在冈村宁次就任关东军副参谋长的两年多时间里，他还大力支持在那里进行细菌武器研究和制造的杀人魔鬼石井四郎。1933年，石井在哈尔滨以南的五常县背阴河创建“细菌实验所”，利用抓获的中国平民和俘虏进行各种残忍的、灭绝人性的细菌试验，在冈村宁次等关东军各实力人物的直接支持、协助下，石井机关的规模越来越膨胀，“事业”也越来越红火，为后来第七三一部队的建立奠定了基础。
在《塘沽协定》签订后不久，冈村宁次的关东军副参谋长的职位被板垣征四郎接替，1934年12月，冈村宁次回调参谋本部。次年3月，出任参谋本部第二部即情报部部长。在他的策动下，关东军展开了以在华北建立亲日傀儡政权，控制华北于日本势力之下为核心目标的“华北工作”。奉天日本特务机关长土肥原贤二则被派具体负责“华北自治运动”以达到目标。1935年11月中旬，随着“冀察政务委员会”的建立，这一侵略目标基本实现，冈村宁次对自己的又一次得逞而自喜不已。
在策划“华北工作”的同时，冈村宁次以个人身份被派往中国，秘密访华，执行“以帝国为中心，在日、‘满’、中三国提携互助基础上”的对华政策纲要，即“广田三原则”的任务。在收获甚微的情况下，于1935年11月灰溜溜地返回日本。
时光总是匆匆，但每每会有一些意外发生，对某些渴望“机遇”的人，展开“幸运”的微笑。一个蛰伏的寒冬过后，当浅粉的樱花刚刚在乍暖还寒的初春微风中崭露头角的时候，冈村宁次又撞上了一次往上爬的绝佳“机会”。
1936年2月26日拂晓，日本“皇道派”少壮军人发动了震撼日本政坛的“二二六”事变。兵变发生后，冈村宁次和石原莞尔等临时参谋本部主要成员积极主张采取“断然镇压”的方针，以整肃军纪。
冈村宁次原先也倾向于“皇道派”，并受到过“皇道派”一些实力人物的提携。但是，冈村宁次的政治观点是国家革新固然重要，但国内的稳定更为重要，下级军官的兵变会“损害军队的名声，削弱首脑部门的统制力”。基于此，冈村宁次并没有在事变中站到“皇道派”一边，而是积极参与制订具体的镇压作战计划。几天后，这次事变即被成功镇压。事变后，军界实施了“大手术”，可谓有人欢喜，有人忧——一批支持和同情事变的高级将领被免职或者编入预备役。而冈村宁次因在事变中立场站得对、处置又得当，所以被晋升为中将，破格出任第二师团师团长，成为17个正规师团主将之一，随后即开赴北满。在“北满”，冈村宁次的部队编入关东军的建制序列，主要担负维持“满滨江省”一带的治安任务，后又移防东部，担任对苏警备。
就治安问题，冈村宁次的第二师团要对付的是东北抗日联军，“抗联”可不同于几年前被日伪军镇压下去的义勇军，它是中国共产党领导的更具组织性的抗日武装力量。为对付“抗联”，冈村宁次采用了三条恶毒的计谋：利用伪满军、实行所谓“匪民分离”和建立“无人区”以及“军事进剿时切断对方补给线”的办法。冈村宁次的恶毒措施，确实给抗联带来了极大的不利。但东北抗联将士毫不退缩、前仆后继，仍对日寇形成了有效的打击。直至1938年6月，冈村宁次离开东北时，他也没有抓到“抗联”的主要领导人赵尚志，而不得不“深以为憾”。
当冈村指挥第二师团在松花江两岸全力围剿我抗联武装的时候，1937年7月7日，随着卢沟桥事变的枪声，日本军国主义者开始了全面的侵华战争。当时，冈村正在通河一带追踪赵尚志抗联部队的下落。
●全面侵华战争爆发后，冈村宁次到中国内地作战，从九江战役、武汉会战，到南昌之战、长沙会战等，他都立下“大功”。最终升为大将，登上了“中国派遣军”总司令的宝座1938年6月，冈村宁次接到军部调令，组建第十一军作为华中派遣军，并任该军司令官，负责攻占华中地区。一直渴望战死沙场为天皇“尽忠”的冈村宁次终于有了主率一方的机会，也有了施展自己军事战略“才能”的机会。
7月中旬，冈村宁次正式在南京行使第十一军司令官指挥权。他履任新职务的第一仗就是亲自指挥攻占九江的战役，由此揭开了武汉会战的第一幕。九江位于从安庆到武汉这段长江向南弯曲处，是中国军队的外围防线。冈村宁次在海、空军的密切配合下，疯狂向九江中国守军张发奎的部队进攻，弹火铺天盖地，天地一片啸然。中国守军竭力抵抗，但损失惨重。7月25日晚，日军最终蜂拥攻入九江城。
冈村宁次率部攻占九江后，正赶上城里流行霍乱。冈村宁次诬蔑是中国军队撤退时有意散布的结果，因而“定要消灭九江霍乱”。随着一声令下，九江城内大批染病或被日本军医定为有染病嫌疑的中国老百姓，惨遭涂炭，被日军屠杀、焚尸。
在展开这些灭绝人性的杀戮的同时，冈村宁次开始盘算：若向西猛攻，直取武汉，虽可获胜，但歼灭不了多少中国军队，为了最后的胜利，应该消灭对方的有生力量，而且要在武汉站住脚，必须解除侧后方中国重兵集团虎视眈眈的威胁。据此，冈村宁次决定先拿薛岳开刀，制订了具体的南浔线作战计划，即自湖口、九江南下，先占德安、南昌，后西取长沙，截断粤汉铁路，对武汉形成战略大包围。以此，既消除日军侧后方的威胁，而且在战略上先截断武汉退路，并动摇中国守军气势，最终夺取武汉、歼灭中国重兵集团。
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