１２月１２日１７时，卫戍司令部召集师以上将领开会，布置撤退行动。唐生智首先简要地说明当前战况，询问大家是否还能继续坚守。与会将领无一人发言。唐生智遂出示蒋介石命守军相机撤退的电令，即由参谋长周斓分发了参谋处已油印好的撤退命令及突围计划。命令及计划原文如下：
卫戍作战命特字第一号（地名参看三十万分一图）命令
１２月１２日１５时于首都铁道部卫戍司令部
一、 敌情如贵官所知。
二、 首都卫戍部队决于本日（１２日）晚冲破当面之敌，向浙、皖边区转进。我第七战区各部队刻据守安吉柏垫（宁国东北）、孙家铺（宣城东南）、杨柳铺（宣城西南）之线，牵制当面之敌，并准备接应我首都各部队之转进。芜湖有我第７６师、其南石炮镇有我第６师占领阵地，正与敌抗战中。
三、 本日晚各部队行动开始时机、经过区域及集结地区，如另纸附表规定。
四、 要塞炮及运动困难之各种火炮并弹药，应彻底自行炸毁，不使为敌利用。
五、 通信兵团，除配属外部队者应随所属部队行动，其余固定而笨重之通信器材及城内外既设一切通信网，应协同地方通信机关彻底破坏之。
六、 各部队突围后运动务避开公路，并须酌派部队破坏重要公路桥梁，阻止敌之运动为要。
七、 各部队官兵应携带４日炒米及食盐。
八、 予刻在卫戍司令部，尔后到浦镇。
右令。
计附表第一、第二两纸。
附表第一为“南京卫戍军突围计划”，其内容为：〔２３〕
（一） ７４军由铁心桥、谷里村、陆郎桥以右地区突围，向祁门附近集结。
（二） ７１军、７２军自飞机场东侧高桥门、淳化镇，溧水以右地区向敌突围，向黟县附近集结。
（三） 教导总队、６６军、１０３师、１１２师自紫金山北麓、麒麟门、土桥镇、天王寺以南地区向敌突围。教导部队向昌化附近集结，６６军向休宁附近集结，１０３师、１１２师向于潜附近集结。
（四） ８３军于紫金山、麒麟门、土桥镇东北地区突围，向歙县附近集结。
以上各部队突击时机为１２日晚１１时后开始，但８３军为１３日晨６时。
（五） 第２军团应极力固守乌龙山要塞，掩护封锁线，于不得已时渡江，向六合集结。
（六） ３６师、宪兵部队及直属诸队依次渡江（另有渡江计划表），先向花旗营、乌衣附近集结，但３６师应掩护各部队渡江（后），然后渡江。
卫戍司令部突围计划的基本精神是大部由正面突围，一部随司令部由下关渡江。但在书面命令分发后，唐生智又下达了口头指示，规定第８７师、第８８师、第７４军及教导总队（南京守军中的中央嫡系部队）“如不能全部突围，有轮渡时可过江，向滁州集结”。这就大大降低了命令的严肃性，也为不执行命令制造了借口，以致计划中规定的由正面突围的部队，除广东部队第６６军及第８３军之大部按命令实施突围外，其余各军、师均未按命令执行。有口头指示为依据的部队，必然一起拥向敌人尚未到达的下关，以便迅速、安全地渡江北撤；许多未接到撤退命令的部队因发现友军撤退而撤退。虽接到命令而并不知道撤退计划详情的旅、团长们也都认为上级既然要军队撤退，在下关必然已准备好大量渡江工具，因而亦皆拥向下关。
自行决定由下关渡江的军、师长大多未按命令规定的时间开始撤退，而是在散会后立即部署部队撤退。有的单位在接到命令前即已撤走。如卫戍司令部第２军团负责固守乌龙山要塞以掩护其他部队撤退和突围，应最后撤退，但徐源泉于１２日下午即率其第４１师和第４８师从周家沙和黄泥荡码头乘坐其预先控制于该处的民船最早渡至江北，经安徽去江西整顿。乌龙山要塞部队在徐源泉部撤走后，也于当晚毁炮撤去江北。有的将领只向所属部队打撤退电话，或回去安排一下撤退事宜就脱离部队，先行到达下关，随同卫戍司令部及第３６师乘渡船先到江北。如第７１军军长王敬久、该军第８７师师长沈发藻等根本未回指挥所；教导总队队长桂永清回到富贵山地下室指挥所后告知幕僚撤退任务，即留参谋长邱清泉处理文件等，自己单独先去下关；其第２旅旅长胡启儒得知撤退消息较早，不等会议结束，即以奉命去下关与第３６师联系为由，电话通知其第３团团长代行旅长职责，独自先去下关。
由于城中各部队多沿中山路向下关撤退，而挹江门左右两门洞已经堵塞，仅中间一门可以通行，各部争先抡过，互不相让，不少人因挤倒而被踩死。如教导总队第１旅第２团团长谢承瑞，在光华门阵地上曾英勇地抗击日军多次冲击，却在挹江门门洞内被拥挤的人群踩死。有的将领，如第８３军第１５６师师长李江见城门无法挤过，就从门东侧用绑腿布悬吊下城出走。
下关情况更为混乱，各部队均已失去掌握，各自争先抢渡。由于船少人多，有的船因超载而沉没。大部官兵无船可乘，纷纷拆取门板等物制造木筏渡江，其中有些人因水势汹涌、不善驾驭而丧生。
因乌龙山要塞守军撤走，原停泊于草鞋峡、三台洞（燕子矶南）的“文天祥”鱼雷快艇中队（４艘）也于１２日夜驰去大通，１２月１３日拂晓，日军山田支队未经战斗即占领了乌龙山；日海军舰艇通过封锁线到达下关江面，日军第１６师团一部亦乘舟艇进至八卦洲附近江面。大量正在渡江的中国军队官兵被日海军及第１６师团的火力和舰艇的冲撞所杀伤。宪兵副司令萧山令即死于半渡之中。与此同时，日军各师已分由中山门、光华门、中华门、水西门等处进入南京城内；原在镇江的天谷支队已渡过长江，正向扬州前进中；国崎支队已至江浦，正向浦口前进中。已渡至江北的中国军队沿津浦路向徐州方向撤退。
１２月１４日，根据中国大本营的指示，唐生智在临淮关宣布南京卫戍司令长官部撤销，撤至江北的卫戍军部队改隶第三战区。南京保卫战基本结束。
从１２月１２日下午开始，南京卫戍军各部队撤退及突围的情况大致如下：
卫戍司令长官唐生智、副司令长官罗卓英、刘兴及长官部官兵，１２日晚从下关煤炭港乘预备的小火轮渡江至浦口，得到日军已至江浦附近、正向浦口包围的情报，遂徒步向扬州顾祝同第三战区司令长官部靠拢；１３日７时到达扬州时，顾祝同及第三战区司令长官部已移驻临淮关，临行时留下６辆卡车。唐生智等主要官员及卫队乘汽车至滁州转火车，于当晚到达临淮关。
在司令部渡江后，第７８军、第３６师亦于煤炭港分批乘船渡江，至乌衣集结，尔后乘车去蚌埠，又转信阳去江西萍乡整顿。
在叶肇及邓龙光两军长参加会议后，第６６军及第８３军（均为广东部队）共同研究决定：不遵守唐生智令第８３军掩护其他部队突围后再于次日晨６时突围的命令，两军由叶肇统一指挥，按计划由正面突围，向指定地点转进（当时两军所属的４个师大部均在城内水西门、玄武门及光华门附近），当即下令各师“按１６０、１５９、１５６、１５４师之顺序，由太平门突围，经汤山、句容向安徽宁国集中”。１２日２０时前后，除１５６师因未接到命令外，其他３个师先后通过太平门。途经岔路口、仙鹤门、东流等地时，均遭日军阻击，第１５９师代师长罗策群率队冲击时阵亡。拂晓前到达汤山附近时，又遭日军第１６师团主力的猛烈攻击。部队逐渐失去掌握，各自为战，数百人或数十人一队，分头向指定地点转进。叶肇、邓龙光与各自的部队失散，均换着便衣突过日军包围圈。２０日前后，各师大部分别到达南陵、歙县。第６６军参谋处处长郭永镳在九华山一带收容失散的官兵约１３００余人，临时编为３个营。１９３８年１月上旬，他们到达宁国附近归队。未接到命令的第１５６师师长李江率队与教导总队等一同撤至下关，部分官兵渡过长江，辗转归队。
南京卫戍军的其他各部均于１２日下午和夜间拥至下关。第７４军组织较好，又掌握有一艘小火轮，约有５０００人渡过江北。其余部队仅有一部得以渡江，大多留在江南，遭日军杀害。
（五） 日军在南京大屠杀
１２月１４日，日军山田支队占领了南京最后一个支撑点——幕府山；天谷支队占领了扬州，切断了大运河；第６师团一部进至下关；国崎支队占领了浦口，切断了南京守军的一切退路。麇集于燕子矶、下关沿江一带及八卦洲、江心洲中未撤至江北的大量中国官兵都成为日军的俘虏。日“上海派遣军”司令官朝香宫鸠彦曾签署了一道嘱“阅后销毁”的机密命令，要所属部队“杀掉全部俘虏”。第１６师团师团长中岛今朝吾在１２月１３日的日记中记载说：“由于方针是大体不要俘虏，故决定将其全部解决。”第６师团师团长谷寿夫更向士兵宣布“解除军纪三天”。在占领南京城的前６个星期内，日军野蛮地屠杀了放下武器的俘虏数万人、平民２０余万人，总数达３０万人以上。
日军进入南京以后，就开始以集体屠杀的方式消灭放下武器的中国军队；１３日，第６师团枪杀了从水西门至下关途中俘虏的１５００余人，第１１４师团刺杀了在雨花台俘虏的１３５４人；１４日，第１６师团在中华门外枪杀了在中华门内俘虏的１５００余人；在此前后，国崎支队在浦口和江心洲枪杀了俘虏的３０００余人；１７日，山田支队竟在上元门以北江岸，将在幕府山及八卦洲一带俘虏的１４７７７人分两个场所一次枪杀。由于这种屠杀是由日本“华中方面军”司令官松井石根示意、由“上海派遣军”及第１０军司令官下令执行的，所以参加进攻南京的各部队都犯有集体枪杀放下武器军人的罪行。因此，被杀害的中国军人在感到死难临头的时候，无不深悔放下了武器、停止了抵抗，以致惨遭杀害。也有的军人不甘心俯首受杀而进行了反抗，如山田支队屠杀幕府山的俘虏时，有的俘虏大喊快跑，有的俘虏夺取押解日军的枪支进行反抗，曾打死日军官１人、士兵８人。可惜他们的觉悟已经晚了。
残暴的日军不仅杀害放下武器的俘虏，而且毫无人性地集体杀害手无寸铁、并未战斗的平民：１２月１４日，在中山码头枪杀难民及非武装军警７０００余人；１６日，又在中山码头屠杀难民５０００余人；就在松井石根举行入城式的第２天——１８日夜间，在草鞋峡一次枪杀男女老幼及部分俘虏共５７４１８人。至于任意乱杀平民以及强奸、抢掠等罪行，更是罄竹难书。日本随军记者小俣行男在其《日本随军记者见闻录》中较详细地记录了关于南京大屠杀的采访见闻。其中有一段著者与《读卖新闻》上海分社联络员武田和畦崎的谈话：“俘虏有１０万之多，刚进城的部队曾问军司令部这些俘虏怎么办?回答是‘适当处分’。这个命令是事实，山田旅团长（即在上元门屠杀万余名俘虏的山田支队长）……１２月１５日就处理俘虏一事，派本间少尉去师团，得到‘收拾掉’的命令。所谓‘适当处分’，就是如无法处理就予以处决。这是军队里一开始就确定了的方针。”“不仅残杀俘虏，还杀害无数平民百姓。联络员说他们看见路上躺满了百姓的尸体。问究竟杀了多少人?回答是这个数字既未发表，也无法统计，总之是满目死尸。留在市内没有住进难民区的百姓，都被一扫而光。”当时在南京的外国记者都目睹和报道了日军的暴行。如美国《纽约时报》驻南京特派记者杜廷在报道中说：“日军占领后三天内……大规模的抢劫，奸淫妇女，屠杀普通居民，将居民从家中逐出，成批地处决俘虏，抓走成年男子，使南京成为一座恐怖的城市。”连倾向于日本的德国驻华官员在给其政府的报告中也认为：“犯罪的不是这个日本人或那个日本人，而是整个的日本皇军……它是一部正在开动的野兽机器。”
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