在战犯审判之前、之间和之后很长时间，退位的威胁一直沉重地笼罩着裕仁。危险来自那些希望参与政治事务的身边的皇族，和所有认为应该用特别的道德标准要求国家领导人的人。
高松亲王就是几位希望裕仁退位的皇族之一。日本正式投降约1年后，1946年9月20日，他在日记中吐露，仅仅因为裕仁积累了多年为君的经验，或者因为他的退位会给麦克阿瑟带来麻烦，所以就让天皇保留皇位是不明智的。期望摄政但又不能言明，因此高松亲王支持推举秩父亲王为摄政的意见。早在1945年9月30日，他就在日记中写道，经过长期休养的秩父亲王返回首都，他“已经能见人，一旦需要的时候，也能做摄政”。高松显然认为裕仁不会永远呆在皇位上，所以一直保持着对裕仁的批判倾向。其他的皇族成员，如三笠亲王和东久迩亲王也支持早期退位。
很快，一些著名的知识分子，如自由主义哲学家田边元，就公开呼吁裕仁 “要敢于表现出更切实的责任感”。东京帝国大学校长南原繁也规劝裕仁退位。著名诗人三好达治从战场上为天皇牺牲性命的士兵的立场出发，最早对天皇的道义责任提出指责。除非天皇“在形势的允许下尽快”退位，否则“世上就没有道理了”。三好在1946年春到初夏发表的一系列获得反响的随笔中说：
陛下作为一国元首，必须作为第一责任者为这次战败承担责任……陛下允许了军阀之流横行，多年来没有施应施之策，疏忽怠慢之责甚大。在陛下的赤子的名目下，他们朴素地信赖陛下如慈父。他们相信陛下真正是陛下军队的大元帅。他们在陛下的名义下服从军规，高呼着陛下万岁倒毙在军阵上。对如此忠良的臣民，却发出“陆军真是个麻烦”的陛下……对忠良的士兵们，陛下是有背信责任的。
副侍从长木下道雄准确地认识到了这种威胁的长期性。他的日记中，有一张用宫内省的信纸写的、没有署名也没有日期，但有可能写于1946年初春的便条。木下(或和他有同样想法的某人)写道，即使美国和麦克阿瑟决定保留君主制，随着战争犯罪人审判的进行，将出现是保留现帝，还是拥立新帝的问题。
(美国和麦克阿瑟)可能预想，日本国民对废除天皇制会彻底反抗吧。他们大概没有预想过现帝退位新帝即位也会引起日本国民的彻底反抗。根据情况，他们也许会提出后者。吾人必须有所准备。
不让他们提出退位问题的策略，至关紧要的，是要让他们感到，无论是统治日本还是国际关系特别是在东洋，现帝都是引导国际关系向有利于美国发展的，最合适的、最值得信赖的人物。
到了1946年7月，就连GHQ中裕仁最热心的保卫者费勒斯准将都开始催促他，为了防止对君主制的长期危害，希望他向国民做出忏悔。与此同时，被拘禁在巢鸭监狱的木户也对裕仁的战争责任问题进行了思考，但是将劝说退位的打算推到了他自己的严酷考验和占领结束之后。
在毛泽东的共产党军队占领了沈阳，斯大林以封锁柏林的举动向“杜鲁门主义”发起挑战的前后，1948年11月4日，东京审判在经过了6个月的休庭后开始进入收尾阶段。
审判长韦布在公审法庭内朗读了多数派的判决，他首先回顾了法庭宪章的法律条款——由麦克阿瑟颁布并修订——定义的三大类罪行。第一类罪行是：“……策划、准备、开始、从事……侵略战争、或者违反国际法、条约、协定的战争……或者参与了为实现任何上述行为而进行的共同计划或谋议。”依照纽伦堡审判的先例，从事这种战争被称为“反和平罪”。审判中，它主要是指对这几个条约的违反：国际联盟盟约、关于中国的主权独立和领土完整的九国公约以及放弃作为国家政策实现手段的侵略战争的凯洛格-白里安协定。与常规的战争犯罪不同，“反和平罪”的犯罪主体是政策的制定者。检察方并非主张，侵略战争本身是非法的，而是日本被指控的侵略战争中的每种行为都违反了日本加盟的条约。为了进行这项指控，检察官们不得不对亚洲太平洋战争的起因进行调查，为此，特别是不允许辩护方在证据文件中引用与亚洲的共产主义有关的内容之后，悬而未决的历史论争的马蜂窝又被捅开了。而另一方面，纽伦堡和东京都没有仅以“反和平罪”为依据作出死刑判决。
第二类罪行是“违反战争法规或惯例罪”(一般战争犯罪)，相对来说对这类罪行的争论较少。这种犯罪是根据关于陆地战争的海牙公约，和关于战俘待遇的日内瓦公约来界定的。这两个公约都是公认的惯例法规，体现了人道行为的最低标准，适用于卷入国际武装冲突的所有国家。试图反驳“违反战争法规和惯例罪”指控的辩护方，面对检察方汇集整理的证明日本在战争中所犯罪行的庞大证据，全部以失败告终。
“反人道罪”是第三类罪行。这个术语(因第一次世界大战中土耳其人对亚美尼亚人的暴行而产生)的定义与纽伦堡国际军事法庭所参照的四国伦敦宪章中的定义完全相同。其内涵是“战前或战时犯下杀人、灭绝、奴役、流放和其他非人道行为，或者以政治或人种为由的迫害行为……”这些主要针对平民的犯罪，只要与战争罪行有关联，“在国际法的范围内就可以惩罚。”在东京审判中，检察官根据由55件诉因构成的诉状，强调了各种类型的杀人罪，“当日本向有和平关系的国家发动攻击时，作为限定于侵略性攻击或违反条约的非法战争的结果”而被广泛接受。“杀人罪”成了一把巨大的伞，日本对珍珠港攻击和“南京暴行”都能被罩在伞下。
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