1948年4月，历时近2年的庭审终于结束，法庭进入了起草判决书阶段。在中国首席法官梅汝璈的争取下，法庭推定由中国法官起草判决书中有关中国的部分。 1948 年11 月3 日，东京法庭判决书的制作全部完成。
判决书的第五章，论述了日本对华侵略的过程。它从1931年9月18日夜间开始，到1945年9月2日日本投降时告终。虽然28名被告参加这一过程的时间有早有晚，但侵略中国，无疑是以被告为首的日本统治集团的主要罪行。被告自己也承认，侵略中国是第二次世界大战的起点。
在日本帝国主义屠杀中国人民的兽行中，判决书记载了日军在上海、苏州、南京、汉口、广州、长沙等处的暴行。而对“南京大屠杀”的记叙尤为详细，这是法庭接受了中国法官的建议。在判决书起草至一半时，中国法官在法官会议上慨然陈词：“由法庭掌握的大量证据，可以看出，日军在南京的暴行，比德军在奥斯维辛集中营单纯用毒气屠杀，更加惨绝人寰。砍头、劈脑、切腹、挖心、水溺、火烧、砍去四肢、割生殖器、刺穿阴户或肛门等等，举凡一个杀人狂所能想象得出的残酷方法，日军都施用了，南京有许多妇女被强奸后又被杀掉，日军还将其尸体斩断。对此种人类文明史上罕见之暴行，我建议，在判决书中应单设一章予以说明。”
庭长和法官们同意了。
因侵华日军在南京的大屠杀是第二次世界大战中非常突出的法西斯暴行事件，因而远东国际军事法庭对此案的审理特别认真。据当时代表中国政府参加审判的大法官梅汝璈回忆：“我们花了差不多3个星期的功夫专事听取来自中国，亲历目睹的10多位中外证人的口头证言及检察和被告律师双方的对质辩难，接受了100件以上的书面证词和有关文件，并且鞠讯了松井石根等人。”
在法庭上，中国籍证人、“南京大屠杀”的幸存者之一伍长德，愤怒地控诉了日本帝国主义违反起码的人道主义，惨杀南京百姓的滔天罪行：
那是日本帝国主义侵入南京城的第三天，即1937 年12 月15 日，伍长德当时弃家搬进了“国际委员会”办的难民区。当日下午，一批日军闯进了难民区，把2000 多个中国难民绑起来带到汉西门外，日军用4 挺重型机关枪对他们进行疯狂扫射，难民纷纷中弹倒下。伍长德在和同胞们一起被赶到射击圈时，没等枪响就先倒在尸体上，躲过了枪击。刽子手在枪击之后，又挨个用刺刀捅。伍的后腰也挨了一刀，血流如注。但日军还不肯罢手，又往被害者身上浇煤油，点火焚烧，然后离开。伍长德身上也着了火，疼痛难忍，便滚入了护城河，以求速死。时值冬日，河水较浅，伍没被淹死，反而把身上的火熄灭了。当时伤势虽重，但幸非要害，挣扎着爬到了岸上，趁着黑夜、躲到了离杀人场不远的一个草棚中，得到一位乞丐老妇的照顾，才得以辗转逃生。以后，伍的后腰上就留下一个5 寸长的伤疤。
伍长德的证言，向人们展现了一幅惨不忍睹的画面，使得法庭官员和旁听者深为震惊。其实，伍所亲身经历的那次屠杀，只是日本侵略者实施的“南京大屠杀”中的一个极小部分而已。
在南京城紫金山下，日寇将附近的2000 多名难民驱赶到山脚下，全数活埋。
在燕子矶，日军到达以前，聚集了10 万多难民。侵略者到后，即将难民赶至沙滩包围起来，然后，架起数十挺机枪向难民射击。所有的尸体，或漂浮江面，水为之赤；或堆积沙滩，日晒雨淋，直到次年春、夏之交，此处积尸还无人过问，恶臭气味远在数里之外都能闻到。
在南京城郊草鞋峡，日本侵略者一次就屠杀了5 万多中国难民。当时的一位公务员对此作了详细记载：某日晚，我住在城郊的一个山洞中，听到草鞋峡一带枪炮声甚密。次日，天尚未明，来了两个浑身是血的人，一个姓冯，一个性郭。述其经过日军进城后，将俘虏及男女老幼难民计5.7 万多人包围起来，用铅丝或绳索捆绑，2 人一扎，排成4 条，驱至草鞋峡。用机枪扫射..以至尸积如山，日军复用利刀乱戳，再浇上煤油，纵火焚烧。冯、郭两人倒卧地上，拖尸盖身，方得死里逃生。
类似上述屠杀惨例，在南京就有几十起之多。据统计，日本侵略军在南京2 个多月共屠杀了中国俘虏和难民达30 多万。
当时目睹南京大屠杀的外国人也向法庭提供了证词。金陵大学教授贝蒂斯的陈述词是：“余为当时南京国际安全地带委员会之创立委员，其主要任务为在南京陷落后救护难民。入城日军的残虐行为，极为广泛。华军于武装解除后，均被押送至长江畔用机枪扫射。在72 小时内，委员会埋葬死尸达3万具，妇女亦多被强奸。余曾5 次目睹强奸事件，其中1 人且为大学教授夫人。在金陵大学校舍内收容难民3 万人，曾发生强奸事件数百起。我的朋友亲眼看到一个中国妇女被17 个日本兵轮奸。”
约翰·梅奇牧师作为国际红十字会南京委员会的主席，从人道的立场控诉了日军杀人、强奸和抢劫的事实：“日军占领南京后，就有组织地进行屠杀。南京市内到处是中国人的尸体。日本兵把抓到的中国人用机枪、步枪打死，用刺刀刺死。”“强奸到处都有发生，许多妇女和孩子遭到杀害。如果妇女拒绝或反抗，就被捅死。如果妇女的丈夫想救自己的妻子，她的丈夫也会被杀死..。我拍了照片和电影，从这些资料上可以看到，妇女被砍头或被刺得体无完肤的情形。”
法庭里灯光熄灭，一束强烈的光柱投到白色的银幕上，日军在南京的令人发指的罪行——在人们的眼前出现了：一阵枪响，一片尸体。刀光一闪，滚落一颗带血的头颅！浑身鲜血的中国难民在颤粟，被刀刺死的婴儿..
远东国际军事法庭在南京大屠杀的判词中指出：“1937 年12 月13 日早晨，当日军进入市内时，完全没有遭遇抵抗。日本兵云集市内并犯下了种种暴行。日本兵完全像一群被放纵的野蛮人似的来污辱这个城市。..中国人像兔子似的被猎取着，只要看见哪个人一动就被枪击。由于这种不分青红皂白的屠杀，在日方占领南京市的最初二三天的期间，至少有1.2 万名非战斗的中国男女和儿童被杀害掉了。”“对于一般男子的有组织的大量屠杀，显然是得到了指挥宫的许可而实行的。”“从南京逃出的平民中，有5.7 万人
被抓走和拘禁。在拘禁中，由于饥饿和拷问，以致许多人都死掉了。许多未死的人，又被机关枪和刺刀杀死了。好些中国兵在放下武器后72 小时内，被拉到长江岸边集体屠杀了。这样被屠杀的俘虏达3 万以上。据后来估计，在日军占领后最初6 个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达20万以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其它团体所埋尸体达15.5 万人的事实就可以证明了。”
远东国际军事法庭判决书继续提出：日军在南京“强奸事件很多，不管是被客人或是为了保护她的家族，只要稍微有一点抗拒，经常就得到被害的处罚。”“并且在这类强奸中，还有许多变态的和淫虐行为的事例。许多妇女在强奸后被杀，还将她们的躯体加以斩断。”
判决书接着提出：“日本兵在街道上唤住没有携带武器的平民，搜查他们的身体，如果搜不出任何值钱的东西，就将其枪杀。无数的住宅和商店被侵入和抢劫，..日本兵抢劫了店铺和仓库以后，经常是放一把火烧掉它，市区的商店是被一块一块地烧掉了。日本兵竟毫无理由地把平民的住宅也烧掉。这类的放火在数天以后，就像按照预定的计划似的继续了6 个礼拜之久。因此，全市约三分之一都被毁了。”
远东国际军事法庭对侵华日军大屠杀的判词，都是在法庭获得确凿可靠的证言证据后才进行判决的，从这简洁的判词，可以看出一幅活生生的“人间地狱写真图”。日本帝国主义对南京以至全中国人民所犯下的累累罪恶，将永远钉在历史的耻辱柱上。
在法庭上出示的关于南京大屠杀的证据，只是东京审判过程中提出的、关于被告罪行的无数证据中的一小部分而已。此次东京审判检察方与辩护方共提出证据4336 件，双方提供证人1194 人，其中419 人出庭作证。
判决书还指出，日本侵略者在太平洋战争中，“屠杀俘虏、被拘禁的平民、病人和负伤者及医务人员是很平常的事情”。他们曾在马来亚的亚历山大医院（1942 年1 月）、泰国的琼蓬角（1911 年11 月）、荷兰所属在印度的望涯群岛（1942 年2 月）、苏门答腊的库达拉查（1942 年3 月）等100多个地方实施了大规模的屠杀。如在香港的屠杀中，日军冲入某医院内，用刺刀刺死床上的病人、伤员，强奸和杀害医院里的护士。
判决书确认，上述种种屠杀行为“大部分是由军官所命令的，有些时候是由高级将领所命令的。许多时候，军官实际上在执行时还监视、指挥甚至参与了实际的杀害。”
判决书指出，在日军铁蹄所及之处，他们对被拘禁的俘虏与和平居民实施了惨无人道的刑讯，方法包括灌水、烙刑、电刑、踩杆子、悬吊、坐钉板和鞭笞。到了太平洋战争末期，日本的陆海军竟然堕落到了吃人肉的地步。某一日军俘虏说：“1944 年12 月10 日，第十八军司令部曾发出命令叫许多部队吃同盟军队的尸肉，但不准吃友军的尸肉。”有时候在军官宿舍中，把吃敌方的肉当作庆祝宴会似地来举行，甚至于陆军的将级军官和海军中的少将都参加了这种宴会。被杀俘虏的肉和用这种肉做的汤，竟拿来供给日本士兵当膳食。法庭审理表明，在有食物时也会吃人肉。换句话说，此时，吃人肉并非迫于“需要”，而是出于嗜好！
判决书在叙述了日军的上述种种暴行后指出，备国政府对日本侵略军的暴行曾多次提出强烈抗议，但日本统治集团对此置若罔闻。他们默认并隐瞒了日军所犯的种种暴行。因此，日本政府成员对此负有不可推卸的责任。
尽管如此，法庭在进入最后的秘密评议（量刑）阶段时，在是否判处死刑的问题上，11国的法官们还是存在很大的分歧。原来，东京的国际法庭制定了共同遵守的诉讼程序，却没有一个共同的量刑依据。各国法律对死刑规定不同，因此，11国法百援引本国法律条款，各执己见，争论颇为激烈。
东京法庭有法官11人（含庭长韦勃爵士），决定每一被告的刑度需要至少6票（过半数）。本国已废除死刑的法官，自然不愿投死刑票。有人主张将战犯们流放到荒岛上，有人甚至主张无罪开释全体战犯。
法官们还没有最后投票，但通过争辩表态已能看出，力主死刑的人是少数。梅汝璈和助手们议定，土肥原贤二和松井石根两战犯，双手沾满中国人民鲜血，若不能严惩，决无颜再见江东父老。这最后的量刑争议使梅汝璈和他的同事们食不甘味，寝不安席，日夜与各国法官磋商。花了许多心血，费了无数口舌，直到投票表决结果出来以后，他们才长长地舒了口气，悬着的心才放了下来。
6票对5票！以一票微弱多数，远东国际军事法庭通过了对东条英机、土肥原贤二、松井石根等7名首恶战犯处以绞刑的严正判决。其他日本战犯也被分别处以徒刑。
这是一份正义的判决，是罪恶累累的日本首要战犯应得的惩罚。历史是无情的，正义最终将战胜邪恶，这是任何人都无法扭转的必然趋势。
正如判决当日，中国法官在《朝日新闻》上发表的《告日本人民书》所指出的：“经此次审判，日本军界首脑之暴虐行为和虚假宣传已昭然天下..今日国际法庭之最后宣判，清除了中日两国间善睦相处的这些绊脚石，对于今后中日间和平合作，相信必有贡献。”
历史，证实了当年中国法官在东京的断言。
最后辽必须指出，东京法庭虽然使绝大部分战犯得到了应有的惩处，但也有很大的遗憾之外。因为当正义与利益发生冲突之时，美国却舍弃了前者。如七三一细菌部队的罪魁祸首、天良丧尽的石井四郎，就因为向美国提供了全套细菌战资料而得到了庇护，从而逃脱了法庭的审判。此举令多少受害者难瞑其目。
11月12 日判决下达后，7名战犯的绞刑于1948年12月23日早晨在巢鸭监狱执行，执行从凌晨零点1分开始，行刑只用了35分钟。
在最后一天，即12月22日，被判死刑的7名战犯都写了信，还相互致了最后的诀别辞，都提出希望同监狱的教诲师花山信胜博士单独会见一小时。在这些会见中，提出特别要求的只有东条。人，他要求最后吃一顿日本式的饭菜，这一要求被允许了。其他6人则仍然吃美军军用口粮，但7人都没什么食欲。
执行场上，除了官方监刑人，医生和监狱的重要军官，总司令部还邀请了下列对日理事会4国代表监刑：
美国代表兼对日理事会议长威廉姆·J·西波尔德公使、中国代表商震上将、英联邦代表巴特里克·肖、苏联代表库茨曼·迪比扬格中将。
在第一批处刑预定时间前20分钟，4名战犯分别在单间牢房由看守带到一楼特设的佛坛前，在那里听完念经后被护送到绞刑台。佛坛前的仪式一结束，由监狱值日军官带路，美国陆军牧师和日本教诲师跟着，战犯按土肥原、松井、东条、武藤的顺序排着，各人两旁有2名美军看守押送，一行人静静地走向刑场，行列的最后跟着2名监狱的军官。
被处刑者来到绞刑台时、一个个地经过确认。绞刑台入口处早已有监刑人在受刑人到来之前就等着，在他们作了确认后，受刑者上了13 级台阶，站在绞刑台上，面对着监刑人。死刑囚一上绞刑台，头上就被戴上了黑头巾并套好了绞索。台上的主执行官向执行指挥官敬礼并报告准备完毕，此后，执行官向着死刑囚方向发出了抽开4 张踏台的信号，此时正好零点1 分30 秒，战犯到达1 分钟后。
土肥原于零点7 分30 秒被宣布死亡，东条为零点10 分30 秒，武藤零点11 分30 秒，松井零点13 分被宣布死亡。接着，第二批于凌晨零点10 分被带到刑场同样处刑，踏台于零点20 分抽掉，垠垣零点32 分30 秒、广田34分30 秒、木材35 分30 秒，分别被宣布死亡。
受刑者没有借助别人，自己走到了死亡的地点。在绞刑台上听了几句佛教祈祷的嘟噜，但都没有留下最后的口信。死刑囚备有一个医生跟随，一断定死刑囚已死亡，便招呼上缴医官，由该医官经过检验，确认并宣布死亡。死囚穿的是没有任何标记的美军救护工作服。
东条英机等7 人被绞死后，尸首分装2 辆美军卡车，由宪兵吉普车随行，运到横滨。这些死尸先被放在美军公墓，到上午7 时40 分再被送到横滨公共火葬场。火葬场外有武装美军警卫，许多日本记者与好奇者在外面徘徊，但都被美军警卫驱散。骨灰被美军吉普车从火葬场载走，尔后被撒入荒野。
这天上午，教会、寺院等，举行了麦克阿瑟元帅所说的和平祈祷。但东京银座等地因圣诞节即将到来，到处人山人海，这样重大的新闻也在腊月岁暮的忙乱中变得烟消云散。
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