中国政府为了应付日本帝国主义的大举进攻、坚持长期抗战，在卢沟桥事变后不久即开始筹组指挥全国军队的最高统帅机构。军政部在7月下旬拟定了大本营组建及各战区划分的方案。平、津失陷后，大本营的组织机构已秘密地逐步形成，战争指导方案也在酝酿和讨论之中。
7月底，国民政府在南京筹备召开国防会议。会议除军事委员会主要领导人和部分地方高级将领外，还邀请中共代表参加。8月9日，中共代表周恩来、朱德、叶剑英前往南京出席国防会议。毛泽东针对当时日军正准备在华北扩大侵略战争的形势，向国防会议提出了《对国防问题的意见》，由周恩来等交给了国防会议。其主要内容为：“甲、第一防线张家口、涿州、静海、青岛等处，重点在张家口，应集中第一次决战兵力。乙、第二防线保定、大同、马厂、潍县等处，应集中优势兵力，相机增援第一线，并准备第二线决战。丙、至太原、石家庄、沧州等处，仅能作第三防线，决不能只顾此线而不集中兵力于第一二线。丁、目前关键是第一防线。戊、总的战略方针暂时是攻势防御。应给进攻之敌以歼灭的反攻，决不能是单纯防御。将来准备转变到战略进攻，收复失地。己、正规战与游击战相配合……发动人民的武装自卫战，是保证军队作战胜利的中心一环。”8月11日，中共代表团出席了国民政府军政部部长何应钦召集的会议，又向会议提交了《确立全国抗战之战略计划及作战原则案》。提案的要点是：“1. 战略的基本方针是持久的防御战，但应抓住适当时机予以全线之反击，而根本地把日寇从中国赶出去。2. 在战役上应以速决战为原则。3. 作战的基本原则是运动战，应在决定的地点，适当的时机，集中绝对优势的兵力与兵器，实行决然的突击，避免持久的阵地消耗战。4. 在必要的战略要点或政治经济中心，设立坚强之工事，并配置足够的兵力，以钳制敌人。5. 一切阵地的编成，避免单线的构筑，而应狭小其正面，伸长其纵深。在守备部队的作战要领，亦应采取积极的动作，一般的应反对单纯的死守的防御，只有积极的动作起来，才能完成守备的任务。6. ……在战役的指导上，应是外线作战，以求得歼灭敌人。7. 广大地开展游击战争。其战线应摆在敌人之前后左右，以分散敌人，迷惑敌人，疲倦敌人，肃清敌人耳目，破坏敌人之资财地带，以造成有利条件，有利时机，使主力在运动中歼灭敌人。只有在上述作战原则之下，才是保持持久战的有效方法和消灭敌人，取得抗战胜利的手段。”周恩来、朱德还在会议上作了重要发言。
周恩来在发言中指出：中央方针系全局布置，加紧华北抗战甚为正确，依此坚强决心。进行整个部署，动员全国军民，方可得最后胜利。周恩来认为：主战场在华北方面。作战方针上应展开于黄河北岸抗战，否则交通运输有被敌截断之可能，所以第一、二战区要培养独立持久的能力。在华北由阵地战转为平原与山地之扩大运动战。正面防御不可依赖一线及数线之阵地。因我兵力不如敌人，突破一线则影响第二线。所以正面宜筑集团工事，这样虽突破一点而不影响其他，而由侧面扰乱之。其次用游击战术，交通大道则坚壁清野，在其侧面山地则不退，且组织民众，以军事人才指导。周恩来对国防会议的职能、中央机关的缺点、预备军的使用与军区划分、部队编制和政治工作等方面也发表了极为正确的谈话。
朱德在发言中指出：战略上需要持久防御，但在战术上应采攻势。正面兵力拥挤必受损失，必须伸至侧翼活动，因敌人作战不可离开道路。我则应离开道路以行运动战。敌必固守其后方阵线，故我宜尽量破坏其后方。游击战为抗战中之重要者。破坏敌人后方，牵制敌人，敌不能不以大兵力守其后方。朱德对战时政治工作、战区划分、预备军的动员与运用，也提出了自己的看法和主张。
叶剑英在发言中指出：战略上虽采内线，但战术上仍应取外线，随时包围敌人。所以集团防御战争、广大游击战争、广大民众之运动战应以此原则进行作战。叶剑英认为：日军战略展开，必先取得上海、青岛、天津、北平和张家口五点。我之重点应置于平绥线，可破坏敌人整个计划。叶剑英还对战争持久问题、武装民众问题、粮食供应问题等提出了自己的看法和意见。
出席会议的还有山西绥靖公署主任阎锡山、广东绥靖公署主任余汉谋、湖南省主席何键、第5路军副总司令白崇禧、川康绥靖公署主任刘湘、湖北省主席黄绍、云南省主席龙云、前第19路军军长蔡廷锴等。
这次国防会议是采取谈话会形式。山西省主席、第二战区司令长官阎锡山于8月2日抵南京参加会议。但因华北战局紧张，他未参加正式会议，于8月6日下午5时将意见发表后便急忙离南京赶回山西。他谈话的主要内容是：在政略上抵抗日本的侵略，在战略上实行持久战。在战术上求得第一次会战的胜利，以正世界视听，尔后再将军队疏散，实行持久战。在战斗时避敌火力，利用地形，使其飞机、战车、大炮失去作用。刘湘发言指出：“要抗战才能救亡图存，才能深得民心；要攘外才能安内。日本人的军事力量虽然比较我国为优，但必须利用交通线，始能发展其所长。离开交通线，其军队调动难，给养补充更不容易。我等只要采取正规、游击两种战术，在交通线两侧与前后方，与敌周旋，即作持久战……由中日战争发展到国际战争，是可能的。抗战最后胜利，必属我国。”他还说：“抗战，四川可出兵30万，供给壮丁500万，供给粮食若干万石。”12日，国民政府国防会议决定成立大本营，以军事委员会委员长蒋介石为陆、海、空军大元帅，行使三军最高统帅权。后因未对日宣战，成立大本营事未对外公开，实际上仍以军事委员会作为抗战最高统帅部。8月13日沪战爆发，中国外交部发表声明，指出：“中国之领土主权，已受日本之侵略，国际盟约、九国公约、非战公约已为日本所破坏无余……中国责任所在，自应尽其能力，以维护其领土主权，并维护上述各种条约之尊严。中国决不放弃领土主权之任何部分。”
15日，蒋介石下达了全国总动员令，并正式组成大本营，将全国划分为4个战区(8月20日颁布时又增为5个战区)。国民政府于8月20日以大元帅蒋中正(即蒋介石)的名义下达了大本营训令第一、二号，颁布了《国军战争指导方案》(附后)和《国防作战指导计划》。
在《国军战争指导方案》中指出：“为求我中华民族之永久生存及国家主权领土之完整，对于侵犯我国主权领土与企图毁灭我民族生存之敌国倭寇，决以武力解决之。”《方案》规定了大本营的组织系统。在作战指导方面提出：“以达成持久战为基本主旨，因此将军令、军政、财政、经济、宣传、训练划为六部，分担任务。各部应本主旨，适切运用，紧密连系，俾获最后之胜利，为共同一致之最高原则。”《方案》将全军分为5个战区：河北省和山东省北部为第一战区，蒋介石兼司令长官；山西省、察哈尔省、绥远省为第二战区，阎锡山任司令长官；江苏省长江以南和浙江省为第三战区，冯玉祥任司令长官；福建省、广东省为第四战区，何应钦兼司令长官；江苏省长江以北和山东省南部为第五战区，蒋介石兼司令长官。《方案》中指出：“主战场之正面在第一战区，主战场之侧背在第二战区。”预期第一期作战到1937年10月下旬为止。对此期间内各战区、海军、空军、各预备军及直属部队、后方勤务部队的作战任务以及政略、财政、经济、宣传、民众组织训练都作了规定。
《国防作战指导计划》中有关作战指导方略、军队运用、战区划分等内容与《战争指导方案》完全一致，对各战区的作战任务又作了明确、具体的规定。由于当时的战场主要在华北和淞沪地区，所以对第一、第二、第三战区的作战任务规定得更为具体。
《国军战争指导方案》和《国防作战指导计划》确定了抗日战争的战略方针和作战原则，但由于日军进攻猛烈，战争发展迅速，形势变化很快，对各战区所规定的某些作战任务未付诸实施，因而失掉实际意义。
在举行国防会议期间，国民党于8月12日召开了临时常务委员会，决定设立国防最高会议，作为战时党、政、军的最高领导机构。蒋介石为这个会议的主席。按照其职责，他可以不按平时的程序处理一切事务。至此，中国也进入了战时体制。
四、 国共两党统一战线的正式建立与红军改编
战争形势迅速发展，使国共两党的抗日民族统一战线也迅速建立起来。7月15日，中共中央向国民党递送了《中共中央为公布国共合作宣言》后，周恩来、秦邦宪、林伯渠在庐山与蒋介石、邵力子、张冲继续谈判。蒋介石宣布承认陕甘宁边区，但在红军改编方面尚有分歧，谈判陷于僵局。淞沪战役展开后，蒋介石于8月19日表示同意中共方面的主张，将红军改编为“国民革命军第八路军”，任命朱德为总指挥，彭德怀为副总指挥，并发表了红军改编的命令。9月22日，国民党公开发表了《中共中央为公布国共合作宣言》。23日，蒋介石发表了实际上承认中国共产党合法地位的谈话。他说：“此次中国共产党发表宣言，即为民族意识胜过一切之例证。宣言中所举诸项……皆为集中力量救亡御侮之必要条件，且均与本党三中全会之宣言及决议案相合……中国共产党人既捐弃成见，确认国家独立与民族利益之重要，吾人惟望其真诚一致，实践其宣言所举之诸点，更望其在御侮救亡统一指挥之下，以贡献能力予国家，与全国同胞一致奋斗，以完成革命之使命。”
《中共中央为公布国共合作宣言》的公布和蒋介石的谈话，标志着国共两党第二次合作和抗日民族统一战线的正式建立。毛泽东对国共两党抗日民族统一的建立作了高度的评价。他在9月29日发表的《国共合作成立后的迫切任务》一文中指出：“共产党的这个宣言和蒋介石氏的这个谈话，宣布了两党合作的成立，对于两党联合救国的伟大事业，建立了必要的基础……两党的统一战线是宣告成立了。这在中国革命史上开辟了一个新纪元。这将给予中国革命以广大的深刻的影响，将对于打倒日本帝国主义发生决定的作用。”
中国共产党根据与国民党所订协议，于8月22日将在陕北的红军主力改编为国民革命军第八路军，下辖第115师、第120师、第129师。8月25日，中共中央军委任命朱德为第八路军总指挥，彭德怀为副总指挥，叶剑英为参谋长，左权为副参谋长，任弼时为政治部主任，邓小平为副主任。下辖各师的领导干部是：第115师师长林彪，副师长聂荣臻，参谋长周昆，政训处主任罗荣桓，副主任萧华；第120师师长贺龙，副师长肖克，参谋长周士弟，政训处主任关向应，副主任甘泗淇；第129师师长刘伯承，副师长徐向前，参谋长倪志亮，政训处主任张浩，副主任宋任穷。整编完了后，八路军即东渡黄河，进入华北前线参加对日作战。
1937年10月，国民政府发令改编南方八省红军游击队为陆军新编第四军，叶挺任军长，项英任副军长，张云逸任参谋长，袁国平任政治部主任。共编4个支队：第1支队，司令陈毅，副司令傅秋涛；第2支队，司令张鼎丞，副司令粟裕；第3支队，司令张云逸(兼)，副司令谭震林；第4支队，司令兼政委高敬亭。1938年5月，新四军挺进苏南，在大江南北开展抗日游击战争。
附录：大本营颁《国军战争指导方案》训令
(1937年8月20日)
大本营训令令字第一号
兹颁《国军战争指导方案》，仰即遵照实施之，此令。
大元帅蒋
民国二十六年八月二十日
国军战争指导方案
一、 本大元帅受全体国民与全党同志之付托，统率海、陆、空军及指导全民为求我中华民族之永久生存及国家主权领土之完整，对于侵犯我国主权领土与企图毁灭我民族生存之敌国倭寇，决以武力解决之。
二、 大本营之组织如系统表(见附表第一)。
三、 大本营对于战争指导，以达成持久战为基本主旨，因此将军令、军政、财政、经济、宣传、训练划为六部，分担任务。各部应本主旨，适切运用，紧密联系，俾获最后之胜利，为共同一致之最高原则。
四、 为统帅指挥之便利计，将全军区分为五个战区，主战场之正面在第一战区，主战场之侧背在第二战区。
五、国军对敌第一期作战预期至本年10月下旬为止。各部在此期间内应达成如后之任务，以确立我第二期对敌作战之基础。
甲，第一部
第一战区
迫近该当面之敌，实行柔性之攻击，以吸引其主力，俾我第二、第三战区之作战得从容展布，但如敌军企图真面目与我决战时，则应毅然尽全力以防制之。
第二战区
打破敌军惯用包围行动之企图，使其对我第一战区不敢放胆施行正面之攻击，同时牵制热河以东之敌军，使其对青岛、淞沪之作战不能转用兵力。
第三战区
迅将目下侵入淞沪之敌陆、海军及其空军陆上根据地扫荡扑灭，以准备敌军再来时之应战，同时对于浙江沿海敌可登陆之地区，迅速构成据点式阵地，阻敌登陆，或乘机歼灭
第四战区
除对敌海、空军之扰乱成战备态势外，应充分准备参加第一期之作战。
第五战区
本战区之特性，为对敌强行登陆之作战，故以立于主动地位，确占先制之利，根本打破敌军登陆之企图，此为作战指导上之第一要义。纵使敌军一部先行登陆，务必迅速围攻而歼灭之，不使后续兵团借此为安全登陆之掩护，此为作战指导上之第二要义。必要时在指定地区的范围内，扼要固守，绝对限制敌军之进展，运用机动部队而歼灭之，以确保我国军南北战场连系之中枢。
海军
淞沪方面实行战争之同时，以闭塞吴淞口，击灭在吴淞口以内之敌舰，并绝对防制其通过江阴以西为主。以一部协力于各要塞及陆地部队之作战。
空军
空军应集中主力协同陆军先歼灭淞沪之敌(以敌舰及炮兵为主要目标)，尔后任务另指定。
第一至第四预备军
除命令所指示者外，各依指定地区，迅速集中完毕后，根据各区前方会战之经验，各自实施(必要时可与中央各军事学校联络)适当之战时教育，并保有随时应战之机动性。
诸直属部队
与预备军同。
后方勤务部队
直接受第一部指导，适应各战区之要求，完成通讯交通诸设备，充实弹药器材各项补充。对积极运输之要领，务必分散配置，顾虑对空遮蔽，以免敌空军及炮兵之轰炸，且能不失时机补充前方，并考虑第二期作战之物资充足为要。
乙，第二部
政略内求社会内部之安定，以树立长期抗战之基础；外谋国际舆论之同情，使敌国受到孤立无援压迫。
丙，第三部
安定金融，整理税务，紧缩支出，筹发公债及募集外债。
丁，第四部
扩张产业，广辟资源，以极力讲求自给自足之方法。纵使国际间之交通被敌国遮断，我国军与民众战时生活上必需之资源，不因此而受重大之威胁。
戊，第五部
使民众晓然与抗战之重要，非努力抗战，即不能保我种族之生存，并使国际认识我国抗战系为保障世界和平，以期获得国际同情与援助。
己，第六部
以军事化之目的，组织及训练民众，使人人皆有为国牺牲决心与技能，并防止汉奸、间谍之暗中活动与蔓延。
六、 为达成上项任务起见，如何策定方案、预定实施步骤，参谋总长督令第一部与各战区司令长官、海军司令、空军司令、各预备军司令长官、各直属部队长官等，分别详细核定候核，其余各部，即自行酌定。同时发表“大本营组织系统表”如附表第一，“国军战斗序列”如附表第二。
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