北方直系和桂系纠缠不清，如果西南军人真能在护法旗帜下拥戴孙中山，那么南北局势就会改观了。可惜西南军阀们对孙并不支持，桂系对国民党也不合作，因此南方局势也和北方局势一样复杂。
在广州，桂系有桂系的力量，地方军人是地方军人的力量，国民党是国民党的力量，6年11月30日，广东新任督军莫荣新前赴江岸迎接来自上海的伍廷芳，被人行刺未中。广东地方派军人也和桂系发生磨擦，省长李耀汉以辞职为示威手段，国民党程璧光等乘机推胡汉民继任广东省长，但是警卫军将领联名通电反对更动省长，李耀汉又于12月1日自动复职。李以肇庆为大本营，俨然自成一国，与在广州的福军司令李福林，警卫军统领兼警务处长魏邦平等联结一气，桂系对他们无能为力。
在广东还有一支滇军，共有两师，是第三师和第四师。这时也发生了分化，唐继尧因为在四川作战不利，下令调这支滇军回云南，准备移赴四川作战。滇军第三师师长张开儒置之不理，第四师师长方声涛是福建人，自己想向福建发展，已把师部移驻东江，准备协助陈炯明的粤军进攻福建。因此滇军遂分为两支力量，同时滇系和桂系都争取这支军队的领导权。唐继尧委托李烈钧为驻粤联络员兼驻粤滇军统帅，桂系也委托与滇军有历史的李根源督办北江防务。李烈钧和李根源同是士官同学，又在护国之役并肩作战，可是这时却为了滇军领导权发生了磨擦。
直系和桂系勾结时，直系要求桂系取消自主，解散军政府和非常国会，桂系没有完全照直系的要求做，是因为自身也有困难，一方面北方主战派还叫嚣讨伐，不能自乱阵容：一方面国民党也有武力，尤其是海军，因此投鼠忌器。不过桂系并不拥护国民党，而是暗中勾结西南各省的实力派，组织“护法各省联合会”，以拆护法军政府的台。
桂系的骑墙手段，让孙中山大为愤怒，因此亦积极充实国民党的实力，争取广东地方派军人为同盟军，派人到各县招收民军以扩充自己实力。广东督军莫荣新通令各县，要把孙所委派的招兵委员当做土匪就地枪决，单是增城一县就有69名招兵委员被杀。孙痛感两广军阀太没有革命观念，因此想带兵到福建另谋发展，但桂系又不肯给予物资支援。12月下旬又有两个招兵委员在广州被捕，孙写信给莫荣新要求保释，莫竟连信都不回就把两人枪决了，这使得孙忍无可忍。
民国7年1月3日，孙中山以大元帅名义密令海军、滇军和地方军人举行一次军事突袭，以推翻桂系在广东的统治。海军豫章、同安两舰接到命令后，按照指定时间开出广州，向观音山发炮作为起事信号。炮弹打到观音山，广东督军莫荣新急忙传令熄灭灯火，避免目标暴露，同时不许开炮还击，并打电话到海琛舰的海军总长办公室，请程璧光调处。程立即派海琛舰向豫章、同安两舰传令停止炮击，并令两舰开回省城。这两舰发炮后没有获得陆军响应，又接到长官命令，只好开回省城，两个舰长且受撤职处分。
程璧光虽是国民党，可是他不赞成激进，且反对广东内部分裂，早在6年11月15日孙中山曾命令海军炮击观音山以驱逐前任督军陈炳焜，就因为程璧光反对而未实现，这次孙因为获得地方派军人所表示的支持，才避开程璧光而直接下令，如果当时各方都支持孙的决定，桂系是可能被赶出广东的。无奈当时大家都为自己打算，意见不统一，行动不坚强，所以孙想驱逐桂系出广东的计划遂告流产。
莫荣新应付海军战舰的攻击是冷静而不还击，这个手段非常高明。
第二天国民党元老和桂系对这一突发事件一致主张进行调解。孙中山向桂系提出五个条件：（一）承认军政府为护法各省的最高领导机构，（二）承认大元帅有统率军队的全权，（三）承认广东督军由广东人选任，必要时大元帅得加以任免，（四）被捕民军代表交军政府处理，（五）广东外交人员由军政府任命。莫荣新回答说：第一至第三条须向陆巡阅使请示，第四、第五两条修改为“须得军政府的同意”。莫荣新的答复，等于一个条件也没接受。不过护法军政府和桂系之间的紧张情势总算告了一个段落。大元帅府新任参军长黄大伟发表了一个文告，公开指斥桂系军阀“戴冯拒段，停战乞和”，不过末了说：“督军勇于认错，愿意表示歉忱。”
1月9日孙中山招待各界人士说明这次事件真相，强调“军政府是中华民国唯一的合法政府，如果说不承认军政府，又不承认北京政府，中国岂不是一个无政府的国家。”接着孙指出军政府成立以来，由于地方当局不合作，以致形同虚设，贻误戎机。至于谈到这次炮击观音山的问题，孙表示：莫督军既未开炮还击，又能接受条件，军政府有了生路，也就不必苛求了。最后用光明磊落的口气说：自己愿意率一支军队北伐，以减轻广东人民的负担，宁可在外面讨饭，也不愿加重广东地方的因扰。
孙中山下令炮击观音山一事，莫荣新并未向外宣布，他对这事的布告是把这次事变说成是龙济光党徒的破坏行为。不料孙却公布了内情，可是莫荣新仍于9日下午发出一个布告，咬定这是龙党造谣生事，冀起内讧。并说：
“本督军年已六十余，从戎四十余年，生平无所畏惧。以后如有叛徒扰乱治安，自应立即剿办。倘夜间变起仓卒，尔商民人等应即闭门静坐，以待解决。”
在海南岛虎视耽耽的龙济光对莫荣新的说法予以讥笑，他通电说：
“顷接莫代督支日电称，江夜有龙党在省城内开炮，意图扰乱，经派队探剿，天明时匪党四散无踪等语。查敝军出巡，只在阳江高雷各属，尚未开赴省城。如果江夜有人在省城开炮，其势当亦不小。省城为根本重地，军警林立，何至当地毫无捕获，致令四散无踪。莫代督电称系敝军所为，似系于仓卒之间，未加细察。惟济光负有地方之责，筹防未及，致令匪徒滋扰，阅电之余，惶悚无地。省城兵力不敷，如须相助，请即电知，自当兼程前来，以尽职守。”
龙济光的“相助”就是进兵广东大陆，6年12月11日他在琼州发出通电接受北京政府所任命的两广巡阅使。这个职位原来是陆荣廷的，皖系要联龙倒陆，所以改派龙为两广巡阅使。而陆荣廷居然于12月14日发表盐电表示“遵命交卸”。不过莫荣新、李耀汉都通电不承认龙为巡阅使。莫荣新、李烈钧、程璧光、陈炯明亦联名要讨伐龙济光。
龙济光接奉两广巡阅使名义后即电令两广督军克日取消自主。同时即派兵在徐闻登陆，占领雷州半岛及沿海数县。这时桂军正集中力量于潮梅地区，与被段祺瑞收买的莫擎宇以及由福建开来援助莫擎宇的北军臧致平旅作战，潮梅虽然收复，又遇上广州局势紧张，所以龙济光所派的军队得以深入广东内陆，进占阳春和阳江一带。
西南的困难和北方一样，且有过之，西南两大军阀，陆荣廷进行大广西主义，以桂军控制两广扩及湖南；唐继尧进行大云南主义，视川黔为势力范围。结果在广东有粤桂滇军之争，在四川有川滇黔军之争。而唐陆互争西南盟主，只求北洋势力不渗入他们势力范围内，而以一致对外的美名向北方军阀讨价还价。西南各省内亦有野心较小的军阀与北方勾结，如四川的刘存厚、湖南的陈复初、广东的莫擎宇。都勾结北方。
在这种复杂情势下，孙中山的处境是多么的困难。
当李纯和主战派展开电报战时，西南各省实力派联名通电支持李纯，挽留和声援他。谭浩明故意地把曹锟列为直系主和四督之一，欢迎他宣抚两湖，早日过湘一叙。
七年1月20日滇、桂两系军阀所策动的“护法各省联合会”，在广州成立，各省代表在督署举行宣誓，并推举唐继尧、陆荣廷、程璧光为联合会的军事代表，伍廷芳为外交代表，唐绍仪为财政代表。尽管北方主战派要真刀真枪，讨伐南军，可是西南方面仍希望赖直系的折衡，南北能够和谈，所以西南实力派除成立了联合会，准备拆广州军政府的台而外，又预先推定岑春煊为南方议和总代表，并且仍通过李纯催促北京政府从速和谈。
南北分裂局势已成，皖系的武力统一政策无法实现，直系的和平混一政策也无可能。于是有人便提倡“联省自治”。主张以省为自治单位，由各省省议会制定省宪法，然后依照美国的联邦制，联合各省组成一个“联省自治政府”。他们提倡地方分权制，反对中央集权制。
早在袁世凯称帝时，梁启超就主张地方分权，后来梁领导的研究系加入了主张中央集权和武力统一的段内阁，因此就把这一主张扔在一旁，现在他们又旧话重提。
联省自治的策动者是熊希龄，他有一封长信给岑春煊说：“今欲行中央集权之统一政治，此后日见其难，实不如改行地方分权之联邦政治，当可徐善其后。”
联省自治的呼声，正符合西南各省议会及各团体所提倡的，以本省人治本省的要求。这个政策也符合各省小军阀和地方主义者保持地盘和权位，因此联省自治的要求一时大为蓬勃。
谭延闿是第一个响应这个学说的人，他和熊希龄有深厚的关系，他本来寄望于桂系支持，可是当南军占领长沙后，谭浩明一手控制湖南军政，根本不把谭延闿放在眼中，冯国璋虽然在6年12月7日任命他为湖南省长兼署督军，但桂系却置之不理，使他逗留上海，无法回到长沙，因此这时他在岑春煊之后，以“调人”姿态出现，与岑联名电请北军不进攻岳州，他表示愿回湖南进行调解。
桂系鉴于北方主战派一定要进攻湖南，与其因控制湖南而冒战争危险，倒不如放弃湖南，让谭延闿回来，将湖南划为南北的军事缓冲地带。冯国璋亦认为谭延闿回湘可作挽救和平的一线希望。如果谭能说服桂军先退出湖南，则主战派没有理由再坚持军事进攻。
谭要求在他返湘前北京政府再下一道停战令，可是冯没有这个胆量，只责成谭在返湘经过汉口时和曹锟王占元直接协商，俾能将军事进攻推迟一步。
北军在湖南要发动攻势时，北方的直系和南方的桂系仍作挽救和平的最后努力。谭延闿在桂系授意下，于3月3日由上海到南京，他提出一个和谈的先决条件，就是南军愿意先退出岳州，但北军也不进驻。与谭延闿的奔走同时的，还有各省省议会，他们准备在南京举行联席会议，推进南北和谈。李纯把谭延闿的建议转达到北京，同时主张把国会问题提交各省议会联席会议解决。
桂系透过直系进行和谈的努力是徒劳无益的，因为直系这时对于南北和谈已发生不了作用，冯国璋已完全屈服于北洋主战派。所以李纯的建议和主张，冯无法明确表示，只复电要谭延闿自己到汉口和曹锟等协商解决。3月10日。北军已经向湘北进攻，谭延闿只好扫兴地回到上海。
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