1939年1月4日，近卫辞职。因为他既无法结束在中国的战争，也无法在与纳粹德国的军事同盟问题上统一内阁的意见。他的离去为三代后任内阁将“圣战”继续推向前进开辟了道路，这三位继任者是前枢密院议长平沼，阿部信行将军和米内大将。日本帮助汪精卫在南京建立一个与蒋介石对抗政权的协调工作即将开始，可是它还没有打垮蒋介石。相反，肆无忌惮、惨无人道的日本军队无论走到哪里，都会激起强烈的民族抵抗精神。日本军无法维持对广大农村的有效控制，前线被迫扩大，补给和交通线也都延伸至极限。很快，在中国的日本军无论是军事上，还是政治上都产生了无望的挫败感。就在此时，第二次世界大战在欧洲展开，日本的统治集团开始想像德国军事力量的抬头将为他们走出困境开辟道路。
接受辞职的近卫首相的推荐，1939年初，天皇任命平沼为近卫的继任者。平沼是陆军强有力的支持者，曾被裕仁认为是一个彻底的法西斯主义者。然而，1936年的陆军叛乱事件以来，他与激进的右翼有些疏远，并解散了“国本社”，在西园寺亲王的竭力主张下与宫廷内臣建立了关系。如今，在财政大臣池田成彬和宫廷派的指导下，平沼进一步重新检讨了自己，表示保证不会匆忙地与纳粹德国结成军事同盟与英美为敌。在与德国结盟问题上，平沼部分改变了态度，这足以使他得到裕仁的欢心。
之后的9个月中，平沼要着手解决的不光是陷入僵局的中国战争所引起的军事及外交上的问题，还有与苏联的问题。5月，关东军在“满洲国”西北部和外蒙古(蒙古人民共和国)边界上的诺门坎附近与苏联蒙古军发生冲突。战斗很快发展成为一场全面的边境战争，动用了大量的坦克、大炮和飞机。尽管关东军将生物武器搬到了前线，没有确实证据显示他们是不是如后来被指控的那样，真的对蒙古和苏联军队使用了细菌武器。诺门坎的战斗一直持续到9月15日，直到苏联的莫洛托夫外长和日本的东乡茂德大使在莫斯科签署了停战协定。
除去“满洲国”的预备军，日军战死、负伤及失踪人数总计超过18925万人，差不多损失了整整一个师团。对这次令日军大败的诺门坎事件负有责任的关东军司令官植田谦吉和他的两名高级参谋辻政信少校和服部卓四郎中校，仅仅是辞职了事，而陆军的作战计划和用兵方略都没有被重新考虑。天皇再一次克制了自己没有处罚任何人。1941年，他甚至允许将辻和服部晋升到参谋本部担任要职，就像他曾经批准策划了满洲事变的罪犯到东京的参谋本部任职并得到提升一样。
再说，挑起事件的将校们依照的是“满苏国境纷争处理要纲”属合法行动，这份文件是裕仁在事件突发前刚刚批准的。由于军队遵从的是他同意的命令，他当然不愿处罚他们。陆军指挥部也认为没有必要过多关注这次鲁莽、结果惨痛的行动。
1939年夏，平沼内阁遇到陷入困境的中国战争带来的另一个严重的外交问题。几个月来，华北地区日军对于伦敦决定稳定中国货币一事一直感到不满。他们以被占领城市天津的英国租界内有中国的恐怖主义分子为由，开始向飞地施加压力。日本军队用电网将整个租界围起来，开始搜寻持有被日本禁止的国民党货币的外国人。6月中旬，他们将骚扰升级为全面封锁，开始对英国公民进行搜身，不论男女。同时，陆军和右翼团体在国内发动了反英宣传运动。令陆军首领们高兴的是，平沼的内务大臣和亲密顾问木户拒绝阻止这项运动，尽管这样招致了裕仁的不快。
1939年的春夏之际，随着日本与英国关系的恶化，是否要加强与德国的关系这个悬而未决的问题又浮出水面。天皇反对强化二者关系。外务省发出指令，严格限定了日本加入新轴心国协定的条件，可是当亲纳粹的驻德大使大岛浩将军和驻意大利大使白鸟敏夫拒绝传达这一指令时，平沼惟有困惑与无奈。听平沼报告了两大使的行为，裕仁也很激动，但他还是决定不下令撤他们的职。
1939年7月26日，在不断抗议日本在中国的行动之后，美国通知平沼政府，美国不打算延续预定1940年1月到期的《美日通商条约》。直到那时为止，罗斯福政府一直奉行的是温和姑息的对日政策。其亚洲政策的基本原则在于维护体现在华盛顿条约体系内的帝国主义现状，因此，美国始终拒绝承认日本通过武力给中国带来的任何变化。罗斯福还通过定期购买银的方式支持中国的通货，这个政策最终将引导他与英国一起向中国提供国际汇兑，以便蒋介石能够稳定货币，抵抗被占领区激增的日本军票，继续战斗下去。如今欧洲战云密布，预计战争即将爆发，美国提醒日本注意，进一步的侵略行为将招来严厉的经济制裁。此后，日本的领导者如要继续在中国的战争，将不得不面临美国更加严厉的反应，日本在战争所需的重要物资进口上依赖着美国。
8月5日，接到美国废除条约通告后不久，裕仁对侍从武官长畑俊六报怨道：
这对屑铁和石油将是一个沉重的打击，即使在以后的6个月中可以购买，可是在那之后马上就会遇到困难。除非将陆海军的兵力减少1/3，没办法站住脚。这些事很早以前就应该有所准备，现在再争论这些，一点用也没有。
然而，裕仁并没有命令他的参谋本部结束与中国的战争，或者减少任何事项的规模，他只是对军首脑们没有预见到美国的反应感到生气而已。
几个星期后，1939年8月23日，当日苏在莫斯科磋商旨在结束满蒙国境纷争的停战协定时，德国与其意识形态上的敌人苏联签署了互不侵犯条约，这与1936年的日德防共条约是相抵触的。斯大林为反对德国在欧洲的领土扩张，与西方进行了3年有关“共同防御”的探索，但是没有成效，于是斯大林宣布了苏联的中立，而且在条约附属的一个秘密条项中，与希特勒交易接管波罗的海诸国和最终分割波兰。这个外交上的逆转使平沼内阁晕头转向，由于无法把握应如何理解希特勒与斯大林同盟所预示出的德苏的巨大实力，8月28日清晨，平沼内阁总辞职。
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