不仅如此，1939年，山下奉文在新任华北方面军总司令杉山元的要求下，主持拟定了《1939年度治安肃正纲要》，制订了非常详尽的“肃正”计划：1月至5月的任务是各师团对占领区进行大规模扫荡，为分散部署兵力、扩大“治安圈”打基础，先针对晋南地区、晋北地区、五台地区和苏北地区进行作战。从5月至9月，则是利用此前扫荡的成果，实行分散部署兵力，同时针对鲁南地区、鲁西地区、晋东地区等地继续进行“围剿”。
面对山下奉文指挥的日军的疯狂“清剿”，八路军主力通过游击战坚持斗争。1939年1月25日，八路军一二○师主力挺进冀中，与原冀中军区部队会合，共同粉碎了日伪军的前三次围攻。2月2日，山下奉文重新纠集日伪军对我冀中根据地发起第四次围攻，被八路军粉碎。3月18日至4月1日，因八路军的奋起抵抗而遭受挫败的山下奉文又指挥七千多日伪军对肃宁、文安、任丘进行第五次围攻。八路军连续作战30余次，共歼敌900余人，粉碎了这次围攻。山下奉文在历时5个多月的“围剿”战中，虽然以伤亡5000余人的惨重代价，侵占了冀中地区所有的县城，击溃了一些国民党残余武装，但并未达到消灭八路军和摧毁冀中抗日根据地的目的。在这一状况之下，山下奉文又将矛头调转到他认为的中国抗日武装的“后方基地”——天津租界。他认为正是英、法租界庇护了大量的抗日分子，而在“中国排除英国势力是对华政策之根本”。因此，1939年6月14日，山下奉文以华北方面军参谋长的身份擅自下令封锁了天津英租界。
英、法等国当时对日侵略持绥靖态度，因而只是采取外交协商的抗议方式，这更纵容了山下奉文的排英野心。虽然日本外务省一再要求山下奉文解除封锁令，但被他以各种理由推绝而拒不执行。与此同时，天津的英国商人、企业家、传教士等在英租界被封锁后，因顾虑自身的安全而纷纷撤回英国，山下奉文实际上达到了将英国势力驱逐出华北的目的。不仅如此，英日双方还于1939年7月24日签署了《有田?克莱琪协定》，以正式条约的形式规定，英国“完全承认”日本造成的“中国之实际局势”，承认日本对其占领区享有“特殊之要求”，并且承诺“凡有阻止日军或有利于日军之敌人之行动与因素”，英国“均无意加以赞助”。英国无视他国之利益，对日绥靖的“避事”态度可见一斑。
驱英的成功，聊慰了山下奉文“治安肃正”无果的怒气。但“治安肃正”中，山下奉文所指挥的侵略军，还是制造了大量屠杀中国人民的惨案。在蠡县，日军用毒瓦斯一次杀害抗日群众70多人，制造了“王辛庄惨案”。在廊坊，杀害无辜百姓68人，烧毁民房300余间，制造了“韩村镇惨案”。在“大曹村惨案”中，日军残酷虐杀群众73人，烧毁民房2300余间。在五次围攻中，山下奉文指挥日伪军以极其残暴的方式屠杀了许多抗日军民。这笔血债，中国人民永远不会忘记。
1939年9月中旬，由日本关东军挑起的、意在刺探苏联反应的“诺门坎事件”，在苏联强硬的反击之下，以失败告终。日本政府迫于外交压力，撤换了关东军的司令和作战参谋等主要领导，山下奉文被调任为关东军第四师团师团长。
担任第四师团师团长期间，山下奉文立志洗刷担任华北方面军参谋长期间“战果贫乏”的“耻辱”。他一面积极练兵，做好对苏战争的备战，另一方面对中共所领导的抗联武装力量进行疯狂“讨伐”。1940年7月1日，山下师团转隶中国派遣军第十一军，调往湖北，参加宜昌作战。7月22日，山下奉文被调回东京，就任日本航空总监兼航空本部部长。
1940年9月27日，德、意、日三国签订同盟条约，法西斯侵略轴心形成。12月10日，山下奉文以遣德视察团团长的身份，赴德、意进行军事考察，为扩建日本航空力量进行筹备。次年7月7日，山下奉文率团回到东京。他向大本营拟交了一份关于国防机构一体化的报告，主张空军应该独立，陆军进行机械化以及添设统辖三军军政、军令的国防省、国防总长等。不过，在还没有展开这项报告的宏大改革计划时，山下奉文又被派往侵华战场的前线了。
1941年7月16日，大本营批准成立满洲防卫军，山下奉文被任命为满洲防卫军司令官。由于日军不断拉长战线，而且野心勃勃地准备进行“南进”计划，因而机动兵力已明显不足。满洲防卫军其实是一支临时拼凑起来的部队，管辖第五十一师团和第一、第二、第三、第五、第九独立守备队。9月18日，山下奉文所部主力第五十一师团被调编为中国派遣军第二十三军，山下奉文更有“空头司令”的味道了，这使他想在中国东北作威作福也心有余而力不足了。
1941年11月5日，大本营召开御前会议，确定于12月初对美、英、荷等国开战。次日，山下奉文受命返回东京。9日，他被任命为第二十五军司令官，负责进攻东南亚。从此，山下奉文开始转向侵略东南亚的作战之中，执行大本营的“南进”计划，为日本掠夺维持战争消耗的诸多资源。在东南亚的侵略战场上，山下奉文尽显其凶残与暴虐，先是率兵发动侵略马来群岛的战争，随后兵压新加坡，用炮轰市民与切断城市供水的卑鄙手段，迫使英国远东军司令官帕西瓦尔无条件投降。山下奉文仅用两个月不到的时间，即占领了马来半岛以及新加坡，取得了“南进”的重大胜利，他也因此而被人奉称为“马来之虎”。占领了新加坡后，山下奉文为了有力地控制当地局势，切断当地与中国大陆抗日力量的联系，命令专门人员制订了周密的《肃清华侨计划》，对当地华人进行残酷的大屠杀，在屠杀的同时，聚敛这些华人的家财，对东南亚人民，尤其是华裔们犯下了滔天罪行。
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