南京方面委曲求全，同意袁世凯在北京就临时大总统职后，袁遂于民国元年3月8日以就职誓词电告于参议院，原电如下：
“南京参议院公鉴：麻（六日）电悉。所议六条，一切认可。凯以薄德，忝承推举，勉任公仆，谨照三月初六日参议院议决第二条办法电达宣誓。下开宣誓词，请代公布。其文曰：民国建设造端，百凡待治，世凯深厚竭其能力，发扬共和之精神，涤荡专制之瑕秽！谨守宪法，依国民之愿望，蕲达国家于安全强固之域，俾五大民族同臻乐利。凡兹志愿，率履勿渝！俟召集国会，选定第一期大总统，世凯即行解职。谨掬诚悃，誓告同胞。大中华民国元年三月初八日，袁世凯。”
这篇具有历史性的总统宣誓文，是叶恭绰的手笔，而由梁士诒加以润色。梁士诒这时已是袁的重要智囊，南北和议时，梁任邮传部副大臣代理杨士琦的部务。袁在彰德未入京前，即曾遣人密告梁说：“当前情势，南方军事尚未结束，北方政治头绪万端，正赖燕孙（梁士诒字）居中策划，请与少川（唐绍仪字）预为布置。”
情势演变至此，南京方面调虎离山，想把袁世凯诱引到南京来的计划是完全落空了，于是只好退而求其次，便是由临时参议院把一部《中华民国临时约法》起草完毕。原来当南京临时政府刚成立时，是根据《中华民国临时政府组织大纲》组成的，其后根据《临时政府组织大纲》加以修改，成为《临时约法》。自民国元年2月7日起，至3月8日止，经过一个月的会议，终将全案通过，3月11日公布。这个《临时约法》和《临时政府组织大纲》最大不同的地方是，《临时政府组织大纲》采取总统制，《临时约法》则采责任内阁制。《临时约法》共七章，即：一、总纲；二、人民；三、参议院；四、临时大总统副总统；五、国务员；六、法院；七、附则。
责任内阁制本是宋教仁所积极主张的，但南京临时政府时期，其他革命主要干部均不赞成。到了袁世凯做总统，又怕总统权力太大，于是匆匆忙忙地订定《临时约法》，想借这部《约法》来限制袁的野心妄为。结果袁把这部《约法》视同废纸。
从袁世凯通电宣誓的那一天起，到4月1日孙大总统解除职务止，在那20多天当中，袁在北方就不再称“新举临时大总统”而称“本大总统”，因为袁认为既已宣誓就职，当然名正言顺。其实袁接收职务的手续并未完成，所以那时北京、南京各有一个政府，各有一个总统，各有自己一套政策，实在可说是中华民国诞生时的怪现象。
袁已宣誓就任临时大总统，接着就需要忙着组织内阁，属于同盟会的安徽都督孙毓筠通电主张推孙中山先生组阁，非同盟会的广西都督陆荣廷立即附和。这时也有人主张请黄兴组阁，可是袁自己早已胸有成竹，他心中的人选是他的老朋友和外交方面的重要帮手唐绍仪，唐在被派为南北和议时的北方首席代表时，袁就已安排了他未来角色的伏笔。因为唐和南方革命党人相处甚洽，又深通洋务，和英美关系都搞得不错，所以在袁系中，唐是个能够被中外接受的理想人选。
3月13日袁世凯正式向南京参议院提名唐绍仪为内阁
总理，南京参议院予以同意。3月25日唐绍仪亲来南京，29日列席参议院发表政见，并将新阁名单提请表决如下：
外交总长陆徵祥（当时系驻俄大使，故由胡惟德署理）
内务总长赵秉钧
财政总长熊希龄
陆军总长段祺瑞
海军总长刘冠雄
教育总长蔡元培
司法总长王宠惠
农林总长宋教仁
工商总长陈其美（未到职，由王正廷署理）
交通总长原提名梁如浩，未被参议院通过，
乃由唐绍仪暂兼，后由施肇基代理。
这份名单，好像是容纳了各方面，因为唐虽是袁的亲密朋友，可是他又和同盟会方面是好朋友，陆徵祥是无党无派的外交家，熊希龄是君主立宪派，袁系的人只有赵秉钧、段祺瑞、刘冠雄三人，而同盟会方面却有蔡元培、王宠惠、宋教仁、陈其美四人。袁认为这是非常公平的分配，其实则是掩耳盗铃的，因为唐绍仪是袁的老友，而陆徵祥则为袁系的附庸，而君主立宪派在同盟会和袁系间是选择亲袁的路线。因此在唐内阁中，外交、内务、财政、军事、交通六个重要部门都抓在袁手中，同盟会所得到的只是教育、司法、农林、工商四个无所事事的冷衙门。
同盟会原来推荐黄兴在新内阁中继续蝉联陆军总长，当然这是想限制袁的军事特权，使他不能把国家的军队当作私人的工具。可是这只是一种幻想，因为袁世凯是必需要掌握军队作为自己力量的基础，因此决不肯把陆军总长这个人选让给袁系以外的人担任，更不会同意给同盟会的“实力派”领袖黄兴，所以只同意改派黄兴为参谋总长。参谋本部在当时是个有名无实的机关，黄兴当然坚决拒绝接受这个空名职位。
唐绍仪虽然是袁的老朋友，可是他不是北洋军出身，他与袁在朋友与部下之间，不像北洋军系的人，对袁完全是衣食父母，因此他一方面获得袁的亲近和尊重，一方面则受到袁部下的排挤和诋毁。南北议和时，唐与南方代表协议成立一个解决新国家国体问题的“国民议会”，会议的成员是由革命军人所占领的14省和清廷所统治的八省，每省各派三人组织之。袁认为唐未请示他而擅自同意国民会议代表的比率，使北方占少数，处于绝对劣势，非常不满，乃通电谴责唐越出了代表的职权范围，唐因此被迫通电辞职。
3月26日，南京临时政府公宴唐绍仪于总统府，觥筹交错，颇尽欢洽。酒筵进行时，蔡元培起立致词，对唐绍仪赞誉备至，随后举杯庆祝唐内阁已获参议院通过，预祝中华民国第一任内阁将有满意成就，最后希望唐氏能加入同盟会，实行同盟会政纲政策。接着黄兴也起立敦劝，全体与会人士鼓掌表示赞成。
唐绍仪由北京南下时，袁曾一再敦嘱，要唐尽量与革命党方面建立友好深切关系，唐本和南方人士有好感，因此蔡、黄两氏的提议，唐很愉快加以接受。居正乃离席取出同盟会的入会同志志愿书送给唐绍仪，唐即在誓书下签字认可，再由蔡元培、黄兴签名作介绍人，孙大总统签字主誓，唐绍仪起立宣誓，大家高呼同盟会万岁，宾主尽欢而散。
这次唐南来，除了加入同盟会引起北洋军系的不满而外，还有一件大触北洋军人之怒的，是唐竟同意南方提议，调兵北上，这在北洋军人看来，简直是召引外兵入京，是件不可原恕的举动。赵秉钧复京师总董事会函有云：“调兵北来唐君主之，鄙人甚不谓然，早间见总统（袁）之意见相同，必须竭力磋商，以不来为是。”李书城致熊希龄电有云：“国务员带卫兵北上，系当时唐总理在南京与众拟之辞。”
此外，最使北洋军人痛恨的，是唐主张孙、袁、黎、黄合作，以奠定民国基础。在北洋军人看来，这四巨头的合作，就是北洋军系的没落。
民国元年4月1日，孙大总统至临时参议院正式宣布解职，并致辞说：
“本大总统于中华民国正月初一日来南京就职，今日四月初一日至贵院宣布解职。……三月以来，南北统一，战事告终，造成完全无缺之中华民国……本大总统受职之初，不料有如此之好结果，亦不料以极短之时间，而能建立如此之大事业……。今国务总理唐绍仪组织内阁已成立，本大总统自当解职，今特莅贵院宣布。……中华民国成立之后，凡为中华民国国民均有国民之天职。何谓天职？即促进世界的和平是也。……促进和平，即是中华民国国民之天职。……本大总统解职之后，即为中华民国之一国民，政府不过一极小之机关，其力量不过国民极小之一部分，大部分之力量，仍全在吾国民，本大总统今日解职并非功成而退，实欲以中华民国国民之地位，与四万万国民协力造成中华民国之巩固基础，以冀世界之和平。望贵院与将来政府勉励人民，同尽天职，从今以后，使中华民国得为文明之进步；使世界舞台，得享和平之幸福，固不第一人之宏愿已也。”
孙大总统致词毕，遂将大总统印交还参议院，参议院答词如下：
“……中山先生发宏愿救国，首建共和之纛，奔走呼号于专制淫威之下，濒于殆者屡矣，而毅然不稍辍，廿年如一日。武汉起义未一月，而响应天下三分有其二，固亡清无道所致，抑亦先生宣导鼓告之力实多也。当民国尚未统一，国人急谋建设临时政府于南京，适先生归国，遂由各省代表公举为临时大总统，受职才四十日，即以和平措置使清帝退位，统一底定，未忍生灵涂炭，靡诉于兵戎；虽柄国不满百日，而吾五大民族所受赐者已靡有涯矣，固不独成功不居，其高尚纯洁之风，为斯世矜式已也。今当先生解临时大总统职任之日，本院代表全国，有不能已于言者；民国之成立也，先生实抚育之；国民发扬光大也，尤赖先生牖启而振迅之；苟有利于民国者，无间在朝在野，责任一也。罗斯福总统解职后，周游演说，未尝一日不拳拳于阿美利加合众国，愿先生为罗斯福，国人馨香祝矣。”
这两篇演说词都充满诚挚的感情，不是一般官式应酬语，孙中山先生之所自期，与国人之所期待于先生，均可以说是恰如其分。今天我们读到这些开国文献，就可以想见当年首创民国的伟人们雍容揖让，虚心诚意，令人向往不已也。
4月2日临时参议院议决：中华民国临时政府迁往北京，参议院亦订于4月29日在北京行开院典礼。4月6日参议院将全体参议员名单咨文交由唐绍仪电告袁大总统。唐电曰：“参议院咨文。本院议决迁至北京办法，自四月初八日起，休会十五日。于二十一日齐集北京，已由歌电报告，并电请先行指定场所，并届期派员招待各在案。查各省参议员现在已到院共四十九员。合将全院参议员人数，开列清册，注明省分，并将议长、副议长暨审议员姓名，以及审查会审查长，并审查委员姓名一并分别开列，咨请查照，以便指定相当场所，俾各员到京后，即可克期开会。此咨大总统。计咨送清册一本。各省参议员到院人数姓名如左：
直隶：谷钟秀
奉天：吴景濂
河南：李搫、陈景南、丁廷謇、张启、李载赓
山东：史泽咸、于洪起、陈命官、彭占元、刘星楠
山西：李素、刘懋赏
陕西：赵世钰
湖南：彭允彝、刘彦、欧阳振声、覃振
湖北：田桐、刘道仁、胡秉柯、欧阳启勋
安徽：胡绍斌、常恒芳、凌毅
江苏：杨廷栋、陈陶怡、凌文渊
江西：文群、汤漪、王有兰
浙江：王正廷、殷汝骊、黄群
福建：林森、潘祖彝
广东：钱树芬、金章、赵士北
广西：邓家彦、曾彦、刘崛
四川：黄树中、李肇甫、熊成章
云南：张耀曾、席聘臣、段宇清
贵州：文崇、高平刚
议长：林森；副议长：王正廷。审议长：李肇甫
外交审查长暂未举
审查员：刘彦、钱树芬、刘星楠、吴景濂
请愿审查长暂未举
审查员李搫、刘懋赏、邓家彦、曾彦、刘崛
法律审查长：王正廷
审查员：王有兰、彭允彝、谷钟秀、赵士北、平刚、汤漪、熊成章、张耀曾
财政审查长：潘祖彝
审查员：李肇甫、欧阳振声、文群、殷汝骊、席聘臣、黄树中
再参议院法已由本院议决咨送，其第四章第二十六条载任委员分设法制、财政、庶政、请愿、惩罚五部。各提任审查本部事件云云。此次所开尚系院法未经议决以前暂时规定，应俟本院移至北京后再行查照院法分部另举，合并声明。元年四月初六日等语。仪。虞。印。”
袁不肯把陆军总长一职给黄兴，可是却又不能不予黄兴有一安顿，因为当时黄兴的声望，仅次于孙中山。袁遂于3月30日发布命令：“任命黄兴为参谋总长。此令。”当时的参谋总长既无人事权，又无指挥权，纯粹一个幕僚长，因此黄坚决请辞。其辞职电云：“袁大总统命以兴继任参谋总长，已复电力辞。至两江一带军队，维持整理，刻不容缓，兴纵怀归隐之志，断不敢置经手未完事宜于不顾，以负我军界同胞。已商请唐总理妥定办法，务使南方各军队，布置得宜，各安其所。俟布置大定，始行告退，以遂初志。”南方民军麇集，如果不妥为安插，确实很难善后，黄兴统筹负责，是最理想的人选。不过这个工作吃力不讨好，黄兴薄参谋总长而选择一个吃力不讨好的工作，这也可见革命党人勇于任事，不求名利的伟大襟怀。
袁世凯于3月31日任命黄兴为南京留守，仍总辖南方各军。留守府成立后，其组织和人事情况如下：
总参谋长：李书城，秘书长：陈凤光，军务处长：张孝准，参谋处长：欧觐文，政务处长：马良，副官处长：徐少秋，总务处长：何成浚，军械处长：曾昭文，军需处长：徐桂亭。
留守府统辖的各单位及其主管是：
军官学校校长：金永炎，入伍生总队长：沈靖，四路要塞司令官：官成鲲，宪兵司令：茅迺封，军需学校校长：刘文藻，测量局局长：章焕祺，金陵机器局局长：宾步程，巡警总监：吴忠信，南京府知府：方潜。
4月14日袁世凯颁布《南京留守条例》，留守府直隶大总统，有维持南方各军和南京方面的责任。成立留守府的主要目的，在整编和裁撤南方各军，同时又须顾及和保全革命实力。当时南京驻军的番号，共有七个军，26个师、51个旅。号称30万人，但编制不一，名号各异，情形非常复杂。一个师的兵力有1000人的，有几百人的，师长们均自认对革命有功，日日奔走留守府，索饷索械，甚至使用手段勾引他师营连长来归，下级干部遂致朝秦幕楚，以士兵为个人资本。
黄兴在留守任内编组了一支模范军“第八师”，欲以这支部队为革命基干。第八师由赵恒惕所部和广西巡防军合并改组而成，本拟派赵恒惕为师长，因为需要敷衍北方，所以改派冯国璋的女婿陈之骥为第八师师长。
参谋总长一职黄兴既坚决不就，袁又欲以之予南京卫戍司令徐绍祯。徐是个好好先生，也表示不就。袁乃请副总统黎元洪兼任，黎虽答应，却不肯离开武昌，于是黎便在武昌遥领副总统和参谋总长。陈宦则以参谋次长职代行参谋总长职务。
5月1日，参议院改选议长，选吴景濂为正议长，汤化龙为副议长。2日，唐绍仪总理率领内阁各部总长列席参议院，报告自己的政见。
唐绍仪以阁揆身份首先致词，他说：内阁将遵照袁大总统的施政原则——建议从稳健入手，措置以实事为归。今后施政将分别缓急先后，第一是军民分治；第二是裁兵，简练精兵；第三清朝与各国所签订的条约，均将切实遵守；第四改良法律，建立独立的司法制度；第五普及教育；第六统一币制，整顿金融；第七振兴实业，发展交通。
海军总长刘冠雄第二个致词，他认为海军急务有四，均需款办理，一为海军常年经费及推广学校，多派留学生，每年约需320余万元；二为新旧各船操演费，每年约需200余万元；三为已定内外各厂巡船、炮船、鱼雷船尚需我付价款1000万元；四为养船费每年130万元。
陆军总长段祺瑞致词时说：政府统一后，应筹军民分治之计划，一为精简军队以恢复地方秩序，由于武昌起义后各省自行召募，军队林立，较原有增多几达一倍，必需解散；二为拟制定军官为终身职；三为培植陆军人才，调查军官资格，分别其条件以派往东洋或西洋；四为制定征兵制度；五为设立兵工制造厂；六为设立被服厂；七为改良马政。
农林总长宋教仁致词说：农林政策应循渐进政策，十年树木正是这个意思。农业纯为生产事业，当以增加生产力为要着，增加土地之生产力有三途：一为垦荒地；二为修林政；三为兴水利。此外则设立农业金融、教育机关，以助长生产力。
司法总长王宠惠致词时说：整顿司法有五项步骤，一为实行司法独立，免除行政干涉；二为培养司法人才，遍处设置裁判传习所，以训练独立的司法官；三为励行辩护制度，既可牵制法官，且可代人民诉讼；四为采取陪审制度以昭公平；五为改良监狱。
教育总长蔡元培致词，他首先提出教育方针，分普通教育在于养成国民健全人格，和专门教育在于培养专门人才；二为教育设施亦为普通教育与专门教育；三为划定中央教育行政权限；四为教育经费之规定；五为分析京师教育现状；六为对海外留学生的计划。
交通总长施肇基致词时说：交通情况因兵事影响，组织多未完全，损失极为重大。当兹民国初建，所有路、电、邮、航四政，急应通盘筹划，现拟分为三个步骤，一是恢复秩序，二是改革弊政，三是统一进行。
代理工商总长王正廷致词，他说工商是全国的命脉，振兴工商办法：一驱除工商的障碍；二保护现有的工商。
民国成立后的政府主要的问题在于财政，所以财政总长熊希龄在参议院的致词是一篇重要资料。他分析当时的财政情况，同时说明如何整顿财政的办法。
他说：清朝末年的财政已濒临破产，民国成立，因各省宣告独立，致财政更形分裂。当前财政的特色，是只有支出全无收入，而支出的费用则全赖举借外债，实在是非常危险的情况。关于财政亏竭情形，可分为两端：
（甲）民国纪元以前的财政：（一）岁入不敷5400余万两；（二）追加筹备经费银2400万两；（三）新外债息款银1000余万两。以上三项合共不敷8800万两。
（乙）民国纪元以后的财政：（一）临时筹办经费约银11000余万两（内分外债2080万两，南北补发军饷1920万两，恩恤6000万两，建设1000万两）。（二）常年不敷经费，约银17052万两（内分岁入减收5000万两，军费增加3000万两，内债息款252万两，旧额不敷8800万两）。以上两项合共不敷28052万两。
由于整个情况如此，使得在财政上度支奇绌，在经济上则金融窘迫，因此财政部只好审度时势缓急轻重，以决定办法的先后，共订八策：一为减军费。由于民国成立前各省独立，支出均以军费为大宗，所以应解中央款项均为截留，故首务在节减军费；二为成立国家银行，以期金融复活，工商振兴；三为开铸通用银元，废去生银习惯；四为改良税则以均国民负担，尤应先改田赋及印花所得税，但需假以时日，契税及酒税则可速办；五为筹划盐烟专卖；六为划分国家税和地方税；七为制订会计法规，以期出纳之确当；八为整理公债以保盐民之信用。
从熊希龄在参议院的报告，可以看出民国成立初期财政的困难和严重情形。世界上没有这么奇怪的政府，要全靠举外债来应付支出的。
5月3日袁世凯批准教育总长蔡元培的建议，将京师大学堂改称北京大学校，大学堂总监改为大学校长，任命严复为首任北京大学校长。京师大学堂的前身是官书局，官书局的前身是京师强学会。
5月6日总统府秘书长梁士诒把已濒停业的交通银行增资复业。交行本为梁所创办，后来被盛宣怀所排挤而脱离，现在梁是袁的大红人，所以收回交行，自任总理。5月27日改组大清银行（光绪三十三年成立，官商股各一半）为中国银行，并定为民国政府的中央银行，任命吴鼎昌为中国银行监督。
5月7日袁任命魏宸组为国务院秘书长，张国淦为铨叙局长，冯自由为临时稽勋局长。
5月18日袁令改大理院正卿为大理院院长，任命许世英担任。
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