后来，根椐抗联各军活动的区域，又由这十一个军组建了东北抗日联军第一、第二、第三路军：
1936年7 月末，东北抗日联军第一路军成立，由原东北抗日联军第一、二军编成。杨靖宇任总司令兼政委，王德泰任副总司令，魏拯民任政治部主任。
1937年10月，东北抗日联军第二路军成立，由东北抗日联军第四、第五、第七、第八、第十路军编成。周保中任总指挥兼政委，（1940年2 月在苏联训练营又任命赵尚志任副总指挥），崔石泉（即崔庸键）任参谋长。
1939年5 月，东北抗日联军第三路军成立，由原东北抗日联军第三、第六、第九、第十一路军编成。张寿篯（李兆麟）任总指挥，冯仲云任政治委员，许亨植任总参谋长。
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