一个星期后，天皇再次默认了他的军官们进一步扩大行动。他批准了对位于京奉铁路(北京-沈阳)沿线的锦州的空袭，因为这是“中国主权在满洲最后的残余”。这是自第一次世界大战结束以来的第一次城市空袭。奈良在他10月9日的日记中描述道：
二宫治重(参谋本部)次长退出之前，陛下指示，如果张学良在锦州附近重新集结部队，事件扩大不可避免，必要的话，余可同意事件扩大……次长说将向参谋总长汇报，建议总长近期参见上奏此事。
受到裕仁的激励鼓舞，二宫马上下令起草报告，论证轰炸锦州的必要性。参谋本部作战课也明确注意到其后天皇说到轰炸属“当时形势下的当然之举”。如果我们完全相信奈良10月9日日记所载属实的话，那么，裕仁是在一夜之间改变了主意。早些时候，他向奈良表示，不赞成本庄将军对张学良政权的公开指责，10月8日，他对奈良说：“驻外军部与外务官吏意见相左，陆军想使满蒙独立，然后与其政权进行谈判，外务省则不太希望独立政权出现。我认为，在此问题上陆军意见不妥，我想让陆军总部考虑这一点。”
国联理事会接受中国政府要求，在日内瓦召集了一个特别委员会，会上意见很快趋于一致，强烈反对日本。10月27日，奈良的日记记录了天皇的不安：
午餐后往访内大臣，稍事会谈。闻其言，此时圣上，要侍从武官长询陆海军大臣，是否有遭到经济封锁，或与列国为敌开战的心理准备，是否做好基础准备。另杂谈若干而回。
到了11月初，外务省和宫廷态度发生转变。6日，外务大臣币原向天皇报告，外务省已经决定放弃只以蒋介石的国民政府作为交涉对手的方针，转向支援熙洽将军及以南满地主阶层为基础建立的傀儡政权。有关满蒙问题，直接与傀儡政权的上层进行协商，不再与张学良或南京政府谈判。币原也向朝鲜新任总督宇垣将军和牧野、西园寺寻求支持，并得到了他们的同意。
正当东京的陆军参谋本部想遏制关东军进犯北满洲，以避免与苏联军队发生冲突之际，这个政策发生了转变。11月5日，裕仁给予金谷参谋本长特别委任命令权，允许他在关东军作战和用兵等“细小事项”上做出决策。之后的3周里，关东军沿铁路在北满洲调兵遣将时，金谷五次行使了他的特别权力，控制了当地部队的行动。
同时，在美国国务卿斯廷森的要求下，国联理事会对中日两国起用了凯洛格—白里安条约。针对日本代表的异议，会议通过了一个道义决定，敦促日本以11月16日为限从占领区撤出部队。对日本的侵略行为，国外批判高涨，而以报刊、广播、娱乐业和帝国在乡军人会为先导的日本国内舆论则支持关东军，谴责中国和西方。当南满洲铁道株式会社总裁内田康哉返回东京，与关东军相呼应，为在满洲建立新的中国政权而奔走呼号时，受到群众狂热的欢迎。
面对关东军对政党内阁深刻的不信以及他们要将北满洲和内蒙古置于控制之下的强硬态度，东京的军部作出让步，撤回了他们对南满洲政权的支持。正当裕仁天皇在熊本县检阅军事演习时，关东军已开始进犯满洲北部的中心部。进犯开始一周后，主力部队乘火车南进，向远离满铁沿线、驻扎了115万中国军队的锦州移动。
这次，裕仁天皇通过参谋总长金谷和陆军大臣南，为阻止关东军向锦州发动地面进攻采取了坚决的行动，但只坚持了很短的时间。当东京的参谋本部认可了关东军在满洲三省建立“独立的”中国政权，以便日本部队在满洲北部驻扎，阻挡未来苏联入侵的设想时，天皇和宫廷派都没有反对。11月23日，币原向纽约美联社发送了歪曲事实的声明，不但将挑起满洲事变的责任，就连占领北满洲的齐齐哈尔和哈尔滨的责任也干脆推到了中国头上。他宣称，“日本军并非铁路周边的装饰品”，“当中国军队攻来时，日本军别无选择只能执行他们的任务，即，反击敌人的攻击，并防止敌人的反击。”
锦州事件告一段落，宫廷派的注意力转向了国内政治危机。参谋本部的激进军官桥本欣五郎大佐的秘密结社樱会分别于1931年3月和10月，两次决定通过推翻政府来简化解决问题程序。桥本的三月计划被揭发，同谋者遭到了逮捕。原田男爵得知情况后，断定满洲危机是“陆军政变的序幕”，它“坚定了部分军人因为在满洲取得了成功，在国内也一定会成功的信心。”当陆军试图掩盖十月阴谋的时候，奈良、铃木以及参谋总长金谷向天皇做了报告。11月2日，金谷再次拜谒天皇，“上奏支那事情以及违反军纪事件的经过”，但是，裕仁和他的军队首脑没有要求惩罚那些阴谋者。结果，那些人都受到宽大处理，拘禁解除后，罪行也很快就被遗忘了。
十月阴谋以及裕仁对它的宽容态度破坏了若槻内阁要抑制陆军的努力。至于宫廷派，他们现在认为，满洲的任何事情都没有阻止可能推翻君主制和整个明治政治体制的国内危机更重要。特别是，十月事件引发了陆军大学毕业的两个精英群体公开的派系之争。其一是天皇路线派，或称皇道派，由荒木贞夫、真崎甚三郎和小畑敏四郎等将官和“青年军官”组成。另一个是为皇道派所敌视的控制派，或称统制派，他们不像皇道派组织得那么严密，包括永田铁山、林铣十郎、东条英机等将官和其他高级将官，周围也有一批追随的年轻军官。两派的目标都是要建立天皇领导下的“军事独裁”，推动海外侵略。皇道派主张通过政变达到目标。统制派尽管不反对运用暗杀和胁迫手段，但更倾向于合法地进行政府改革。
在战略主张方面，皇道派将苏联当成主要敌人，强调军人精神和民族精神强于物质力量，这也是日俄战争之后陆军的信条。与其相对，统制派则优先考虑军队的现代化和建设从纳粹德国借用的一个名词——“国防国家”。统制派的军官们意识到现代战争已经成为社会总体之间的对抗，需要集结整个国家的力量，对美国和苏联的战争需要提高陆海军的技术水准，实现工业现代化，并对整个日本民族进行精神动员。
随着满洲事变的展开，这两个主要在手段上而不是目的上有分歧的、松散的群体之间的冲突不断加剧，成为贯穿20世纪30年代日本政治的一个重要特征。
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