南次郎派人勾结内蒙古上层人物德王，唆使和支持其建立“内蒙古自治政府”。
1935年9月，南次郎专门派关东军参谋长板垣征四郎前往内蒙古乌珠穆沁右旗与德王谈判，“说服”德王答应日本关东军的条件，建立“新政权”，并许诺关东军会给予其财政援助。德王答应与日本关东军“合作”，获得了关东军的支持。南次郎命令关东军资助德王50万元，并提供5000支枪，帮助德王扩编军队。1935年12月，南次郎还直接派遣关东军一部，帮助德王扩大地盘，占领了察哈尔省北部。在南次郎及关东军的直接支持下，1936年5月，继召开“蒙古大会”之后，“蒙古军政府”宣告成立。
南次郎积极策划的另一件事就是，使华北五省脱离国民政府，成立华北“自治”政权，制造听命于日本政府的第二个“满洲国”。南次郎派遣自己手下的得力干将土肥原贤二担此“重任”。土肥原贤二这个大军事间谍，果然不负南次郎的重托，他一方面拉拢收买华北的实力人物，一方面利用国民政府“攘外必先安内”的妥协投降政策，软硬皆施，最终炮制了一个“冀察政务委员会”。
“冀察政务委员会”并不能完全令南次郎满意，因为这个“政权”表面上还是隶属于南京国民政府的，它的委员长宋哲元远没有“满洲国”的溥仪皇帝听话。因此南次郎很早就制订了一份入侵华北的军事计划，上报参谋本部，并致信日本内阁，积极主张日本政府出兵华北。
但大本营当时顾忌到美、英等国在华北有重大“利益”，如果出兵，会引起他们的干涉，时机还不成熟，因而没有支持南次郎的计划。
没有得逞的南次郎闷闷不乐地离开了关东军司令一职后，于1936年3月再次赴朝，出任日本驻朝鲜军司令官。1942年，改任朝鲜总督。太平洋战争爆发后，为了让治下朝鲜人知道大日本帝国的“武威”，1942年3月4日，南次郎专门要求将英国和美国战俘中的一部分人关到朝鲜，宣扬“皇军武威”，以“使朝鲜人实际上认识(日本)帝国的实力”，同时“扫除大部分朝鲜人内心所存在的崇拜欧美观念的心理”。南次郎还下令将这些战俘全部押到铁路、码头、煤矿去服苦役，许多战俘在非人的折磨下悲惨地死去。
%%%经过两年的庭审与辩护，南次郎被判为无期徒刑，但他却自认为无罪——“回顾我的一生，我坚信自己无罪”。在最后的时刻，也没有反省他自己所犯下的侵略罪行
1945年8月15日，日本宣布无条件投降。1946年1月19日，盟军驻日最高统帅麦克阿瑟依据盟国最高委员会的决定，宣布成立远东国际军事法庭，对战犯进行逮捕和审判。
南次郎是第一次被逮捕的28名甲级战犯中的一个。这28名战犯，在审理过程中死亡了3名，因而停止了对其审判，实际审判的有25名。这些人都是日本发动对华侵略战争的罪魁祸首。
1945年11月19日，南次郎接到由盟军占领军司令部签发的逮捕令。逮捕令上列举了南次郎的罪行，上面写着：南次郎大将，1931年，满洲事变时任陆军大臣，1936年至1942年，作为朝鲜总督实行过暴政，1945年3月，就任大日本政治会的总裁，是日本主要军阀之一。
经过长达两年多时间的审讯和法庭辩论，1948年11月12日，终于到了最后审判的时刻。下午1时30分，东条英机等甲级战犯被美国宪兵依次押入法庭。脸色苍白、胡须垂胸的南次郎，是第三个被押上被告席的。南次郎在这两年中，不断地担心着自己的命运会怎样，这时他抬起头看到法庭上悬挂的11国国旗，又默默地把头低了下去，等待着最后的判决。
南次郎最终被判为无期徒刑。听到自己被判无期徒刑，他一面庆幸自己躲过一死，但一面回忆自己的“峥嵘”岁月，又极为不甘，毫不反思地认为自己是“无辜”的。他在被判决后，还曾在自己的日记中写道：
我人生的最后阶段将在监狱中度过。回顾我的一生，我坚信自己无罪，坚信所有的证据都可以证明我无罪。但他们硬说我有罪。既然已判我有罪，夫复何言。我作为日本臣民，作为陆军大臣、大将、驻满大使、朝鲜总督、大日本政治会总裁、枢密顾问和贵族院议员，获得过显要的地位，尽了臣民的本分，受到明治、大正、昭和三代天皇的宠信。但现在人生的竞争、争斗、倾轧、烦闷都已不存在了。
南次郎年纪很大了，因而巢鸭监狱给他和最年长的平治骐一郎调了一间条件较好的房间。在监狱里，除了孤独，其他并没有什么改变，而南次郎也并没有真正深刻反思他自己的罪行。
1950年6月，朝鲜战争爆发后，美国准备将日本作为对苏冷战的前线基地，因而改变了对日政策。在战犯问题上，也开始大批释放乙级、丙级战犯，改善甲级战犯的待遇。1954年，南次郎因病获假释。1955年12月5日，南次郎在半昏迷的睡梦中死去，终年82岁。
这个享尽天寿的侵华战犯，在生命的最后时刻中，是否对自己所犯罪行深深忏悔了呢?
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