土肥原贤二1939年3月返回东京，5月，任驻黑龙江第五军司令官。1940年，任军事参议官，10月，兼任陆军士官学校校长。1941年4月，晋升为大将，6月，任航空总监兼航空本部部长。1943年，任远东国际军事法庭审判席上的法官们东部军司令官。1944年3月，任新编第七方面军司令官驻新加坡，率部侵略马来亚、苏门答腊、爪哇、婆罗洲等地。1945年4月，回日本任教育总监。8月，日本战败投降，24日，东部军司令官田中静一大将自杀，土肥原被降职接任东部军司令官。9月12日，第一总军司令官杉山元元帅自杀，土肥原又接任第一总军司令官。次日，盟军司令官麦克阿瑟以战犯嫌疑对土肥原贤二发布了拘捕令，土肥原贤二被关押在横滨刑务所候审。1946年5月3日，远东国际军事法庭开始将其列为甲级战犯予以审讯。
远东国际军事法庭对土肥原的审判是极为艰苦曲折的。土肥原虽效忠日本军国主义，干尽了阴谋勾当，但他老奸巨猾，尽可能地不留把柄。因而在所有被告中，土肥原自始至终都显得最为“冷静”，对于法庭的指控有恃无恐，而且还口出狂言：“我土肥原要让中国人和美国人睁大眼睛看看，真正的日本武士在失败时，在严峻的考验面前是个什么样子!”
法庭开始的时候没有有力的证据，美国宪兵在土肥原家中搜查时一无所获，东京法庭只好求助于中国国民党的军政部和司法部，但结果同样也是大失所望。
就在审判进入僵局时，中国法官倪征燠猛然想起曾任“满洲国”奉天市市长的赵欣伯，倪征燠为此特地亲自赶往赵欣伯被关的东北战犯监狱，希望赵欣伯提供土肥原参与策划“满洲国”傀儡政权的材料。
赵欣伯起初很痛快地答应了下来，但是他后来害怕连累自己，因为他曾接任过土肥原的奉天市市长的职位，思前想后，最后他还是拒绝提供有关土肥原的任何材料了。
中国有句俗语叫“要想人不知，除非己莫为”，土肥原在中国从事间谍活动长达20多年之久，要找出罪证来并非难事。最后确定下来两个有力的证人：曾经与土肥原贤二签署“秦土协定”的秦德纯和七七事变时的宛平专员王冷斋。
土肥原开始显得有些紧张，但随后便故作镇定下来。他想法庭并未抓住什么有力的证据，没什么可怕的，还装出一副满不在乎的样子，对检察官的指控他是一概否认。
按照土肥原与他的美国律师瓦伦和日本律师太田金次郎的预先谋划，首先出庭为土肥原作证的是其老部下爱泽诚。
在土肥原担任奉天特务机关长时期，爱泽诚曾追随土肥原参与制造了皇姑屯事件，并奉命参加实施炸毁柳条湖铁路路轨的阴谋，挑起九一八事变。
爱泽诚是土肥原的走狗，自然极力粉饰土肥原的恶行。他说土肥原为人“忠厚坦白”，广交中国朋友，还说土肥原领导的奉天特务机关只是负责搜集普通情报，纯属一般性业务机构，并没有搞什么秘密活动。爱泽诚的伪证引起了公诉方的强烈斥责。
这时，为了给爱泽诚的伪证提供佐证，土肥原的另一名日本辩护律师家崎直义拿出一幅字画交给审判长韦伯、检察长基南和其他法官、检察官传阅。这是一幅由中国著名画家王石谷作的山水画，重要的是上面的一段龙飞凤舞的题词：“土肥原将军年来奔走中日和平，备极辛劳，此次另有重寄他调，赠此以作纪念。宋哲元敬赠。”
家崎直义据此告诉并不知土肥原与宋哲元之间复杂关系的审判席上的众人，宋哲元是中国著名的政治家，连他都如此敬重土肥原将军，可见土肥原将军确实是中国人的好朋友了。
明知他说的与实情不符，该怎样驳倒这个狡辩呢?中国代表梅汝和向哲浚提出传中方证人、时任国民政府国防部次长的秦德纯出庭作证。
站在证人席上的秦德纯在宣誓过后，便接过那幅山水画，待他仔细看过后，韦伯庭长便问道：“请问证人，这幅画是宋哲元将军赠送给土肥原的吗?”
秦德纯想了想说：“我也是第一次看到这幅画，据我观察，这很可能是宋哲元将军赠给土肥原的礼物。”
全场哗然，难道说土肥原真是中国的好朋友?场内心中暗喜的就只有土肥原和他的辩护律师——有人肯不计前嫌地替他说话了吗?秦德纯停了片刻，待全场安静后，沉着而不紧不慢地说：“审判长，我必须声明，我之所以判断这幅画可能是宋哲元将军所送，是因为上面的题字是宋将军的秘书长杨镇南所书，我与杨镇南有过交往，对他的笔迹比较熟悉。”
忽然，他语锋一转：“审判长，我同时更要声明，这幅画只是私人交际往来所赠送的一种小小的纪念物品，不能用以证明国家与国家间的外交关系。”
审判长韦伯听后，为之一震，并鼓励地问道：“为什么?”秦德纯娓娓道出实情：“这是因为北平是中国的旧都，各国外交使节和武官留在北平的很多，当他们奉令回国时，与北平地方当局互相馈赠纪念物品，这是很平常的事情，纯粹是一种礼节，既不能反映彼此间真正的感情，也不能代表外交关系的好坏。我想，稍有外交常识的人都会明白这一层道理。”
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