1942年7月1日，山下奉文转任第一方面军司令官，驻中国东北的牡丹江地区。1943年2月，山下奉文被晋升为大将。1944年，随着盟军的反攻，日本在太平洋战场的形势急转直下。6月29日，根据内阁大臣木户的建议，大本营将山下奉文召回东京，向他面授了大本营准备进行“捷一号作战”以扭转局势的决心及设想。9月26日，山下奉文被任命为第十四方面军司令官，指挥在菲律宾的20多万名日军执行“捷一号作战”的相关任务，企图实现扭转困局的目的。
从此时直到次年9月，日本天皇宣布投降半个月后，山下奉文一直率兵盘踞于东南亚，企图顽抗。
%%%在中国和马来西亚、新加坡等地指挥作战，残酷杀害当地无辜平民的山下奉文终于得到应有的下场，在马尼拉大审判中，正义的法庭是不会放过这个战争刽子手的
1945年9月3日上午9时30分，山下奉文率领驻东南亚部队主要将领武藤章等人前往碧瑶，参加投降签字仪式。盟军受降人员中，就有当年迫于其淫威而投降受俘的英军将领帕西瓦尔，这不啻于给了当年曾耀武扬威的山下奉文一记耳光。
接受审判的山下奉文投降仪式之后，山下奉文作为战俘先被关押于距马尼拉30英里的利萨尔县的新毕利毕监狱。1945年10月29日，在中国和英国政府的要求之下，山下奉文被作为战犯交付盟军马尼拉军事法庭审讯。山下奉文被指控的主要罪行包括：1935年至1936年，反对“北进”派并支持二月兵变，支持裕仁天皇实施“南进”行动；1938年至1939年，任华北方面军参谋长期间，指挥军队在中国农村展开大屠杀；1942年，任马来西亚第二十五军司令官期间，指使秘密警察屠杀5000余名新加坡华裔；1944年，在帕拉万岛虐杀美军战俘150名等罪行。经过一个多月的审判，马尼拉军事法庭最终于12月7日判处罪大恶极的山下奉文死刑。山下奉文的辩护律师企图为其开罪，而先后向美国最高法院甚至是白宫提起上诉。盟军最高司令麦克阿瑟对此表态：“我批准军事委员会的审判结果和判决”，并指示西太平洋陆军司令官执行对被告的判决。
1946年2月23日，双手沾满鲜血的战犯山下奉文在马尼拉市郊的巴尼约斯刑场被执行绞首刑。2月24日凌晨3时27分，山下奉文在绞刑架上停止了呼吸，结束了他罪恶的一生，终年60岁。
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