孙中山并不反对北京政府的和平统一计划，不过他的主张比张绍曾的有内容，而且实际。孙于12年1月26日在上海莫利爱路私宅招待各报记者，发表和平统一宣言，主张裁兵救国，这个通电发出后，立刻得到黎元洪、张绍曾、段祺瑞、张作霖、卢永祥等的赞成。
孙本拟于1月27日由上海启程赴广州，因于26日晚获悉江防事变，乃临时中止启程。
江防事变后，刘震寰率领所部移驻石龙，粤军集中江门，程潜也在江门主持广州外围军事。朱培德部滇军开抵梧州，许崇智的东路讨贼军由福建回师广东。广州虽然还在滇、桂军控制之下，可是杨希闵的态度已逐渐和沈鸿英分离。因此，从2月4日起，沈的态度也有了转变，除发表宣言“援粤任务告终，应请孙、岑二老迅速回粤主持”外，又派郑士瞻到上海迎接孙中山回粤，并请胡汉民回省主持政务。同时咨请滇军接收市内防务，部队开往北江，他所委派的行政人员也纷纷退职。这才使广州情势逐渐恢复正常。
2月6日，英、美、日三国领事联袂赴农林试验场把魏邦平接了出来，魏已在那儿住了十天。魏恢复自由后，于8日前往香港休息，胡汉民则于9日由香港回到广州。
胡汉民抵广州的第二天，向上海孙中山处电告军情，略谓：
“据确报，陈逆在港会议：一、预计兵力，洪兆麟廿营在潮、汕，钟景棠十二营在梅县，陈炯光十四营在五华、兴宁，林虎五千人在兴宁，黄凤纶三营在蕉岭，翁式亮九营由揭阳开往梅县，杨坤如一千五百人在老隆，除某部外，均归林虎指挥。二、饷项由洪筹措，不足由林逆补之，闻潮、汕开赌，每日可得万余元。三、许军迫，则健部退入江西。四、与沈决裂时反攻省城。五、陈逆现在陈席儒家。七日蔡成勋有代表二人到，商对付闽粤办法。六、马育航在南京来电云得齐燮元助款云云，以上须注意，已电闽。”
沈鸿英派郑士瞻到上海谒见孙中山，表示服从命令，孙中山复书谕以大义，略云：
“国家之事须正当办法，乃能得正当解决。绝非挟私任术，好逞阴谋，与民治之道背驰者所能胜。中间或能侥幸，得一二胜利，结果亦终归于败，可以断言，此古今中外之成事具在，可资考证者也。”
孙这时在上海强化国民党党本部，制定“中国国民党中央干部会议规则”，并组织党本部军事委员会，以柏文蔚、吕超、黄大伟、蒋作宾、蒋中正、顾忠琛、朱霁青、路孝忱、叶荃、吴介璋、朱一鸣、吴忠信、熊秉坤为军事委员。
12年2月15日孙中山偕谭延闿、杨庶堪、徐绍桢等由上海动身，17日抵香港即下榻杨西岩寓。
18日孙在香港发表蒋中正为大本营参谋长，并电催来粤，电云：
“介石兄鉴：顷阅兄与沧白、湘芹兄函，甚慰。展、季二兄现时均有重要职务，须暂留沪及赴浙、奉，此间须兄助至切，万请速来勿延，并已发表兄参谋长，军事枢机，不可一日无人也。”
20日孙中山在杨西岩宅对香港的工商领袖演讲“裁兵筑路”，略云：为实践裁兵宣言起见，当从广东裁兵始，或谓广东若裁兵，他省来攻奈何？则应之以兵不贵多而贵精，苟广东有10万兵，将其裁去一半，余一半之精兵，当能卫省及保护地方有余。至所裁之兵用以筑路，则全省道路自通，地方自然发展，则兵之工价虽厚于兵饷亦无妨，而兵亦甘于筑路而不愿当兵也。
21日，孙由香港抵广州，先至省长公署，接见各界欢迎代表后，即找邓泽如来，询问林树巍、林直勉、陆志云三人现在何处？邓答林树巍和陆志云在高州，林直勉已往香港，孙即嘱拍电，叫他们即日返穗。原来这三人是在陈炯明叛变时追随孙蒙难的侍从人员。
为了接待孙中山，滇军让出农林试验场为大元师府，孙自己改称大元帅，不再回任总统。
孙中山这次回粤，不再提护法二字，同时把所有军事力量改称为讨贼军，这是一大转变。由于直系军阀为了消灭南方护法的借口，唱出了恢复法统，同时恢复旧国会，实际上参加这个旧国会的议员都是热中名利投机钻营的政客。所谓的国会已经成为军阀的工具和摇旗呐喊的应声虫，因此以护法为目的的民主革命并不符合全国人民的愿望。此刻的目标应该是针对阻碍民国进步的南北各省军阀。孙中山回粤后不恢复总统名义而改称大元帅，同时宣布进入讨贼时期，这所谓的“贼”，就是反对民主、自私自利的各省军阀。因此讨贼时期就是反对军阀时期。而讨贼的意义更广泛，对象更实际，同时也正是千千万万中国人民的愿望。
大元帅府设立后，任命胡汉民为大本营总参议，与孙洪伊、汪兆铭、徐谦驻上海，廖仲恺为财政部长，邓泽如为建设部长，谭延闿为内政部长，伍朝枢为外交部长，古应芬为法制局长，刘纪文为审计局长，朱培德为参军长，杨庶堪为秘书长，林云陔为金库主任，徐绍桢为广东省长。
12年2月23日大元帅命令：
“桂军总司令沈鸿英着将所率全部移驻肇庆，所遗北江一带防地，着滇军总司令杨希闵迅即派队接防，西路讨贼军总司令刘震寰所部，着驻石门、东莞、虎门各地；东路讨贼军第四师长石春荣所部移驻罗定等地，此外各部队，就现在地点驻扎，自经此规定后，各部军队非奉本大元帅命令，不得擅自移动，致滋纷扰。”
李烈钧于1月奉命自港回粤后，即转赴潮汕等地收抚陈炯明部洪兆麟、尹骥、李云复诸悍将，打通了闽粤交通。同时收编尹骥、李云复、翁式亮、赖世璜、苏世安五师以待命。
李在汕头有电给孙中山云：
“此间情况日来甚有进步，以师长尹骥、赖世璜为主干，极便运用联络。现计划将全力离开潮梅，而凶寇方面进行详情，确定续报。需用开动作战费数十万元，恳电港沪筹助。”
孙批示云：“筹款不易，港商亦必畏缩，然当尽力去做。沪上潮商或有望，着潮汕各官联名发电来潮州会馆，请各潮商协力。”
3月17日任命李烈钧为闽赣边防督办，令与许崇智调防。李奉到命令即率部赴闽，以潮梅交许崇智接防。这时厦门闽军总司令臧致平颇持两端，李烈钧晓以大义，片言折服，臧遂以礼相待，并时加接济。
大本营成立后，孙中山首先致力于裁兵工作。先调查各军实数，限于3月20日前，将该军营数和驻扎地点，造具军官姓名、履历及兵士名册，呈报大元帅府，由大元帅派员分赴各军驻在地，逐一点验，倘有虚额不准再招，而老弱无枪支者，则一律裁汰。
3月20日孙中山发表“裁兵之重要与处置方法。”
孙此番回粤，对内布置情形已如前述，对外方面则力求西南各省步调一致，几经磋商，乃与唐继尧、刘成勋、熊成武、赵恒惕、谭延闿、刘显世等西南领袖联名通电，宣告对西南时局之意见，内称：
“我西南各省，决以推诚相见，共议图存，弃前事之小嫌，开新元之结合。分灾恤患，载之简书，外间内谗，一切勿受。兵为防守，不为争夺，虽折冲疆场，为义兴师，而终不背和平主旨。其他各省有被直系蹂躏，颇同心敌忾者，文等为之敬执鞭弭，所不辞也。”
3月22日任命赵士北为大理院长。26日派谢持为全权代表，执行中国国民党本部党务事宜。28日沈鸿英电称遵照大元帅命令，移防西江，设司令部于肇庆。29日任命杨希闵为中央直辖滇军总司令，刘震寰为中央直辖西路讨贼军总司令。
4月3日把陆海军大元帅府由农林试验场迁至水泥厂。
蒋中正被任为大本营参谋长，时在上海，曾电许崇智，主张先破沈鸿英以防其引北军入粤。果然沈鸿英以移防西江为名，将所部集中新街、韶关等处，召开秘密军事会议，欲与北京勾结，遂其督粤迷梦。
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