广州、武汉失守后，中国抗战也面临着新形势。如何看待前１５个月抗战的得失?如何继续抗战以争取胜利?迫切需要作出回答和决策。１９３８年５月，毛泽东在《论持久战》中指出：中国将变为独立国还是沦为殖民地，不决定于第一阶段大城市之是否丧失，而决定于第二阶段全民族努力的程度。如能坚持抗战、坚持统一战线和坚持持久战，中国将在此阶段中获得转弱为强的力量。鉴于广州、武汉失守的形势，国民政府军事委员会于１９３８年１１月１日至３日在长沙、２５日至２８日在南岳（衡山）相继召开军事会议。按蒋介石的说法，会议的目的“就是要求得出一个以后作战可操必胜的具体方案”。
１． 策定新的抗战指导方针
蒋介石在南岳军事会议上的讲话中把抗战全过程设想为两个时期：自“七七”事变到武汉失守为第一期抗战，此后为第二期抗战。他说：“在第一期战斗过程中，我们虽然失了许多土地，死伤了许多同胞，表面上我们是失败了；但从整个长期的战局上说，是完全成功。最大的成功是什么呢?就是我们争取胜利战略上一切布置的完成，亦就是我们已经依照预定的战略陷敌军于困敝失败、莫能自拔的地位……第二期抗战，就是我们转守为攻，转败为胜的时期。”“敌人兵力的使用……已经到了最大限度，今后他再不能有更多的兵力使用到中国来，而且他已经派到中国境内的这许多部队随战区扩大而力量分散，已疲惫不堪……所以敌人的侵略战争，今后只有一天天的随兵力之消耗减损而趋于失败。在另一方面，我们过去虽然遭受了挫失，但我们的挫失，客观上也只是到此限度为止；从今以后，由于作战经验的增加，战略布置的完成，以及军实的增强和敌我力量消长，士气盛衰对比，我们胜利的把握和信心一天一天提高起来。”
会议根据第一期抗战的经验教训和当前敌我态势及其发展趋向，策定第二期抗战的指导方针为：“连续发动有限度之攻势与反击，以牵制消耗敌人。策应敌后方之游击部队，加强敌后方之控制与袭扰，化敌后方为前方，迫敌局于前线，阻止其全面统制与物资掠夺，粉碎其‘以华制华’‘以战养战’之企图。同时抽出部队，轮流整训，强化战力，准备总反攻。”总的战略仍然是持久战，但第二期抗战指导方针较之第一期有了更为积极的内容，其侧重点不再是“以空间换取时间”，而是以有限攻势和反击，与广泛的敌后游击战相结合，牵制消耗敌人，打破敌人的企图，并准备反攻。
中共中央代表、军事委员会政治部副主任周恩来参加了长沙军事会议和南岳军事会议，八路军参谋长叶剑英也参加了南岳军事会议。他们都对新的战略方针发表了重要意见，强调游击战的战略作用。蒋介石采纳了这些意见。在南岳军事会议上，他还曾提出“游击战重于正规战”的原则，并决定举办西南游击干部训练班，为大力开展游击战争培训骨干。
２． 重划战区调整部署简化指挥系统
根据武汉会战的敌我态势和新的作战方针，军事委员会重新划分战区和兵力配备。正面８个战区是：
第一战区，司令长官卫立煌，辖区为河南及皖北一部，兵力１２个步兵师、１个骑兵师、１个步兵旅、１个骑兵旅及其他特种部队。
第二战区，司令长官阎锡山，辖区为山西及陕西一部，兵力３２个步兵师、５个骑兵师、１４个步兵旅、３个骑兵旅及其他特种部队。
第三战区，司令长官顾祝同，辖区为苏南、皖南、赣东及浙江、福建，兵力２２个步兵师、２个步兵旅及特种部队。
第四战区，司令长官张发奎，辖区为广东、广西，兵力１８个步兵师、２个步兵旅及特种部队。
第五战区，司令长官李宗仁，辖区为皖西、鄂北、豫南，兵力３４个步兵师、１个骑兵师、１个骑兵旅及特种部队。
第八战区，司令长官朱绍良，辖区为甘肃、宁夏、青海，兵力６个步兵师、４个骑兵师、９个步兵旅、４个骑兵旅及特种部队。
第九战区，司令长官陈诚（薛岳代理），辖区为赣西北、鄂南及湖南，兵力５２个步兵师及特种部队、游击部队等。
第十战区，司令长官蒋鼎文，辖区陕西，兵力９个步兵师、１个骑兵师、１个步兵旅、１个骑兵旅。
新设的两个敌后战区是：
鲁苏战区，总司令于学忠，辖区为山东及苏北，兵力７个步兵师及游击部队。
冀察战区，总司令鹿钟麟，防区为河北、察哈尔，兵力５个步兵师、１个骑兵师、河北民军等。
另有９个步兵师、１个步兵旅担任川、滇、康大后方之警备；２３个步兵师直属军事委员会，为战略机动部队。
以上中国军队全部兵力为２４２个师又４０个旅（至１９３８年底），海、空军及炮兵等未计。
为改进指挥，提高效率，使统帅部和战区命令能迅速下达，军事委员会认为原有的军事委员会、战区、兵团、集团军、军团、军到作为基本战略单位的师，共有７级指挥机构，层次太多，传达指挥不灵便，往往贻误战机，因此决定取消兵团和军团两级，以军为基本战略单位；同时还撤销师编成内的旅级机构，由师直接指挥团。此外，还撤消了军事委员会湘、桂、陕、甘各地行营。改设桂林、天水两个行营，分别指挥南北战场的作战。
３． 整建部队增强战力
抗战以来，中国军队与优势日军作战迭经重大战役，兵员装备损失严重，多数部队因伤亡过重而缺额甚多，战斗力普遍下降，亟待整理补充，以利再战。蒋介石在南岳军事会议上说：会议的“最大目的，就是要整理军队、建立军队……确立第二期抗战胜利的基础。”“全国部队今后拟分三期轮流整训，限期完成。其办法即将全国现有部队之三分之一配备在游击区域——敌军的后方担任游击；以三分之一布置在前方，对敌抗战；而抽调三分之一到后方整训。等到第一批整训完成，仍调回前方作战，或担任游击。乃调换第二批到后方继续整训……每期整训期间，暂定为四个月，一年之内即须将全国军队一律整训完成。”
根据南岳军事会议研讨情况，军事委员会制定了《国防军整理总方案》，提出了具体整训计划，并决定在全国征调１００万新兵，经训练后补充部队。整训以军官为重心，要求加强政治教育，提高技术、战术，增强战斗意志。军队整理则要求精简机关，减少非战斗单位，充实作战部队，提高整体素质。但这项整军计划因主观的和客观的原因并没有如期完成，１９３９年只完成两期。到１９４１年，经过整理的部队共有７４个军计１９８个师，约占全国部队的三分之二。
４． 开办游击干部训练班
武汉失守前夕，八路军总司令朱德由延安飞抵武汉与蒋介石晤谈。他在汇报八路军华北敌后抗战的情况时就提出了国共合作举办游击干部训练班的建议。国民党高级将领如白崇禧等有感于八路军坚持敌后游击战的成就，曾说“中共可以打游击战，国军当亦能打游击”。在南岳军事会议期间，蒋介石正式决定举办游击干部训练班，要求中共派员讲授课程。中共方面经过研究，派出了以八路军（第１８集团军）参谋长叶剑英为首的阵容强大的教授团到训练班执教。这是贯彻第二期抗战指导方针的一项重要措施。
训练班的正式名称为“西南游击干部训练班”，因地点设在著名的五岳之一的衡山，所以一般称之为“南岳游击干部训练班”。国民政府军事委员会起初任命第３１集团军总司令汤恩伯为训练班主任、叶剑英为副主任，后来改由蒋介石亲自兼主任，白崇禧、陈诚兼副主任，汤恩伯为教育长，叶剑英为副教育长，周恩来则被聘为国际问题讲师，以示重视。
训练班于１９３９年２月１５日正式开学。第一期学员１０４６人，来自军事委员会机关、中央军校、各战区及地方党政机关。其中有不少人是从黄埔军校、南京军校以及云南讲武堂、东北讲武堂毕业，又在军队服役多年的中、高级军官。训练班教学工作主要由叶剑英主持，每期３个月，内容包括军事教育和政治教育。军事教育主要讲授游击战的战略、战术和技术，政治教育主要讲授民众运动和游击战政治工作。叶剑英亲自讲授《游击战概论》，每周讲课两次。其他课程由教官分担。周恩来也向学员作了《中日战争之政略与战略问题》的长篇报告。除课堂教学外，叶剑英还经常带领学员到附近乡间实地演习游击战的战术技术以及宣传群众、组织群众的方法，提高学员从事游击战争的实际能力。不少学员毕业后怀着持久抗战必胜的信心投入抗日战争。
南岳游击干部训练班共办了３期。
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