张怀芝和曹锟本来都是激烈的主战派，忽然产生了厌战气氛，曹锟一再请求回直隶养病，5月29日没有等待段祺瑞同意，就离开汉口，还把第一路司令部全部带走。30日张怀芝也率领亲信径返山东。这两位大将在离开汉口之前，曾与王占元、赵倜、陈光远、李纯交换意见，打算发出一个电报，假口“民生凋敝，不堪再战”，命令前方“停战待命”。
段听说前线将帅公然主和，大为震动，赶紧活动疏通，花了很大气力才说服他们没有发出这个电报。虽然如此，段已深感他的阵营中，主战派全变了主和派了，这是新的主和派，其中三个是原来的主和派，三个是原来的主战派，现在他们结合起来了。最不幸的是这个新的主和派领袖竟是曹锟。
直军前线全体将士也联名发表通电，力言湘省水患滔天，瘟疫流行，兵疲将惫，不堪再战。同时前线直军的五位旅长也联名发表请假的电报，这五位旅长是王承斌、阎相文、萧耀南、张学颜、张福来。所谓的请假就是怠工示威，五位旅长联名请假就是集体怠工。
新主和派的出现，显示北洋派内部的矛盾已经错综复杂极了。过去段祺瑞的皖系主战，冯国璋的直系主和，曹锟以直系大将而参加主战派，促成了段在冯段之争中操到胜券的主要原因。现在，正当南北战争的有利形势落入北军手中时，忽然原来的主战派全部转到主和派，实在是一桩极大的转变。由于主和势力大增，厌战情绪就像一种流行病一样蔓延到整个主战阵营来，连极端主战的倪嗣冲也不愿让他的安武军独当其冲，因此也请求北京把他的军队调回休息。
为什么主战的将军们在紧要关头上竟会主和呢？这也有实际因素，由于张敬尧部队的军风纪太坏，使北军在湖南完全不受欢迎。湖南人民憎恶北军，使北军在湖南的处境完全不利。另一方面南军在抵抗北军的战争主力完全未受损害，尤其是桂军元气完全未受伤害，如果北军进一步打到粤桂边境，则西南内部自会团结抵抗，则北军能否胜利实不可知。
段祺瑞在这种情形下，认为再催促前线的北军进攻是不可能了，因此他决定对湖南改攻为抚，派赵春霆为湘南镇守使，兼湖南招抚清理局局长，派员分途招抚南军，凡愿受抚者，一律改编为“国军”，官兵仍供原职，凡不愿入伍者，准其给资遣散。这是一个很恶毒的分化南军，尤其是分化湘军的策略。
段本人始终无意于终止武力统一政策。
就在主和空气声势大振时，一位著名人物龙济光在广东兵败被逐出后，到了北京。龙济光不能在广东立足，想跑到北京来找机会，他有两个目的，一是自吹自擂，说他在广东还有很大的力量，如果得到有力的支持，打回广东是不成问题的；另一个是为了要钱，他说曾垫了笔军饷1000万元，要求北京政府发还给他。
段对龙济光极尽拉拢，且想利用他来作为示范，仍然称他为两广巡阅使，给他以热烈的欢迎。龙济光向段要求准许在北方招募新兵30营，加以短期的训练，然后由海道运赴广东，作为反攻广东的基本力量。段答应龙济光在天津设立振武新军办事处，发给他一笔军费和一批军火。同时大肆鼓吹，说广东内部有隙可乘，龙巡阅使在广东仍有潜势力。
龙济光在北京高唱征粤时，闽粤边境的形势颇于北军不利。原来李厚基在段祺瑞的督促下，曾联合浙军进攻潮梅，不料受到粤军陈炯明的阻截，陈军且乘势反攻，5月17日粤军占领武平和永定属之芦下坝，20日占领上杭属的峰市，30日占领永定，31日占领长汀。6月2日以前，粤军以破竹之势完全取得汀州各属。
段祺瑞在北京又拟定了第五期作战计划，是在湖南采取守势，但在广东采取攻势。
6月10日段祺瑞召见旧国会参议长王家襄，段曾询王究竟有多少国会议员到广东去？王说：最近又有不少议员到广东去，因此非常国会可能凑足法定人数改开正式会议。段说：我现在将派45000人打广东，两个星期开始攻击，请你告诉议员们，千万不要再去广东。凡是附和南方的，一概格杀不论。
段组阁后，一直没有到总统府去看过冯国璋，有人告诉段，冯目前仍然还是总统，总理应该去见总统谈谈。5月31日段破例地到总统府见冯，报告中日交涉已告一段落，并且说今后仍当随时报告。
6月7日，一直住在天津的徐世昌突然到北京来，他抵京后，倡议冯段合作，同时主张在北洋派内取消内争，直系皖系的界限应该同时消除。过去人们都说徐世昌是活曹操，冯段交恶时，大家认为徐世昌应该站出来调和，而徐却躲在天津不肯见人，梁士诒由北京到天津时，亦促徐命驾入京为鲁仲连，徐向梁士诒说：“过去黎时代，府院是明争，我尚能调解，如今是暗斗，我无能为力，实在心有余而力不足。”所以当徐到北京大倡调和冯段之争时，大家知道北京政局在酝酿新的变化，否则徐不会贸然到北京来的。
徐世昌当然不会毫无目地就到北京来。
这时，皖系又筹划召开军事会议，会议主题倒不仅讨论军事，还有选举总统的问题。曹锟主张这个会议仍在天津召开。至于总统问题，段祺瑞采取了摊牌的意见，建议推举徐世昌为下届总统，他自己则表示不做副总统，倘若冯国璋愿意退为副总统，他也可以同意，否则他愿意和冯国璋同时下野。段出此途，表面上说，是为了团结北洋派，因为徐世昌是北洋的元老，且和直系有很深渊源，徐出山，直系不会反对，段和冯同时下台，直系也可心平。
督军团们在天津公推张怀芝为代表，于6月15日到北京，面谒冯国璋，请问冯能不能退而为副总统，冯表示“不为”，于是冯段两人都让出了副总统的位子，这一来，曹锟就有希望出任副总统职位了。
6月19日天津会议正式举行，除督军团各督军和督军代表外，还加了龙济光。会议一致决定通过徐世昌为下届总统，并通过继续对南方进行军事行动。曹锟是因为副总统已是指日可得，所以由主和转而主战，至于张怀芝厌战是因为想回山东老巢，不料他回到山东后，代理山东督军张树元一定要真除，不肯交还督军位子，他只好揖让，这一来他便落空了，于是只好向南方找地盘，因此他便也由主和转为主战。
张怀芝愿意赴南指挥军事，正好符合当时的需要，因为曹锟既然要当副总统，自然不愿赴南方，其他的主战的大将如张作霖、倪嗣冲等都不愿离开他的地盘，张怀芝在北洋派中资格颇老，而他已无庙可依，正好成为段对南第五期作战统帅的主要人选。虽然张不是能征惯战的良将，但总比派不知名或资格浅的人来得妥当，于是张怀芝便顺理成章地成为南征主将。
张怀芝虽然余勇可贾，愿意担任征南统帅，可是他还是色厉内荏，他必须找一个打手。这时候，当之无愧的是吴佩孚。6月20日他又由天津到北京来报告天津会议的决定，于是他向段祺瑞悄悄地提出这个要求，段祺瑞正欣幸他愿意披战袍，亲上前线，自然立刻答应，就是这天，北京政府发表了下列几道命令：
特派曹锟为四川、广东、湖南、江西四省经略使。
特派张怀芝为援粤军总司令，吴佩孚为副司令。
22日特派李厚基为闽浙援粤军总司令，童葆暄为副司令。
24日令魏宗翰为陆军第九师师长。
28日令张树元护理山东督军兼省长。
曹锟由“两湖宣抚使”一跃而为“四省经略使”，在民国政府中这还是最大的地方官。印铸局特地替这个新官铸了两斤多重的银质狮纽大印，比特任官的印还要大。这一来便显示曹锟的地位是在各省督军之上，也就是副总统的候补人。表面上看起来段祺瑞很捧曹锟，其实是非常勉强的，段生平最重资格，以前看不起黎元洪，是因为他在满清只做到协统，曹锟以布贩出身，段怎会看得起他。曹锟在北洋派中本以“老实人”出名，可是这次反反复复，证明老实人也会玩花样，段在瞧不起曹的出身而外还加上对他的不信任。
段的私心想选一个文人出任总统，所以找到了徐世昌，既然不欢喜武人为总统，则又怎会欢迎武人为副总统？因此答应曹锟为副总统，只是一时权宜之计。
曹锟既为川、粤、湘、赣四省经略使后，竟留在天津私邸花园内饮酒看花，绝无南下之意。段想加重他对川、粤两省军事责任，而他却好整以暇，避重就轻。北京一再电促南下，他回电请先发欠饷，请划定经略使权限，绝口不提南下就职，请他到北京，他也不答允。
这位民国最大的地方官，四省经略使曹锟静静地在天津做寓公，既不南下，也不在北京，他向北京要求由他派人管理德州、汉阳、上海三个兵工厂。北京答复他说：“军火将充分供给，不必管理兵工厂”。张怀芝本想和他一同南下，见他毫无启程的意思，实在心焦，拍着他的肩膀说：“老弟，我去山东一趟，你哪天南下？约个日期咱们一道儿走。”
6月下旬北京府学胡同段宅破获了一件行刺案，皖系的人以为冯国璋所主使，后来查明是辫子兵的余孽想替张勋报仇，在北京组织一个秘密机关，主持人名叫陈炎，他收买了两个日本人，想在段宅投炸弹，结果被守卫的警察发现，予以逮捕。并将日本人送交日本公使馆。
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