韦布审判长还论述了法庭运营和各个案件的事实确认。尽管法庭查明日本陆军以胁迫和暗杀篡权有罪，但是免除了日本国民对陆军行为应负的责任。法庭还大幅减少了案件数量，在原来的起诉中这些案件都被认为得到了证实。韦布在概括多数派法官的观点时总结道：“……共同谋划发动了(一系列)侵略战争的行为，属于最高等级的犯罪。”
接下来，他对全部25名主要被告下达了有罪判决。东条被判死刑，与他一起被判处死刑的还有其他5位将官和一名文官：板垣征四郎、木村兵太郎、土肥原贤二、松井石根、武藤章和前外交官及总理大臣广田弘毅。在麦克阿瑟拒绝接受所有暂缓执行死刑的请愿后，7位辩护律师向美国联邦最高法院提起了上诉。他们的依据是美国宪法：东京法庭实质上是美国的法庭，但它的设立却没有经过国会的同意。它源自于杜鲁门总统的行政权，而且也一直是以此为基础运营的。在最高法院的法官们听取律师团的“上诉”前不久，恼怒的麦克阿瑟告诉英国代表阿尔瓦里·加斯科因，即使最高法院下达了人身保护权的书面命令，他也会“无视”它而“把这件事委托给远东委员会处理”。12月15日，在最高法院审理此案的前一天，远东委员会赶在前面匆忙地宣布东京法庭“是依国际权威任命的国际法庭，并依国际权威行事的国际法庭”。5天后，最高法院裁定自己没有权力或权限宣告判决无效。
辩护律师们努力强调东京审判的政治性。但他们只是在揭露东京审判的复杂性，并强调麦克阿瑟权限的双重、暧昧的特性上小有斩获。现在，最高司令官进而下令执行对7名死刑犯的绞刑判决。之后他们的尸体被火化，骨灰的大部分被撒到了海里，法庭错误地认为这样就可以阻止某一天他们被当做烈士祀奉在寺庙里。一位侍从称，听到了东条的死讯，裕仁走进他的办公室哭了起来。
包括前内大臣木户和前首相平沼在内的16名被告被判处终生监禁。前外相东乡被判处20年监禁。外交官重光葵，没有被认定为决定开战的主要负责者，但因为他担任小矶内阁的外相，并且没有尽力阻止虐待俘虏而被判处7年徒刑。
韦布在他自己单独提出的意见书中，在基本上同意多数派裁决的同时，认为在处理日本被告时，应该比处理犯有“令人发指、形式多样、涉及广泛的” 罪行的德国被告多一些考虑。韦布尖锐地批判了赋予天皇的完全豁免权。韦布明确否定了关于天皇被胁迫的辩护，指出：“没有任何统治者可以在犯下了发动侵略战争罪之后，称不这样做的话他的生命就有危险，然后正当地要求赦免他的责任。”
法国法官亨利·伯纳德写下的反对意见也提到了天皇。他在结论中说，日本的宣战“有一名主要的始作俑者，由于他逃避了所有的追诉，现在的被告怎么说也只能看做是他的帮凶而已。”
荷兰法官B·V·A·洛林则对裕仁的免责没有什么异议，因为他认为裕仁是一个十足的傀儡领袖。洛林的反对意见主要针对的是法庭宪章的不足之处，他从一开始就对宪章的合法性抱有疑问。他拒绝承认“侵略”属于国际法上的犯罪的观点，认为被告中的5个人——木户、畑、广田、重光、东乡——应该被宣告无罪。
帕尔法官在8月上旬就写好了他的反对意见，并要求韦布根据印度惯例在法庭上全文朗读。而多数法官投票表决的结果是，只要宣布这份反对意见书的存在即可，韦布在11月12日宣判的当天执行了这个表决意见。
对所有被告的所有指控均宣布无罪的帕尔裁决是独一无二的，不能代表印度或任何其他亚洲政府的立场。从法律理论的观点出发，他否认(洛林的观点与帕尔相近)作为国家主权发动和进行战争是犯罪行为。他认为，不能发展或扩展19世纪就存在的国际法秩序，“侵略”的概念在法律上仍没有定义。纽伦堡和东京法庭超越了第一次世界大战前就存在的国际法框架，是非法的。因此，被告们没有违犯法律。
严重的事实认证错误破坏了帕尔对日本行为的历史分析——这是他的反对意见的第二要素。例如，他断言张作霖不是被日本军人暗杀的，主张“赫尔照会”是美国的最后通牒。他写道：“即使是当代的历史学家也可以想到。‘关于这次战争，如果收到了美国国务院在珍珠港袭击前夜送给日本政府的这种通牒，就连摩纳哥王国和卢森堡大公国这样的国家都有可能拿起武器与美国作战。’”帕尔批判了审判的政治目的，和占领的主要教育目标之一：即，让日本人民了解战争的犯罪性。毫不顾及自己宣誓的意义，帕尔在结尾时主张日本无罪，坚决支持了日本关于战时历史的官方观点。
尽管CIE(民间情报教育局——译者注)的“战争有罪计划”禁止全文刊登东京审判中的个别反对意见，韦布审判长仍在法庭上提到接近半数的法官对法庭提出了个别意见。外国法官的独立性和少数判决意见的存在给日本公众留下了深刻的印象，并对审判结果的被接受作出了贡献。
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