民国2年11月4日，袁遂借二次革命为名，下令解散国民党，并将国民党议员资格剥夺，追缴证书、会章，被追缴者共438人。
为解散国民党，前后共发了三道命令。
当袁下令解散国民党之前，进步党首领梁启超听到袁已决心这么做了，乃匆匆忙忙地跑到总统府，希望袁顾全大局，勿走向不可收拾的路上。他到总统府门口，侍卫阻挡他入内，告诉他说：“总统正在讨论要紧的公事，请总长（梁是司法部总长）明天来吧！”梁发急说：“我正是有要紧的公事要和总统商量，我在这里等一会吧！”梁等了好大半天，侍卫才向他说：“总统有请。”梁见到袁后，说了一大篇道理，劝袁勿下命令解散国民党，袁微笑而有耐心地听他陈说，最后，袁淡淡地说：“晚了！命令已经发出了！”
就在命令发布的同时，袁以迅雷不及掩耳的手段，出动了300多人包围外彰仪门大街的国民党北京支部，第二天又包围了参众两院，甚至半夜跑到国民党议员的家里，缴获了国民党议员的证书、徽章共300多件。
国民党遭遇到严重而非法的迫害，进步党虽然反对国民党，可是，兔死狐悲，也很寒心。梁启超既然向袁当面要求没有结果，他乃作第二步努力，就是在国务院秘密会议上讨论这个问题时，表示激烈的反对。他认为袁的解散国民党命令未经国务会议通过，主张内阁全体辞职，以表示对袁的抗议。他的这个提议，大家都默不作声，面面相觑，坐在主席位子上的熊希龄也是面部毫无表情，不置可否，因此这个提议只好不了了之。
进步党的另一个领袖，众议院议长汤化龙对解散国民党也表示极大的愤慨，尤其对于取消国民党籍的国会议员，认为更是罪大恶极。他表示：议员资格应由国会本身来解决，总统出动军警来干涉是不合法的，如果政府认为某些议员有附乱嫌疑，则应提出确实证据，请国会依法处理。因此，他对议院秘书处下达指示，以后议会开会的通知书，仍照以前一样投送，不管他是任何党派的议员。同时，他还跑到总统府向袁直接交涉，请发还“未附乱”议员的证书和徽章，以免国会流会。据说袁总统对这位汤议长很不客气，只是冷冷地向他瞟了一眼，一句话也不说，汤化龙只落得个下不了台。进步党最后作更大的努力，他们请名义上是进步党领袖的黎元洪打电报给袁，希求挽救这个破裂的局势，可是袁也一样不理不睬。
11月14日袁的第三道解散国民党命令中，勒令所有已追缴证书和徽章的议员们，如果要离开北京，需要觅五人以上的连环保，担保离京后不作任何反对袁政府的言论和行动。
参议院继众议院之后，于12月3日，质问政府以命令取消议员资格，致两院不足法定人数，不能开会。兹节抄如下：
“……前月初四日政府忽有追缴议员证书徽章之命令，并以暴力禁阻议员到院，其数多至四百余人。今下之日，举国惶骇，人心骚动。两院因不足法定人数，至今一月，不得开会，此事于民国国体、政体有重大关系。大总统令出府中，用意或别有在，而法有明文，国务员辅弼总统，列名副署，其于此令不能不负责任。兹仅依约法第十九条第九款、议院法第四十条，提出质问书于国务员，并依议院法第四十条，限政府三日内答复！……”
下面是“众议院质问追缴国民党议员证书徽章影响及于国会书”：
“民国不能一日无国会，国会议员不能由政府取消，此世界共和国之通义，立宪政治之大经也。近阅报载，大总统十一月四日命令解散国民党，并追缴隶籍该党国会议员证书徽章；夫该党本部与南方乱党勾结，政府依法律委任，以行政命令解散不法之结社，凡我国民，无不认为正当，独是国民党与隶籍国民党之议员，在法律本属两事，其处分自不能从同。假令议员而与乱党通谋，确有证据，勿论隶何党籍，均得按法惩治，否则确与乱事无涉，即隶国民党籍，亦不能牵连取消。盖党自党而议员自议员，二者性质不侔，即不能并为一谈。查议院法第八条，议员于开会后发现不合资格之疑义时，各院议员得陈请本院审查，由院议决，选举十三人组织特别委员会审查之。据此，议员资格之疑议，其审查权属之两院，院法规定，彰彰可证。今政府以隶籍国民党之议员早不以法律上合格之议员，自居为理由，岂非以政府而审查议员资格，侵害国会法定之权限乎？至于追缴证书徽章，直以命令取消议员资格，细按《约法》，大总统无此特权，不识政府毅然出此，根据何种法律？此不能不怀疑者一也。十一月四日命令之结果，国民党议员被取消者三百余人，次日又追加百余人，遂过议员总额之半，两院均不能开会。查议员中有早已脱该党党籍，改入他党，或素称稳健，曾通电反对赣乱者，亦一同取消。政府确为惩治内乱嫌疑耶？则应检查证据，分别提交法院审判，不得以概括办法，良莠不分，致令国会人数不足，使不蒙解散之名，而受解散之实也！近复报纸纷传政府将组织行政委员会修改国会组织法，改组国会。此种传说是否属实，姑不具论，究竟政府方针，对于民国是否有国会之必要？对于国会是否以法律为正当之解决？此不能不怀疑者二也。议员等对于国民党，素深恶绝，当南方无事，政府敷衍伟人之时，于彼破坏主张，无不严厉攻击。及湖口乱起，天下震动，亦曾连名通电，声罪致讨。今政府去害群扶正气为前提，实与议员等素志符合，唯去之之方，是否适法？扶之之道，是否诚心？群怀疑虑，势难缄默。兹依议院法第四十条质问，应请政府于三日内明白答复。民国二年十一月十七日。”
北京国务院在民国2年12月23日向参议院提出答复书如下：
……依《约法》第十九条暨《国会组织法》第十四条之规定，质问权为议院职权之一，非议员职权之一，其义甚明，故质问之行使，无论议院法有如何连署之规定，虽不必由院议公决，要不能不经由议院提出，是以议员迭次依议院法而提出质问书，均于议院有《国会组织法》第十五条所定总议员过半数之出席，得以开议时，由议长以开议日期报告文件之际提出报告，此执行《国会组织法》暨《议院法》之通例，实为两院所现行，断未有不经此项手续，而可以滥行质问者也。兹来咨既称两院不足法定人数，不能开会，前议院所有之质问权，当然因不能开会之结果，而不能提出。……查两院议长，业于十一月十三日，以两院议员不足法定人数，不能开会，不得已于十一月十四日起，停发议事日程等语，通告有案。此次质问书之提出，在议院议长通告停发议事日程之后，既已停发议事日程，何能提出质问书？且查当日提出质问书之情形，系发生于两院现有议员之谈话会，以法律规定所无之谈话会，而提出属于法律上议院职权之质问书，实为《约法》、《国会组织法》、《议院法》规定所未特许。政府为尊重国会起见，对于不足法定人数之议员，非法所提出之质问书，应不负法律上答复之义务。惟查各该质问书，于追缴隶籍国民党议员证书徽章，及令内务总长分别查取本届合法候补当选人如额递补各节，不无所疑，不能不略为说明，以免误会。查十一月四日大总统命令，曾声明此举系为挽救国家之危亡，减轻国民之痛苦起见，并将详细情形布告国民；盖以议员多数而为构成内乱之举，系属变出非常，不特议院法未规定处理明文，即各国亦无此先例，大总统于危急存亡之秋，为拯溺救焚之计，是非心迹，昭然天壤，事关国家治乱，何能执常例以相绳！所以令下之日，据东南各省都督、民政长来电，均谓市民欢呼，额手相庆。议员张其密等所称举国惶骇，人心骚动，系属危言耸听，殊乖实情。且现已由内务总长核定调查候补当选人划一办法，令行各省依法办理；议员郑毓怡等所称对于民国是否有国会之必要，尤属因误滋疑。总之，前奉大总统命令，业已郑重声明，务使我庄严神圣之国会，不再为助长内乱者所挟持，以期巩固真正之共和，宣达真正之民意等因。各议员果能深体此意，怀疑之点，当然释然。除函答参议院议长外，相应函请贵议长转达贵院现有各议员查照可也。
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