袁死黎继，北京政府的大权便在段祺瑞掌握中，一切大政均是段的决定。6月10日裁撤了陆海军大元帅统率办事处，这是袁以总统的身份抓军权的机构，袁在世之日和段闹得最不愉快的，就是这个机构，黎当总统，段自然不能再让这个机构存在，所以首先废除了它。13日令徐树铮为国务院秘书长，令王式通为国务院参议。徐树铮是段的智囊，倚为腹心，却又是袁所最憎恨的人。段出任国务总理时，就为了要派徐树铮为国务院秘书长而和袁闹得极不愉快，现在是段的天下了，徐树铮当然要先掌大权的。这正合了一朝天子一朝臣的古话。19日下令裁撤京畿军政执法处，这是袁的特务机构，也是被各方最痛恨的机构，段为了收揽人心，所以先裁撤了它。29日废国务卿名义，仍恢复国务总理，裁撤参政院和平政院所属的肃政厅。
30日政府人事大改组，外交总长、交通总长曹汝霖，内务总长王揖唐、海军总长刘冠雄、司法总长、农商总长章宗祥、教育总长张国淦辞职照准。以唐绍仪为外交总长、许世英为内务总长、陈锦涛为财政总长、程璧光为海军总长、张耀曾为司法总长、孙洪伊为教育总长、张国淦为农商总长、汪大燮为交通总长、段祺瑞自兼陆军总长。唐绍仪未到任以前陈锦涛暂兼外交总长，张耀曾未到任前，以张国淦兼司法总长。7月12日再局部改组，以孙洪伊为内务总长、范源濂为教育总长、许世英为交通总长。8月1日改派谷钟秀为农商总长，张国淦转任总统府秘书长。
7月6日对于各省军政首长的名称加以修改，在官制未定以前，各省督理军务长官改称督军，民政长官改称省长。令张作霖为奉天督军，孟恩远吉林督军，张怀芝山东督军，赵倜河南督军，阎锡山山西督军，冯国璋江苏督军，张勋安徽督军，李纯江西督军，李厚基福建督军，吕公望浙江督军，王占元湖北督军，陈宦湖南督军，陈树藩陕西督军，蔡锷四川督军，陆荣廷广东督军，陈炳焜广西督军，唐继尧云南督军，刘显世贵州督军。令朱家宝为直隶省长，郭宗熙吉林省长，毕桂芳黑龙江省长，田文烈河南省长，沈铭昌山西省长，齐耀琳江苏省长，倪嗣冲安徽省长，戚扬江西省长，范守佑湖北省长，张广建甘肃省长，杨增新新疆省长，朱庆澜广东省长，罗佩金广西省长，任可澄云南省长，戴戡贵州省长，胡瑞霖署福建省长，孙发绪署山东省长，张作霖兼署奉天省长，吕公望兼署浙江省长，陈宦兼署湖南省长，陈树藩兼署陕西省长，蔡锷兼署四川省长。令朱家宝兼署直隶督军，毕桂芳兼署黑龙江督军，张广建兼署甘肃督军，杨增新兼署新疆督军。令湖南督军陈宦迅速赴任，未到任前以陆荣廷暂署，广东督军陆荣廷未到任前以龙济光暂署。令授李烈钧勋二位，陆军中将加上将衔。
段祺瑞发表的各省军政首长名单，是煞费若心的，一方面要促进南北统一，一方面要巩固北洋势力，求全而不全，换汤没有换药。举例言之，袁颁布的将军名义和护国军方面的都督名义同时取消，代之为督军，只是在都督和将军两个衔头中各抽出一个字合创督军的新名词而已；其次是委曲求全方面，这次人事安排，无论帝制与反袁派，在台上或新被逐（如陈宦）者，都给予一定的位置安排，人人各得其所，在安排上总算尽了最大努力。段的本意想在各省达到军民分治，所以只有少数省份是以督军而兼署省长的，署是临时性质。以省长而兼署督军的，只有四个省。这些省都是以小军阀或者以文人而权充军事长官，这当然是临时性质。至于段在四川、湖南、广东、广西四省的权力分配，简直是播下了战争种子，制造了纷乱的根源。尤其是对湖南，湖南是南北用兵必争之地，较之四川还要重要，因为在北洋军来说，取湖南比取四川容易得多。
为什么段不维持汤芗铭的湖南督军而改派他为广东查办使呢？原来就在段发表各省督军名单的前两天，湖南出了事，汤芗铭逃之夭夭。湖南独立时，北洋军第六师在湘西，安武军倪毓棻部在岳州，汤直接指挥的，是北洋军一个混成旅，由旅长车震率领，驻扎在长沙附近。这时候，广西军已有一部分到达衡阳和宝庆。陆荣廷以护国军湘、粤、桂联军总司令身份，于6月初由广东开到湖南，进驻衡州。在湖南内部，赵恒惕等已组成了湘军两师，湘西一部分民军也开到长沙附近成立了一个师。这是个剑拔弩张的局面，袁军与护国军无法和平相处，随时可能发生冲突。汤芗铭的处境，和陈宦在成都有点相同，既不能指挥驻扎在湘西、湘北的袁军，又不能指挥湖南的民军和桂、粤的客军。最糟的是湖南人恨透了这个杀人如麻的汤屠户，因此各路民军围攻长沙，以及国民党人要用手枪和炸弹对付汤的风声传遍了长沙城。7月4日深夜汤芗铭在四面楚歌中离开了长沙。
汤芗铭走后，湘军已成立了三个师，师长是陈复初、赵恒惕、陈忠洵。曾继梧以湘军第一军长暂代湖南都督，龙璋暂代湖南民政长。随后程潜以湖南护国军总司令名义由云南到了湖南，他的部队也改为湘军第四师。汤芗铭的离去，并未减轻湖南的火药味，而7月6日北京政府又发表陈宦为湖南督军兼署省长，陈宦未到任前，派陆荣廷署理督军和省长。这个命令使湖南更加复杂了。
段祺瑞对陈宦印象恶劣极了，那么段又为什么派陈为湖南督军兼署省长呢？这是由于黎元洪坚决主张必须给陈一个督军职务。当汤芗铭逃离湖南后，段打算迅速派遣一支北洋军进驻湖南，又苦于无兵可调，恰好这时陈宦由四川撤出时，手上还有两旅兵力，派他就近入湘，既可敷衍黎，又给陈一个戴罪图功的机会。
这道命令立刻引起了湖南人民的激烈反对，湖南人赶走了一个北洋军阀，断不容又来一个北洋军阀，因此湖南各界推举年已七旬的刘人熙为湖南都督。为什么推刘呢？因为刘人熙以前做过广西藩台，与桂军陆荣廷颇有渊源，想通过刘的关系取得桂军协助以拒北洋军。
陆荣廷支持湖南人民这个行动，因为桂军也不希望北洋军大举进驻湖南。北军人湘问题引起了湖南人民和滇军、桂军的反对，其他党派人士如熊希龄、范源濂等则希望调蔡锷回到湖南，国民党人士则希望以甫由美返国的黄兴担任。可是蔡、黄两人均无意于湘督。黄兴推荐谭延闿以自代。谭在各方都有很好的人缘，不过和北洋系的关系不够深。
这时，穷途末路的陈宦知道自己不适宜于督湘，因此自动表示辞去湘督，而段祺瑞也了解，如果硬性派北军人湘，必会引起战争，段觉得这个用兵时间尚未成熟。因此他于7月16日改派刘人熙为湖南督军，并下令把第六师由湘西调回江西，第七师由四川调往洛阳，第三师也由四川调回岳州。
段祺瑞本来预定的计划是派第三师师长曹锟继陈宦以后的湖南督军，可是，段自己觉得他在北京的基础尚未稳定，必须靠一个可靠的北洋大将在自己身边，以加强自己的地位，因此选中了曹锟。曹一直给人印象是“老实人”，所以段调曹为直系督军。同时把7月间开回岳州的第三师分批调回北方。
这并不等于段完全放弃湖南，因为他又安了一个棋子在湖南，他派他的内亲吴光新率领北军第三旅接防岳州。这当然是埋伏吴做为将来湘督的打算。天下事如要人莫知，除非已莫为。段内定吴为湘督的消息，立刻传遍了湖南，当然又引起湖南全省激烈的反对，甚至公开宣称为了抗阻北军。不惜一战。
段这才了解湖南的强硬，于是在8月3日下令改派谭延闿为湖南省长兼署督军。所谓的“署”是暂代的意思，段这命令中，派谭为省长暂代督军，即表示将来还要派一个督军，所以段这期间给谭的电报都是称谭为省长。
谭延闿是反袁的，他在湖南很得人望。癸丑二次革命失败后，他承当一切湖南的责任，袁调他和赵恒惕赴京。赵被囚，他亦形同软禁，有这段经过，更使他在湖南受人爱戴。
湖南人对于湘督一职很敏感，这是因为汤芗铭杀戮太甚所招致，而湖南人甚至西南护国军方面，反对北洋军再入湖南的态度，则尤其坚决，不过北洋军留在岳州已是既成事实，所以当时等于有一个默契，只要北军不越过洞庭湖，似乎双方就能和平共存下去。
谭延闿8月20日就任湘督。
北京政府任命各省督军命令颁布后，首先发生了冯国璋和张勋互争地盘的纠纷。冯、张两人都是袁时代的“上将军”，不过冯在北洋派中的资望远在张勋之上。张勋的地盘在安徽，他的总部则在徐州，并将陇海线徐州以东的广大地区据为己有，这些地区是属于江苏的，冯国璋对此久已不能忍受。袁世凯末期，袁正想利用冯、张两人的利害矛盾以便从中操纵，冯鉴于袁的态度，所以只得隐忍，袁死后，督军命令又发表，冯认为再也不能容忍下去了，因此电请张勋移驻安庆以符定制。那知张勋却告诉冯，他除了安徽督军一职外，还兼长江巡阅使，江苏是在长江流域内，长江巡阅使驻防徐州怎能说不符定制。冯接了这个电报，气得一佛出世，二佛升天，竟气得向北京政府辞职。
冯辞职当然是一种姿态，是敦促北京下令张勋让徐州，然而北京政府这时又哪儿有力量贯彻这种行动，只能委婉地劝张自动让防，张勋根本不理。8月29日，冯再电北京政府，历数辫子军在徐海一带横行不法种种，使人民痛苦不堪，冯身为江苏督军，不能坐视不理，加以张对政府命令置之不理，政府应该处理。于是北京政府再度劝告张勋移驻安庆，那知张勋也来一个辞职手段要胁，他电告北京政府宁可辞去安徽督军，也不会让徐州。冯、张的纠纷只好不了了之了。
这是很妙的现象，安徽省督军的驻地，不在安徽而在江苏，省长的驻地也不在省会安庆而在蚌埠，安庆只设有督军和省长的驻省办事处。安徽的民政、财政、教育等庶政当然是在省会安庆，于是省政诸事每天要用函电向蚌埠请示处理。安徽省长倪嗣冲，也是一个骄横不法的军阀，他怎么说也不肯离开蚌埠。北京政府虽然一再敦促他把省长公署迁至安庆，他也来个相应不理。
6月6日袁去世，6月7日陕西陈树藩宣布取消独立，6月8日四川陈宦宣布取消独立，6月9日广东龙济光也宣布取消独立。段祺瑞对这三个取消独立的地方首长采取各别不同的办法，他的目的只是达到北洋派专政和分化护国军力量。
本来龙济光的独立就很勉强，他是在广西护国军和广东各地民军四面包围下被迫宣布独立的。在宣布独立时，他取得了袁世凯的秘密指示和谅解。所以他虽然独立了，却仍然和袁有密电往来，请袁飞调北洋军由海道开至广东以解救他的危机，袁死后，他又与继承袁的段祺瑞取得了密切联系。
当军务院在肇庆成立时，代理抚军长岑春煊和广西都督陆荣廷都曾电请云南护国军第二军总司令李烈钧取道广西和广东向江西进兵。于是李烈钧便率领张开儒、方声涛两个梯团，于5月12日开到肇庆。这时袁世凯还未死，龙济光当然内心里极不愿意出兵北伐，又拒绝滇军通过广州，他所持的理由是害怕引起误会，主客两军自相冲突。陆荣廷也害怕在广东境内引起这种冲突，因而主张对龙妥协，和龙商定滇军假道广东的路线，由肇庆经三水到琶江口，转乘火车到韶关，避免经过广州。但是6月7日张开儒梯团到达韶关时，袁已去世，龙借此理由，电令韶关镇守使朱福全闭门不纳，迫使滇军露宿城外，龙军又在城上架炮轰击，因此爆发了北江战争。
6月9日龙不和军务院联络便擅自宣告取消独立，龙这一着是想摆脱军务院的干涉，因为他内心一直认为自己是北洋系，所以心甘情愿倒向北京政府，他认为北洋军系是全国最强大的军事力量，依赖北洋系作靠山，他就不怕滇军和桂军，他认为必须要把滇军和桂军驱逐出广东，他才能在广东安枕，所以他在取消独立的同时，秘密电请段内阁要求段三路出兵“援粤”，除由海道运输北洋军来粤外，并令江西、福建两省的北洋军由陆路开进广东，帮他夹击滇军，先击败滇军再驱逐桂军。龙济光的愿望是不让滇、桂军假道广东北伐，这和段祺瑞的内心打算相同，段当然不愿见西南护国军扩大力量，所以在龙济光取消独立后，北京政府发表命令对龙的行动大加赞扬，认为他“具有世界之眼光”。6月21日，北京政府又派龙济光兼任广东巡按使。段内阁的三路援粤计划也在加紧部署中。
当军务院还未撤销前，龙济光就故态复萌了，他指使驻在龙州的嫡系部队济军以敌对态度对付护国军，用坚壁清野的方法对待李烈钧所率假道北伐的滇军，且在城楼上开炮轰击，同时密电请求段祺瑞迅速调派北军三路入粤援助。不料这个电报却被军务院截获，由代理抚军长岑春煊通电揭晓，龙无法抵赖，只好伪造军务院不肯撤销和岑春煊、李烈钧两人密谋攻占广东的往还电以资抵消。
段祺瑞当然不欢喜护国军继续北进，所以接受了龙的乞援电，并电令江西督军李纯就近调遣北洋军第六师全部开往赣南；福建督军李厚基率军开往闽南；并派萨镇冰率海军以保护外侨为名开往广州，伺机消灭滇军，以保全广东为北洋势力范围。李纯已有江西，李厚基已有福建，既然有自己的地盘，对于广东就不太感兴趣，所以对段的命令阳奉阴违，只是象征地派兵，其目的是防堵滇军侵入赣、闽。
李烈钧率领的滇军在韶州遭遇龙济光的济军攻击，全军极为愤慨，乃发动猛烈攻击，于5年6月7日攻入韶州。龙派军增援，7月3日又被滇军在源潭予以痛击，济军大败，桂军莫荣新乘机由西路攻入三水，龙被迫放弃一切，集中兵力困守广州。
由于广东形势的变化，段内阁乃于7月6日发表全国各省军民长官命令时，借机对广东问题作一大调动，将李烈钧调到北京“另有任用”，以陆荣廷为广东督军，朱庆澜为广东省长，龙济光为两广矿务督办，同时又任命陆荣廷暂署湖南督军，陆未到广东前，仍由龙济光暂署广东督军。
在这个人事命令中，包含了很多阴谋，第一调李烈钧入京是调虎离山，移开了广东北洋派正面的敌人；第二桂军虽然也和龙济光为敌，可是态度不似李烈钧那么顽强，所以发表陆荣廷为广东督军，就可以软化桂军；第三又派陆荣廷署理湖南督军，是阻止陆到广东接任督军，使龙济光可以继续留在广东督军位子上，以待北洋军的来援。这是一石两鸟的妙计，对滇军是调虎离山，桂军是缓兵之计。
就段来说，对广东问题已是煞费苦心了。
段祺瑞对广东的安排引起广东人士激烈的反对，以唐绍仪、梁启超、王宠惠为首的各党各派代表，纷纷电请北京政府罢免这个广东人民的公敌龙济光。于是段乃借口“粤事真相不明”，加派刚由湖南逃出来的汤芗铭为广东查办使，并派海军上将萨镇冰为粤闽巡阅使，借海军来向敌对方面镇压。
汤芗铭和黎元洪、段祺瑞都有相当关系。由于他是湖北人，和黎元洪是同乡，又同为海军学生出身。袁世凯未死前，冯国璋召集南京会议，汤芗铭和冯国璋都是主张袁退位的，冯这样主张，是为了自己想借南方支持登上总统宝座，汤则是自始至终主张由副总统黎元洪继任大总统。因为这个原故，黎内心对汤极有好感。段祺瑞对汤也不坏，虽然袁死前汤和陈宦是最后迫袁致死的“倒戈”人物，可是陈宦早已通款于蔡锷，对袁和北洋系都不忠，而汤则是在重大压力下被迫宣布独立的。段知道汤这个人不会投靠国民党，所以也对汤有好感，加以段这时正要借重汤芗铭的哥哥、进步党领袖汤化龙在国会内相助，所以拉拢汤芗铭，也是拉拢汤化龙。
黎本想邀汤芗铭赴北京为海军总长，段却派了他为广东查办使。段这个安排是师袁的，袁世凯在癸丑二次革命时，曾派汤为湖南查办使，率领一部分军舰开到洞庭湖，随后即发表他为湖南都督。广东人士深怕段也来这一手，则赶走了一个杀人魔王，又来了一个杀人魔王，因此也坚决反对汤到广东。
陆荣廷如何呢？他的桂军本是向广东和湖南两方面发展的，他在广东，不像滇军那样和济军尖锐化，他利用滇军和济军为敌，就带领了一部分桂军开进湖南，把湖南控制在他的手里。
拿湖南和广东相比，湖南地当要冲，内部情况复杂，财源不及广东富饶，两者相较，鱼与熊掌不可得而兼，当然舍湖南而取广东，因此，7月10日陆荣廷不理睬北京命令他暂署湖南督军的命令，由衡州班师回桂，集中主力准备开赴广东。
段祺瑞在北京听说陆荣廷由湘班师回桂，正准备入粤的消息后，大为不安，这与他的安排恰恰相反，他本是一套假戏，而陆则是认了真要假戏真做。于是他在7月29日以国务院名义秘密发出艳电，征求各省北洋军伐对处理广东问题表示意见。这又是师法袁世凯的，利用北洋军伐，引起他们对南方各省有兴趣。
段祺瑞就是在处理广东问题时，引起了阁潮，他既然以袁世凯的继承人自居，当然最痛恨李烈钧，认为李是北洋系的死敌，他调李入京是勉强装出客气的样子，李不受调，他就想借机翻脸。他的秘书长徐树铮了解他的私心，乃把未经阁议讨论和通过，催促赣、闽两省出兵“讨伐”李烈钧的通电发出。因此导致内务总长孙洪伊和徐树铮正面冲突。
这时，在徐州的张勋也于7月31日发出通电痛斥李烈钧，主张赣、闽两省出兵“援粤”，接着倪嗣冲电请北京政府下令“讨伐”李烈钧。北方各省立即随声附和，张怀芝、赵倜、孟恩远、杨善德、阎锡山、冯国璋、王占元、毕桂芳、陈树藩（依发电先后为序）纷纷通电“致讨”，对李烈钧极尽攻击。
8月11日，北京政府发表处理广东问题的命令说：
“龙济光未交卸以前，责任守土，自应约束将土，保卫治安。李烈钧统率士卒，责有攸归。着即均勒所部，即日停兵。此后如有抗令开衅情事，自当严行声讨以肃国纪。”
这真是一个强词夺理、颠倒是非的命令，把龙济光说成守土有责、维持治安的疆吏；而李烈钧则是抗令开衅、违反国纪的罪魁祸首。事实是怎样呢？李烈钧只是北洋系所深恶痛绝的人，他是反对帝制最烈，而在云南倡义的三巨头之一。至于龙济光却是袁所亲爱的功狗，因效忠“洪宪皇帝”而被封王爵。
段以为用中央的威信向李烈钧摊牌，他有北洋军阀为后盾，如果李烈钧不听命令，就是反抗政府，背叛国家，他便可以号召全国，鸣鼓而攻。可是时间上不帮助段，这时陆荣廷已迅速带兵到了肇庆，龙济光在滇、桂军双重压力下，乃被迫提出卸职条件：（一）济军2万人（虚报）以上，应编为两师；（二）请拨付军饷和移防经费300万；（三）督办两广矿务，应选择两广扼要地点屯驻济军，在济军驻防区内，其他各军须撤出；（四）督办两广矿务公署应照督军公署的规模，直隶中央，本省长官无权调度。
李烈钧这时留在广东已无价值，且留下变成众矢之的，所以便于8月17日通电解除职务，在粤境内的滇军由张开儒、方声涛两师长直接统辖。8月22日李烈钧和滇军告别，于27日到肇庆会晤陆荣廷后，取道香港赴上海。
陆荣廷在肇庆装病。8月25日萨镇冰到了广州，和广东省长朱庆澜调停粤局。龙济光讨到饷款后率兵移驻琼州（海南岛）。陆荣廷则迟至10月才在肇庆就职广东督军。
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