南京大屠杀的预谋，早在日军兵临城下之前就已经显露出来了。 日本华中方面军司令官松井石根宣称：“南京是中国的首都，占领南京是一个国际性的事件，所以必须作周详的研究，以便发扬日本的武威而使中国畏服。”第10军司令官柳川平助一踏上中国的土地就扬言，“山川草木都是敌人”。上海派遣军司令官朝香宫鸠彦，已经发出一连串由他签署盖章，标有“机密，阅后销毁”字样的命令，内容是“杀掉全部俘虏”。第三舰队司令官长谷川清叫嚣：“日本决意继续战争。”“为制中国于死命，须以控制上海、南京为要着！”他一次又一次下达了轰炸南京的命令。
随军摄影记者河野公辉曾在第6师团司令部看到一份传达命令的文件：“农民、工人自不待言，直至妇女儿童皆应杀戮之。” 第16师团33联队第3大队的町田说，部队早就下达过命令“无论男女，凡是活着的，一律杀掉，即使一只猫也不要放过！” 这个师团的中队长天野乡三更是公开号召士兵：“抢劫、强奸、放火、杀人，什么都可以干！”
第16师团是围攻南京的日军主力部队之一。 该师团的向井敏明与野田毅两个少尉，从无锡打赌“百人斩”竞赛，沿途杀向南京。12月10日中午，部队到达紫金山麓，他俩已经分别砍杀了106和105人。因为分不清到底是谁先杀满100人，胜负难决，于是决定竞赛继续进行，目标增加到看谁先杀满150人。
站在紫金山上眺望着南京城，向井敏明对东京《日日新闻》的记者说：“不知不觉中，我和野田都超过了一百人，好高兴啊！”
1937年12月13日，南京守军的最后一道防线轰然瓦解。六朝古都沦陷之日，成为扶桑之国狂欢之时。 松井石根在亲自起草的《攻占南京城要领》中已经明确规定，无论中国守军投降与否，都要进城扫荡。 这是有组织、有计划、有预谋的大屠杀。 成千上万的无辜百姓突遭横祸，顷刻之间家破人亡……
常志强本来住在夫子庙附近，沦陷前夕，在逃往难民区的途中，全家八口人和一群难民在内桥南面的王府园过了一夜。这一夜，常志强感到天气特别冷。第二天早上，大家正准备离开，然而，灾难降临了……
“就听见外头喊，日本鬼子追的人喊杀的那个样子，救命啊，跑啊，叫，叫得很惨。” 大家吓得全都愣住，而日本兵已经冲了进来…… “冲进来，一进巷口，他看到我们这些向外走的人了，他端起枪来，步枪，端起来啪啪啪打枪。这一打枪，前面两三个人就倒下来了。” 常志强的父亲当即中弹身亡，日本兵一面开枪一面逼近…… “逼近了以后，到里头，枪他不好开了，就用刺刀，枪头上的刺刀捅……” 常志强的母亲被一刺刀戳倒……
“我母亲跌下来了，夹着我的小弟弟还没有放松，还夹着我弟弟，撑着又站起来。站起来后，鬼子接着又来第二刺刀。第二刺刀又捅过来了。这时候我母亲，我母亲个子还比较大，身体也好，我母亲一把就抓住他的刺刀，推着，不给他戳。当时我和我姐姐都吓得大哭，哭起来了，拼命地抱着妈妈哭。鬼子把刺刀猛一下给拔出去，我母亲的手划得血淋淋直淌。最后，刺刀拔出去以后，他接着，一刺刀捅过来。这一刺刀捅来，捅得比较重了，我母亲就倒下来了。我小弟弟在地下哇哇地哭。哭着就朝我妈妈腿面前爬。鬼子顺手就把刺刀，走我弟弟屁股上头一刺刀，一挑，摔得老远的。”
常志强的另外三个弟弟，分别只有四岁、六岁和八岁，他们一个个地被日本兵的刺刀夺去了生命。
“我姐姐也被戳昏死在地下，比我大两岁。一个鬼子跑过去，拎着她的头发，把她朝旁边一摔，挡着我的去路，我在那边，这时候我也在哭在喊……喊着喊着，我这个眼睛，当时我心里不舒服，眼睛冒火花，嘴里要吐清水，就一下昏过去了。”
等到常志强和姐姐苏醒过来，那几个日本兵已经不见了，留下的是满地尸体。常志强的母亲在临终之前还挣扎着给身受重伤的孩子喂奶……
年仅10岁的常志强和12岁的姐姐抱头痛哭。而此时的南京，就像他俩的父母兄弟一样，随着日本军队的铁蹄所至，更多的中国人也正在遭到戕害……
极少数的外国人执意留在南京，亲身经历了日本军队带来的浩劫。美国牧师约翰·马吉就是其中之一。马吉牧师用他那部16毫米摄影机，冒着生命的危险，记录下了南京大屠杀的部分实况。 南京已经成为一座死城，只有日本军队在到处活动。
在原先最高法院的门前，这辆日军坦克正在从中国人的尸体上开过去；在光华门，这些日本军官正在欣赏他们攻城时打出的累累弹痕；在和平门，这些日军士兵正在升起气球，进攻南京的时候，日军就是靠它观测炮击的目标；……在石城内外，众多的和平居民正在遭受血光之灾，而那些被俘的守城官兵，正在被一批批地押上屠场……
日本东京《日日新闻》随军记者铃木二郎回忆说：“我随同攻陷南京的日军一道进城，在城内待了四天，目击日军无数暴行。”“十二月十三日，在中山门附近城墙见到极其恐怖凄惨的大屠杀。俘虏们在城墙上排成一列，许多日本兵端着插上刺刀的步枪，齐声大吼，冲向俘虏们的前胸或腹部刺去。一个接着一个被刺落到城外去了。只见飞溅的血雨喷向半空，阴森的气氛使人汗毛直竖，我站在那里，吓得目瞪口呆，不知所措。
正当铃木二郎目瞪口呆之际，在三汊河，日军的又一个大屠杀现场，国民革命军83军156师466旅931团步炮连的士兵骆中洋，正在想办法逃出重围……
与此同时，在中山码头附近，国民革命军88师538团2营4连的士兵张士荣，和一批被俘的中国军人，正处于死亡的边缘…… 骆中洋设法逃脱了屠杀现场，但是和他一起被围困在三汊河的一万多中国军民，绝大多数未能生还。 正在坐以待毙的张士荣，被日本海军挑去做修理码头的“苦力”……
在侵华日军的词典中，所谓扫荡，就是屠杀。至于“处理、解决、处置、处分、处刑、扫除”等等，其实也是屠杀。在日军的命令文书、战斗详报、阵中日记以及老兵的回忆中，这些字眼儿比比皆是。
以“处理”为例： 中岛今朝吾在12月13日的《阵中日记》中写道：“因采取大体不留俘虏之方针，故决定全部处理之。”“光是佐佐木部队就处理掉15000人。” 中岛今朝吾在日记中还写道：“守备太平门的一中队长处理掉1300人。现集中在仙鹤门附近的约有7000—8000人。……处理掉这7000—8000人，需要一个相当大的壕沟，很不容易找到。所以预定把他们先分成100人、200人一群，然后诱至适当地点处理之。” 东史郎当时具体参与执行了“处理”的命令……
“12月14日，我们从国际难民区抓到五百人，把他们带到玄武湖通通杀死。12月16日，我又接到上级的命令，收容两万名中国俘虏。因此，我们到了马群镇。虽然上级说有两万多人，但我们去看了，大约有七千三百人左右。我听说要把这七千三百多俘虏“处理”掉，当时我想，七千多人，这么庞大的数字，应该不会全部被杀死。后来这七千多人，按照五百人一组、四百人一组，全被杀死了。”
南京沦陷第三日，松井石根再次命令上海派遣军和第10军“在各自警备地区内，应扫荡败残兵，收集隐匿之武器与军需器材，扫除战场。”
第114师团重机枪部队的二等兵田所耕造说：“我在城里扫荡过残敌，把俘虏绑在树上，军官们一面教导怎样枪杀和刺死的方法，一面把他们弄死，军官和下士官把蹲在挖好的坑前的俘虏的脑袋砍下来。
正是松井石根再次命令扫荡的这一天，12月16日，张士荣在中山码头附近的惠民桥旁，目睹了这样触目惊心的一幕…… “在桥底下，拉出来了一个带伤的我们的同志，就在马路边的台子上。一个日本海军，是个伍长，抽出来刀，一刀就把头给他砍掉了。” 张士荣心如刀割，与他一起做“苦力”的战俘，有两个哭出声来。
“到晚上回来了以后，把那两个同志啊，弄去揍啊，揍得死去活来的。第二天早上，我们还没有去做工，就把那两个同志先弄出去了。弄出去就没有回来，就砍死了在江里。” 12月17日，松井石根在日记中洋洋自得地说：“今天举行南京入城仪式。……对于眼前从未经历过的盛大场面，真是感慨万千啊。”
然而，南满铁路公司南京事务所所长西义显却是别有一番滋味在心头，他在《悲剧的证人》一书中指出：“以军司令官松井石根大将为首举行了入城式。在这五天内，穿上了军服的日本民族成了一大群恶鬼罗刹和妖魔鬼怪，穷凶极恶，惨无人道，凶暴到了极点。其残酷的发疯程度，在历史上是空前的……”
纵容部下为非作歹、滥杀无辜的谷寿夫受到表彰。 12月21日，松井石根命令第16师团负责警备南京及其周边地区。
国民政府的原址，成了第16师团的司令部。中岛今朝吾以蒋介石的官邸充当自己的住宅，并在日记中强调：“蒋介石住过的地方，应该归我使用”。
身为师团长的中岛今朝吾，只是为了“试斩”，叫人用他的军刀砍下过两名中国战俘的头颅。他对日军杀人、强奸、抢劫、放火的行为毫不在意，说是要一个不漏地找出隐藏在城内的散兵，并加以“处理”。
1938年1月下旬，第16师团调离南京时，不仅中岛今朝吾的行李陡然增加许多，而且师团所有人带的行李都超过了规定数量的两倍。 第16师团在下关登上轮船，队伍中的东史郎注意到了码头上这样的情形…… “昭和13年，1938年1月23日，我们从这里乘船去大连。在码头上，我看得很清楚，我们进城40天后，仍然在码头杀人。我不清楚杀了多少人，是用卡车运来杀掉的。” 东史郎所说的杀人场面，张士荣天天看在眼里，已经成为他终生惨痛的记忆。
尽管日语把照片称为“写真”，然而，与日军一起涌入南京的随军记者所拍摄的照片，只要稍稍透露出事实真相，就被盖上了“不许可”的印章。日本战败后，军部下令“必须将战争见证的资料全部烧毁”，但每日新闻社大阪总部却保存了所有的照片，并在1998年编辑成两册《“不许可”写真集》出版。
从当年“不许可”发表的照片上，对于日军的侵略罪行、对于南京大屠杀，我们可以看到冰山一角。 除了记者，日军官兵普遍有一种变态心理，喜欢把杀人、强奸作为英雄壮举“立此存照”。他们用镜头将人们带到了犯罪的第一现场。 正是日军自身留下的罪证引出了这本相册背后的故事。
“38年的1月份，有一个少尉日本军官，抓着一个战刀进来了，拿着两卷胶卷给我们冲，叫我们每样洗一张……” 冲洗出来以后，罗瑾一看，不禁怒火中烧，照片上竟然都是这些内容…… “我就到里边去的时候，匆匆忙忙，心惊肉跳，把这一卷凡是杀中国人头的和强奸的，我都把它每样多印了一张出来。” 类似的例子并不鲜见。
1938年，美国《瞭望》杂志发表了一张日军在南京刺杀战俘的照片。说明词中写道：“这张照片是日本人自己拍摄，胶卷送到上海冲洗时，在一家日本人开的照相馆工作的中国人多洗了一套，然后偷偷带了出来。”
另外一组揭露南京大屠杀的照片刊登在1943年10月1日出版的美国《画报周刊》上。 2003年，又一本日军老兵的摄影集公布于众。 这是一个名叫伊藤兼男的日本航空队队员留下来的。照片记录了1937年7月13日至1938年3月30日期间他在中国的所见所闻，其中关于南京大屠杀及以后几个月的照片有144幅之多。每一幅照片之下，都有伊藤兼男本人写的详细文字说明，标注了照片的拍摄时间、地点和出处。
这一页，大概伊藤兼男自己也看不下去了，在册页的右上角写了个“惨”字。照片上的日军，随时准备着给还有口气的遇难者补上一枪——这，就是大屠杀的场面……
侵华日军在南京大规模的屠杀： 燕子矶集体屠杀五万余人； 草鞋峡集体屠杀五万七千余人； 鱼雷营、宝塔桥一带集体屠杀三万余人； 煤炭港集体屠杀三千余人； 中山码头集体屠杀一万余人； 汉中门外集体屠杀二千余人； 三汊河集体屠杀二千余人； 江东门、上新河一带集体屠杀二万八千余人； 凤台乡，花神庙一带集体屠杀七千余人 ;仙鹤门集体屠杀七千余人；……
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