上海因为是一个国际都市，所以一直占有特殊的地位，因此淞沪护军使也变为北洋军阀一个争夺的目标。尤其是直皖两系对这职位一直没有放弃争夺。淞沪护军使在官制上不属于江苏督军管辖，当年袁世凯酝酿称帝时为了牵制冯国璋，所以派遣第四师师长杨善德驻兵上海，兼任淞沪护军使，冯国璋对于他在江苏督军任内权力不能及于上海，心殊耿耿，不断向北京政府提出抗议。但是抗议归抗议，北京政府就是不愿意把上海划入江苏范围。后来浙江督军出缺，杨善德率兵进驻杭州，取得了浙江督军，这是民国6年11月间的事，冯国璋乘机把淞沪军区纳入江苏督军管辖，可是这只是冯单方面的行动，北京政府并不承认，段祺瑞派了皖系另一健将，第十师师长卢永祥继任淞沪护军使，冯段早期的误会，淞沪争夺是一个主要关键，由于卢永祥继任淞沪护军使，使到冯再次希望落空。
8年8月13日，浙江督军杨善德因病去世，北京政府发给杨1万元治丧费。北洋时代重武轻文，以治丧费就可为证，武人治丧费1万元，文人治丧费2000元，几乎成为一个定例。
14日北京政府调升卢永祥署理浙江督军，这时江苏督军李纯便乘机提出收回淞沪军区的要求，属于直系的长江三督联合保举第六师师长齐燮元继任淞沪护军使。可是皖系怎会把自己手中如此重要的地盘放弃？因此卢永祥急电向北京政府密保第四师（杨善德的部队）第八旅旅长何丰林继任淞沪护军使。卢以浙江督军身份仍兼原有的第十师师长，同时把杨善德留下的第四师予以扩充为一师一混成旅，把第四师第八旅旅长何丰林保升淞沪护军使，并兼任混成旅旅长，另保举第四师第七旅旅长陈乐山为第四师师长。卢的嫡系第十师一旅驻杭州，一旅驻上海。
这一安排让直系大为愤怒，可是直系无法正面反对，乃提出意见，认为淞沪护军使地位很高，不能由一个资格很浅的旅长继任。直系把这个意见向北京反应，要求北京政府慎重考虑淞沪护军使的人选问题。
卢永祥当然不会把已经到手的地盘放手，他的态度非常的坚决，他向北京政府表示：如果不接受他的意见他就不干浙江督军，宁愿回任淞沪护军使。其实这不过是一种姿态，只是向直系示威而已。9月14日卢竟由杭州回到上海，好像真要回任淞沪护军使，这使北京政府大感为难。
为了和缓李纯、卢永祥之争，北京政府乃采取一个折衷办法，明令发表三案：
一、特任卢永祥为浙江督军。
二、裁撤淞沪护军使。改设淞沪镇守使。
三、令何丰林为淞沪镇守使。
在北京方面看来，这是一个两全的办法，可是浙方颇为不满，因为淞沪在江苏辖境内，护军使可以不受督军节制，但是镇守使则必需受督军节制。不但官职上完全不同，而且这一来仍然达到了李纯吞吃淞沪的目的。因此卢永祥和何丰林均分别发出通电：
卢永祥何丰林联名电：
“恭读大总统命令，特授卢永祥为浙江督军，淞沪护军使着即裁撤，改设镇守使，调任何丰林为淞沪镇守使，此令等因。当此南北争持之际，国是未定，人心未安，政府失其重心，大局日趋危险，淞沪地方重要，未便骤事更张，除电呈大总统外，现仍以卢永祥兼任淞沪护军使名义，由丰林代行，维持现状。谨此电闻，即请查照为荷。”
何丰林复自发一电向中央辞职，文云：
“大总统国务院参陆部钧鉴：恭读大总统令，淞沪护军使一缺，着即裁撤，改设淞沪镇守使，调任何丰休为淞沪镇守使，此令等因。奉令之下，惶悚莫名。伏念淞沪地方重要，绾毂东南，自民国四年裁并上海、淞江两镇守使，特设护军使一职，直隶中央，当时设官分职，用意至为深远。数年以来，迭经事变，用能本其职权，随机应付。至去岁卢督调任后，学潮震荡，工商辍业，人心动摇，闾里虚惊，丰林一秉成规，幸免意外。现方南北相持，大局未定，忽奉明令，改设镇守使，职权骤缩，地方既难维持，事机尤多贻误，对内对外，咸属非宜。丰林奉职无状，知难胜任，惟国家官制，必须因地制宜，不能因人而设。惟有退让贤路，仰恳大总统准予免去淞沪镇守使一职，以重旧制，而维大局，不胜屏营待命之至。”
随着第四师第十师（都属浙方）全体军官拍电到北京，吁请收回裁撤淞沪护军使的成命，任命何丰林为护军使。这时北京方面正为了直皖决裂，战端将启，无心顾及东南，所以未立即答复，何丰林疑是李纯搞的花样，即电李纯有：“解铃系铃，全在吾师”句，又联合吴淞警备司令荣道一致电李纯有：“同人等群相诘责，无词应对，私心惴测，亦难索解，非中央欺吾师，即吾师欺学生”云云。原来何丰林和荣道一都是李纯的学生。李纯乃复电表示心迹云：“中央命令如果由兄指使，兄无颜见弟，无颜见人”。可是浙方仍不谅解，于是双方剑拔弩张，分兵布防。江苏士绅结合各团体呼吁和平，李纯平素以和平为号召，面对江浙之争亦不愿过火，一场纷争总算双方能悬崖勒马。
9年8月4日，北京政府正式任命江苏督军李纯为和谈总代表。这时候，所谓南北之间已无和谈可言，不过这个职位代表北京政府的诚意。李纯一向以和平督军自命，南北战争时候，他一直坚持要和谈，南方对李纯也有信心。
李纯在江苏督军任内，最心腹的人是齐燮元，齐的正式官职是江宁镇守使兼第六师师长，最后是江苏军务会办。
后皖系失败，皖系大将安徽督军兼长江巡阅使倪嗣冲因病重被免职，北京政府命张文生暂署安徽督军，而长江巡阅使一职由李纯兼任，李纯认为长江巡阅使徒拥虚名，不愿担任，乃派参谋长何恩溥赴京请辞长江巡阅使，请政府另选贤能。北京政府对这长江三督之首的李纯特别垂青，乃将长江巡阅使裁去，改任李纯为苏皖赣巡阅使，齐燮元为副使。李纯对此名义颇满意，遂欣然接受。
怎知这个名义造成长江三督中苏赣两督的分裂，陈光远认为屈居李纯之下，心有不甘，竟公开宣称：“情愿归鄂，不愿归苏。”新任皖督张文生亦步陈光远后尘，反对李纯。江苏士绅竟有“李督生平素称不预民政”通电，请李移驻九江当涂。
这时江苏政潮突起，更增复杂。原来江苏省长齐耀琳和李纯政见相左，呈请辞职，李纯顺水推舟，乃向北京政府保荐王克敏为省长，消息传出后苏人大哗，认为王克敏除了嫖赌称能，一无是处，如此人物，怎能担任一省之长，遂函电纷驰，表示反对。在李纯的保荐呈文上为王克敏陪衬的还有一名王瑚，曾做过京兆尹，尚孚民望。因此，北京政府既要接受民意，又要顾全李纯的颜面，于是特任王瑚为江苏省长。省长问题解决后，又发生江苏省财政厅长问题。李纯保荐张文龢为财政厅长，苏人认为张文龢无行，且工谄媚，怎可掌理一省财政，所以大举反对。于是痛诟张文龢力诋李纯的通电便一通接一通到达北京。
这里特拣出最激烈的两电抄录如下：
江苏公民致大总统国务院文云：
“直皖战起，李督借词筹饷，百计敛财，其始违法越权，委议会查办劣迹昭著之俞纪琦为财政厅长，人民惊骇，一直反对；近又报载力保张文龢。查龢文为李督干儿，其为人卑鄙龌龊，姑不具论，而秉性贪婪，擅长谄媚，若竟成为事实，以墨吏管财政，恃武人为护符，三千万人民生活源泉，岂可复问？报纸又迭载‘李督派员向上海汇丰银行等，借外债一百五十万，以某项省产作抵’等语，借债须经会议通过，为法律所规定，以省产抵借外债，情事何等重大？如果属实，为丧权玩法之尤，此而可忍，孰不可忍？用特明白宣告，中央果循李督之请，任文龢为江苏财政厅长，文龢一日在任，吾苏人一日不纳税。至借债一节，如果以江苏省产作抵，既未经过决定手续，我苏人当然不能承认。江苏人民困于水火久矣，痛极惟有呼天，相忍何以为国？今李督方迭次托病请假，又报载其力保文龢，以去就争，应请中央明令，准其休息，以苏民命而惠地方。江苏幸甚。”
南汇公民致大总统国务院财政部云：
“报载李督力保文龢长财厅，以去就相要，苏民闻之，同深骇异。文龢为李督干儿，卑鄙无耻，不惜谓他人父，人格如此，操守可知。财政关系一省命脉，岂堪假手贪鄙小人？如果见诸事实，苏民誓不承认。且江苏者，江苏人之江苏，非督军所得而私。李督身任兼圻，竟视江苏为个人私产，并借以为要挟中央之工具，见解之谬，一至于此，专横之态，溢于言外，既以去就相要于前，我苏民本不乐有此夺主之喧宾，中央亦何贵有此跋扈之藩镇？应请明令解职，以遂其愿。如中央甘受胁迫，果徇其请，则直认江苏为李督一人之江苏，而非江苏人之江苏，我苏民有权，还问中央果要三千万人民为尽义务否？三千万人民为之豢养否？博一督军之欢心，失三千万人民，孰得孰失？惟中央图之！”
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