1938年3月，在第一届近卫内阁的领导下，日本对中国的战争陷入了长期的消耗战阶段。中间是近卫首相，左侧是海军大臣米内光政，右侧为陆军大臣衫山元。最后一排左侧是近卫的朋友木户幸一。如今，近卫内阁开始了对中国战争的第二个激烈阶段，本阶段持续到1938年12月。从卢沟桥战役开始到这第二阶段为止，日本官兵的伤亡情况：战死62007万人，负伤159712万人；在中国和“满洲国”死于疾病者总数为12605万人。在随后的2年中，日本战争伤亡人数大幅减少，但仍保持着很高的数字。1939年，战死30081万人，负伤55979万人，到1940年，死亡人数下降了几乎一半，战死15827万人，负伤72653万人。死于疾病的人数仍然相对稳定，平均每年超过115万人。重要的是，无论是军事上或是政治上，日本都丧失了能够控制中国战争的希望。
1938年间，中国华北、华中及华南的主要城市和铁路都被日本陆军占领，辽阔的内陆村庄和山区则成为中国游击队的根据地。在对中国战争将他们视为“土匪”，实际上几乎所有的主力攻击都指向了蒋介石的“国民党”部队。陆军的航空部队也是同样，在此期间他们向中国华北和华中的内陆地区发动了5次长距离轰炸作战。而对共产党根据地延安的军事设施，只是在1939年10月进行过2次轰炸。主要的空袭目标一直都是重庆。直到1941年，陆军才开始大规模轰炸延安。同时，随着1938年10月对武汉和广东的占领，日本军的地面进攻达到了顶点，之后转入了战略防御状态。
在陷入一场僵持战而且看不到胜利前景的情况下，日本领导人坚持进行战争，与其说他们不愿意改变最终目标，毋宁说是似乎已无法改变。在国家总动员、严格的新闻审查和前所未有的高军费背景下，他们开始实施许多和平花招。这些花招的重心在于利用中国国民党与其国内敌人的对立上面。1938年11月，近卫首相著名的建设“东亚新秩序”的声明便是其中最值得注意的一节。近卫表达了他希望通过蒋介石的敌人与中国达成和平的愿望，他所说的敌人就是国民党内部的一派领导人——汪精卫。这种以政治谋略补充军事行动的特别尝试，最终以1940年3月末南京汪政权的建立和1940年11月《日华基本条约》的签署达到了顶点。但是，近卫政府从未真正信任过汪，或者是相信他有结束战争的能力，故而推迟了对汪政权的承认。后来又以条约的形式强迫他将大量的军事、经济和政治特权转让给日本，将他的政府变成了一个傀儡政权，然而在大多数中国人眼里，它们没有任何合法性。
但不管是将重点放在与重庆的蒋介石直接交涉上，还是在南京设置新的傀儡政府，日本为结束战争所作的努力的最终目的在于扩大、巩固战争成果并使其合法化。它的“和平试探”从未明示将为日本军队从华北撤军设定期限，更不要说放弃对满洲傀儡政权的控制了。
1938年7月，日本军计划夏季开始进攻武汉，陆军参谋本部很担心苏联的态度。1938年7月11日，围绕“满洲国”边境上一座山的所有问题，第十九师团长突然与苏联发生了大规模冲突。这次冲突被称为张鼓峰事件，其结果是日本遭到了彻底、损失惨重的失败。当时原田熊雄在日记中记录了裕仁对陆军大臣板垣的批评：“今后，没有我的命令不许调动一兵一卒。”换言之，天皇告诉陆军大臣，这里应该是他负责，可是之后对引发事件的军官根本就没有采取任何惩罚措施。事后不久，当判明苏联军队不会越境反击时，他批准了预定的在中国的进攻战。这是在运用权威进行干涉过程中，他具有选择能力的又一个例证。
日本再一次地寄希望能迅速击败中国军队。1938年后期，依仗地上、海上和空中的压倒优势，日本差不多在每一场进攻中都取得了胜利。但是中国的抵抗也很顽强，迫使日军逐渐要依靠化学武器。(这方面西方也有先例：最著名的是德国在第一次世界大战中第一次使用了毒气。1935年，意大利法西斯在埃塞俄比亚使用了毒瓦斯。)至11月，日本军队占领了中国中部长江边上的“武汉三镇”，武昌、汉口和汉阳以及华南的广东。日本军控制了中国主要的铁路，在中国最富裕、最发达的沿海省份建立了日军控制下的飞地。蒋介石一边宣称要继续战斗，一边与他的整个政府一起远远地撤退到内陆的有城墙环绕的山城重庆，跳出日本军的追击范围。
对于日本来说，武汉之战确实是战争的一个制高点，是它当时进攻能力的极限。当胜利的消息传回国内时，日本举国欢庆，就像报纸第一次报道南京陷落时(过早报道了)一样：鸣汽笛，出号外，而天皇亦如满洲事变时一样，全套军服，骑着白马在群众面前亮相。
近卫马上于1938年11月3日发布了关于战争的第二次声明。他宣称日本坚持以建设“东亚新秩序”为目标，同时将不会拒绝中国国民党政府的参加。8个星期后，12月22日，近卫发表了重要的第三次声明，宣布了此后成为日本官方的战争目标的“近卫三原则”。第一，中国必须正式承认“满洲国”，并与其建立“善邻友好”关系。这个原则意味着中国要停止所有的反日活动。第二，中国必须同日本一道与共产党战斗。这暗示了日本有权在中国驻扎军队。第三，两政府间必须进行广泛的经济合作，这包括承认日本开发和利用中国华北和内蒙古自然资源的权利。
日本所谓的建设“东亚新秩序”，是建立在这三原则的基础上。近卫的声明意在国民党政府前总理汪精卫和蒋介石之间造成派系分裂。最终，将产生一个新的合作者政权，在日本占领的南京对日本控制的各省实施统治。
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