皇室成员都听说了大屠杀和几近全面崩溃的军纪情况，其中包括良子皇后的叔父、50岁的朝香亲王，他在松井大将指挥进攻南京时任司令官，是大屠杀最激烈时南京城中最高将领。陆军航空本部长、49岁的东久迩亲王也是良子皇后的叔父。陆军参谋总长、71岁的闲院亲王。当然，陆军大臣杉山也掌握这一切，还有许多大本营高中层军官。众议院议员，后备役的江藤大将也知道。外务省无疑也知道，其东亚局长石射猪太郎在日记中吐露道：“上海有信来，详细报告了我陆军在南京的暴行，掠夺、强奸，触目惊心。天哪，这是皇军吗？”战后，作为外交官，老练的中国通重光葵记述了当时他是如何“为了补偿占领南京时犯下的罪行，做出极大努力促进对中国善政的。”
因此说，近卫政府知道在南京的强奸和抢掠，而经常听汇报的裕仁却不知道，这看起来不太可能。裕仁位于指挥系统的顶部，在最初阶段，即使指挥系统有缺陷，也很难使他对高层或者中层的决策不知情。他密切关注着日本军队的每一个行动，浏览外电，每天阅读报纸，并经常就他在报纸中发现的问题询问近臣。作为批准夺取和占领南京的最高司令，作为国家的精神领袖——赋予“惩戒”中国以合法性的人，无论是宪法上的责任还是最低限的道义上的责任，他都有关注军纪的义务，哪怕是非公开的。然而他似乎从未这样做过。
对他的部队在上海－南京战区的行为，各国通过外交途径发来的抗议越来越多，这也许引起了裕仁天皇的注意。可以确定的是，它们引起了最高指挥部和外务省的注意，更不要说一些议会的议员了。就日本陆军在南京抢掠美国人的财产，亵渎美国国旗，美国大使格鲁曾经两次正式向外务大臣广田提出抗议。之后，广田在1938年1月中旬的内阁会议上提出了这个问题。
外交官日高信六郎在南京陷落后不久访问了那里，他也向广田做了详细的报告。尽管是推测没有确凿的证据，但是他很有可能在1月下旬向天皇汇报了那里的暴行。日高能讲一口流利的英语，他与纳粹党员的德国人约翰·拉贝有私交。南京市中心的西方人组建了南京安全区国际委员会，为难民提供避难所，拉贝是安全区的组织者之一。第一本关于南京大屠杀的书《日本人在中国的恐怖行动》(1938年)的作者、《曼彻斯特卫报》记者哈罗德·J·廷波利也是日高的个人朋友。另外，日高还与《纽约时报》特派员哈利特·阿本德就南京事件进行过讨论。日高甚至向外务省转达过南京安全区国际委员会成员们的抗议，包括拉贝和南京大学教授刘易斯·斯迈思所写的抗议书。如果日高或者外务大臣广田向裕仁汇报过陆军的暴行的话，那么事实上他应该知道得非常清楚。
然而，我们假设裕仁没有得到当局任何人就他的士兵在师团、连队、甚至是参谋的命令下，违反国际法而进行的大规模屠杀的实际情况的正式报告。即使如此，他还有来自非指挥系统的关于陆军军纪败坏的间接情报，比如国内外的报道，或者还可能从他的弟弟们那里听到传闻，从而了解被占领的南京发生的事情。因为他确实拥有这些间接情报，他应该下令秘密进行调查，但是没有关于天皇下令调查南京事件的文件性纪录。相反，却有裕仁对于皇军的犯罪行为保持沉默的事实记录。从皇军占领南京的那一刻起，他就一直密切地注视着军队的行动。还有一件同样无法否认的事实是，在事件初期，或是杀戮强奸的整个时期，裕仁没有任何公开表达他的不快、愤怒或者是遗憾的举动，而是积极地鼓励他的将领们在促使中国人“反省”的国策下取得更大的胜利。
南京陷落的3个多星期前，即新大本营设立的11月20日，裕仁向中国地区的舰队司令官长谷川清发出诏书，赞许舰队官兵与陆军合作，控制了中国的沿海，并阻断了其海上运输线。同时他告诫说：“前途尚远，希望你们更加努力奋斗，取得完全胜利。”
4天后，在参加第一次大本营的御前会议时，裕仁对中国中部方面军司令松井大将的进攻并占领中国首都这一重大决定予以事后认可。会议期间，陆军参谋本部的下村第一作战部长对部队的作战计划作了说明，他说因为赴中国华中的运输部队及炮兵部队距最前线尚远，所以“方面军的航空队要与海军的航空兵协力，轰炸南京及其战略要地。”因此说裕仁对轰炸和用机关枪扫射南京及其周边地区的计划是相当清楚的，他是在此基础上批准了作战计划的。他(事后)认可了撤销对陆军在作战范围上所有的限制，陆军和海军在没有东京事先授权的情况下对南京发动猛烈攻击期间，他没有任何表示制止他们的举动。12月1日，在对南京的轰炸以及海上、陆地的攻击开始几天后，裕仁向松井大将发布了正式的攻击命令：“中支那方面军司令要与海军协同行动，夺下敌国首都南京。”(大陆命第8号)
当时，与其他大多数高级将领一样，裕仁支持强有力的打击将会使蒋介石跪地求饶并使战争结束的观点，因此，他一直急切地想在“敌人的首都”进行一场决定性战役。结果，天皇不顾松井和朝香的行为所带来的外交上的危害，公开褒奖了他们。12月14日，南京陷落的第二天，他又向统帅部传下御旨，表达了他对攻陷并占领南京的报告的满意。1938年2月，当松井大将暂时离任返回东京时，裕仁赐其诏书一份，表彰他伟大的军事成就。而朝香亲王一直到1940年4月才领受了对他的嘉奖——金鵄勋章。裕仁就是如此间接地行使他的权力赦免了军队的犯罪。尽管他可能私下里对南京发生的一切感到沮丧，但他没有公开提及过，对日本的俘虏政策也没有表示任何关注，或是为改变日本的俘虏政策做任何事情以示补偿。
日本陆海军官兵都在南京实施了暴行，陆军还炮轰了中国难民船和英国炮艇“瓢虫” 和“蜜蜂” 号。与此同时，两架日本海军飞机蓄意轰炸了美国军舰“帕奈号”，此舰停泊在距离南京约40公里的长江上游，船上载有外交官和欧美的新闻记者及摄影师。伤害之余又添侮辱，当“帕奈号”的船员和乘客放弃燃烧的舰船逃生时，乘摩托艇的日本兵登上舰船，向最后一艘奋力划向岸边的救生艇射击。这次事件中3名美国人死亡、另外3名重伤。关于这一事件，就在英国和美国新闻界开始报道震惊世界的南京大屠杀时，传到了西方。这两个事件给美国的公众舆论留下了日本军队侵略成性、残忍、任意妄为的印象。他们攻击了2个对日本在中国的行径批判最猛烈的强国的军舰。而且，这些事件还形成了对日本的新认识，即日本直接威胁了美国的安全。
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