七七事变后，当日军向山西境内侵犯时，国民党军队的高级将领均认为雁门关是天险，绝非日军攻击的目标，因此，既未修筑工事，也未配备适当的兵力。及至日军凭借土肥原贤二测绘的军用地图，从铁甲岭附近毫不费力地越过雁门关后，才使国民党军队的指挥官大吃一惊，这是后话。话说，在天津期间，土肥原贤二被赋予在中国进行间谍特务活动的更大权力，他的间谍情报工作和特务活动也由此进一步展开。这位“东方的劳伦斯”利用冯玉祥、阎锡山联合反蒋之机，穿梭于旧北洋军阀之间，拼凑所谓“北洋派大同盟”，以对抗蒋介石与张学良的联合。
1931年7月他策动石友三与阎锡山、韩复榘结成反蒋驱张同盟，把张学良牵制在关内，使东北的防务出现空虚，为日本在东北施展阴谋创造条件。
1931年8月，土肥原调任奉天特务机关长，参与策划了九一八事变。当时，由于日军参谋本部的中村大尉带人化装潜入我东北兴安岭禁区进行军事侦察，于7月被东北军屯垦军第三团逮捕并处死。日本军国主义分子借机制造所谓的中村事件，扩大事态，煽动战争狂热。9月8日，土肥原在日本内阁会议上声称：“奉天政府即便是承认这个事实，但如不表示诚意，或者玩弄拖延谈判手段时，我们准备采取最大限度的报复手段。”他的目的很明显，就是在东京为侵华制造舆论支持。10天之后，日本关东军在板垣征四郎和石原莞尔等侵华分子的策动下，挑起了震惊中外的九一八事变。
刚刚经历过浩劫的奉天城一派凋敝景象，平日里熙熙攘攘的大街空空荡荡，店家纷纷关门，日用商品紧缺，社会秩序陷入混乱状态。时任关东军参谋长的板垣征四郎为了尽快控制奉天的局势，于是任命土肥原——这个终日周旋于中国人中间的人为奉天市市长。土肥原走马上任后，立即开始着手“整顿”奉天城的社会治安，实施强硬的殖民统治。同时，他还策动一些丧失民族气节的旧军政人员出面建立“奉天地方自治维持会”等伪组织，派出约4000多名巡警上岗巡逻，加强警戒等。在其高压政策的淫威下，奉天城逐渐恢复了暂时的平静。然而，在这种表面平静的背后，中国人民反抗日本帝国主义殖民统治的民族意识日益强烈和高涨。日本军国主义政府自然也十分清楚这一点，为了继续推行长远的对华侵略战争，日军不得不从长计议，采取“怀柔政策”。10月15日，土肥原贤二宣布辞职，任命了一个傀儡市长赵欣伯。但是土肥原的间谍活动并没有就此停止，反而开始策划更大的阴谋。此时的土肥原开始处心积虑地思考怎样有效地实现对东北的殖民统治，应该采用什么形式的政权。这在日本国内和关东军内均有争论，板垣征四郎主张以此为契机，侵占东北，作为日本的领地进行统治，一举彻底解决南北“满洲”问题。石原莞尔老奸巨猾，他认为，不宜采取此种极端做法，应充分考虑到中国的民心以及国内外形势等，双方意见相持。1931年9月22日，关东军参谋长三宅光治专门为此召开了一次会议。在会上，土肥原贤二提出了一个折中方案，即成立一个由日本控制、脱离中国本土的“满蒙五族共和国”。板垣征四郎、石原莞尔等人对这一建议大加赞赏。
于是，关东军司令部便根据土肥原贤二的建议，制订了一份《满蒙问题解决方案》，由板垣征四郎带回东京，向陆军省、海军省、外务省分别作了汇报。陆军省、海军省和外务省很快联合制订了《满洲问题处理方针纲要》，为关东军在东北如何建立傀儡政权提出了正式的基本原则：第一，将“满蒙”从中国本土分割出去；第二，“满洲”和蒙古联合；第三，表面由中国人统治，实质由日本人统治。根据这些原则，关东军开始策划所谓“满洲”独立运动，而阴谋老手土肥原贤二自然是实施这一计划的不二人选。
土肥原贤二为了实施这一所谓“满洲独立运动”，一开始他想拉拢吴佩孚、段祺瑞做日本统治的傀儡，以爱国军人自居的吴佩孚当然不肯合作；段祺瑞虽有心投靠，但此事已被天津《大公报》揭露；最后，土肥原贤二把目光瞄准了清朝末代皇帝爱新觉罗?溥仪。
溥仪还是1924年的时候，土肥原贤二就与溥仪有了交往。当年11月5日，冯玉祥将军发动北京事变，把小皇帝溥仪赶出了皇宫。溥仪要求到英国大使馆避难，但遭到了拒绝，尽管溥仪有一个称作雷金纳德?约翰斯顿爵士的英国私人教师。这给了土肥原一个求之不得的机会。溥仪先在日本公使馆里躲了起来，后来在一个晚上，土肥原把溥仪偷偷护送出北京。溥仪来到天津后，又受到了日本人的庇护，住进了天津的日租界。土肥原这一富有“远见”的行动，为其“满洲独立”计划的成功奠定了基础。
溥仪自被废以后长住天津静园，满脑子却无时无刻不想着实现复辟，重新登上皇帝的宝座。同时，土肥原贤二还考虑到，让溥仪来统治清朝的发祥地“满洲”，更有名正言顺之意。
土肥原不禁为自己的如意算盘而沾沾自喜，他很快便于1931年10月27日前往天津。一到天津，他马上与天津日本驻屯军司令香椎浩平进行了密谋，具体商议了如何将溥仪从天津挟持至东北。随后，他与蛰居于静园的溥仪会了面，在会面中，土肥原极尽巧言令色之能事，不断煽惑溥仪，并充满“真挚感情”地说道，“满洲”三千万人民民不聊生，日本人的权益和生命财产也得不到任何保障，这样，日本才不得已而出兵。关东军对“满洲”绝无领土野心，只是诚心诚意地帮助“满洲”人民建立自己的新国家，并且保证这个新国家的主权、领土将受到日本的保护。作为这个国家的元首，溥仪可以独立自主地行使权力。最后，他抓住溥仪一心想复辟清朝的心理，力劝溥仪不要错过这个机会，在日本的“真诚帮助”下，回到祖先的发祥地，光复帝业。
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