操纵之以为己用，又要抑制之以防不测，因而敷衍了此公案，虽然诏责殷、王等假公济私，要誉乡党， 但又以宏开言路为由，对殷、王等免于严谴。这种结局，李鸿章竟然以为“怨谤”“已蒙昭雪”，说诏旨“以厘卡断不可裁，殷王腾谤非是公明正大，令人感激涕零”。
李鸿章以江督身份驻节的南京，原为六代繁华的江南名城。湘军攻占南京后，秉承曾国荃意旨，对所谓“从贼者杀无赦”，“见人即杀，见屋即烧，子女玉帛，扫数悉于湘军”。曾国荃手下干将萧浮泗从天王府“取出金银不赀，即纵火烧屋以灭跡”，结果“十年壮丽天王府，化作荒庄野鸽飞。”移督两江的李鸿章交织着忧愤与悲伤之情供认：金陵一座空城，四围荒田，善后无从著手，节相（曾国藩）以萧[何]曹[参]清静治之。何贞翁过此云：谊竟废弃一切，另移督署于扬州。”虽似奇创，实则无屋无人无钱，管（仲）葛（诸葛亮）居此，亦当束手。沅翁（曾国荃）百战艰苦而得此地，乃至妇孺怨诅，当局固无如何，后贤难竟厥施，似须百年方冀复旧也。
面对这种“无屋无人无钱”的惨景和“妇孺怨诅”的局蛰，李鸿章采取了某些恢复生产和稳定封建统治秩序的措施。封建士大夫们把这些措施吹嘘成所谓“尊主庇民”的“惠政”。直至李鸿章死后，两江总督刘坤一还在《江宁奏建专祠疏》中进行赞誉。
李鸿章署理江督，虽然励精图治，但因地位不稳，时间较短，成效甚微。他受命刚满 5 个月，就突然奉命赴河洛防剿，兼顾山陕门户，以漕运总督吴棠署理两江总督，李宗羲、丁日昌递署漕督、苏抚。清廷此举，用心险恶。从军事上说，时值捻军主力从安徽转进河南，向西运动，而曾国藩则侧重东路，无力西顾，清廷拟调李鸿章督带号称洋枪精整为淮军之冠的杨鼎勋等部驰往河南、山西、陕西三省边境，“备回剿捻”，以防止捻军和西北回民义军联合抗清。从政治上说，“江督天下大缺，枢廷部臣衣食所击（系）”，岂能让曾、李久居？清廷阴谋一石二鸟：通过独立于湘淮集团的吴棠夺取李鸿章手中的两江地方实权，利用淮系李鸿章牵制湘系曾国藩，以防“内轻外重”。曾国藩、李鸿章看穿清廷用心，采取坚决抵制的态度。曾国藩接奉廷寄，认为“措置太骤，竟日为之不怡”。他未经与李鸿章协商，就上疏抗争，声言“目下贼势趋重东路”，清军“自当以全力专顾东路”，“谕旨饬李鸿章视师河洛，该处现无可剿之贼，淮勇亦别无可调之师”，“臣今所倚以办贼者，全赖淮勇诸军，供其指麾，李鸿章若果入洛，亦岂肯撤臣布置已定之兵，挟以西行，坐视山东、江苏之糜烂而不顾”。认为李宗羲“廉正有余，才略稍短，权领封圻，未免嫌其过骤”。丁日昌“虽称熟习夷务，而资格太浅，物望未浮”，难胜其职。李鸿章接奉廷寄，“反复筹思，似难尽妥”。他在《复方比部》中说：
此间叠奉批谕，督师河洛，自为秦晋门户起见，不知捻逆大股尽窜东徐，其张总愚一支留南阳者，尚非悍众，豫楚诸军当足制之。鄙人于西北形势生疏，而所部各军尽调归爵相四镇之内，冒昧前去，非特迁地弗良，岂忍夺爵相已成之局，诸将闻弟视师，必皆舍彼就此，一军两帅，牵制殊多， 况饷源全恃吴中，付托非人，转运接济终必匮乏，恐于前敌无甚裨助，而东南全局先自动摇。由此可见，李鸿章之所以拒绝视师河洛，是因为捻军主力业已挥师东指，同时担心“一军两帅，牵制殊多”，而且也害怕失去对协源重地两江实权的控制。他致函曾国藩，先后提出两种应付方略。11 月 2 日，即在接到清廷命令的第三天，他恳请曾国藩对于两江的人事安排“熟筹密陈”。他认为倘若自己视师河洛，吴棠必争江督一席，而吴棠“满腹牢骚，用人行政必多变局”。吴棠（字仲宣）是安徽盱眙（今属江苏）人，曾任南河、桃源、清河知县，署邳州知州，1861 年升江宁布政使，兼署漕运总督。他早年曾有德于贫穷未达的叶赫那拉氏家庭，因而慈禧垂帘听政后，“圣眷颇隆”。李鸿章虽然恭维吴棠为“天子知名淮海吏”，是自己的“金石至交”，但考虑到吴棠既是慈禧亲信，又被曾国藩贬为“殊愦愦”，因而从派系利益出发，反对吴棠署理江督。他借助别人之口，道出自己的心声，建议调李瀚章为苏抚兼通商，而以丁日昌为苏藩，或调李瀚章署江督，而仍以丁日昌兼苏抚通商。李瀚章是他的胞兄，丁日昌“洋务既熟”，又与淮军“息息相关”。在他看来，只有他们才能稳定东南大局。他劝告曾国藩在择人问题上，“不可一味隐忍，此尤关系至要者。”11 月 4 日他再次致函曾国藩，表示最好是维持现状，否则就彼此对调。所谓对调之说，是李宗裁提出的。李宗羲（字雨亭）深得曾国藩信赖，1858 年调充营务处，1865 年荐摆江宁布政使。他从湘系利益出发，提议曾、李对调。李鸿章对曾国藩说：
顷于雨亭专差递函，附呈钧察。师门回任，此间亦多此议。鸿章深以为然。惟前次叩送时，奉谕决不回任，故不敢拟议及之。若朝廷即照目前局面，勿急更调最好。而鸿章恐贻贪位避难之讥，必不得已仍照雨亭所拟，请以鸿章代吾师剿贼，如尊意肯俯徇众望，回驻金陵，则后路大局，满盘俱活，不致掣动，此必待请示而后敢行，伏乞明训。曾国藩既然早有“决不回任”的表示，至今就只好主张维持现状了。因而，李鸿章便于 11 月 25 日复奏，婉转要挟清廷，说视师河洛，有“兵难远分，饷难专恃，军火难常接济三端”。清廷鉴于曾、李的这种态度，不敢强制，只得下谕：“该大臣等均能详察缕陈，使朝廷洞悉此中利害，实为有见，现在贼势趋重禹城，张树珊等攻剿正急，而南阳仅止张总愚一股，自不必再为更张”。
但是，这场政治风波平息刚满一年，曾国藩就因被捻军打得狼狈不堪，而愧惧交加，称病请求开缺。清廷深知只有换马，才能消灭捻军，因而于 1866年 12 月 7 日命曾国藩仍回两江总督本任，授李鸿章为钦差大臣，专办“剿捻”事宜。李鸿章对母亲说：“曾夫子自谓剿捻无功，精力太衰，不能当此大任，屡请罢斥，当蒙圣上照准，命曾夫子回两江总督任，授男钦差大臣，专办剿捻事宜。”翌年 2 月 15 日清廷任命李鸿章为湖广总督，仍在军营督办剿捻事宜，调湖南巡抚李瀚章为江苏巡抚，命署理湖广总督，以李鸿章的僚属郭柏荫、丁日昌分别署理江苏巡抚和出任江苏布政使，又以曾国藩的至友刘崐为湖南巡抚。这种人事安排，目的在于安抚湘淮两系，使三江、两湖连为一体，便于筹措剿捻军饷和稳定后方基地的政治军事局面。著名学者俞樾致函李鸿章表示祝贺：“历观载籍，无此遭逢，洵竹帛之美谈，衣冠之盛事。”而这也正是李鸿章努力筹谋的战略大计。他早就指出，欲图中原，东路以江苏为根本，西路以湘鄂为根本，“庶可大可久之计。”现在由于三江、两湖的地方实权落入湘淮之手，李鸿章终于如愿以偿了。
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