段系决定不顾一切改选总统，南方的桂系则尽一切努力想延长冯国璋的总统任期。7年8月31日广州非常国会宣言，将继续召集护法会议，并进行总统的选举。对于所有北京政府缔结的对外条约和公布的法律，一概认为无效。政学系的议员进一步主张即选冯国璋为大总统。9月2日广州的军政府发表宣言，否认安福国会有选举总统之权，如果选出了总统，西南决不承认。
段系既然决心要选举，为了怕发生意外，于是召奉军一旅开到南苑。张作霖向北京政府呈请恢复张勋的自由，而康有为又公然到了北京，于是北京内外人心皇皇，以为又要发生第二次复辟。
9月4日，安福国会组织两院选举委员会，到议员436人，徐世昌以425票当选为总统。据说投票前每位议员都领了出席费和一张徐世昌亲笔题名的照片，少数不受控制的议员则以每张票5000元收买，由安福系所办的华通银行付款。整个大选经费是从日本借款中提出的。议员们在投票后，段内阁分别不同身价聘他们为顾问、咨议，每月送干薪200元到1000元不等。
9月5日继续选副总统，两院议员到者仅88人，因人数不足流会。副总统本有四个人有希望竞选，是冯国璋、段祺瑞、张作霖、曹锟。冯、段已有承诺同时下野，张作霖亦自动放弃，于是只剩下曹锟一人。交通系主张不要选北洋军人，以免西南更走极端，俾让徐世昌发动和平。积极主张的是梁士诒，北洋部分军人认为梁是广东人，想促成南方人当副总统，可是梁士诒则说他是希望缓选副座以留待对统一和平有功之人。梁曾有函致北洋军人申述自己意见书云：
“夫主张速选者，本谓选出曹使，则北洋系固结可期。士诒忝厕北洋有年，北洋系之固结，迩年来竭力经营，未尝稍懈。然士诒爱北洋系，而尤爱国家；且爱国家，即所以爱北洋系也。夫主张速选，以固结北洋系者，惟知固结北洋系，而不知因此足令国家分裂。曷言乎足令国家分裂？今日大总统已下令劝和，全国士商，多求罢战，是和平统一已为全国心理所同趋，苟无意外之阻力发生，则和平统一，当可告成。今若速选曹使为副座，则全国士商，不免大起猜疑，将谓中央又复主战，而西南人士，必以为故表对敌之意，是使已熟之和平终于无果。此足令国家分裂理由一也。西南对于主座之个人，本是同钦共仰，惟对于主座之选举，犹以违法相攻，今若选曹使为副座则彼等必合个人与选举而并攻之，其终也必至危及主座，若是则政局愈纷，去和平统一愈远矣。此足令国家分裂之理由二也。副座未选之前，则西南犹怀或归己得之望，此望未绝，则和平统一之机尚存。若一旦选出，则此望遂绝，而彼等必自行选举，若是则南北分立之局以成，而和平统一终于无望。此足令国家分裂之理由三也。有此三理由，故士诒主张缓举为有益于时局也。”
梁士诒因此一主张而和直系结怨，日后梁组阁受到吴佩孚的激烈反对，大部分由此而起。
徐世昌当选总统后有歌电谦辞，这是北洋政府官僚们例行地做作姿态。电云：
“国会成立，适值选举总统之期，乃以世昌克膺斯选，世昌爱民爱国，岂后于人，初非沽高蹈之名，并不存畏难之见。惟惓念国家杌陧之形，默察商民颠连之状，质诸当世，返诸藐躬，实有非衰老之躯，所能称职者。并非谦让。实本真诚，谨为我国会暨全国之军民长官并林下诸先生一言，幸垂听焉！民国递嬗，变乱屡经，想望承平，徒存虚愿，但艰危状况，有什佰于当时者。道德不立，威信不行。纪纲不肃，人心不定、国防日亟，边陲之扰乱堪虞、欧战将终，世局之变迁宜审。其他凡事实所发现，情势所抵牾，当局诸公，目击身膺，宁俟昌之喋喋？是即才能学识，十倍于昌，处此时艰，殆将束手，此爱国而无补于国，不能不审顾踌躇者也。国之本在民，乃者烽火之警，水潦之灾，商业之停滞，金融之顿挫，土匪劫掠，村落为墟，哀哀穷民，无可告诉。吏无抚治之方，人鲜来苏之望，固无暇为教养之计划，并不能苏喘息于须臾。忝居民上，其谓之何？睹此流离困苦之国民，无术以善其后，复何忍侈谈政策，愚我编氓？此爱民而无以保民，更悚惕而不自安者也。然使假昌以壮盛之年，亦未尝无澄清之志。今则衰病侵寻，习于闲散，偶及国事，辄废眠食。若以暮齿，更忝高位，将徒抱爱国爱民之愿，必至心有余而力不足，精神不注，丛脞堪虞，智虑不充，疏漏立见。既恐以救国者转贻国羞，更恐以救民者适为民病，彼时无以对我全国之民，更何以对诸君子乎？吾斯未信，不敢率尔以从，心所谓危，谨用掬诚以告，惟我国会暨我全国之军民长官，盱衡时局，日切隐忧，所望各勉责任，共济艰难，起垂蹙之民生，登诸衽席。挽濒危之国运，系于苞桑。昌虽在野，祷祀求之矣。邦基之重，非所敢承，干济艰屯，必有贤俊，幸全尘翮，俾遂初服。除致函参众两院恳辞，并函达冯大总统国务院外，特此电达。”
歌电发出后，北方军阀当然一致敦促如期就职，只有南方是劝阻徐就职的，广州军政府由岑春煊、伍廷芳两总裁联合拍电致徐，劝勿就职。
“读歌日通电，借悉非法国会选公为总统，公既惕世变，复自谦抑，窃为公能周察民意，不愿冒登大位，至可钦佩。惟公之立言，虽咨嗟太息于国事之败坏，而所以致败坏之原因，公未尝言之，此春煊、廷芳所不能默尔而息者。致乱之故，虽非一端，救国之方，理或无二。一言以次之曰：‘奉法守度而已’。《约法》为国命所托，有悍然不顾而为法外之行动者，有托名守法而行坏法之实者，均足以召乱。自国会被非法解散，《约法》精神横遭斲丧，既无以杜奸人觊觎之心，更无以平国民义愤之气。护法军兴，志在荡乱，北庭怙恶，视若寇仇，诪张为幻，与日俱积，以为民国不可无国会，而竟以私意构成之，总统不可无继人，而竟以非法选举之。自公被选，国人深感北庭无悔祸之诚，更无以测公意之所在。使公能毅然表示于众曰：“非法之举，不能就也，助乱之举，不可从也。”如此国人必高公义，即仇视国会，或感公一言而知所变计。戢乱止暴，国人敢忘其功？惜乎公虽辞职，而于非法国会之选举，竟无一词以正之也。窃虑公未细察，受奸人盅惑，不能坚持不就职之旨，此后国事，益难收拾，天下后世，将谓公何？如有谓公若将就职，而某某等省，可以单独媾和者；国会可以取消，从新组织者；护法各省，如不服从，仍可以武力压制之者，此等莠言，皆欲踞公于炉火之上，而陷民国于万劫不复耳。愿公坚塞两耳，切勿妄听。公从政有年，富于阅历，思保令名，宜由正轨。煊、迁忝列旧交，爱国爱公，用特忠告，幸留意焉！”
冯国璋收到徐世昌一函，内容和歌电相同，立函复徐世昌，敦请出山，词意诚挚，函云：
“顷奉大函，以国会成立，选举我公为中华民国大总统，虞棼丝之难理，辞高位而不居。谦德深光，孤标独峻，即兹举动，具仰仪型。惟审察现在国家之情形，与夫国民感受之痛苦，倒悬待解，及溺须援。天下事尚有可为，大君子何遽出此？略抒胸臆，幸垂察焉！比年以来，迭更事变，魁杓既无所专属，法律几成为具文。内则罥斧相寻，外则风云日恶，以云险象，莫过今兹。……然危厦倘易栋梁，或可免于倾圯，洪波但得舟楫，又何畏夫风涛？不患无位，而患无才；亦有治人，乃有治法。我公渊襟睿略，杰出冠时，具世界之眼光，蕴经纶于怀抱。与国记枢密之姓名，方镇多幕府之偏裨，一殿岿然，万流奔赴。天眷中国，重任加遗，所望握统驭之大权，建安攘之伟业，公虽卑以自牧，逊谢不遑，而欲延共和垂绝之纪年，当此固舍公莫属也。邦本在民，诚如明示。尔在兵连祸结，所至为墟，士持千里之粮，民失一椽之庇。疮痍满目，饥馑洊臻，定人谋之不臧，抑天心之未厌？我公仁言利溥，感人自深，纵博济犹病圣人，恩泽难偏于枯朽，而至诚可格天地，戾气或化为祥禨，况旋转之功，匪异人任，恻隐之念，有动于中，必能嘘备瘠以阳春，挽沉冥之浩劫。公谓教养匪易，虑远心长，实则彼呼号待尽之孑黎，此日已望公如岁也。夫以我公之忧国爱民也如彼，而国与民之相需于我公者又如此，既系安危之重，忍占肥遁之贞，平日以道义相期，不能不希我公之变计矣。至若虑蹉跎于晚岁，益足征冲淡之虚怀，但公本神明强固之身，群以整顿乾坤相属，虽诸葛素持谨慎，而衡武讵至倦勤，亦惟有企视老成，发挥绪余，以资矜式耳。国璋行能无似，谬摄政权，历一稔之期间，贻百端之丛脞，清夜内讼，良用惭惶，所代及时，负担获驰，徒抱和平之虚愿，私冀收效于将来。我公为群帅所归心，小民所托命，切盼信期就职，早释纠纷，庶望治者得以慰延颈跂足之劳，而承乏者不至有接替无人之惧，耳目争属，心理皆同，谨布区区，愿言夙驾，专肃奉复。”
徐世昌这年64岁，他是北洋的元老和重臣，本身不是军阀。在前清时代，外任总督，内握军机，民国时代则以超然姿态为政治上一大力量，因老成望重，而为北方泰斗。袁克定称他为活曹操，皖系在这个时候把他捧出来，只因为他是个文人，手中没有兵权，不会组织一个军事集团来争权夺利。同时由于徐世昌是超然派和元老，可以利用他瓦解直系。段祺瑞本人希望借徐世昌一顶帽子促成以段为中心的北洋派大团结。其实，段这个打算是大错特错了，徐世昌是个老狐狸精，是玩耍政治阴谋的斲轮老手，是透明的水晶球，他不会甘心做别人的傀儡和盖印机器。
徐世昌从当选总统那天起，就十分机密地指使旧交通系领袖梁士诒、周自齐等联合新国会中的非安福系分子，组织另外一个不公开的政治小集团，以对抗多数党的安福系。
7年10月10日，徐世昌就任大总统，并发表宣言：
“世昌不敏，从政数十年矣，忧患余生，备经世变，近年闭户养拙，不复与闻时政。而当国势纠纷，群情隔阂之际，犹将竭其忠告，思所以匡持之。盖平日忧国之抱，不异时贤。惟不愿以衰老之年，再居政柄。耿耿此衷，当能共见。乃值改选总统之期，为国会一致推选。屡贡悃忱，固辞不获。念国人付托之重，责望之殷，已于本日依法就职。惟是事变纷纭，趋于极轨，我国民之所企望者，亦冀能解决时局，促进治平耳。而昌之所虑，不在弭乱之近功，而在经邦之本计。不仅囿于国家自身之计划，而必具有将来世界之眼先。敢以至诚极恳之意，为我国民正告之。
今我国民心目之所注意，佥曰南北统一，求统一之方法，固宜尊重和平。和平所不能达。则不得不诉诸武力。乃溯其已往之迹，两者皆有困难。当日国人果能一心一德以赴时机，亦何至扰攘频年，重伤国脉？世昌以救国救民为前提，窃愿以诚心谋统一之进行，以毅力达和平之主旨。果使阋墙知悟，休养可期，民国前途，庶几有豸。否则息争弭乱，徒托空言，或虞诈之相寻，至兵戎之再见，邦人既有苦兵之叹，友邦且生厌乱之心，推原事变，必有尸其咎者。此不能不先为全国告也。
虽然，此第解决一时之大局耳，非根本立国之图也。立于世界而成国，必有特殊之性质，与其运用之机能。我国户口繁殖，而生计日即凋残；物产蕃滋，而工商仍居幼稚。是必适用民生主义，悉力扩张实业，乃为目前根本之计。盖欲使国家之长治，必先使人人有以资生。而欲国家渐跻富强，以与列邦相提挈，尤必使全国实业，日以发展。况地沃宜农，原料无虞不给，果能懋集财力，佐以外资，垦政普兴；工厂林立，课其优劣，加之牖导；更以国力所及，振兴教育，使国人渐有国家之观念，与夫科学之知能，则利用厚生，事半功倍，十年之后，必有可观。此立国要计，凡百有司，暨全国人民所应出全力以图之者。
…………
内政之设施，尚可视国内之能力，以为缓急之序，其最有重要关系，而为世界所注目者，则为欧战后国际上之问题。自欧战发生以来，我国已成合纵之势，参战义务所在，唯力是视，讵可因循。而战备边防，同时并举，兵力财力，实有未敷。因应稍疏，动关大局。然此犹第就目前情势言之也。欧战已将结束，世界大势当有变迁，姑无论他人之对我如何，而当此漩涡，要当求所以自立之道。逆料兵争既终，商战方始，东西片壤，殆必为企业者集目之地。我则民业未振，内政不修，长此因仍，势成坐困，其为危险，什百于今，故必有统治的实力，而后国家之权利乃能发展，国际之地位乃能保持，否则委蛇其间，一筹莫展，国基且殆，又安有外交之可言乎？此国家存亡之关键，我全国之官吏商民，不可不深长思也。
…………
昌一日在职，必本此以为推行，硁硁之性，始终以之，冀以刷新国政，振拔末俗。凡我国民，亟应共勉……。”
徐世昌字菊人，直隶天津县人。早年随父亲到河南做塾师，因得与袁世凯订交，袁以钜赀助徐赴北京应试，1886年得中进士，授职翰林院编修。袁小站练兵时，延徐为总文案，后来步步提拔他做到首任巡警部尚书和第一任东三省总督。西太后去世，袁奉旨养疴，归隐洹上，而徐虽为袁党，却在宣统时代仍为红极一时之汉人大官，辛亥年老袁东山再起，徐亦为从中奔走最力之人。袁洪宪称帝前把徐从青岛迎入北京，担任国务卿。袁死后，徐归隐天津。他是个喜怒不形于色，圆滑得像个水晶球的政治人物。袁虽重用徐，可是却并不假以事权，徐对袁心怀怨恚而不外露。袁死后，他变成北洋派一致推重的老成硕望，和他有同样地位的，如张謇、如唐绍仪，虽和袁渊源甚深，可是在北洋派中则不受欢迎和拥戴。如是用现代政治术语来形容徐世昌，他在冯段之间是以太极权术来周旋这北洋系的二大派之间。段的要角安福系首领王揖唐便是徐的门人。段斗倒冯，自己却不愿居总统之名，乃推徐出山。
旧中国的政客都有一套旁门左道，徐当然不能例外，他精于堪舆之术，他认为前三任民国总统都没有好下场，是因为总统府的风水不好，他就任总统后，乃决定府院地址互迁，末迁之前先在自己私宅办公。
段祺瑞为了实行和冯同时下野的诺言，在徐世昌就职大总统后，即请辞职，专任参战督办。国务总理乃由钱能训代理。
徐世昌改变总统府的风水，并不能改变北京的政治气氛，因此他也不能不承继他的前任黎元洪和冯国璋的衣钵，要和段祺瑞发生磨擦，这不是风水使然，而是段祺瑞的过分专横，使得总统除了乖乖听话，垂拱而治以外，无他途可走。徐的政策并不能推陈出新，他仍是要借重曹锟吴佩孚以对抗段祺瑞。
徐不止是拉曹吴，拉直系，同时拉旧交通系，且对研究系表示友好态度，月助党费，研究系在安福国会中已受尽段派的奚落，而段祺瑞讨平张勋复辟后，对新交通系极为重用，对旧交通系却不假以辞色，因此这两系对段都无好感，徐拉这两系为己用，正是双方都有事实需要。
老政客自然有他一套，他要主演“和平老人”，所以必需留下副总统一席给南方或是对和平有功的人，可是他不自唱，却嗾使旧交通系首领梁士诒主唱，于是使曹锟竞选副总统的美梦落空。皖系主张继续用武力对付南方，他要钱能训代理国务总理出面倡导和平。
不过，他却留给段一条路，让段进行他的参战借款和编练参战军，这是段的新生命线，段认为新的参战军练好了，就可以实现统一中国的美梦，老徐不去碰段的这一点。因此徐段之间还能相处。
徐世昌是民国史上的第五任大总统，他就任于民国7年10月10日，民国虽换了五任总统，可是都有一个奇妙的巧合，国人从没有见过新旧总统交接典礼。孙中山先生是在南京交卸临时大总统，袁世凯则在北京就任临时大总统，后来袁帝制失败气死，黎元洪以副总统继任大总统，黎的下台是被辫子兵逐走，冯国璋便以副总统升任大总统，冯是临时性质。袁黎的总统都不曾到交卸日期，到了徐世昌被安福系选为总统后，他便郑重地问礼于内务总长钱能训，钱说：“总统就职礼，本国无先例可循，只得求教于共和先进国例子来作蓝本。”于是徐乃电驻美公使顾维钧，驻法公使胡维德。顾维钧复电说：“美国总统就职，由大理院长主持，在大理院外筑台，新总统捧圣经举手向全国国民宣誓。”胡维德复电说：“法国新总统就任，由上院议长导入总统府谒见旧总统，相互行礼，互致颂词，词毕，旧总统出府，新总统到议会宣誓就职。”徐看了电报，乃搁在一边。
10月10日上午8点半，冯国璋派钱能训和总统府大礼官黄开文备礼舆迎徐，徐却乘汽车进公府，礼官导徐至怀仁堂礼台。9点正，冯由居仁堂到怀仁堂，与徐同向国旗行三鞠躬礼，礼毕，冯东向致颂词，徐西向致答词，词毕互相一鞠躬，礼官送冯回居仁堂，冯即迁出公府，退居地安门外帽儿胡同私寓。
10时正，徐在居仁堂南向，向议长及议员宣读誓词，词毕转北向，与议长议员同向国旗三鞠躬，礼毕议长议员转东向，阁员及文武百官西向，徐立于礼台宣读就职宣言。读毕，各行三鞠躬礼庆贺，10时半外交团入贺，11时清室代表入贺。
徐世昌就大总统后的第一道命令是：内阁总理段祺瑞辞职照准，派内务总长钱能训暂代总理。徐想仿照黎元洪对孙中山先生的前例，聘冯国璋为最高顾问，冯也学孙前例表示不受。
冯段之争到此告了一个段落，也可说是两败俱伤，冯在事实上困倒了段，段在法理上打倒了冯。不过段还坐在参战督办位子上，仍有他的威势，他下台后，竟一次查封北京报纸八家，这些报纸因为载有一亿大借款事。至于冯则躲在帽儿胡同私寓真正做了个下台总统，不闻不问。
段虽然把徐捧了出来，可是徐上台后并不是傀儡，自有一套作法，而其作法又大同小异于冯，仍要走和平之路，这是段所始料不及的。
冯在总统任内所坚持的政策并不错，也可说他正符合全中国人民的愿望，求取和平，他也许有私心，要和皖系主战派唱反腔，但毫无问题他的立场是对的。他下台后郁郁困居帽儿胡同。一年后，8年12月28日，这位北洋三杰，做过大总统的冯国璋寂寞地病逝，享年六十有二。他病危时召张一麐口授遗言给徐世昌，望和局早成，以不能亲见统一为憾。他殁后，全国下半旗三天哀悼。
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