国民革命军北伐后，国际间的阻挠，其影响不下于在战场上的北洋军。当时万县、汉口、广州、上海、南京都发生了极大的麻烦，而最严重的莫过于日本出兵山东了。
日本出兵山东是田中内阁所经手，这是个极具侵华特性的内阁。
日本田中内阁成立时，正是张作霖在北方准备登上第一把交椅的时候，由于张作霖左右有与田中关系密切的，所以奉张对田中组阁颇为寄望，可是田中上台后，所有表现都显示是一个具有强烈侵华意图的内阁。
16年5月27日，日本田中内阁阁议通过，出兵进驻中国山东，保护日本侨民。
27日9时半，田中入宫觐见日皇奏报：
“以步兵第十联队及六十三队约二千人，与无线电信队五百卅名，自大连乘香港丸出发。部队长是步兵第卅三旅团长乡田兼安少将。前往中国山东省济南市保护日本侨民。”
31日日军抵青岛，6月1日全部登陆，继即前往济南。
5月28日日本政府发表出兵声明，全文如下：
“兹征于中国最近之动乱，尤其征于南京汉口其他地方之实绩，当兵乱之际，因中国官宪不得充分保护，致侨居之帝国臣民之生命财产，蒙重大之危害，甚至见毁损帝国名誉之暴举。因而现下华北动乱迫切之际，难保无再发生此种事件之虞。今也前述动乱行将波及济南地方，就侨居该地帝国臣民生命财产之安全，危惧之念，有不能不措置者。帝国臣民居住该地者，达二千名之多，而该地为去海岸甚远之腹地，到底不能依在长江沿岸各地之海军力量以保护之。因此，在帝国政府为预防不祥事件再发起见，不得不以陆军保护侨民邦人之生命财产。然为前述保护派兵之布置，须要相当之时日，而顾战局正在刻刻变化，故应急措置，决即时自驻满洲部队派遣约二千之兵于青岛。前述依陆军力之保护，固不外为期侨居邦人之安全，自卫上不得已之紧急措置，不惟对于中国及其人民，无何等非友交的意图，而对于南北军任何方之军队，亦非干涉其作战，妨害其军事行动者。帝国政府因自卫上不得已之措置而派兵，但自始无长久驻屯之意图，至对于该地方之邦人无受战乱之忧之虞，当即将派遣军全部撤退。”
日本出兵山东后，中国朝野为之大哗。南京国民政府外交部长伍朝枢向日本驻沪总领事严重抗议。北京政府亦表示反对。
南京国民政府外交部对日本出兵山东的抗议电文如下：
“贵国此次出兵山东，声明理由为保护该地之日本侨民生命财产。查山东日侨生命财产有无危险，何属悬揣。国民政府迁都南京以来，迭次宣言，对于外人生命财产，按照国际公法竭力保护。乃本政府北伐军队将到山东境内之时，贵国政府突有派兵山东之举，于公法上既无根据，于本国领土主权复有妨害；本政府不得不提出严重抗议。并声明：如因此发生意外事故，贵国政府应负完全责任。年来中日两国国民感情日臻融洽，倘由此次举动顿起种种疑感，足为好感之障碍，殊属可惜。应请贵国政府将已派出之军队即日撤退，是所切盼。”
北京方面，5月30日下午4时，张作霖亲往日本驻华使馆拜访日使芳泽，询以出兵事件，芳泽即口头通知出兵原因。张云：“此事殊不好办，目下北方情形外侨并不危险，且汉口、南京方面发生大麻烦，日本都未派兵，却在本人势力下的北方派兵，极易引起误会。并足以使外间怀疑日本出兵系奉方所运动，故本人郑重请日本政府考虑。”
当天下午5时，芳泽赴北京外交部正式通知“出兵事件”。略谓：中国时局不定，徐州以北已有随时发生变化之可能。前在宁汉事变，侨民受损实多。今兹情势亦有发生可能。查日本侨民在青岛者达两万，沿胶济路者约八百，在济南者约两千，在目前局势紧张之下，日本侨民殊有不能不从事防卫，且有采取有效之手段，因此日政府于满洲抽兵赴鲁，出兵目的纯系自卫，与南北军事无涉。如将来时局安定，日兵自必立即撤退，希望中国谅解。顾维钧当即表示：日本此次出兵有违常轨，易引起误会，且日侨现状平安，殊无增兵必要。芳泽告辞后，顾即命人预备抗议照会，6月1日北京政府向日使馆提出抗议照会，全文云：
“为照会事迭据驻日张代办报告，日本政府决定出兵中国北方，数约二千名，并准山东张总司令电称……等情。查山东内部极称安静。关于保护各国侨商，迭饬妥为办理，近数年来，青济侨商，实无因我国军事影响，而稍有妨害其生命财产之事，况济南青岛，与上海汉口等处有租界者，截然不同。乃日本政府突然派兵来华，不惟侵犯中国主权，且易引起人民误会，除派员就地交涉外，请向日使提出严重抗议，务使完全取消各等语。正核办间，续准贵公使来部面称本国政府为保护侨民起见，特派军队赴青岛，如有必要，并拟进驻济南，事平立即撤退等因。当以此种逾越寻常之行动实无理由。中国政府实难缄默等语，奉告贵公使在案。查青岛地方，自照华府会议协定交还以来，系属完全中国领土，义当切实尊重。且自贵国军队撤退以后，地方官维持治安，不遗余力。外侨生命财产，无不备受保护。近年虽各省时有军事，而在鲁外侨，从未受丝毫影响，殊无派兵保护之必要。此次贵国政府，不先征求中国政府同意，突然派兵来青，且欲相机赴济南，不能不认为违背条约，侵犯主权之行动，至深遗憾。现在山东地方民情已甚愤激。倘因此引起全国人民之误会，中国政府不能负此责任也。为此提出正式抗议，照会贵公使查照。请即迅予转达贵国政府中止派兵赴青，其已开到埠者应令勿遽登岸，从速折回，俾免引起纠纷，而影响于两国现有亲睦之邦交。切盼见复为荷，须至照会者。”
这次日本出兵山东，停留时间并不久，16年8月中旬起即陆续集中青岛，准备撤退。8月21日先有日军300名搭台中丸回国，根据9月3日张宗昌的山东督办公署给外交部的咨文，叙述日军撤退经过文如下：
山东督办、省长公署咨行事，据胶澳商埠局总办赵琪呈称，窃据警察厅长王庆堂呈称：本年九月七日奉钧局第一零四零号训令内开，顷奉保安总司令张、代理省长林微电内开，东电悉，日军撤退，此间亦据日本方面通告，当即转电国务院外交部查照在案。嗣后青岛各国侨商，应即饬属随时加意保护，所有日军撤退情形，仰仍具报察核，特复等因。奉此，合亟令仰该厅转饬所属，嗣后青岛各侨商，务须随时加意保护。并将日军撤退情形详细具报，以凭核转，切切此令等因，奉此，遵查胶济路沿线所驻日军，于八月中旬，即节节移动，集中青岛，以备撤退，均经随时报告在案。
八月二十一日，先有日军第十师团及第十四师团三十三旅团各部兵士三百余名，搭台中丸回国。
八月二十七日，又有三十三旅团第十联队兵士七十三名搭台中丸回国。九月六日，第十师团兵士五百余名全副武装，携大炮八尊，子弹二千箱，大米二百包，马一百四十余匹，马车一百四十件，搭龙凤丸回国。
九月七日，又有日军第十师团司令部长谷川中将，带随员八十七名，第八旅团司令部中岛少将，带随员十名，率领步兵全部计一千零九名，马五十一匹，由二号码头登台中丸。
又有日本输送指挥官天野大佐，带第十联队全部官兵计一千零八十七员名，随带机关枪五架，高射炮一架，无线电机车三辆，马三十二匹，亦由二号码头登春华丸。所有给养物品，均系于本月六日经该军运输部用载重汽车由大港路山东仓库起运，分装该台中、春华二轮，计子弹各军用品、大米、马草等物约三千余件，于六日先期登轮。
九月八日，又有日军三十三旅团六十三联队乡田少将，带随员步兵及铁道队、电信队、兵士共计一千五百一十名，马三十八匹，给养马草、子弹共约一千余件，由二号码头登原田丸回国。
同日，又有三十三旅团六十九联队指挥官伊木少佐，带步兵八百七十五名、马三十一匹、并给养马草、大米、子弹共约一千余件，由二号码头搭神瑞丸回国。当各军登轮时，本埠军政各机关及日本商学各界约一千五百余人在码头欢送，并经厅长带同长警多名，在码头照料，均属表示亲善。现已撤退完竣，除通令各署对于各国侨商，随时认真保护，免贻外人口实外，所有日本陆军撤退情形，理合具文呈报。仰祈鉴核转报，实为公便等情，并据港政局报同前情，除分呈外，理合备文呈报，仰祈鉴核等情，到署。据此，除指令并饬特派交涉员查照外，相应咨请贵部查照为荷。
督办山东军务善后事宜张宗昌
代理山东省长林宪祖
日本政府的撤兵声明如下：
“帝国政府鉴于山东地方不靖之情形，为保护本国侨民起见，先行暂派军队，前往青岛。果然该地方将为南北交战之区，胶济铁路沿线地方扰乱之危险，日见切迫，故不得不令派遣军移驻济南。惟虽有此扰乱，所幸迄今能保护日侨，而不致于发生何项不祥之事案，是则为本国出兵之效果，山东地方之事态，略为安定，暂时无若日侨受战祸之处。为此帝国政府，应照当初声明，兹定即行撤兵回国，将来在中国各地方，不但山东地方，而日侨众多之处，若有治安不靖，战祸再波及日侨之虞时，帝国政府又不得不讲机宜自卫之措置，特此慎重声明。”
北京政府外交部山东特派员陈家麟呈外交部文如下：
“为呈报事，窃查前因鲁省时局不靖，日本政府竟借口保护侨民，特遣派日军分驻青岛、济南以及沿路各县，迭经交涉禁阻，迄未中止进行，一切详细情形，前已备文呈报在案。兹因日前虽有战事，但经我方当局竭力保护，所有日侨均获安全，并未受有若何之损失。刻下鲁省时局已日趋缓和，实更无驻兵保护之必要，经即迭向日领提出抗议，敦促退兵。九月一日始准该领正式函复，已允即日撤退。计自本月三日起至六日止，所有前派驻扎济南各日军，均已陆续退出。嗣复经详确调查，日前分驻青岛以及沿路各县各日军，亦均一律撤尽，除已分别呈报外，理合备文呈报钧座俯赐鉴察。实为公便。再前因分途调查，致稽时日，是以呈报稍退，合并陈明。谨呈外交部长王。
特派山东交涉员陈家麟”
当孙传芳率兵南攻时，日本以为革命军势不能再北攻，所以宣布撤兵，不料孙传芳惨败，蒋中正复职北伐，前后不过一年，革命军再度逼近济南。日本乃又借口护侨，先以驻华北的三个中队，占领胶济路，然后日本内阁会议决定派遣第六师团进兵山东。第六师团长福田，是个骄横的军人，他率领5000名士兵乘船由青岛登陆，于5月1日开进山东，山东重要城市青岛、济南、龙口、烟台均为日兵进驻。
日军开入济南是5月2日，而革命军攻克济南却是先一天，于是迫使日军和革命军正面冲突，发生了最丑恶的“五三事件”，显露出日本军阀无耻万恶的罪行。
五三惨案中，以日军残杀中国驻济南外交特派员蔡公时最为可恨，蔡公时殉难经过，有他的勤务兵张汉儒从受害的行列中逃出后，所叙情形如：
“五月三日晨，日兵在领事馆一带布置防线，交通即为断绝，九时许，有国军一队，进驻交涉署对面之基督医院内，为日军瞥见，即开枪射击，毙我兵士、伙夫各一名，该队为避开凶焰，乃停止搬运，纷纷藏匿医院之楼上。此时适有一日兵于涉署门首，向医院上射击，同时又四面发现枪声，而该日兵忽为流弹击毙，旋另一日兵赶来，意在救护该已死之日兵，亦被击毙，而各处枪声复大作，弹下如雨，全署员役均慑伏楼上不动，延至下午三、四时顷，枪声稍止。街衢发现类似各领馆之汽车，车前皆竖旗帜，驰驱往来，形似劝止日军停战，时枪声亦告沉寂，但见日兵满布街头，交涉署门前亦有日兵往来梭巡，我外交特派员蔡公时，因事出意外，命人出外探听，竟为日军所阻，当派员与之交涉，迄无效果，乃蛰居楼上，静候时机。延至天晚，日兵仍防止交署如故，全署人员，纷纷计议，始终不得要领。时届夜分，正各自就寝，忽捣门之声大作，势极凶猛，传令奔告日兵撞门，请示办法。蔡主任谕令开门延入，讵日兵不俟开门，已破门而进，计约二十余人，内有一佩指挥刀、一擎盒子炮之两军官，更有一着西服者，进门后，即指挥剪电灯、电话，全署顿成黑暗，而彼则携有手电筒探照，此时着西服者操中国语，大意谓予等为搜查械弹而来，实因日间被枪毙死两日兵，必系尔署内所为，故来与尔主管官理论。
蔡主任闻言，即出为解释，大意为日间所毙日兵，确系为流弹误伤，我等外交人员，从不携带枪弹来办外交，贵部队似可不必搜查，免滋纷扰，讵彼一味蛮横不可理喻，坚持非检查不可，此时蔡主任既穷于抗辩，姑允所请。奈彼寻衅心切，又作进一步之强迫，谓必须将全署员役捆缚搜检。蔡主任以国体攸关，不予承允，乃彼竟恃强横，谓若不承允，将行强迫捆搜。蔡主任见其无理可喻，勉为应允，旋即郑重声明，谓如搜查后不获证物，仍应速请解缚，恢复自由，彼伪为许可。由是除蔡主任外，全署员役，均被捆缚，旋复翻箱倒笼，到处搜寻，但迄未获一枪弹，乃攫取署中公牍五大包，势将携出。蔡主任乃请彼如约释放所缚员役，讵彼反大肆咆哮，谓我等奉命而来，非奉命不能释放，言毕相率携公文而出，但不半时许，彼复来署，仍执前说，谓日兵确系署中枪杀，非交出枪弹不能了结。
蔡主任对之复解释如前，且云署中已经搜查，绝无凶器可以证实，我国决无枪杀贵国士兵之嫌疑，贵部队应考查其真象。言毕仍请如前约释放员役，以敦睦谊。讵彼全不理会，并令将蔡主任一并捆缚。
至此蔡主任忍无可忍，乃操日语谓：‘汝等不明外交手续，一味蛮横，此次贵国出兵济南，原系保护侨民，何得借隙寻衅，肆行狂妄，作种种无理之举动，实非文明国所宜出此。至如已死之日兵若果系敝署所为，亦应由贵国领事提出质问，则敝国自有相当之答复，何用汝等哓哓不休耶？若汝等果系奉贵国领事之命令而来，则本人即至领事馆交涉，亦无不可。’语毕，日兵即大哗，旋复将捆缚之员役，排列为一半圆形，而惨无人道之日军官，即今日兵以刺刀对所缚诸人之头部肆行砍剥，须臾，诸人断鼻缺耳，血肉模糊，其状惨不忍言。蔡主任目击之下，大声呼号：‘日人枪杀我们了，此种国耻何时可雪？’言罢泪涔涔下，同人闻言，均放声大哭，群相痛骂，日兵益怒，更刀枪拳足，交相并下，尽力侮辱后，复将诸人分三四组拽出屋外，执行枪决。”
以上是张汉儒所目见，当时蔡公时与张麟书及周某、姚某等为第一组，首先殉难，而缚于第二组的勤务兵张汉儒，在忙乱中由案上跌地，拾得剪刀，乘黑暗剪断束缚，乘机逸出，奋勇登高，连越四墙，才落在一个空地上，该地有一空水桶，张于惊惧之下，即伏桶内，不久天明，张正无计逃出防线，遥闻小车声远远而至，伸领探视，系一推水之苦力，乃待其近前，张即对之略述昨夜之经过，求为援救，苦力亦泪滢滢允为设法，张探手衣袋内，尚有五角，以授苦力，易其短衫一件，更换血衣，始出桶外，冒充推水的人与苦力拉车，绕道混出防线，即奔往各官署，报告蔡公时被难情形。总司令部闻讯后，即为张摄制受伤照片，以作日后交涉的证据。
日军惨杀中国外交特派员及其随员后，又转向中国外交部办公处行凶，勒令中国军队缴械。当时国民政府外交部长黄郛亦在济南，蒋中正即嘱黄就近交涉，毫无结果，黄郛随从护兵所携带的步枪26支亦被缴去。黄郛乃急电日本外务大臣田中，请立即制止日军暴行，并撤退驻兵。5月4日上午英、美驻济南领事出面调停，形势略转缓和，可是到了晚上，日军复行射击，福田师团并由青岛增防济南，更不断以飞机大炮轰击济南驻军和无辜人民，革命军驻扎五大马路纬一路广东会馆之第四十军第三师之第七团，及驻小纬路四路之第卅七军第一团，与纬一路北首王店，津浦路第一区警察全被日军缴械，被俘徒手官兵1000余，拘禁正金银行，断绝饮食，不准坐卧。至5月7日，福田更向革命军提出如下之条件：
一、国民革命军须离开济南及胶、济路沿线两侧20华里以外。
二、中国军队治下，严禁一切反日宣传，及其他之排日运动。
三、与骚扰及其暴虐行为有关之高级军官，加以严重处罚。
四、在日本军前面与日本军抗争之军队，解除其武装。
五、为监视实行上列各条件起见，将辛庄、张庄两兵营开放。
上述条件，日方限当晚12时前答复，否则即行攻城。蒋中正以条件太苛，遂于5月8日晨，交由战地委员会主席蒋作宾派员向其交涉，申明所提离开铁路沿线一条，影响北伐军之行动，难以接受外，余可考虑协商。交涉卒无效果，复于当日上午派熊式辉、罗家伦遄往日军司令部谈判，亦无结果。福田旋即开始攻方医院与其他各处疗养之伤病官兵，抢劫公司商店，破坏黄河铁桥及新城兵工厂，并向革命军泰安总司令部轰炸。5月9日蒋再派何成浚全权代表赴济谈判，几经波折，始抵达济南，福田仍坚持前提五条，且扩大对中国军民之屠杀与轰击。因此留济南警备的革命军，乃于5月10日夜11时半，在被迫状况下，暂时退出济南。在这次惨案中中国伤亡军民约110062名，新城兵工厂之损失，在600万元以上，其他更无法统计。（此案一直延至民国18年元月23日，日使芳泽来华，经过五次之谈判，始正式签订协定撤退日兵。）
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