约翰?梅奇牧师在贝蒂斯教授讲完之后，以国际红十字会南京委员会主席身份出庭作证，指证侵华日军的种种暴行：“日军占领南京后，就有组织地进行屠杀，南京市内到处是中国人的尸体。日本兵把抓到的中国人用机枪、步枪打死，用刺刀刺死。强奸到处都有发生，很多妇女和孩子遭到杀害。如果妇女拒绝或反抗，就被捅死。我拍了照片和电影，从这些资料上可以看到妇女被砍头或被刺得体无完肤的情形，如果妇女的丈夫想救自己的妻子，他也会被杀死。”
随后，法庭播放了梅奇牧师拍摄的南京大屠杀的惨景。这些证据证言都证实了松井石根的罪行。然而，在两年多的受审过程中，松井石根总是顾左右而言他，歪曲事实，否认日本侵华的罪行，并且竭力掩盖自己的战争罪责。
他先是极力粉饰这场侵略战争的性质。他辩解说：“西方帝国主义侵略东亚的战争同我日本进行的日清、日俄战争是本质上完全不同的两种战争……东洋日本与中国之抗争，一方面视为两国人民自然发展之冲突，同时亦可视为两国国民思想之角逐。盖中国国民之思想，最近半世纪间明显受欧美民主思想与苏联共产思想之感化，致东洋固有思想(儒教、佛教)发生显著变化，中国国内亦招致各种思想之混乱与纷争，乃至形成同日本民族纷争之原因。”
然后，他又为自己开脱罪责，讲述自己“用心良苦”的努力：“本人在任职期间，先后在华北和华南待了近12年。在这整个时期，我为中日合作做了可能做的一切……我始终坚信，日中之间的斗争是所谓‘亚洲大家庭’中兄弟之间的争吵，日本不可避免地要动用武力，以拯救旅居中国的日本侨民和保护我们的权益，这同哥哥经过长期忍耐后赶走不听话的弟弟没有什么两样。采取这一行动的目的在于促使中国回心转意，驱使这一行动的动机不是仇恨而是爱怜……所以我要求我的军官们要把这次派遣作战的意义向每个士兵讲清楚。我的守则是，在上海地区的战争目的仅仅是征服反对我们的中国军队，至于中国的官员和国民，根据可能则应得到安抚和保护。”
经过他这番无耻表白，日军不是侵略而是思想之角逐而已，他松井石根不是那个罪行累累的战犯而是个善良的和平使者了。公诉人莫罗上校见他如此厚颜无耻，就直接问他，难道南京大屠杀也是“哥哥”对“弟弟”的“爱”吗?松井石根辩解道：“由于我多年的宿愿乃是使日本和中国共存共荣，因此在占领南京时采取了种种防御措施，以避免这一战事成为全体中国居民遭受苦难的原因。”
对于法庭掌握的大量证据，松井石根轻描淡写地承认一点事情，企图蒙混过关。“虽然我采取了一切预防措施，但在攻占南京时，在一片慌乱的情况下，还是能够找到一些激动起来的士兵和军官干出胡作非为的事情来的。十分遗憾，我是后来才听到这种过失的。”面对他如此地搪塞，莫罗法官忍无可忍地质问：“你作为进攻南京的最高指挥官，怎么说后来才听说发生这种‘过失’呢?”
松井石根厚颜无耻地辩解道：“攻打南京时，我正在140公里以外的苏州卧床养病，而且并不知道他们违抗我的命令干出这般暴行来。12月17日我到达南京后，从宪兵司令部那里第一次听到这种意外事件，我立刻下达了命令，敦促各部队调查此事件并严惩肇事者。”
松井石根以自己有病为借口的狡辩也被事实所推翻。他生病的时间很短，12月14日就退烧了，12月17日他还得意地骑马出席了侵占南京的入城式。“他的疾病既没有阻碍他指挥在他领导下的军队的作战行动，也没有阻碍他在发生这类暴行时访问该市达数日之久，而对于这类暴行负有责任的军队又是属于他指挥的。他是知道这类暴行的，他既有义务也有权力统制他自己的军队和保护南京的无辜市民。由于他玩忽这些义务的履行，不能不认为他负有犯罪责任。”
1948年4月，历时近两年的庭审终于结束了，远东国际军事法庭进入下一个程序——起草判决书阶段。
经过中国法官梅汝的争取，远东国际军事法庭的其余10位法官推定由中国法官负责起草判决书中有关日本侵略中国的部分。当判决书起草到一半时，梅汝在法官会议上慷慨陈词，力争单设一章，专门用来说明南京大屠杀。“由法庭掌握的大量证据，可以看出，日军在南京的暴行，比德国在奥斯维辛集中营单纯用毒气屠杀，更加惨绝人寰。
砍头、劈脑、切腹、挖心、水溺、火烧、砍去四肢、割生殖器、刺穿阴户或肛门等等，举凡一个杀人狂所能想象出的残酷方法，日军都使用了，南京的许多妇女被强奸后又被杀掉，日军还将她们的尸体斩断。对此种人类文明史上罕见之暴行，我建议，在判决书中应该单设一章予以说明。我的这个请求，务请各位同仁予以理解、赞同。”法庭庭长韦伯同意了，其余九位法官也同意了梅法官的请求。于是，远东国际军事法庭的判决书中专门有一章记录了日军在南京大屠杀中的暴行。
法庭进入了最后的秘密量刑阶段，11位法官间却发生了严重的分歧。因为，远东国际军事法庭虽制定了共同遵守的诉讼程序，却没有一个共同的量刑依据。加之，各国法律对死刑的规定又不尽相同，因此，来自中、美、英、苏、印、加、澳、新、荷、菲、法11国的法官，各自援引本国的法律条款，各执己见。本国已废除死刑的法官，自然不愿意投死刑票，譬如法庭庭长、来自澳大利亚的法官韦伯爵士，就主张把战犯们流放到荒岛上去。美国法官虽然同意死刑，但仅要求对发动太平洋战争和虐待英、美战俘的那些战犯判死刑。印度法官帕尔博士竟然主张无罪开释全体战犯，理由是：“世人需以宽宏、谅解、慈悲为怀，不应该以正义的名义来实施报复。”通过争辩表态可以看出，力主死刑的是少数，而法庭规定，决定一名战犯的刑度至少需要6名法官同意。
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