%%%与东条英机的矛盾，导致石原莞尔离开了关东军，而且以后他处境更加艰难。这种由于侵略策略上的分歧而受到的排挤，日后竟成了他逃避军事法庭审判的“好借口”
刚刚晋升为陆军大佐的石原莞尔，1932年8月8日奉调回国，担任兵器本厂厂附。1933年8月1日，石原莞尔转任第二师团步兵第四联队联队长。这时的石原莞尔抓住一切机会鼓吹他的“南进”计划，还写了一篇《由军事上看皇国之国策及国防计划纲要》，提出具体的侵略策略：“以迅速巧妙之手段使中国本部归我支配、以日、‘满’、华三国为基本范围实行自给经济”，为“日美大战”做好准备。
1935年8月1日，石原莞尔出任参谋本部作战课课长。任职期间，他不遗余力地制订策划日本侵略国策大纲，提出了“扩充日满经济力量，加强扶植‘满洲国’，增强大陆兵力，建设无敌空军”的具体计划，为扩充日本侵略实力出谋划策。
1936年6月上旬，参谋本部新设指导战争及判断战争形势为主要任务的作战课，石原莞尔担任该课课长。6月30日，以石原莞尔为首，参谋本部形成了一份《国防国策大纲》。7月，以此大纲为指导，他又主持制订了《战争准备计划方针》。8月，制订了《对苏战争指导计划大纲》。这一系列的作战大纲和具体计划，勾勒出了日本侵略行动的“蓝图”。1937年3月1日，石原莞尔晋升为陆军少将。
七七事变后，日本帝国主义发动全面侵华战争。
1937年9月27日，石原莞尔被任命为关东军副参谋长，当时担任关东军参谋长的是东条英机。二人早有间隙，而且石原莞尔十分不情愿给资历相仿的东条英机做副手，两人关系紧张。石原莞尔对东条英机经常冷嘲热讽，多次当面称呼东条英机是“亲爱的傻瓜”。心胸狭窄的东条英机当然采取各种手段压制、打击石原莞尔。石原莞尔在关东军任职不到一年便待不下去了，只得称病回国。
预备役时的石原莞尔1938年12月5日，石原莞尔出任日本舞鹤要塞司令官。1939年8月，调任驻守京都的陆军第十六师团师团长。在此期间，石原莞尔出面组织了所谓的“东亚联盟运动”。这个运动以日、“满”、华相互提携为幌子，建立所谓的“三方提携”的东亚联盟。这个联盟自然以承认“满洲国”为前提，日本是东亚的保护者和指导者自然居于“盟主”地位。他的险恶用心明显就是要使日本控制中国，使中国彻底沦为日本的殖民地，对他个人利益而言，组织“东亚联盟运动”则可以为自己捞取政治资本，东山再起。不过，东条英机的排挤粉碎了他的迷梦。
1940年7月，东条英机出任近卫内阁陆相后，促使内阁于1941年1月宣布“东亚联盟运动”为非法组织。3月1日，东条英机以此为借口解除了石原莞尔担任的第十六师团师团长职务。3月31日，石原莞尔被迫退出现役，转入预备役。
被排挤出军界的石原莞尔在立命馆大学担任国防研究所所长，专门讲授《国防论》，继续宣传他的侵略主张。东条英机除了因以前的过节，更重要的原因是，石原莞尔在国内大力反对迅速扩大战争，主张持久的战争计划，这与东条英机的图谋相左，所以东条英机不仅派宪兵跟踪监视石原莞尔，后来干脆命令立命馆大学辞退了石原莞尔。石原莞尔迫不得已，只得于1942年9月返回鹤冈家乡闲居。
1945年日本战败投降后，石原莞尔乘机将自己装扮成受东条英机迫害的“和平战士”，以逃避被当作发动侵略战争的罪犯而受审。石原莞尔接连发表了《我们的世界观笔记》、《新日本的出路》等文章，假惺惺地提出什么“放弃战争”，建设“不要战争的文明”的主张，企图投美国人之所好。石原莞尔还专门给驻日盟军总司令麦克阿瑟写了一封建议书，提出所谓“超阶级的政治”，胡说什么“过去的政治是为阶级利益的政治”，而“超阶级政治”只是“为了理想”。石原莞尔见风使舵、混淆视听的投机钻营，终于使他逃脱了远东国际军事法庭的审判。
1949年8月15日，石原莞尔因膀胱癌病死家中，终年60岁。
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