无论东密与藏密所标榜的历史渊源如何久远，但它的佛学和修法理论的完整体系，虽自释迦过后八九百年间无著、世亲两兄弟完成“唯识”法相学后，为密宗的修法，建立了一套完整精详的理论，但根据“唯识”与“般若中观”的精义而确立密宗“即身成佛”的奥义，在藏密的发展系统中，由初唐开始一直到明代，从阿底峡尊者著《菩提道炬论》，再到宗喀巴大师著《菩提道次第论》止，才是正式的完成。其次，由初唐到元明之间，如红教的“大圆满”，花教的“大圆胜慧”，白教的“大手印”等等修法，虽然也本于“唯识”与“般若”的见地，但与其说是“中观“的修法，毋宁说是禅宗心法的同源异派，较为适当。再其次，东密修法的理论，唯未完全采用“唯识”的大系，但其主要重心，实不离于“唯识”的“胜义有”观。有关这些学理依据的理由，牵涉太广，暂且不谈。
东密最基本的大经，便是《大日经》、《金刚顶经》。《大日经》以“毗卢遮那佛”为密教的本尊，也别称为“大日如来”。他是法界独一无二的一尊，借用哲学的术语来说，他便是超越于宇宙独一无二的本体。用佛学的名词，他便是“法身佛”。他与自性成为眷属，也等于说，宇宙万有，都是他自性本能的附属品，他在秘密性的金刚界的心殿之中，永恒不断地自受所有的法乐。《大日经》所说的道理和境界，便是他说出自身所证到的圣智境界。
透过《大日经》所说的这些基本原理，我们便可知道人类本自具备超越于宇宙万有的自性本能，根本上，便自具有无比的纯真、至善、至美的万有功能。它便是法界宇宙万有和人类本性自我的主宰。除此以外，再无其他另有的第一个因，更不是人类所奉献给他的成果。它便是由小我归还到本有的大我，而且无所谓有你、我、他的分别之真我。那么，他与显教、密宗互相共同的《华严经》上所说的“毗卢遮那佛”的原理完全一致。同时，也和唯识学所标榜的人性与众生共有同体的“阿赖耶”藏识的正反面，本自具有“真如”性体的理论和原则，完全相契。而且《华严经》由龙树大士所出，《大日经》也由龙树（又说为是龙猛）所出。《华严》为唯识学的基本要典，同时也通为密宗的大经。由此而知，后期佛学之有密教，它与龙树菩萨关系的来龙去脉，就不难探索可知。
但是，一般显教的佛学，无论大乘和小乘的理论和修法，都说由一个普通平凡的凡夫，要修证到成佛成圣的阶段，实在非常之难。在小乘的佛学中，认为至少要死后重生人生，连续修持好几生才能证果。到了大乘佛学的唯识法相宗，认为由凡夫到成佛之路，必须要经过三大劫。等于说，要经过无数次的世界成坏，才有成就的可能。一般人在开始学佛学道时，总带有多多少少，或潜在而不自知的功利观念，对于多生累劫修持成佛的说法，和遥远而不能把握的道德升华和善行的结果，不是望而却步，就是多数半途而废。极难至诚修学，遭遇曲折困难而永无退志。只有禅宗，标榜出“明心见性，顿悟成佛”，比较富于吸引力，会使一般人生起追求的渴望。除此之外，密宗“即身成佛”的号召，则更能引人入胜。
此外，在佛学的修法中，无论显教的任何一宗，乃至禅宗，除了采用禅定的静虑——止观等方法，作为修持的凭借以外，其余的学理，大体上都是智慧思维所得的成果。而且汪洋倘恍，难穷边际，使一般浅智的人，感觉到难以凭借，更无绝对的把握。而在密宗呢？提出有“三密”的加持功德，使人容易得到“即身成佛”的效果。而且花样百出，可使修学密宗的人，昼夜忙着“有为”而求达“无为”涅槃的成果。这是人们多么喜欢的事，也可以说，它是经济价值高而成本较为低廉的成佛捷径。所以释迦牟尼遗言中提到，后代末世的时期，大乘佛学的智慧成就之学，一一衰落，唯独密宗与具有宗教性信仰的净土宗，才能流布不息。以此证之于现代的趋势和事实，却甚为相似。
密宗所谓的“三密”，就是身、口、意的三重内涵的秘密。所谓身密，归纳起来，应有两种意义：（1）人体本有的奥秘，它与天地宇宙的功能，本来便具有互相沟通的作用，只是人们没有通过大智慧的理解，没有经过合理方法的修持，所以永远没有发挥伟大的作用。（2）密宗认为有各种传统渊源于远古的方法，加持到修学密法的人身上，便可使他有事半功倍的效果，可以迅速地与神人互通，天人一体，进而至于成佛成圣。
但是，从东密与藏密的范围来讲，关于身密的道理和修法，却各有不同的基础。以东密来讲，透过人体两手十个指头，配上心理想象的意念，契合某一修法，便互相结成各个不同的“手印”（中国的道教，叫作捻诀），便可产生加持修学密法者的效力。因此，对于人体十指具有无比潜能的奥秘，实在有值得研究的必要。而以藏密来讲，认为除了“手印”的威力以外，关于人身气（气机）脉（内腺）的作用，便本自具有“即身成佛”与天人互通的奥秘，几乎与中国道家的气脉之说，可以互相辉映，益增光华。（有关密宗“手印”的部分图）
轻轨之中手指密号多矣。今且出行记中所用示之。谓两手名二羽，亦名满月。两臂亦称两翼。又十指名十度，亦名十轮十峰。右手名般若。亦名观、慧、智等。左手名三昧。亦名止、定、福等。
十度号。从左小指起以次数之上，即檀戒忍进禅。从右小指起以次数上，即慧方顾力智。五轮密号亦然。从左右小指起次第向上数之，即地水火风空也。如图须知。
看了这些密宗的“手印”，浅见者流，也许就会轻易地认为它是“玩魔术”，或者等同儿戏地变戏法。其实，这是“人体光学”和“人体电学”的奥秘。需要将来科学再发展的配合，或许可以慢慢了解它的内容。现在还没有时间详说，而且也非片言可尽，暂且留待以后专论。
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