广州发生了陈炯明叛变后，福建也出了问题，福建发生了什么事情呢？一半是和部分的北伐军（许崇智等部）退到福建有关，另一半是徐树铮的介入。现在先把福建和这两方面的关系叙述一下：
许崇智和福建本有深厚渊源，早在民国2年，他就以第十四师师长在福建驻军，二次革命时曾担任福建讨袁军总司令，被革职拿办。6年12月又随着陈炯明（援闽粤军总司令）驻扎漳州，直到9年8月，在这期间他和福建督军李厚基相处甚为融洽。
至于李厚基呢？他是不折不和的皖系，2年11月他还是第四师（杨善德任师长）第七旅旅长，率部随刘冠雄到福州。3年7月任福建护军使，5年3月出任督理军务（就是督军）。6年5月督军团在北京开会，两次招待议员，都是由他代表致词。直皖战后，他和浙江的卢永祥算是皖系的两支残余力量。
在南方他暗中和孙中山示好，与许崇智亦有关系。
李厚基下面有两股力量，一股是第二师师长、汀漳镇守使臧致平，另一股是二十四混成旅旅长王永泉。王是徐树铮的西北参战军所培植的。早在7年9月，王永泉以“奉军补充旅”名义，实际受小徐指挥由洛阳南下，经蚌埠、浦口，转乘建新、福州两轮开往福建。
臧致平和王永泉都不是李厚基的直接部属，对李态度一向傲慢，李当然视他们为眼中之钉。
直奉战后，奉系战败，而南方由于陈炯明叛变，孙中山亦离开了广东，于是本来是皖系的李厚基乃竭力献媚吴佩孚以求保全自己的位置。吴则因为福建濒海，鞭长莫及，正好利用李作为分化皖系和对付广东的爪牙。李得到了吴的支持，就先对臧致平下手。11年6月5日，他突然到漳州解除臧致平的第二师长兼职，改由自己兼任，令臧专任汀漳镇守使，臧因此忿而离漳去沪。接着他请北京政府调开王永泉，因此皖系的人骂李忘恩负义。
李背叛皖系不过是自求生路，但他似乎太过火。他和徐树铮是中表亲，又是同乡，早在10年春天，徐曾秘密到福州，劝李必须与卢永祥忠诚合作，又托李代致陈树藩一个密电，李收了电稿并未替他照发，对小徐的态度也很冷淡。
11年8月18日徐树铮在上海，曾有一函致吴佩孚，劝他拥戴孙、段二老共谋统一，吴当然听不进去。小徐又派人持函到福州去见李厚基有所接洽，李竟拒而不见。有人看不过意对李说：“你们是至亲，这样做不太过分吗？”李竟大声说：“有什么过分，他是一个惯于兴风作浪的人，我惹不起他，还是少接触以免是非。”
10月2日，徐树铮携带80万元的运动费，由浙江偷越仙霞岭潜抵延平王永泉军中，随小徐同行的有曾任旅长的尹同愈、曾任团长的齐暗农和孙象震，以及曾任营长的汪某。因为事先已洽好，所以小徐抵延平的当天，就通电设立“建国军政制置府”，自称总领建国军政府制置事宜，并宣誓“以至诚至敬，尊奉合肥段上将军祺瑞、中山孙先生文为领导国家根本人，何日见此二老共践尊位，发号司令，树铮即当束身司败，俾听质讯。”这是一个不伦不类的组织，是根据徐树铮所著《建国诠真》一书设立的。
3日小徐电劝李厚基辞职离闽，限于5日以前答复。同日王永泉、许崇智两部决定联合进攻福州。许部担任左路由建瓯进攻古田，王部担任右路由樟湖坂进攻水口。
福州大为震动。李厚基勒令商会筹饷50万元，福州发生挤兑风潮，官吏眷属纷纷避难，离开福州。6日许崇智部占领古田，会合王永泉旅进攻水口，并派黄大伟，李福林两部由古田经大湖向福州推进。孙本戎旅由大湖向白沙推进，包抄水口后路，并截断水口、福州间的交通线。9日李派他的表弟警务处长史廷飏率领留省部队开赴水口增援。12日许、王两部占领水口，闽方唐国谟旅向福安、闽清方面退却。李福林、黄大伟两部遂乘虚由甘源里进至洪山桥，前锋由王懋功率领，轻骑进入福州，李厚基部来不及抵挡，李厚基首先跑到台湾银行，随后又逃上海军军舰。海军在萨镇冰指挥下，勒令李部缴械，并将李厚基软禁在马尾海容军舰上，逼迫李交出他在福州搜刮到的财富。
13日闽方史廷飏部从白沙败退下来，曾向福州城发动反攻，李、黄两部因人数不多，仓皇退走，幸好孙本戎部由白沙衔尾追击史廷飏，李、黄两部回师应战，史廷飏腹背遇敌，所部3000余人遂缴械投降。
李厚基垮台后，福州各团体遂提出“闽人治闽”的口号，推举萨镇冰为临时省长，并通电拒绝“客军人闽”，阻止南北两军在福建境内作战。
萨镇冰和海军本是站在北京政府一方，可是这次驱李战争中却帮助了南方的北伐军，不过他却不肯脱离北方，而直系也想利用海军来驱逐北伐军，授意北京政府于10月15日任命萨镇冰为福建省长。于是这个福建省长既是福州各团体所推选，又是北京政府所任命。
萨镇冰在给北京电报时，把扣留李厚基一事说成是“保护”，而吴佩孚则将计就计地请萨派遣军舰把李厚基护送到厦门登陆。
福州的易帜，是孙、段、张三角同盟在直系全盛时期打下的一个缺口，北伐军也算找到了一个立足点，因此张作霖派奉天兵工厂督办韩麟春到上海，劝孙中山出兵江西、湖南，并约卢永祥进攻江苏，而奉军即大举入关反攻。国民党人也纷纷电请孙中山到福州组织政府。由于徐树铮已经有了一个组织，孙不愿插足其间。孙的主要目的是要讨伐陈炯明，光复广东，清除后患，才能出兵北伐。卢永祥则颇不以小徐的政府为然，所以也不肯盲目相从。
10月17日，徐树铮、许崇智、王永泉进入福州，徐树铮便以“制置府”总领的名义，任命王永泉为“福建总抚”，统辖军民两政；并任命王永泉、许崇智、臧致平、李福林、黄大伟为建国军第一至第五军军长。在此以前，孙中山曾任命许崇智为东路讨贼军总司令，下设三军，由黄、许、李三人分任军长，所以他们都不肯接受小徐的命令，他们便从10月28日起，改称“讨贼军”。
萨镇冰已于10月15日就任临时省长，照理说，所谓的福建总抚，应该是具有督军兼省长的性质，但是王永泉、许崇智等并不否认萨的省长地位，他们都参加萨欢迎他们的宴会，因此这个时期的福建便成为孙、皖和北京政府三种势力和平共处的地区。
10月24日，北京政府下令讨伐徐树铮，任命李厚基、萨镇冰为讨逆军总司令和副总司令，高全忠为闽军总指挥。这个命令是在吴佩孚的一再催促下才发表的。本来应该把北伐军一并列入讨伐之列，只因王宠惠内阁不愿与国民党为敌，所以把讨伐的对象只集中在徐树铮一人身上。
妙的是，北京所任命的讨逆军副总司令，这时却正在福州和被讨伐的人和平共处，而总司令却是一个失去自由的俘虏。
更荒唐的是，北京参陆办公处已于10月18日电派常德盛为援闽军总司令，因此现在北京对福建就派出了两个总司令，一个是援闽总司令，一个是讨贼总司令，两者各不相属。李厚基虽然被俘，但他的直属部队王献臣旅在上杭、张清汝旅在泉州、高全忠师在厦门，所以吴佩孚依然重视他。此外吴还调动各路人马，包括驻武穴的鲁军张克瑶旅、驻崇阳，通城的鄂军第二混成旅寇英杰、北洋第二混成旅胡念先两部和杜锡珪所属海军舰队以及在江西的周荫人、常德盛两师。常师已于10月18日由南城开抵杉关。粤军尹骥旅开抵平和后拟向龙岩推进，尹于10月16日曾到上杭与王献臣会商作战计划，此时陈炯明希望取得指挥闽、粤、赣各军的军事全权，以便统一布置，吴佩孚不愿把北军的指挥权交给陈，因此陈的态度便趋于消极，不肯单独进攻。
徐树铮奇袭福建，震动全国，可是不知他是怎样想法，组织了一个不伦不类的怪政府，名既不正，言又不顺，引起了各方的反感。尤其是所谓的“总抚”，更是奇形怪状的名堂，颇似清朝的总督、巡抚，他所编拟的组织，是总抚之下设军政、民政、财政三署，这个制度也是根据《建国诠真》的官制篇所规定的。
10月30日，建国军、讨贼军举行联合会议，选举福建籍的国民党人、广州国会议长林森为福建省长，同日，王永泉取消“总抚”名义，改称福建总司令，并取消建国军名义，改称福建第一军军长。徐树铮表示“建国军政制置府”的职权，类似国务院，将随军事之进展而迁移他处，不会长期设在福建。这一表示仍然不能获得谅解，徐又打算取消制置府，改称建国军总司令。
11月1日，徐树铮通电主张迎接段祺瑞到上海和孙中山见面，并在上海召开联省会议，解决组织政府和各省共同出兵讨伐直系的问题。然而徐的电报却没有人响应。
就是这个时候，段祺瑞派王郅隆到福州来，劝小徐取消制置府，离开福州。而王永泉这时也不愿意有一个不伦不类的太上皇，自己已是福建的主人，所以便企图把小徐赶走。许崇智等认为这是皖系自己闹意见，不愿介入。徐树铮在这种情势下只好黯然离开福州，11月2日乘轮去上海，建国军政制置府就是昙花一现，突然结束了。
11月3日，福州各界举行大会，宣布“闽人自决闽事”，阻止各方军队入闽。林森宣布就任福建省长，萨镇冰取消了临时省长名义。
王永泉于11月6日向北京政府通电输诚，不过暗中仍和国民党敷衍。
李厚基的母亲曾自上海送来一笔“赎款”，因此李遂被海军释放，10月30日李乘靖安舰到南京和齐燮元、杜锡珪相见，共同讨论反攻福州的计划。11月5日李乘舰到了厦门，当他看到臧致平与高全忠同在码头上欢迎时，不禁大吃一惊。原来臧已由上海先到厦门，高就推臧为闽军总司令。臧向李表示，此行是为安抚部属，保全地方而来，并不反对北京政府。
这时，曹、吴都有电到厦门，召臧北上，因此李厚基劝臧应召前往，臧也表示同意。不料11月7日臧鼓动第二师官兵向李讨军饷，吓得李、高两人逃往鼓浪屿会审公廨。8日臧有电给陈炯明云：
“李督军五日莅厦，致平往谒，重卸仔肩，俟有替人，即当北上。七日闽有少数溃兵邀同驻厦军队向李督索饷，李督即偕同高师长他往。是时致平适在鼓浪屿候船，挽救无及，厦门绅商请致平维持地方治安，致平仍本在漳州宣布之宗旨，与贵军一致行动（意指维持闽粤两不侵犯条约）。”
11日又致电北京政府，报告李、高离开厦门情形，并表示“服从中央”。
福建问题，北京政府也前后不一致，11月9日北京政府又加派前海军总长刘冠雄为福建镇抚使，叫他安抚驻闽海军。
11日李厚基到汕头向陈炯明乞援。
国民党方面有人主张不要迫陈炯明完全倒向北方，同时阻止陈炯明帮助李厚基援闽，因此促成孙中山和陈炯明言归于好，倡议的是汪兆铭等。但孙坚持要陈炯明写悔过书才可以不究既往，因此，徐绍桢奉派到广州劝陈炯明停止“援闽”军事，可是陈炯明拒绝写悔过书，调停遂告失败。
福建变成了群雄逐鹿的混乱局面，曹、吴调豫军常师于11月中旬先后占领光泽、邵武、建宁、将乐等县，粤军尹旅占领上杭、龙岩、永定等县，11月29日李厚基到上杭与尹骥等举行军事会议，即派张清汝、王献臣为第一二两师师长，拟联合粤军大举反攻漳州。臧致平意欲独霸一方，本来拒绝“讨贼军”开入闽南，由于受到两面压力，乃又转而与讨贼军及民军合作，12月16日两路会师泉州，张清汝逃往南安，所部五营缴械投降；王永泉部开往闽北，抵御常师，12月中旬接连收复将乐、延宁、邵武，常师退往江西境内杉关、黎川一带。直到这时，福建的局势才稳定下来。
徐树铮“开府延平”一幕是失败的，他虽然出奇致胜，赶走了李厚基，可是王永泉并不听他的话，对皖系力量也丝毫没有补益。不过，福建的局势，对孙中山方面来说是一个重要的发展，因为“北伐军”从翁源退到闽边，饷弹两缺，同时又面临粤（洪兆麟一师）、闽（王献臣一旅）、赣（周荫人一师）三面围攻的危险。如果不能在福建打出一个出路，就是困顿的局面，到了福建后，兵力扩充了一倍，士气也完全恢复。
皖系和奉系都主张孙、段、张的三角联盟，借福建的基地同时围攻直系，然而孙中山不同意，他说：“孔明欲图中原，先定南中，吾党欲出长江，非先灭陈逆不可，因为必需有广东，才有能力图长江，否则便腹背受敌了。”
孙中山早在10月18日就下命令把入闽的各军改编为东路讨贼军，任命许崇智为东路讨贼军总司令，黄大伟为第一军军长，许崇智为第二军军长，李福林为第三军军长，蒋中正为总部参谋长，准备回师广东。同时派邹鲁为驻港特派员，邓泽如为驻港理财员，在粤、桂两省发动讨逆军事，夹击陈逆。
10月31日，邹鲁偕李文范抵港，邀邓泽如、林直勉、林树巍、胡毅生等，会议进行事宜。滇、桂军将领杨希闵、刘震寰、蒋光亮等均派代表来港接洽。
11月8日孙中山函滇军将领张开儒、杨希闵等，把握时机，速图广东。
当时，在福建的粤军可算是孙中山的直系部队。尤其是许崇智这一军更是最忠于孙的军队。
在军事人才方面，孙中山最器重的是蒋中正，所以当许崇智等在福建打开局面，孙任命许为东路讨贼军总司令后，又任命蒋中正为参谋长，敦促他早日赴闽，策划规复广东事宜。10月22日蒋中正至福州，即至第二军部办公，并代表孙慰劳讨贼军各将领。当时粤军寄居福州，困难甚多，黄大伟又因改编事，与许崇智冲突，蒋中正乃函呈孙，有离福州之意，孙接函，急驰电阻止，电曰：
“介石兄鉴：接函甚愕。我以回粤讨贼重任，托汝为与兄，无论如何困难，总须完成任务，方能释肩，万勿轻去，以致偾事。如有阻力，当随时为兄解除。仲恺即来相助。孙文。皓。”
11月24日廖仲恺至福州，与蒋中正相晤，并面交孙中山慰留手谕：
“介石兄鉴：顷见兄致展堂、季新书，有‘十日内如毫无进展，则无可如何’等语。吁！是何言也。吾不能亲身来闽，而托兄以讨贼之任，兄何能遽萌退志如此！夫天下事，共不如人意者，固十常八九，总在能坚忍耐烦，劳怨不避，乃能期于有成。若十日无进步，则不愿干，则直无事可成也。……纵我无进步，而敌则日日退步；如敌军将士之日有觉悟也，敌人之团体日形瓦解也，百粤人心之恨彼日甚也，思我日深也，此即日日之无形进步也。由此以观，我能坚持，便等进步矣。故望兄切勿稍萌退志，必期达灭陈之目的，而后乃能成一段落。非然者，则必百事无成也。……能即进而灭广州之贼，固善。如其不能，则保守福州而坚持，亦为一进步也。盖有一日福州，则我有一日之凭借，外交内应，皆可以此为背景。倘并此而无之，则我不过为一租界之亡命客耳，奚足轻重！故兄能代我在军中多持一日，则我之信用可加多一日。故望兄为我而留，万勿以无进步而去。兄忘却在白鹅潭舟中之时乎！日惟睡食与望消息而已。当时何尝有一毫之进步，然其影响于世界者何如也！今则有我在外活动，而兄等在福州，则为我之后盾也。有此后盾，则我之计划措施，日日有进步，或者不必待兄等之恢复广州，我计划已达最后之成功，亦未可知也。故兄无论如何艰苦烦劳，必当留在军中，与我在外之奋斗相终始，庶几有成。……总之，十数年来，今日为绝好之机会，吾人当要分途奋斗，不可一时或息，庶不负先烈之牺牲，国人之期望也，千万识之。”
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