板垣师团在台儿庄一役中被重创，板垣本人也险些被中国军队所俘，逃走时，连外套、手表都未及带走，这使不可一世的板垣羞愧难当，自称“应当切腹以谢国人”。板垣征四郎还没来得及“切腹以谢国人”，1938年5月25日，便被召回国。6月初，板垣在其故交石原莞尔的力荐下，出任近卫内阁的陆相并兼内阁“满洲”事务局总裁。
板垣征四郎这个陆军少壮派的中坚，力主侵华政策，同时长期担任关东军的要职，既对中国的军事、军备有深入了解，同时亦掌握了苏联在远东的军备状况。日本帝国主义一方面发动全面侵华战争，另一方面又高举“反苏反共”的大旗，在这样的侵略政策之下，无疑，板垣成为陆相的最理想人选了。
板垣走马上任后，对中国的局势并不乐观。经过华北会战、太原会战、淞沪会战和徐州会战等几次大的战役后，并没有一举歼灭中国的抗日力量，相反却由于战线过长而导致兵力严重不足，双方进入持久战的消耗阶段，日军陷入了远东战场的泥潭。
板垣要应付这种局面，先得调派人手，他先是“选拔壮年有为之士，强经圣战阵容”。东条英机随之被他选中，任命为陆军次官。他们二人的“合作”可以追溯到板垣任关东军参谋长时，东条任副参谋长，而且两人既是同乡又是同校，关系与默契自是非同一般。时人对他二人的评价为“板垣之胆，东条之智”——板垣有胆魄放手大干，而东条有智谋策划。这两人狼狈为奸，一面向中国增兵，扩大侵略战争，以早日实现“大东亚共荣圈”的建立；另一方面又企图建立日、德、意协约同盟，对付苏联，保证日本帝国远东的战略安全。在对苏联方面，新任陆相板垣“出师不利”。1938年七八月，日军挑起事端，向中苏边境的张鼓峰地区发动武装入侵。这次侵略活动发生后，板垣与次官东条商议，以此为契机试探苏联方面是否有进行武力干涉的决心，因而坚决主张进行武力攻击。苏联有力地回击了入侵日军，日军派出的第十九师团损失过半。天皇为了全面保证武汉会战，无力应付北方再起事端，板垣只能坐下来谈判求和，暂不与苏正面冲突。
不过，板垣的主要精力还是在中国战场上。
1938年7月7日，借纪念七七事变一周年之机，新任陆相板垣发表了支持侵华战争、灭亡中国的演说。他疯狂地鼓动说，为“使战争早日结束”，“皇军在绵延两千公里的战线上作战……忍饥耐寒地毫不动摇地继续作战。吾人知道这种情形，应即刻觉悟，努力支持战争”。
除了鼓舞士气、进行全面动员外，板垣的另一个图谋就是在全中国扶植起一个傀儡政权。因而，他以陆相身份数次与汪精卫接触，采取“扶汪倒蒋”的政策。
1939年9月，第二次世界大战全面爆发。日军侵华战争进一步扩大。为了尽快侵占中国，然后挥军东南亚，日本大本营决定统一侵华日军各战线的指挥，于是在南京成立了中国派遣军总司令部，任命西尾寿造为总司令，板垣征四郎为总参谋长。
作为总参谋长的板垣的任务之一是协助西尾总司令指挥华北、华中、华南战场作战的日军，另一个任务就是扶植“汪精卫政权”的建立。
在板垣的精心策划下，1940年3月30日，汪精卫的“国民政府”终于在南京建立，并且举行了所谓的“还都”典礼。之后不久，日本政府和“汪精卫政府”按先前的约定缔结了所谓的《调整日支关系基本条约》，汪伪政权彻底成为日寇的傀儡政权。
但是“汪精卫政府”的建立，并没有达到板垣以及日军大本营原来设想的目的。他们原本设想通过“汪精卫政府”拉拢与蒋不和的地方实力派，从而分化瓦解蒋氏政权，日军乘机各个击破，吞并中国。但事实上，汪精卫的叛国、卖国行为受到举国上下的唾弃，各系军阀反倒不愿与之为伍，这反而使蒋介石领导的国民政府在战场上更加坚定地反攻。
一招失算之后，板垣又企图拉拢重庆政府。但随着德、意、日三国缔约同盟，中国加入反法西斯同盟并对日作战，板垣与国民党的和谈也不了了之了。
此后，板垣征四郎于1941年调任驻朝鲜军司令官，并晋升为大将。1943年，板垣征四郎出任最高军事参议官。1945年2月，兼任第十七方面军司令官。同年4月，调任驻新加坡第七方面军司令官。这期间，板垣强拉当地壮丁和劳工，抢夺当地的军需物资，强征、拐骗当地青年妇女充当“慰安妇”(即随军妓女，日军无耻地称之为“天皇赐给军人的礼物”)，对东南亚人民也犯下了累累罪行。
●日本投降后，身在新加坡的板垣企图收买驻新英军司令出逃南美，结果阴谋败露，被逮捕。作为甲级战犯之一，他被押解至东京，等待远东国际军事法庭的审判1945年8月，日本宣布无条件投降，犯下屡屡罪行的板垣征四郎时任驻新加坡第七方面军司令官。
接到英军要求日军速去办理投降事宜的板垣征四郎来到英军指定的受降地点——英国皇家军舰萨塞克斯号，代表日军南方军在新加坡向英军投降。
板垣办理完投降手续回到军中后，召集各军司令官，防止这些军官带头自杀，命令将“有为之士”送回国内，以求“尽快地实现皇国之复兴”。
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