经过１５个月的作战，日军付出了几十万人伤亡的代价，并未达到征服中国的目的。到１９３８年１０月，日本全部陆军３４个师团，投入中国的有３２个师团。其中２４个师团，即占其全部陆军７０％的兵力配置于华北、华中和华南地区。这２４个师团要在约４０００公里的正面战线上与中国军队对峙，要在１００多万平方公里的占领区内应付中国游击兵团的袭击，还要在漫长的铁路、公路、水路交通线和这些交通线上的城市要点守备，其兵力的缺乏可想而知。另８个师团配置于东北，编入关东军序列，既用于对苏备战，也作为侵华战争的战略预备队。其后备兵员及动员能力远远不能适应战争的需要。在其财政支出１００亿日元中，军费支出高达８０亿日元，占８０％，仍不敷用。其军需生产虽一再追加，仍难以为继。日本所预言的速战速决的神话并未出现，而他们不曾设想，也最不愿看到的战争长期化的局面却摆在了眼前。面对严酷的现实，他们不得不重新估计自己、估计中国，转变侵华方针。这种转变，有一个逐渐调整和实施的过程。这从１９３８年１１月３日日本政府的声明及以后的一系列决策文件中陆续反映出来。１９３９年欧洲大战的爆发，一度使日本抱有迅速解决中国问题的希望，所以直到１９４０年秋德、日、意三国缔结军事同盟、日本决定实行南进政策后，才在１９４０年１１月１３日的御前会议上最终确定对华持久战体制，用日本的话说，叫做“长期大持久战”，或“大持久战方略”。新的政略、战略，归纳起来有以下几个方面：
１． 实行军、政两手并用而以政略进攻为主、军事打击为辅方针
日军占领广州、武汉后，日本大本营认为“从战略上看”，“帝国已经摧垮了抗日的中国政权，今后已进入实施政略进攻、取得美满结果的阶段”，“今后本军的重要任务，就是为即将诞生的中国新中央政权创造良好的条件，扶植其成长，以达到战争之目的”。“与其对沦为地方政权的蒋政权抓住不放、急于以武力求成，不如保持必要的战斗力，向建设新中国迈进”。“目前主要应确保占领地区的安全。然而，如对已被压缩的蒋政权放任不管，也将留下严重祸根而带来后患，故应适当进行促使其崩溃的各项工作。为支援此类工作，必要时应进行局部作战”。与此相适应，１１月３日，日本政府发表第二次近卫声明，改变了第一次近卫声明“今后不以国民政府为对手”的立场，说：“如果国民政府抛弃以前的一贯政策，更换人事组织，取得新生的成果，参加新秩序的建设，我方并不予以拒绝。”１２月２２日，近卫第三次发表声明说：“日本政府本年虽一再声明，决定始终一贯地以武力扫荡抗日的国民政府。同时和中国同感忧虑、具有卓识的人士合作，为建设东亚新秩序而迈进。”明确提出了武力征服和政治谋略两手并用的方针。近卫第三次声明后，国民党副总裁汪精卫便从重庆出逃，经昆明、河内到上海、南京，甘作日本傀儡，组织伪政权，就是这种政治谋略的结果。
２． 停止战略进攻转为战略保守
根据１９３８年１１月２９日御前会议决定的《陆军作战指导要纲》，日军参谋总长载仁亲王于１２月２日向侵华日军“华北方面军”司令官杉山元、“华中派遣军”司令官?俊六和第２１军司令官安藤利吉发布“大陆命”第２４１号命令。关于侵华日军的总任务，命令说：“大本营的意图在于确保占领地区，促使其安定，以坚强的长期围攻的阵势，努力扑灭抗日的残余势力。”然后扼要规定了华北方面军、华中派遣军及第２１军各自的任务，并将华中的“作战地区大概规定在以武汉为中心的安庆、信阳、岳阳、南昌之间”。这个命令中不再提扩大占领区，也没有要攻取下一个大目标的意图，显然放弃了战略进攻的想法，而只将侵华日军的任务原则性地规定为“确保占领区”和“扑灭抗日的残余势力”。
１９３８年１２月６日，日本陆军省和参谋本部发布的《昭和十三年秋季以后对华处理办法》，对大本营的意图作了更具体、明确的规定。其主要内容是：
虽应利用攻占汉口、广州之余势，努力解决事变，但一定要迅速取得成果，预料尚有困难。为了对付长期作战，当将以前的对华处理办法明确修改，适应新的形势，作为处理秋季会战后的统一方针。
方针
以攻占汉口、广州，作为行使武力的一个时期。然后，主动地指导新中国的建设，特防止急躁。因此，目前最重要的是在其内部进行基本工作——恢复治安，并相应地推行其他各种政策。
虽然肃清抗日残余势力的工作，仍须继续进行，但主要有待于以坚强的军力为背景，进行谍报工作与政治工作。
要点
１． 如无特别重大的必要时，不企图扩大占领地区，而将占领地区划分为以确保治安为主的治安地区与以消灭抗日势力为主的作战地区。
２． 治安地区大体包括从包头连接黄河下游、新黄河、庐州、芜湖、杭州一线以东的地区，希望使该地区逐步安定。当前应迅速确立治安安全地区如下，即使以后国际形势发生变化，预定确保该地域，并以此为进行各种国防建设的范围。
河北省北部，
包头以东的蒙疆地方，
正太线以北的山西省，特别是太原平原，
山东省的重要部分（胶济沿线地区），
上海、南京、杭州的三角地带。
为了在上列治安地区，特别是在其中的重要地区迅速达到恢复治安的目的，当固定地配备相当的兵力，并努力使其实现长期自给的局面。
除上述重要地区外，为联系起见，当确保主要交通线（津浦线、京汉线北段、同蒲线等）。
３． 除上述以外的占领地区，则为作战地区。在武汉及广州地方各配置一支部队，使之在政治和战略上成为压制抗日势力的根据地。敌人集中兵力来攻击，则及时予以反击，消耗其战斗力。但力戒扩大缺乏准备的战线，进行小接触。为此，根据敌我形势而配备的兵力，要限制在必要的最少限度内。
４． 在中国的兵力部署，根据前二项精神逐步整顿改编。或者与新设部队调防，调回国内，逐步作长期持久性的安排。预计昭和十四年间基本形势大体可以形成。
为了准备下次国际形势的转变，必须在各方面努力减少驻屯的兵力和驻地兵力的消耗。
５． 对于战略上特别是政治上的重要地点，继续顽强地进行空战，同时依靠海上封锁等努力切断（敌方）残余的对外联络线，特别是输入武器的路线。
……
以上两个文件对日本停止战略进攻转为战略保守后所采取的新的政略、战略，特别是军事战略作了较为全面的规定。侵华日军后来的行动基本上是按照上述原则执行的。文件中所说的“治安地区”，就是中国方面所说的“敌后战场”；“作战地区”，就是中国抗日战争的正面战场。由此也可看出中国正面战场与敌后战场在统一的对日抗战中的地位和作用。日军既已放弃战略进攻，“不企图扩大占领地区”，主要着眼点是转向确保占领区，“扑灭抗日的残余势力”，“摧毁敌人的抗战企图”，同时也要继续在正面战场上进行有限攻势的作战，并加强战略轰炸，对中国施加压力。
３． 实行“以华制华”、“以战养战”
“以华制华”，就是扶植亲日政权（即汉奸政权），从政治、文化等各方面笼络人心。这从日方连篇累牍的文件、声明中都可以看得出来。它所说的“主动指导新中国的建设”，首先就是指伪政权的建设。除扶植当时已存在的北平（名为“中华民国临时政府”，伪政权成立后改北平为北京）、南京（名为“中华民国维新政府”）、张家口（名为“蒙疆联合自治政府”）等地的伪政权外，其主要目标是成立以汪精卫为首的伪中央政权，将各地方伪政权统一起来，以取代国民政府；至少使国民政府地位下降，使其沦为地方政权。至于东北伪政权，因日本早已把它算作一个“国家”，故不在此列。
“以战养战”，即在其占领区内加强经济掠夺，以适应侵华战争长期化的需要，补充其国力的不足。这也就是以上文件中所说的“努力实现长期自给”的要求。据统计，驻华北、华中侵华日军在１９３９年的自给率分别达到３６％和４１％，１９４０年分别达到４５％和７５％，可见其掠夺之残酷。
４． 调整兵力部署建立长期作战和灵活体制
日本侵华，原想速战速决，未作长期打算。随着中国的坚韧抵抗，战争规模扩大，战线延长，日本逐次增加兵力，陆续建立了“华北方面军”、“华中派遣军”（开始是“上海派遣军”）、华南第２１军等地区性指挥机构。这些地区性指挥机构仍各归日本大本营直接指挥。１９３８年以后，大本营深感这种指挥体制头绪繁杂，有诸多不便，不利于及时组织战场协同，延误时机，不适于长期作战，因而于１９３９年９月２３日在南京设立“中国派遣军”总司令部，以西尾寿造大将为总司令官，以板垣征四郎中将为总参谋长，统一指挥侵华日军，并作为拟议中的汪精卫傀儡中央政权的监护（“中国派遣军”总司令部设立后，“华中派遣军”撤销）。
至１９３９年底，侵华日军基本上完成了对华作战新体制和与之相适应的兵力部署。“中国派遣军”所属部队共有２５个师团、１８个独立混成旅团、２个混成旅团、１个骑兵集团、１个飞行集团又１个独立飞行队和海军的“中国方面舰队”，总兵力约８５万人。这些部队（不含海军）分成为４个战略集团。其各自的兵力及任务为：“华北方面军”有３个军司令部（第１军、第１２军、驻蒙军）、９个师团（第２７、第３５、第１１０、第３６、第３７、第４１、第２１、第３２、第２６师团）、１２个独立混成旅团（独立第１、第７、第８、第１５、第３、第４、第９、第１６、第５、第６、第１０、第２混成旅团）和骑兵集团，负责确保已占据的华北地区的“安定”，恢复河北北部、山东、山西北部及蒙疆等重要地区的“治安”，并确保各主要交通线；第１１军部署于武汉地区，辖有７个师团（第３、第６、第１３、第３３、第３４、第３９、第４０师团）、２个独立混成旅团（第１４、第１８混成旅团），负责对中国军队的主力部队进行战役上的有限攻势作战，以达到其战略上的保守任务；第１３军部署于苏、浙、皖地区，辖有４个师团（第１５、第１７、第２２、第１１６师团）、４个独立混成旅团（第１１、第１２、第１３、第１７混成旅团），负责确保庐州、芜湖、杭州一线以东占据地区的“安定”，恢复京（南京）、沪、杭地区的“治安”及确保各主要交通线；第２１军部署于广州、汕头及海南岛地区，辖有４个师团（第５、第１８、第３８、第１０４师团）和２个混成旅团（台湾、近卫旅团），负责切断中国的海外补给线路。“中国派遣军”直辖第３飞行集团，下属有７个侦察机中队、４个战斗机中队、３个重轰炸机中队和４个轻轰炸机中队，总计有作战飞机１８３架。日本海军“中国方面舰队”部署于中国沿海，辖有３个遣华舰队（第１、第２、第３遣华舰队），２个联合航空队（第２、第３联合航空队），汉口、海南岛、广东、厦门、青岛、上海６个特别根据地队，南京、九江、舟山３个基地队及横须贺、佐世保、上海３个特别陆战队等。共有舰载及陆基作战飞机１４５架。
从上述日军政略、战略的变化和兵力的部署中可以看出，日本军事打击的重点已经从正面战场转向敌后战场，加强了对华北及华中占领区八路军和新四军抗日部队的作战力量。
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