宋教仁是奉袁的电召于3月20日晚，从上海北站乘夜车去北京的。很多人认为宋氏此行可能是入阁拜相呢，所以送行者甚众。这时孙中山正率大批国民党随员，如戴季陶等，东渡作访日之行。中山访日的目的是考察铁路。可能也是志在吸引日资来中国筑路。袁氏固知中山非筑路之人也。而此时国民党选战新胜，中山的信徒和从龙之士都相当骄纵，他们四处活动，孙大总统卷土重来之声浪也不绝于耳。南北再度分裂的谣言更是传遍全国。如今孙公重访日本，大唱其大东亚和中日联合的高调，而远在甲午战争之前，袁在朝鲜做小钦差时与日本便有杀身之仇。现在孙公要引进日资来中国筑路，同时因为俄国正在蒙古搞分裂活动，要蒙古脱离中国而独立，袁政府无如之何。中山乃密电袁世凯，建议联日抗俄。中山本人在日亦正为此而活动频繁，日本固求之不得，而袁为之惴惴不安，就不难理解了。在此关口，赵秉钧是否乘机进谗，外人固无由知晓，然赵于此时正在暗中积极布置杀宋，则史料似甚明也。所以宋在上海起程时，车上汽笛方鸣，他和黄兴、陈其美、廖仲恺、于右任等诸多送行者方施施然走向月台入口处时，不意一个刺客忽然在背后出现，向宋腰际开了一枪，击中要害。宋应声倒地，车站上一时秩序大乱，刺客乃乘机逃去，无影无踪。
在20世纪初年，中国正处在转型运动的早期一转百转的时候，袁、赵诸人搞后来所谓的特务工作，也还不够现代化。他们还是用买凶杀人的老勾当。这个凶手武士英原名吴福铭，只是个失业军人，并非行动机警的职业杀手。由于在上海滩流浪，乃被赵秉钧派在上海的特工应桂馨（本名应夔丞）临时收买，来对宋行刺。武士英既非职业杀手，所以未受过专业训练，他在穷困不堪时，曾向同住在鹿鸣旅馆（一作六野旅舍）的两个学生借钱，并夸口杀人还钱。他自己甚至不知所杀为何人。迨宋案发生了，这两位学生阅报告密，陈其美等乃报请租界巡捕房，往六野旅舍搜查武士英不获，却发现了应桂馨的名片，从而逮捕了应桂馨，并抄出大批原始文件，才暴露了应夔丞之背后指使人和经费来源实出自北京的国务院内务部的一位秘书洪述祖。抄获文件显示，洪又受命于国务总理赵秉钧，而在行刺之前，洪自夸曾报告"极峰"袁总统，总统甚表欣慰云云。
不过这些抄获文件，多系密电隐语，并且几乎是洪、应两人之间的片面之词，确实内容如何，亦可作不同解读。再者，另据原对袁党甚为不满的京师警察总监王治馨告诉张继说："洪述祖南行之先，见总统（按：指袁世凯）一次，说现在国事艰难，总统种种为难，不过二三人反对所致，如能设法剪除，岂不甚好。"袁笑曰："一面捣乱尚不了，况两面捣乱乎？"话止如此。宋遯初被难后，洪自南来，又见总统一次。总统问及遯初究系何人加害。洪曰："这还是我们的人，替总统出力者。"袁有不豫色。洪见袁颜色不对，出总统府，即到内务部告假，赴天津养病（见《国父年谱》，第459页，引《张溥泉先生回忆录、日记》）。
此事如发生在当年美、英等国家，两造律师在法庭上的辩论，就要旷日持久，然后听取法官裁决，不服亦可上诉，官司打到终审法庭为止。不幸这是民国初年的中国啊！国民党人愤激之下，就一口咬定是老袁干的了。黄兴于4月13日所撰的挽宋联说得最明白。黄说：
前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年又杀宋教仁；
你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯。
黄兴虽如是说，但他还是主张用法律解决。可是孙中山于3月25日从日本赶回上海时，一怒之下就立刻主张兴兵讨袁了。中山是个现代政治家，尚且如此轻视法治，袁氏是个落后的老官僚，不动声色地调兵遣将，来个兵来将挡，那就更顺理成章了。在转型初期，虽至圣大贤的孙、黄二公尚且不能免藐视法律之言行，自郐以下，就无待多言了。
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