面临上述情况，国民政府于１９３８年１月２０日召回驻日本大使许世英，在政略、战略上采取一系列措施，重新组织抗战。
１． 制定《抗战建国纲领》进一步组织全国抗战
为进一步动员全国抗战力量，国民党决定召开临时全国代表大会，接受了共产党的部分建议，预拟了《大会宣言》和《抗战建国纲领》等文件，准备在大会上通过。《大会宣言》称：“此次抗战，为国家民族存亡之所系，人人皆当献其生命，以争取国家民族之生命”，表示了全民族“抗战到底”的决心。《抗战建国纲领》有总则、外交、军事、政治、经济、民众运动、教育７个方面，共３２条。主要内容是：在政治上，提出“组织国民参政机关，团结全国力量”；“改善并健全民众之自卫组织，施以训练，加强其能力，并加速完成地方自治条件”，“改善各地政治机构”，“以适应战时需要”。在军事上，规定“加紧军队之政治训练，使全国官兵明了抗战建国之意义，一致为国效命”；“训练全国壮丁，充实民众武力，补充抗战部队”；“指导及援助各地武装人民，在各战区司令官指挥之下，与正规军队配合作战，以充分发挥保卫乡土、捍卫外侮之效能，并在敌人后方发动普遍的游击战，以破坏及牵制敌人之兵力”等。在民众运动方面，提出“发动全国民众，组织农工商各职业团体，改善而充实之，使有钱者出钱，有力者出力，为争取民族生存之抗战而动员”；“在抗战期间，在不违反三民主义最高原则及法令范围内，对于言论、出版、集会、结社，当予以合法之充分保障”等。在外交上，规定“联合一切反对日本帝国主义侵略之势力，制止日本侵略”，“否认及取消日本在中国领土内以武力造成之一切政治组织及其对内对外之行为”等。这一纲领中积极方面的内容虽然后来并未能真正落实，但当时对团结各党派、各阶层及发动全国人民继续抗战起了一定的积极作用。
２． 开始执行“持久消耗战”战略方针
早在１９３５年，蒋介石在四川就曾阐述过对日战争的指导方针。他说：“至和平绝望时期，举国力量从事持久消耗战，争取最后胜利。”１９３７年８月７日，国民政府在南京召开最高国防会议，正式制定了“采取持久消耗战略”的方针。１８日，蒋介石在《告抗战全军将士书》中公开这一战略方针。他说：“倭寇要求速战速决，我们就要求持久战、消耗战。”以后又多次重申“要以持久战、消耗战打破敌人速战速决之企图”。但从实际情况看，由于国民政府最高军事当局对中日战争的严重局势估计不足，缺乏长期作战的思想基础和持久抗战的充分准备，又认为依赖国际干涉可以尽快结束战争，所以从“七七”抗战开始至南京失守期间，国民政府军队实际上是以阵地战消耗敌人，在战役上争取持久战，而在战略上则是幻想迅速结束战争。这在蒋介石的一些言论、命令中可以得到证明。抗战开始前，在庐山军官训练团谈将来对日战争时，就一再强调“步步为营，处处设防”、“深沟高垒”、“固守不退”等，并说这就是“救国要诀”。抗战开始后，８月１０日致徐永昌电令说：“前线各部队除构筑工事线外，须特别注重固守据点之战术。凡重要城市……预为固守三个月准备之计。”再从实际作战中，也可以得到证明。抗战开始以来的许多重要战役都是阵地防御作战。特别是淞沪会战，更是一个典型例子。军事委员会主编的《军事杂志》就曾载文承认“上海之战未能坚持持久战原则”。
经过半年的抗战，国民政府最高军事当局已认识到国际干涉及和平谈判短期内均不可能实现，中日战争已形成持久之势，又接受了华北、沪、京作战的教训，开始转变战略指导，由单纯固守阵地、据点进行死拼的战役持久，改为不强调“一城一地之能否据守”，而以空间换取时间的战略持久。白崇禧就认为，在南京失守后“我们战略之应用，确已改变方针，不复与敌人在一点一线上之争夺”。蒋介石在《我军退出南京告国民书》中说：“中国持久抗战，其最后决胜之中心，不但不在南京，抑且不在各大城市，而实寄于全国之乡村与广大强固之民心。”李宗仁说：“我们抗战的战略重点，便是以空间换取时间。”何应钦则说：我军“深知敌强我弱之异势，乃策定以空间换时间之战略。”虽然后来的实践证明这一战略方针仍带有一定的片面性和消极性，但与前一阶段执行的方针相比，已大大前进了一步。
在上述思想基础上，军事委员会于１９３７年１２月１３日在武昌下达了“以确保武汉为核心”进行“持久抗战”的《作战计划》。其“指导要领”中要求“以面的抵抗，对敌之点或线的夺取，使不能达速战速决之目的，而消耗疲惫之。所有在各战区之军队，及行政、党务各机关，无论在任何情况下，绝对不准离开原战区，东击西应，奇正并用，以收长期抗战之效。”“现在我军战法，应于硬性之外参以柔性，务在交通要线上，纵深配置有力部队，使任正面阻击战斗。同时组织训练民众，使联合军队，共同施行游击，以牵制、扰乱、破坏敌之后方，前呼后应。敌攻我正面，则游击队由各方进击；如攻我游击队，则不与决战，使其前进迟滞。”
３． 加强军事领导改组军事委员会
为适应持久战之需要，１９３８年１月１７日，国民政府改组了军事委员会，重新任命委员（１月１５日任命阎锡山、冯玉祥、李宗仁、程潜、陈绍宽、李济深为委员，后又增加宋哲元、熊式辉、卫立煌、万福麟），同时规定参谋总长、副参谋总长、军令部部长、军政部部长、军训部部长、政治部部长及军事参议院院长为当然委员。参谋总长指挥各部、院、会、厅，辅助委员长策划全局及处理委员会日常工作。军事委员会改组后的编制及领导关系如附表４３１。
４． 整饬军纪提高士气
面对日本的侵略，“所有前线的军队，不论陆军、空军和地方部队，都进行了英勇的抗战，表示了中华民族的英雄气概”；但也有少数高级将领，或因胆小怕死，或为保存实力，不服从指挥，对敌望风而逃，以致在不到半年时间里就丧失国土６２万平方公里。第五战区副司令长官、第３集团军总司令韩复榘的表现尤为恶劣。他受命防守津浦铁路北段，毫无抗战意志。山西战局紧张时，军事委员会令其向德州、沧州一带出击，以为牵制，他抗不从命，未战先退。南京失守后，北线局势开始严峻，他仍未加强黄河防务。１９３７年１２月２３日，日军第１０师团由青城、济阳间渡过黄河，韩复榘于２４日即率军南退，仅留第２０师守卫济南。２６日济南失守。３１日，蒋介石电令其将主力“分布于泰安到临沂一带，泰山山脉地区之各县，万勿使倭唾手而得全鲁”，他不但不依令增兵泰安，反而于次日（１９３８年１月１日）放弃大汶口，率军退至济宁；５日又由济宁率军退至曹县、单县、城武一带，并公然违反军事委员会“无论在任何情况下，绝对不准离开本战区”的命令，将该集团军的军需辎重及私人财物等由津浦铁路经陇海铁路转至平汉路，进入第一战区防地，停于漯河，准备全军退去该地。１月１１日，蒋介石在开封召开第一、第五两战区高级军官会议，作了《抗战检讨与必胜要诀》的讲话。在总结“挫败原因”时，指出政府军队的１２个缺点，其中着重批评了高级将领，认为“军纪荡然为第一大罪恶”，说有些高级将领缺乏牺牲精神，“缺乏敌忾心”，“缺乏坚决自信”以及“命令不能贯彻”等，于当日将韩复榘“免职查办”，送到武汉，以违抗命令、擅自撤退罪，依法处以死刑，１月２４日执行。法办韩对于督促广大政府军队官兵作战及提高军队的抗战士气起到一定的作用。白崇禧曾说：“韩既正法，纲纪树立，各战区官兵为之振奋，全国舆论一致支持，韩之原部第3集团军在孙桐萱指挥下亦奋勇与敌作战。在此之前，黄河以北作战部队轻于进退，军委会之命令，各部队阳奉阴违，经此整肃，无不遵行。”“１月２０日，国民政府军事委员会明令嘉奖抗战牺牲的郝梦龄军长、佟麟阁副军长，并撤职查办、枪决处死４１名作战不力的旅长以上将领……给保存实力、怠于作战的军官以极大震慑，前方士气为之一振。”与此同时，利用日军暂未发动大规模进攻的间隙整军，对全国军队进行了武器装备及兵员的补充，以恢复、提高军队的战斗力。
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