抗日讨贼军的组建及失败察哈尔民众抗日同盟军的成立及其抗日活动符合全国人民团结抗日的要求，得到全国广大爱国军民的声援和响应，但不符合蒋介石“攘外必先安内”的政策。蒋介石等国民党上层人物十分仇视这支军队，必欲除之而后快。
抗日同盟军成立之始，军事委员会北平分会即下令断绝平绥线上的客车通行。不久，国民党当局派出铁甲车向张家口逼近，并策动阎锡山屯兵于晋察边界；《塘沽协定》签订之后，将冯钦哉、傅作义、庞炳勋部从平东调到察哈尔，向抗日同盟军施加压力；又调徐庭瑶第17军、王敬久第87师到平绥线，形成围攻的态势。因而，抗日同盟军从成立之日起就陷入了国民政府军和伪军包围的境地。这种状况，对于刚刚成立的、内部尚不巩固的抗日同盟军来说，压力实在是太大了。
不仅如此，蒋介石还利用抗日同盟军内部不团结，派遣特务潜入内部搜集情报，制造谣言，挑拨离间，对抗日同盟军进行收买拉拢，致使同盟军的将领鲍刚、冯占海、李忠义、檀自新等先后投蒋，邓文则被暗杀。
与此同时，日伪也乘机分路向察省进犯。8月8日，日机轰炸沽源平定堡，南路日军入侵沽源，北路日军向多伦急进。经吉鸿昌率部抵抗，虽暂时阻止住日军，但事态却日益严重。冯玉祥眼看抗日同盟军受日、蒋的重重围困，外援无望，内部不稳，粮秣、服装已感缺乏，现金则更无法筹借，财政经济窘困达于极点，于8月5日发出“歌电”，表示“完全收缩军事”，并请国民政府让宋哲元回察办理善后。冯自卸同盟军总司令，总部撤销，人员解散。他于8月14日抱恨离察，解甲归泰山。
冯一离察，形势骤变。8月中旬，多伦复被日军攻陷。何应钦指挥宋哲元剿、抚并用。抗日同盟军虽由方振武代理总司令，但人心动摇，不易收拾。宋哲元按照何应钦“少编大遣”的旨意将抗日同盟军收编。收编情况如下：
(一)委阮玄武为商都警备司令。阮各部共编为2个团，富春部编1个团，归其指挥；(二)委张凌云为康保、宝昌警备司令，乜玉岭为副司令，所部编为2个团；(三)委黄守中为察省游击支队，所部编为2个大队；(四)委刘桂堂为察东游击司令，所部编为3个团；(五)孙良诚部编为1个团，暂归张允荣指挥，孙即日通电宋哲元，自解兵权离察；(六)刘震东部编为1个团；(七)唐聚五部编为1个团；(八)张砺生由省府聘为顾问，所部解散归还地方；(九)檀自新、张人杰、李忠义各部均照军分会规定编制；(十)姚景川、苏雨生、宋克宾、李子铎各师拟分别编遣；(十一)清乡司令韩青芳部已下令解散；(十二)冯玉祥部军官队4个大队及佟麟阁部独立旅约500余人均已遣散。另拟给方振武以名义，令其出洋，但他不愿离开军队，令阮玄武与彼商洽。
被收编的部队动摇分化，甚至掉转枪口对准抗日同盟军反戈一击。此时只有方振武、吉鸿昌爱国立场屹立不动，矢志抗日。
冯玉祥出走后，国民政府军队向抗日同盟军发起猛烈的进攻。方振武就任同盟军代总司令，他命令部队东向独石口开发。吉鸿昌所部则西向商都转移，准备经绥远退入宁夏，因受傅作义、张凌云部的追堵，在二台子东与敌接触，被俘“三百余人”，不得不改向东进独石口，与方振武会合。
9月10日，吉鸿昌赴云州(今赤城北)与方振武、汤玉麟、刘桂堂等召开军事会议，共同作出了整编队伍的决定，将抗日同盟军改名为“抗日讨贼军”，推方振武为总司令，汤玉麟为副总司令，刘桂堂为右路总指挥，吉鸿昌为左路总指挥，并决定从独石口出发进攻密云、怀柔，限旧历八月十五(公历10月4日)攻进北平。
会后，方、吉率部向北平挺进，方部右路军在长城线以西沿白河向东南前进，吉部在长城以东经黑河挺进怀柔。两部先后越过长城。9月20日、21日，吉、方两部先后攻进怀柔、密云，逼近北平。北平军分会十分惊恐。
在方振武部攻占密云的当日，日本驻北平领事馆柴山与何应钦在居仁堂密晤。此后何应钦发表书面谈话，称：“关东军电复，充分谅解。因方、吉坚持抗日，如不限期退出非武装区域，关东军将予以讨伐。”同时，日关东军以信守《塘沽协定》为由，警告石友三等部不得与方、吉“勾结”，否则将“绝不容许”其“存在”。9月25日，方振武部攻占高丽营。日飞机在空中监视，并抛下“警告方振武及其联合驻军”的传单，限其于9月26日退出“中立区”。9月27日，日军飞机轰炸方振武驻地。时方、吉商定以五六千人、枪约半数的兵力，分3路向北平发动进攻。10月初，方、吉部在昌平、大小汤山等地被商震、关麟徵、庞炳勋等部堵截包围。激战多日。每战，方、吉均亲上前线，士兵亦非常勇敢，但因连续苦战，人员、粮弹俱无补充，部队伤亡惨重，残存者仅四五百人，被迫接受改编。方、吉于10月16日脱险，方振武被迫流亡香港，吉鸿昌到天津继续进行秘密的抗日活动。1934年11月9日，吉鸿昌不幸被国民党特务逮捕，于11月24日英勇就义。临刑前写下了“恨不抗日死，留作今日羞，国破尚如此，我何惜此头”的豪迈遗言。方振武则于1941年太平洋战争爆发之后被国民党特务杀害。
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