早在1937年的冬季来临之前，战争的血雨腥风向着南京猖狂聚集的时候，忧心忡忡的人们已经在考虑这个问题：一旦南京陷落，偌大的城区范围内，哪儿才可以找到一块安身之地呢？ 战乱中的南京民众是不幸的。英国《曼彻斯特卫报》记者田伯烈在《外人目睹中之日军暴行》一书中这样描述：
“成千成万的难民，为死亡所威胁，为黑暗所包围，他们的一线曙光，只是希望能够到达一个外国人管理的安全区域。” 他们所向往的这个安全区域，就是由中外人士不约而同建议创立的南京国际安全区。 11月22日，南京安全区国际委员会正式成立，15名成员中包括约翰·拉贝、约翰·马吉、贝德士、米尔斯等人。
美国圣公会牧师约翰·马吉，同时担任国际红十字会南京分会主席。 贝德士，美国人，金陵大学教授。曾经在耶鲁大学以中国历史研究获博士学位。 米尔斯，美国人，从1933年起就开始服务于南京长老会海外布道托事部。 德国西门子公司驻南京办事处主任约翰·拉贝，被推选为南京安全区国际委员会主席。他在这一天的日记中表示：“我推辞不掉，为了做件好事，我让步了，但愿我能够胜任这个也许会变得十分重要的职务。” 在六天后举行的委员会会议上，美国人乔治·费奇被正式任命为国际委员会总干事。 乔治·费奇出生在中国苏州。他热爱中国文化，并且有一个中国名字，叫费吴生。
12月8日发布的《告南京市民书》，标志着南京国际安全区已经开始运行，文告用肯定而热情的语气发出召唤：“我们相信，倘然中日双方都能遵守他们的承诺，这个区域以内的人民，当然比他处的人民平安得多啦，因此，市民可以请进来吧！”
难民如同潮水一般从四面八方涌进安全区。与此同时，南京的外围阵地已经失守，日军兵临城下，形势变得万分险峻。 无论是拉贝主席和他的志同道合者，还是云集而来的难民，此时都相信这个安全区也许是救苦救难的“诺亚方舟”。
在安全区西部，清凉山麓的金陵女子文理学院，12月8日收留了第一批妇女和儿童。将学校设为难民所的是美国人明妮·魏特琳，她的中国名字叫华群。 魏特琳，金陵女子文理学院的教育系主任。1937年7月，她本来在青岛休假，但是，当她获知“七七事变”爆发的消息后，就立即返回学院。南京沦陷时，她和少数教职员工留了下来看管校园。 这一年，她51岁。
“12月12日，星期天。我在写这些日记的时候，城市西南部又响起了激烈的枪炮声。窗户被震得摇撼。……难民继续涌入校园，三幢大楼已住满了难民。……今晚，城里是不会有多少人睡觉的。今夜我得和衣而睡，以便在需要时随时起床。”
这一夜，气温骤降，屋顶一片白霜。下半夜，已经是1937年12月13日，日军从南京坍塌的城墙缺口蜂拥而入。 就在这天上午，一队日本兵首次出现在南京国际安全区。
费奇在日记中写下了当时的情况：“上午11时，……我与委员会两位同事开车去会见他们，正好在安全区南面进口遇见一支小分队。他们未显露敌意，尽管稍候片刻就枪杀了20个由于害怕他们而慌忙逃走的难民。”
对于日军来说，安全区的残杀这才刚刚开始。 也就是12月13日这天，有上千名中国军人进入安全区寻求帮助。安全区的委员们遵循国际惯例，劝说他们放下了武器，以期得到日方的宽待。但是，这些战俘很快就被日军分批杀害了。听着机关枪扫射声传来，安全区的委员们都惊呆了。 安全区也不安全，正是这些血淋淋的事实，打破了组织者最初的设想。 为此，善良的拉贝先生多次驱车前往日本大使馆交涉，但无济于事。在路上，他才真正了解到南京被破坏的程度。汽车每开100米到200米的距离，他们就会碰上好几具尸体，死亡的都是平民。 12月15日中午，拉贝先生终于见到了日军参谋长。在会晤纪要中，这位日军指挥官表态：“如何处理已经解除武装的中国士兵，您交给日军办理，您可以相信日军是有人道主义的。”
谁知，当拉贝刚返回委员会总部还没进办公室，勤杂工就急匆匆地告诉他一个不好的消息：一队日本士兵又闯入安全区，将1300名原中国士兵捆绑起来。 拉贝和米尔斯等人试图解救这批人，但是白费口舌，这些战俘很快就被拖走枪杀了。
尽管日军参谋长还向拉贝承诺：“中国警察可以在安全区内巡逻”，但是司法部难民所的大约五百名警察，加上其他难民，共计2000多人，被日军驱赶到汉中门外，先遭到机枪扫射，再被刺刀捅，又浇上汽油焚尸。
这个影像片断是马吉牧师从窗口拍摄到的，时间是日军攻占南京的第四天，12月16日，地点在南京安全区内的上海路。当时，他看到一队日军士兵突然闯入安全区，灾难降临了，日本士兵开始四处搜寻中国男人。
画面上的日本士兵正在来回走动，不断有中国人被拉入已经排成的队列中。这些都是被怀疑为当过兵的人。他们的命运马上就会发生变化，凡是被拉进这个队伍的人，只要带离安全区，就会立刻被残忍地杀害。
画面的右下方可以看到一个妇女跪在地上向日本兵求情，恳求他们放了她的丈夫或是儿子。但是，她的努力并没有成功，那一刻就是她和她的亲人生离死别的永远定格。
画面上始终弥漫着死亡的气息——这正是当时南京安全区的缩影。 就在马吉牧师拍摄这段影像的当天下午，当年24岁的刘永兴在位于安全区东边的大方巷被捕。 他本是个裁缝。日军把五千多个从安全区抓到的年轻人和他一起，驱赶到中山码头集体屠杀。刘永兴跳到水里装死，侥幸活了下来。 还有许多人在安全区内就被处决了，任何一个池塘、山坡，或是一片空地、随时都可以变成刑场…… 米尔斯的女儿回忆说……
“有一件事是我父亲亲眼目睹的，有一次他看见一些中国男人被抓起来，只是因为他们手上有老茧。而日本人说，有老茧就可能是携带枪的中国兵。日本人把这些人用铁丝捆起来，往他们身上浇油，烧死了他们。”
南京，这座一度积极推行过首都建设计划的城市，如同倒退至蛮荒时代，一片死寂。 一九三七年十二月十三日 南京沦陷 日军开始持续六周的大屠杀 强奸 抢劫 焚烧。 日军的暴力、抢劫、纵火和强奸事件，就像瘟疫一样在这座以历史文化著称的城市中蔓延。
起初，魏特琳根据金陵女子文理学院的实际情况，按照每个难民人均16平方英尺，也就是大约1点5平方米的空间计算，估计只能容纳2750人，但是，随着妇女和儿童源源不断地涌入，校园里的难民一再暴涨，很快就达到了一万人。
魏特琳在写给金陵女子文理学院校方的报告中说：“我们怎么也忘不了在校门口目送妻子、女儿进入收容所的那些丈夫、父亲的面容。他们拜托我们说：‘就是在露天地里也行，只求你们给她们一块睡觉的地方。’说罢，眼泪顺着脸颊流下来。”
12月17日，松井石根举行了入城式。 仅仅是这一天，日军在南京城内所犯下的各类暴行中，强奸事件超过了一千起。也就在这天下午，金陵文理学院内的部分妇女和孩子，分成两批转移到金陵大学。每一次，魏特琳都是走在队伍前头，护送着他们穿过险象环生的街道。 日军知道金陵女子文理学院专门收容妇女和儿童，就不分昼夜地闯进来绑架妇女，甚至当场强暴。魏特琳挺身而出，四处奔波阻止他们。
魏特琳被难民称为“活菩萨”；但被日本兵恨之入骨，被他们打过耳光，受到过带血刺刀的威胁，日本兵还举枪向她瞄准。然而，当他们命令魏特琳离开校园时，还是遭到了严词拒绝，“这是我的家。”魏特琳说：“我不能离开！”
尽管死亡的阴影挥之不去，但正如马吉牧师所说：“如果我们不在这时建立安全区，并且为保护民众而忙碌，悲剧将更为恶化。” 马吉牧师参与救援了大量面临日军屠杀的中国平民，而且为受伤的士兵与平民能够得到治疗而积极奔波。 这些令人惊悚的现场画面，是他在金陵大学医院拍摄到的，仅仅是这所医院的几个片断。 画面上的这个小女孩已经成为孤儿。就在不久前，这个只有11岁的女孩和她的父母躲在难民区一个防空洞的附近。日本兵杀死了她的父母，并用刺刀刺伤了她的肘部。
这是长江上一条小船的主人，这个男子被日本兵开枪击中下颚，随后，他就被浇上汽油焚烧。虽然他脸上和整个头部被烧得很可怕，但他还是拖着身子来到医院。但是，他到医院20个小时后还是死去了。
这段画面上的受伤者是个搪瓷店职员，仅仅因为一个日本兵向他要香烟，而他没有，日本兵就拔出军刀劈了过来。他身体的右侧因此已完全瘫痪，他在被送进医院后还活了10天。
金陵大学医院，又叫鼓楼医院。医院的绝大多数医务人员已经撤离，罗伯特·威尔逊是留在这里的惟一一位外科医生。 威尔逊，美国人，生在南京，毕业于普林斯顿大学，并在哈佛医学院获博士学位。 31岁的威尔逊送走妻子和刚出生不久的女儿，自己坚决地留了下来。
他对南京的状况痛心疾首。12月18日，他在写给妻子的信中说：“今天是当代但丁炼狱的第六天，是用血腥和淫秽的大字写成的。大批人被屠杀，成千上万妇女被强奸。”19日，他又写道：“穷人的食物都被抢光了，他们处于歇斯底里的惊恐之中。何时是尽头？！”
遭受日军伤害的平民百姓挤满了医院。威尔逊医生对其中一位勇敢的年轻女子留下了特别深刻的印象。12月21日，他写信告诉妻子：“今天是一年中白昼最短的一天，但仍包含着这座人间炼狱的24个小时。……前天在小山坡上，一位已经怀孕六个半月的19岁少妇，抗拒两个日本兵的强奸。她面部被砍了18刀，腿上也有几处刀伤，腹部也有很深的一个刀口。” 威尔逊医生提到这位孕妇名叫李秀英。 李秀英一息尚存，被送进了鼓楼医院。威尔逊全力以赴地救治，为她缝合的刀伤多达37处，但她腹中的孩子最终还是没能保住。
南京的冬季是漫长而寒冷的，对于遭受劫难的市民来说，严酷的冬天才刚刚开始。而对于安全区国际委员会的成员来说，从日军入侵南京的那一刻起，与侵略者的搏击就同时拉开了序幕。
南京沦陷后，40岁的贝德士不仅热心参加难民救济工作，而且还逐日登记日军暴行，写信向日本大使馆提出抗议： 12月15日，安全区卫生委员会第二区6名清道夫，在鼓楼住处被日本兵毫无理由的杀害。 12月15日夜，7名日本兵闯入金陵大学图书馆，突然扑向7名女难民，其中3名被奸污。 12月14日夜，日本兵闯入中国人住宅，强奸妇女并强行带走妇女的事件不断发生。由此产生大混乱。 12月14日正午，日本兵闯入锏银巷路中国人住宅，拉来4名少女强奸，两小时后离去。 12月14日夜，11名日本兵闯入锏银巷路中国人住宅，强奸4名妇女。 12月15日，日本兵闯入汉口路中国人住宅，强奸1名少妇，并拉走3名妇女，其中两人的丈夫追上日本兵，但都被枪杀。 12月15日夜，许多日本兵闯入金陵大学建筑物内，强奸了30名妇女。其中几名妇女被6名日本兵轮奸。 12月15日夜，许多日本兵闯入三条巷的民宅，强奸了很多妇女。 贝德士的抗议信一直持续到1938年底。
这些记录和抗议信被一次次递交给日本大使馆，但大使馆的官员只是轻描淡写地回复说“我们无能为力。”
马吉牧师在写给夫人的信中也提到了日本方面的傲慢态度：“类似的可怕的事在全城都有发生。当我把这些事告诉日本总领事时，他说‘这是不可避免的。’后来我把这些事告诉《朝日新闻》的记者时，他也说‘这是不可避免的。’”
正是由于日本当局对于日军在南京安全区内实施暴行的漠视与纵容，才导致了日军在安全区里肆无忌惮的挑衅与暴行愈演愈烈。 日本学者笠原十九司教授在他所著的《南京难民区百日》一书中对日本军队作了这样的分析：
“‘以征收为名进行掠夺’的心理引发了日本兵普遍对中国妇女施暴，日本兵惯于用掠夺暴行来满足食欲，对于性欲这样的生理欲望也势必用暴力来满足，就成为理所当然的事，日本兵的心理状态就是如此。……不仅仅是性暴力，还有偷盗，抢劫，纵火，虐待，任意杀戮老人和儿童，甚至是婴儿……”
日军攻占南京的第三天，12月15日，《芝加哥每日新闻报》记者斯提尔第一个将亲眼所见的南京屠杀消息发往美国。12月17日，另一名美国记者杜丁也向《纽约时报》发出特别报道指出：“屠杀平民的现象极为普遍。”
日本政府意识到真相败露的严重性，他们采取了严厉的新闻封锁，南京成了一座与外界隔离的大陆孤岛。为了对世界掩盖南京大屠杀的事实，日本政府集中其全部力量发动了一场闪电宣传攻势，妄图粉饰这场史无前例的血腥罪恶。
江南水泥厂距离南京城区大约20公里，26岁的辛德贝格和35岁的德国人京特博士，在那里收容了三万多难民。 日本当局低估了坚守在南京的安全区组织者的力量，从拉贝到各个成员，他们利用一切力所能及的方式展开反击。
“他们包括一些使领馆，外国人，他们打的报告，文章，新闻报道，胶片，甚至日记，特别是通过他们的眼睛，通过他们的记录，留下了一批如山一样，不可动摇的，很有力的这些证据。”
为了让世界更多地了解真相，1938年1月，马吉牧师拍摄的电影胶片由费奇冒着生命危险带到上海，在美国租界内的柯达公司冲洗出来。这部影片的拷贝最终被带到了西方世界。
这是一张自制贺年卡，在画面上留下名字的，是全体留在南京的国际委员会委员和国际红十字会南京委员会委员。 1937年除夕，拉贝主席在家里开了一个小小的迎新晚会。他们彼此鼓励着，尽管艰难，但也要坚持。 晚会上，拉贝拿出盖有南京安全区标志和国际委员会印章的贺年卡，让在场的所有委员签名后，分发给大家。 拉贝的心情每个人都清楚，那就是，必须记住这段特殊的日子。 晚会进行了一个小时左右就结束了，委员们又匆匆返回各自的岗位。 1938年春节，南京城降下一场大雪。日本占领军已经一再发出关闭安全区的威胁，然而，人们并没有丧失希望。
这一天，一个右臂上套着日本袖章的中国男孩走进金陵女子文理学院。魏特琳把他喊住，激动地说：“你不用佩这个太阳徽，因为你是中国人！你们中国并没有亡，而且绝不会亡！你年纪还轻，可是我要你牢牢记住！”说着，魏特琳摘下那只袖章，把它抛在地上……
1938年2月，南京安全区国际委员会被迫解散。 1938年5月21日 南京安全区正式关闭。 南京安全区共保护过20余万难民。
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