段祺瑞第二次组阁后，一心要完成他武力统一中国的美梦，这是他想超越袁世凯的一个野心，这个野心，尤其在借款有着落后更为积极。他的敌人是西南军人，西南包括云南、贵州、四川、广东和广西五省。段的用兵计划准备由四川进攻云南和贵州，由湖南进攻两广。湖南距离北洋派的占领区最近，本身实力又不强硬，是一个假道的理想地带。段打算由湖北、江西两路夹攻湖南，他原打算派吴光新为湖南督军，可是吴表示愿意向四川方面发展，于是段乃决定调淞沪护军使、第十师师长卢永祥为湖南督军。其后因为段拟议中要段芝贵继任江苏督军一案行不通，乃不调走卢永祥。这时候湖南人唱出“湘人治湘”的口号。在北京的湖南著名人士，如熊希龄、范源濂等也主张湘人治湘，维持现状，反对北军入湘，加以谭延闿以湖南省长而兼督军，颇得湖南人们的拥戴。
段祺瑞针对这个情势，采取了一个将计就计的办法，就是派一个自己的亲信而又是湖南人去做湖南督军，既可堵塞一般人的嘴，又可以执行自己的计划，于是发表他最宠信的傅良佐为湖南督军，仍命谭延闿为湖南省长，同时表示傅良佐虽督湘，但不带北兵入湘。傅在接受新任命时，也发表了“三大治湘方针”：
（一）湘人治湘；（二）军民分治；（三）不带北兵入湘。
傅良佐是湖南乾城人，不过和湖南关系太浅，他一直追随段祺瑞，生长和做事都是在北方，所以他在湘人看起来，根本不算湘人。至于段祺瑞所保证的不带北兵入境，也很难令人置信，过去杨善德到浙江也有过相同的保证，但既成事实后，北兵即源源入浙。当段和傅良佐都指天誓日地说不带北兵入湘时，驻守保定第二十师（师长范国璋）已奉命调防入湘。
在此以前，陆荣廷曾打电报给冯国璋，要求三年之内勿更动西南各省的军民长官，冯回电表示同意，所以在傅良佐督湘命令发布后，谭延闿乃向陆荣廷飞电告急，陆即电请冯履践诺言，收回成命，并主张划湖南为南北两军之间缓冲地带，维持湖南现状，以保和平。可是冯已难于作答。因为他已经把湖南和四川与段交换了江苏和江西，因此只得把陆这个电报交给了段作答，8月14日段以国务院名义答复陆说：
“谭省长清亮淑慎，勤政爱民，惟军旅非所素娴，故以民事专畀。今日文人不能将兵，已为各国通例。为军事计，为湘省计，为组安（谭号）计，皆以专民事为宜。湘俗强悍，诚如尊论，善用之则为劲旅，以卫国家；否则逾越恒轨，以资扰害，尤非知方通变之才，不能控制统驭。湘省易帅，良非得已，以傅易谭，盖亦几经审慎。傅本湘人，感情素通，断不至因更调而生携贰。明令早颁，势难反汉。远承注念，感何可言。希以此意转告西南群帅为荷。”
段在电报中把更动湘督一事说成是“为事择人”，而把自己私心隐矇，把傅良佐督湘说成是“良非得已”，实在是不由衷之言。
陆荣廷接到段祺瑞以国务院名义所复的“官腔”电报后，知道无法情商，乃示意湖南采取武力抵抗，并表示愿以实力支援。谭廷闿乃召集秘密军事会议准备抵抗北军，同时电请各省迅速派兵“援湘”。云南督军唐继尧立即复电，建议派遣驻粤滇军兼程开进湖南。陆荣廷表示同意，并于8月16日致西南各省电报中说：
“湘督易人，北方疑忌西南之心已昭然若揭，唇亡齿寒，急应力图应付，驻粤滇军开往援助，鄙意极表赞成。”
驻粤滇军是由李烈钧率领，在护国讨袁时期开来两广准备经湖南北伐的。护国时期因云南为发动的基地，所以尽量组成军队，一部由蔡锷率领出四川，一部由李烈钧率领出广东。袁死后，局势大变，在粤和在川的滇军成为大问题，撤回云南，他们不愿意，云南也无力承担，不撤回去他们自然要有所作为，而所驻地也不欢迎他们长期留驻，在川在粤，滇军都遭遇到这个问题。
李烈钧所率领的滇军是驻防在广东北江的，当时广东是在桂系的势力内，当然不愿意滇军留驻，不过他们只希望滇军离粤，援湘抗北正合理想，可是当谭延闿万分迫切地要求广东督军陈炳焜（桂系）催促滇军迅速出发时，桂系却又不肯发给滇军作战所必需的军费和军火，而滇军也不愿意去打头阵，因此除去虚张声势而外，并无实际行动。
西南的援军还在纸上谈论，而北军入湘则朝发夕至，湘军自然无力单独抵抗，因此湘军本身便起了分化。湘军第二师长陈复初，第二师第四旅旅长朱泽黄，第一师第一旅旅长李右文在军事会议上对于抵抗北军表示了冷淡的态度。陈复初早已受到段的拉拢，因此，谭所能控制的湘军就不到半数，当然更无力抵抗。
谭在这种情况下，只好对于调动督军的命令不表示反抗，并派零陵镇守使望云亭到北京欢迎新督军早日到任，以便早日交卸。有人问他是否愿意留任省长，他说：“当惯了婆婆，如何能做媳妇？”望云亭是北洋派留在湖南的一个内线，谭派他赴北京迎接督军一方面是表示对北京政府的服从，同时也是调虎离山，望启程后，谭立刻派刘建藩代理零陵镇守使。刘建藩是湖南醴陵人，字昆涛，日本士官学校毕业。湘军驱逐汤芗铭时，黄兴介绍他回湖南任军职，由于没有适当位置，谭延闿遂派他为营产清理处处长。这次谭拍卖大批公产提充军费，他执行任务极为认真，因此派他代理零陵镇守使，并接统谢国光、罗先闿和刘雪轩各营。谭同时调第一师第二旅旅长林修梅部接防衡山，以表示不设防长沙，而其中的含意则是集中力量，退守湘南以待两广的援军。
谭延闿在湖南本已极得人缘，如今更乐得广结善缘，他拍卖大批公产，用以扩充军费，并提出其中一部分馈赠文武官兵。军民两署职员一律加薪一个月，借以收买人心。这时，长沙各级人员从县长、科长到厅长、院长全体提出辞职书，表示要“和畏公（谭）同进退”；后8月中旬到下旬，长沙城内每天几乎都有各级机关职员举行公宴为畏公饯别。这在长沙官场中是一个从来未有的场面。
8月26日，北京政府所派的湖南督军傅良佐由北京动身南下，他绕道津浦路，先到南京会见李纯，再乘轮船到武汉会见王占元，然后到岳州停下来。傅良佐在上任之前先访问直系督军，这表示皖系还在求取直系的合作，以期对西南有一致的步调。他到湖南后，并不直接到长沙，而在岳州停下来，因为他对湘军带有戒心。他在岳州命令北军向湘阴以北的“无兵地带”推进，同时北京政府又调驻马厂的第八师王汝贤部开进岳州。
湖南旅京名流熊希龄等向段政府提出一个折衷方案，请指定岳州为督军傅良佐的驻地，而长沙为省长谭延闿的驻地。这是军民分治的旧调，督军、省长不驻在一个城内，段置之不理。
9月2日，湘军将领发表联名通电，不反对傅良佐督湘，但希望不带兵进长沙。
陆荣廷也电请冯国璋阻止北兵开进长沙。9月9日傅良佐随带精兵一营到长沙接事。这位陆军中将特加上将衔的傅督军，进长沙时禁止各机关团体鸣放鞭炮迎接，长沙人对这位新督军一点没有乡情，他说的是一口北方话，做的是北洋的官，并且还是段祺瑞的内弟，久任陆军次长，这和汤芗铭以海军次长督湘如出一辙。
谭延闿虽有抗北之志，却有气无力，他算来算去，可用之兵只有湘军第一师，师长赵恒惕这时正丁忧回衡山，这一师下辖两个旅，由李右文、林修梅任旅长，李右文代理师长，他内心北向，结果真正拥谭的部队只有一旅人。傅良佐入湘后如果能沉着缓进，慢慢消化，段要吞吃湖南的目的是可以达到的。怎知这位“通变有方”的傅督帅却操切而急进，他上任后并无布置就来个下马威，下了两道命令：（一）湘军第一师第二旅旅长林修梅撤职，派邹序彬接任，（二）刘建藩无庸代理零陵镇守使，派陈蘧章为零陵镇守使。陈蘧章是湖南祁阳人，原任湖南水上警察厅长，也是段祺瑞的内弟（段曾多次续弦）。
谭延闿早于9月1日回到茶陵原籍“省亲”，在茶陵电辞湖南省长，随即悄悄化装离开湖南。
9月18日林修梅在衡阳，刘建藩在零陵同时宣布自主。傅良佐并不感到惊慌，因为宣布自主的林修梅只有一旅兵力，刘建藩也只有数营地方守备队。其他湘军并未加入。至于北军则兵精械足，只待兵力齐备，便不难一鼓荡平。
开始时傅良佐想用湖南人解决湖南人，便派第一师代理师长李右文统率第一旅到衡山，招抚林修梅的第二旅，声言官兵来归不究既往，怎知李右文不仅没有招抚到林修梅，他的第一旅在湖南人不打湖南人的口号下反被林修梅“招抚”过去了。10月1日李代师长单骑逃回长沙，傅良佐只好假装镇静，宣称：“业已全部解散。”11月9日陈蘧章在潮音里被刺身死，局势日趋严重。
用湘军打湘军行不通了，于是傅良佐乃调北军作战，以第八师师长王汝贤为湖南军总司令，第二十八师师长范国璋为副总司令，下令三路：第八师和第二十师正面进攻衡山，湘军第二师第四旅为右翼进攻宝庆，从安徽调来的安武军进攻攸县。不带兵入湘的诺言撕毁了，湖南问题成为第三次南北战争（第一次是癸丑二次革命，第二次是护国讨袁），也成为段内阁倒台的导火线。
湘军第二师第四旅旅长朱泽黄虽是湖南人，却愿为北军效力，率领湘军由永丰、界岭进占宝庆，北京政府立刻发表朱为长宝镇守使，晋升陆军中将。10月6日担任正面的北军第八师第十五旅王汝勤部于11日攻下了没有设防的衡山。在北京的段祺瑞心情为之一松。认为湖南指日可平。同时运送了大批慰劳品到前线犒赏士兵。
湘军方面，当赵恒惕在衡山居丧守制时，由于北军大举南侵，其旧部第一师官兵请赵火速回部，赵乃墨绖从戎，先至衡阳与刘建藩、林修梅商讨军事，从容布署，在衡山西南50里之萱洲河与刘建藩部夹湘水设防。王汝贤、范国璋率部进攻，双方剧战历时40余日，刘建藩部区司令黄钺以严冬即至，弹药将竭，恐难支持，乃率敢死队百余人抄袭北军之后，竟以身殉，北军为之丧胆，湘军把握时机反攻，北军不支，乃告溃散，湘军掳获大批军械弹药，军力士气同告大增，追奔逐北，北军已无战意，仅在长衡公路的茶园铺接战一次，北军遂溃退长沙。
段等待湖南方面有更多的捷报和更好的消息，怎知一个月过去了，却什么消息也没有。就在前线战况沉寂的时候，忽然晴天霹雳，传来北军王汝贤、范国璋的联名通电，主张停战撤兵，电云：
“天祸中国，同室操戈，政府利用军人，各执己见，互走极端，不惜以百万生灵，为孤注一掷，挑南北之恶感，竞权利之私图，借口为民，何有于民？侈言为国，适以误国。果系爱国有心，为民造福，则牺牲个人主张，俯顺舆论，尚不背共和本旨。汝贤等一介军人，鲜识政治，天良尚在，煮豆同心。自零陵发生事变，力主和平解决，为息事宁人计，此次湖南自主，以护法为名，否认内阁，但现内阁虽非依法成立，实为事实上临时不得已之办法，即有不合，亦未始无磋商之余地。在西南举事诸公，既称爱国，何忍甘为戎首，涂炭生灵？自应双方停战。恳请大总统下令，征求南北各省意见，持平协议，组织立法机关，议决根本大法，以垂永久而免纷争，是所至盼！特此电闻。”
王、范寒电吁请停战撤兵的当晚，傅良佐在长沙下了特别戒严令，断绝市内交通。在夜色迷朦中，傅偕同代理省长周肇祥偷偷爬上军舰，逃往长沙下游60里的靖港去了。
王汝贤、范国璋的停战通电，是直系对皖系的致命打击。因为这两师都和直系渊源较深。第八师是段讨逆时的主力，这一师助段削平复辟之乱，结果鸟尽弓藏，师长李长泰被解除了兵权，段把旅长王汝贤升任师长，段以为王会感恩图报，怎知这一着之差而栽了跟斗。
王、范寒电到京后，冯连声说：“快快送院，快快送院。”这期间冯口头上常挂着责任内阁四字。别人问他：“湖南问题闹大了怎么办？”他答：“我有什么办法？有责任内阁。”又有人问：“王、范擅自通电停战，此风殊不可长，总统以为如何：”他也是一句话：“问责任内阁。”这些话传到段耳里，段气呼呼地说：“问我，我只有一个办法，辞职！”
王、范通电发出后，立刻退兵到长沙，到长沙后即不再退，且发出布告：“不愿从事内争，主张和平解决南北纠纷。”长沙各界迅速组成了“湖南暂时维持军民两政办公处。”由王、范任正副主任，这两位师长的私心是要继傅良佐和周肇祥做督军和省长。
可是到了17日，长沙城内忽来了破衣烂衫的湘军，王、范两人也做了逃将军。18日长沙城内已无北兵，各界人士打电报欢迎南军迅速开来，并推讲武堂总办彭廷衡维持秩序。
北京方面还不知局势变化得这么快，所以在18日这天还发布了两道命令——
其一是：“湖南督军傅良佐，代理省长周肇祥擅离职守，着先行免职，听候查办！此令。”
其二是：“据王汝贤等电称：傅督于十四日夜携印乘轮不知去向，省长亦去，省城震动，人心惶恐。汝贤等为保护地方安全起见，会同在城文武极力维持，现在秩序幸保安宁等语，并据自请处分前来。傅良佐、周肇祥擅离职守，本日另有明令免职查办。长沙地方重要，不可主持无人，即派王汝贤以总司令代行督军职务。所有长沙地方治安均由王汝贤督同范国璋完全负责。查王汝贤等身任司令重寄，统驭无方，以致前敌败退，并擅发通电，妄言议和，本属咎有应得，姑念悔悟尚早，自请处分，心迹不无可原。此次维持长沙省城，尚能顾全大局，暂免置议。王汝贤等当深体中央弃瑕录用之意，严申约束，激厉将士，驱除在湘逆军，以赎前愆。倘再退缩畏葸，贻误戎机，军法具在，懔之慎之。”
这两道命令颁布时，王、范已不知去向。
原来在湖南的北兵是杂凑成军，指挥既不统一，兵士厌战情绪很高。如山西混成旅由旅长商震率领开湘，可是开拔时所奉的命令却是到湖北增防，怎知到湖北又开岳州，到了岳州又开长沙，所以湘军一进攻，他们就一哄而散；还有安武军本身就有新旧之分，新安武军是张勋溃败后投降倪嗣冲的，其内部矛盾很多。更重要的是北兵在湘军纪不好，湘人早已恨入骨髓，所以这场湖南战争开始后，根本没有经过激烈战斗，北军就失败了。
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