意密，是东密与藏密身、口、意“三密”之一，同时也是密宗“三密”中最主要的一环。因为身体的内密与音声的妙密，都凭借意念（意识）而发挥作用。在佛学显教的经论中，无论大小乘任何宗派的修法，都以清静其意，空了意念（意识）的妄想为主旨。唯有密宗的修持方法，独以运用“意念”的观想，作为“即身成佛”的方法，它的确与各个宗派与大小乘的理论，迥然不同，此中奥妙也当然自有它密意的存在，实在需要深入寻探。
人类之所以自称为万物之灵的主要原因，就是人类具有思想和情感的关系。人与动物的分野，也由此而别。情多想少，智力便低。情少想多，智力就高。思想愈高者，由于智力的升华而进入超人境界。情欲浓重者，由于智力的减退而堕落到动物的意识状态。思想和情欲，虽然话分两头，作用也不一样，但是它都凭借“意识”的功能，而发挥它的应用与效果。无论在大小乘佛学的范围，或是通俗世间的一切学识，对于知觉和感觉的关系，叫它是“心”、是“性”，或认为它是“心理”的作用等等，如果把它归纳起来，也可以强调地说，都是“意识”作用同质的异名而已。
在人类的文化中，不论东方或西方，许多宗教和哲学，只要重视实际的修炼方法，都是依靠人类天赋本能的“意识”思想去做功夫，这是一致不易的原则，也是东西共通的事实。即如佛教大小乘各宗的修法，虽以达到“有余涅槃”或“无余涅槃”为目的，但都是以“自净其意，是诸佛教”作为守则，这是毫无疑问的。小乘道果的“偏空”，和大乘佛果的其空亦空而至于“毕竟空”的原理，其所谓“空”的境界，基本上也就是利用自己心意识的作用而使意识升华，犹如以楔子锲入无比空灵的领域，不依身、不依物，而住于不同凡俗的境界，然后勉强说明它的状况，叫它是“空”而已。因此，可知大小乘佛学和佛法所谓的“空”，也只是抽象地指出另一现象的不同观念。如果从密宗和唯识学的理论来说，无论是有境界的“空”（有余依的空），或是境界亦无的“空”（无余依的空），它都是一个真实不虚的大“有”。所谓“空”，只是意识达到平静的现象。所谓“不空”，便是意识平静的实体本来如是而已。
其次，大小乘佛学最大最高的课题，便是对于形而上本际的究竟，即“空”和“有”的认识，并不如一般哲学所探讨本际是“心”是“物”的争论。自释迦灭度以后，由印度佛学的“结集”开始，以至小乘佛学发生分宗分派之争，后期佛学转入大小乘之争以后，曼衍流变，便有“般若”的“毕竟空”与“唯识”的“胜义有”之辩。由此传入中国的西藏之后，仍然还有“般若”的“空观”，与“唯识”的“胜义有”孰先孰后之争的存在。其中关于中国佛学的科判佛说经典的先后次序，姑且不论。例如有关密宗修法与佛学理论的依据来讲，无论东密与藏密，大体上都认为“唯识”的“胜义有”，才是释迦最后所出的究竟定论。换言之，佛说“般若”的“空观”，还只是一时之方便。由“真空”而再证“妙有”，才是最后的究竟。至于空非真实，有非实有，即空即有与非空非有等，双边对等互破而建立“中观”的理论，那都是净化对本际知见的理念问题，在此也暂且不谈。但因此可知密宗修法的理论依据，实以唯识学的体系作为基础，和达摩禅有同出而异名，目标一致而方法运用各别的微妙关系。
总之，大小乘的佛学，大体上，都以净化意念（意识）入手，最后达到无得无依归。因此必须空了心念，舍妄归真。而密宗的知见，依据“唯识”的“识变”理论，认为“空”与“有”的境界，也都是“唯识”的净与污的变化现象，而此心、意、识的究竟体相，“有”即是“幻”，“空”亦非“真”，而且即此意念，也便是心识的本体实际的妙密功能，所以只要直接去“转识成智”，便可“超凡入圣”，甚至便可“即身成佛”了。老实说，不但密宗理论的基本依据是如此，即如中国佛教所创立的净土宗之基本依据，也并不外于此例。
如果我们推开佛学的理论，但从现在通常易懂的方法来说明，首先便须了解我们这个现有的心、意、识的状况，也可以说先要明了这个“心波”的现状。便如一、二两图的表示。图一显示通常人心意识活动的状态。图二则为修习佛法人观察心意识波动的状态（A虚线表示“心体”，B波线表示“意念”，C波线中音的凹点表示“意静心空”）。
了解了这两图以后，便可知中国佛学，综合大小乘与显教、密教的理论，认为“全波是水”，“全水即波”的简要原理了。由此原理的推衍，便可知道密宗运用意念（意识）作观想的修法，与禅定“心一境性”修法的原则，以及般若空观的作用，完全不二。显教是以“波平境净”为教理的究竟；密宗是以“净化心波”为教理的极果。如果独以“波平境净”为究竟，偏之毫厘，便成一潭死水，再不能繁兴大用，而建立升华生生不已的功用。如果只认为“净化心波”，无妨起用为究竟，倘有丝毫偏差，习染于有，也会致于“动则易乱”之迷。因此藏密修法的系统，便有不同于东密之处，以“生起次第”与“圆满次第”作为密法的旨归。“生起次第”，以净化意念而繁兴幻有的大用。“圆满次第”，以止息心波为归真返噗的究竟。其实，这与天台的三种止观，“空、假、中”的修法次序，也只有是名异实同，理论的着眼点与修法入手的起点略有差别而已。归根究底，毕竟无异也。
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