陈果夫养女陈泽宝是任职于导淮委员会的沈百先的儿媳妇。因为有这层关系，沈百先经常向陈果夫叙说一些与导淮有关的事情。由于陈果夫和蒋介石关系特殊，有时沈百先有些事情，就请他代为转呈。陈果夫在转呈报告时，常要和蒋介石谈及有关导淮的工程情况，谈话中，既表现出他对导淮工程的热心，同时，也显露出他对水利工程的熟悉和研究有素。
有一次，陈果夫在代沈百先转呈报告后，还向蒋介石提出了一些有关导淮方面的建议，蒋介石听了，一时没有回答，他沉吟半响，突然说：“你去帮我办这件事，好不好？”
陈果夫吃了一惊。
他平时虽说对导淮工程十分关注，但从来也没有想到自己去指挥这一重大工程，他实在没有思想准备，便说：
“我是外行。”他想以此作为推词。他说的也是实话，他毕竟是搞政治的，过去在学校也从来没学过工程技术。
但蒋介石坚持说：“你知道注意这件事，而且所建议的并不是外行话，所以这件事，就是你去办吧！”
陈果夫深知蒋介石的脾气，他坚持的主张是难于改变的，也就不好再拒绝了。
于是，1932年7月，陈果夫被任命为国民政府导淮委员会副委员长。导淮委员会委员长由蒋介石自兼，副委员长本是蒋介石的盟兄黄郭主持工作。但导淮委员会徒具机构，既无权力，又无资金，所以黄邦一直未到职，于是设了代理副委员长。
陈果夫这时早已卸去国民党中央组织部长一职，而所任的监察院副院长又是一个闲差，所以接任导淮委员会代理副委员长后，立即着手研究工程动工、筹款及如何配合等事宜。
淮河发源于河南桐柏山，向东流经安徽、江苏两省，原是一条独流入海的河流，但从1128年后，黄河多次决口，夺淮入海，其所挟带大量泥沙，淤高了淮河河床，使中游河槽变成半地上河，下游人海出路被淤塞，整个水系被打乱，每遇汛期，不能畅通泄水，以致破堤决口，泛滥成灾，千里淮河两岸，“大雨大灾，小雨小灾，无雨旱灾，成为洪、涝、旱灾俱全的重灾区，“数千百万之全淮民众，无日不沦于饥馑，无刻不泣对洪波，此淮之导，所以不容稍缓也。”
1928年，南京国民政府决定治理淮河，在建设委员会下设立了整理导淮图案委员会，该委员会成立后，主要任务是搜罗关于导淮计划、图表及各方面的建议，并进行整理、分类，并印成《导淮图案报告》一书，为导淮工程作准备，经过近一年的努力，整理导淮图案委员会顺利完成了任务。1929年1月，国民党中央正式成立导淮委员会，蒋介石为了表示他对导淮工程的重视，亲自担任委员长，具体工作由副委员长负责，特派委员20人，并聘请德国汉诺威工程大学方修斯教授为顾问工程师，同时广泛征集专门人才，进行导淮的前期准备工作。
从1929年到1931年，导淮委员会集中了全国一些优秀的水利工程技术人员，对淮河入江入海各路线进行了实地勘查、测量，广泛调查，搜集各方面资料，进行反复论证、研究，并根据研究成果，拟定了整个导淮工程的总体计划，呈奉国民政府核准后再予实施。
导淮工程计划确定了江海分疏原则，即整治淮河入江入海的水道，使之便于航运、防洪、发电等，据概算，整个工程需经费2亿元，由于蒋介石正和各军阀混战，军费开支都十分困难，哪来如此巨款去搞导淮工程呢？所以在此期间，导淮工程始终是纸上谈兵，不能付诸实际。
陈果夫上任不久，就发现按照中国历史上治水的惯例，都是治水必先治下游这一做法的弊病。原来，淮河下游都是不毛之地，治淮先治下游，等于是在淮河下游开了一个大塘，与上游的水接不起来。
1932年10月，国民政府公布《修正导淮委员会组织法》，赋予导淮委员会在淮河流域对公私土地清丈、登记、使用、整理等处理大权。
陈果夫鉴于工程浩大，费用过巨，筹款不易，便决定先借用庚款，到时还本付息及自筹资金等办法，并采取分期施工的形式。
为此，陈果夫与水利专家一起制定了两年施工及整理土地的第一期工程方案，即建造三河活动坝、邵伯船闸、淮阴船闸等一系列船闸，进行三河坝上下切滩，对淮阴闸上下、张福河上下进行疏浚整理，使淮河人江水道得以整治，然后再进行导淮人海的工程，计划工程费用1380万元。
工程计划经国民政府通过后，陈果夫便急忙筹钱。他亲自到中英庚款会要钱，并派专人进行催促，使庚款会不得不立即开会研究。
陈果夫得到钱后，便将这笔款项用于张福河道疏浚工程中。通过一个夏季的奋战，终于很好地完成了这项工程。
在按期完成张福河第一期疏浚工程任务后，陈果夫请中英庚款会的董事们去参观，并趁机提出了治淮第二期工程方案，即邵伯、淮阴、刘老涧三大船闸的改造，预算达217万元。由于第一期工程完成效果比较好，所以第二期工程的批准也很顺利。
当三大船闸工程完成一半的时候，陈果夫如法炮制，像上次一样，邀马歇尔等庚款会董事们前往参观，待他们参观后，兴致很高的时候，又和他们订立了另一工程费用的合约。这笔费用下达后，陈果夫即开始了杨庄、周门、刘老问三大活动坝及高邮湖通运河间的小船闸等的修建。
导淮人海工程本来是要等导淮人江工程完成后，再根据资金筹备情况选择适当时候进行，但陈果夫认为这样太慢了，不能让导淮工程尽快完成而发挥它的作用。根据江苏省的经济状况，完全可以承担这一工程，他还提出了发行公债以筹集资金的办法。
鉴于当时的国家财政困难，导淮经费必须设法自筹，导淮委员会想在土地上打主意，所以在导淮委员会内增设土地处。又因导淮委员会委员分散四处，不容易开会，又未便设常务委员，而开会时所讨论的要案，无非关于财务方面的事，所以又添设一个财务委员会，关于借款等案，都在此会内讨论。这样，则导淮委员会委员会议，每年只要开一二次，报告工程进行及商讨大计，便已足够。土地处成立后，所得废黄河滩地所有权及其临近旧时屯田之所有权与整理权，乃先以会里节余下来的2万元经费，整理了几万亩公地，以整理后公地应收之租金作抵，向银行抵押了12万元；再整理后公地应收之租金作抵，向银行抵押了12万元；再整理实应湖滩地20万亩，然后再以此整理之地，向银行抵押200万元。当时有四家银行争着要放这笔借款，可见导淮会信用之好。后来只得由四家银行合放，就把这笔款子作航空测量高宝湖之用。测量刚刚开始，“八一三”战事起，只好停顿。原来的计划，想等高宝湖测量完竣后，把预计导淮人江工程完成后，高宝湖可能涸出的一百几十万亩土地作抵，向金融界筹款4000万元，作为办理人江工程的经费，其初步计划，已得上海若干金融界的同意，拟以将来涸出之土地作抵，发行公债4000万元，由金融界承销。这虽是一个理想，但战事如果不发生，理想一定可以实现，所谓有土则有财。预计人海水道完成后，可以多出一百几十万亩良田，增加了生产，安定了民生，既可免水旱之灾，又可强国家的富力，可惜这种事业，停顿了13年之久了。昔夏禹治水亦不过13年。
导淮人海工程于1934年11月1日举行破土典礼，至1937年4月间始告完成，命名为“中山河”。河长167公里，底宽35公尺，两堤相距有250公尺，只是土方工程即在6200万公方以上。人工以征工居多，利用每年1月至5月，11月至12月的农闲时间来做，有时亦用些雇工、兵工。征工最多时达24万人。沿线专员、县长，区、乡、保甲长，一齐动员，所用的工具，老的如牛车、独轮车、挑箕、人力漏水车等等，新的如汽车、皮带运土机、抽水机等等，应有尽有。关于民工吃的、住的、医药、娱乐等等，亦妥为供应，色色俱全。场面之大，实数十年来所未有。
导淮工程，部分由江苏省府承担，均先后完成。导淮委员会方面，在抗战前已完成及未完成的工程由导淮会办理的是：（一）疏浚张福河，以排淮洪而利航运与灌溉。计疏浚河道37公里，河底宽32公尺，岸坡一比二。于1933年1月开工，同年6月竣工。（二）兴建邵伯船闸，以利运河航运。闸室净宽10公尺，净长100公尺，上下游最大水位差7．7公尺半，为双扇对开式钢门。于1933年3月开工，1935年6月完成。（三）兴建淮阴船闸，以利运河航运，结构布置同邵伯船闸，上下游最大水位差9．2公尺。（四）修堵运河西堤，以利运河航运及湖滨滩地之灌溉。其工程为堵闭缺口，修理涵洞。于1934年11月开工，翌年7月竣工。（五）兴建高邮船闸，以通湖航运。闸室将宽10公尺，净长20公尺，出人口净宽5．8公尺，为单扇钢门。于1935年6月开工，翌年4月完成。（六）兴建杨庄活动坝，以控排洪人海水量，坝门采用史东奈式钢制，暂建五孔，各净宽10公尺。最大泻洪量每秒750立方公尺。于1935年12月开工，1937年6月完成。（七）安丰塘灌溉区工程，以利灌溉。其工程为浚河筑堤建闸，于1936年4月开工，至翌年12月因抗战停工。（八）改建惠济问，以节制溜溉水量。其工程为改建史东奈式牌门宽6．2公尺，钢筋混凝土闸墙条石护面，泻洪量每秒90立方公尺。于1936年5月开工，翌年6月完成。（九）兴建三河活动坝，以节制排洪人江水量。其工程为史东奈式牌门60孔，各净宽10公尺。完成以后，可独步远东。于1936年8月开工，翌年间月底基本已完成98％，因战事停工。运到工地钢料等，损失殆尽。（十）兴建周门活动坝，以节制灌溉水位及水量，共结构与杨庄活动坝同。于1937年1月开工，门月底坝基工程大致完成，因战事停工。运到工地钢料等，损失殆尽。（十一）兴建刘老涧泻水坝，以控制中运河泻洪水量。坝凡七孔，结构与杨庄活动坝略同。于1937年1月开工，同年匚月完成基及引河工程后，因战事停工。运到工地钢料等，损失殆尽（十二）兴建中运河涵洞，以接济刘老涧船闸下游灌溉、航运水量。其工程为建筑双孔混凝土涵洞一座，每孔2公尺见方。于1937年3月开工，同年u月，因战事停工。（十三）开挖六闸以下的运河浅段，以利运河航运。用挖泥机船两艘开挖，于1937年3月开工，同年6月因机船他调，未能完工。（十四）建筑皖淮涵洞以泄洪、泻潮、灌溉农田。基本工程为添建涵洞门座，其中7座于1937年5月筹划开工，于翌年1月因战事停工。（十五）疏浚皖准浅段，以利航运。其工程为浚谍正阳关附近淮河浅段，冀与津浦铁路联运，以利运输。于1937年10开工，后以战事停工。
陈果夫于1927年建议中央组设太湖流域水利工程处，负责规划及实施太湖流域上下游水利工程。陈果夫自兼主苏政后，即遵循当时的中央指示，督道苏省建设厅会同浙江省政府分别测勘、设计与实施，举办各项水利工程。在防洪与泻潮方面，有江南海塘之修建及通江各河口闸门之兴建；在灌溉与航运方面，有各运河干支各渠之疏流。各项工程如下：
（一）江南海塘工程：江南海塘南自苏、浙交界的金山起，北经江苏之松江、奉贤、南汇、川沙、上海、宝山、太仓至常熟之福山港口止，全长有300余公里，是江苏省江南十余县市防备江海涨潮唯一之屏障。奉贤、川沙、南汇三县境内塘外沙滩广阔，浪潮较为缓和，均系土塘，向由地方自行修护。上海由沪市政府修护。松江在钱塘江口北岸，宝山、太仓、常熟三县境滨临扬子江南岸，所有塘堤受海潮冲击甚烈，向由中央拨款修筑石塘，后改由省方负责。民国20年以前，省府款绌，岁修难于普遍。民国22年又遭两次猛潮，各处塘堤百孔千疮，发发可危，没有疏防，被海潮侵人，则向称江南富庶之区，即变为不毛之地。陈果夫督导建设厅择要修建，如大石塘之显露者，酌量复以混凝土，以防海水侵人石缝，钢筋混凝土岸墙之外倾者，加建支墙，以防堤毁，石坡木材之零乱缺少者，施以整理填补。其已毁至不可收拾者，则彻底改建。所建工程为三土三石，或三土四石，其间塘外塌削日剧之处，则建档水坝以防护之。各段修建工程长共有16000余公尺。
（二）江南各运河之整治：（甲）镇锡运河为大运河在苏南境内之一段，在丹阳有练路，为该运河段蓄泻水库。依照大运河讨论会初步研究，及测勘该河湖段现状，似通行长约60公尺，宽约7公尺，及吃水深2公尺之船舶，载重600吨，两列行驶为度。其工程为河槽之拓宽浚深，上方有三五十万余方，培修练湖围堤土方约有400万余方。（乙）丹金漕河及运河。均为江南大运河之主要支渠，横贯太湖流域下游，前者与运河段互相吐纳江湖，后来上承句容、高淳境内诸水，经由该河人太湖为尾阎，不惟为金丹各县水运交通之主干，且为承转江潮及山水来湖之干渠。其工程为河槽之拓宽浚深，土方共为173万余公方。（丙）黄田港及澄锡运河：黄田港在江阴县境，北注扬子江，南达无锡，为江与湖间南北水运交通之要道，潮涨则倒灌入运，以利航灌，其间港叉纷列，又为锡武运河之尾阎，其工程为河槽之拓宽浚深，用机船开挖部分有95000立方，人工开挖部分有69万余立方。
（三）赤山湖河流域：赤山湖是秦淮河域的上游，不在太湖流域范围，而与其接壤，泽被苏省西南部各县区。赤山湖诸水联络句容、傈水县境各水系，经流江宁县境人南京市的秦淮河以注于长江。因赤山湖被围堵，河床淤垫，又以提防卑博，旧有闸塌失修，因之淫雨为患，有时旱为害。陈果夫督劝建设厅在赤山湖口修建闸坝，以排节洪流；培修湖河堤防，以障洪水；疏浚干支各河，以利灌溉，共出土290余立方。
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