随着学生抗日热情的高涨，反动派也加紧了破坏活动，把黑手伸进了校园，竭力挑动同学之间和师生之间的矛盾，妄图制造分裂。清华大学也出现了裂痕：一派倾向政府，人不很多，常在一个叫做“同方部”的会议室里开会；一派倾向进步，人数较多，常在大礼堂活动。师生之间距离也在扩大，有的教师完全站在反动派这一边，有一部分教师则由于对学运不理解，因此和学生有隔膜，最后终于发生了教授“总辞职”事件，这是朱自清当时有关的《日记》片断：
2月7日
学生意见分为两方，各以显著布告攻击对方。学生全体大会时双方有冲突，右派退向同方部，左派人数占大多数。
举行教务会议，讨论增设非常时期课程办法。
2月19日
下午举行教授会议，通过上学期大考必须补考。学生于路旁广贴标语，且群拥至科学馆门口，高呼口号；时余等正在三楼举行会议。教务长出外宣告补考决议后，彼等拥进走廊，欲入室中，教授会旋即决定总辞职。但学生不允散会退席，吁请不再辞职，及停止补考，强调师生间合作团结之必要。继而仅要求撤回辞呈，但皆遭拒绝。相持约一小时，学生退去，余等始自由。后由会中推举七人负责发表宣言，写辞职书，及对外发表消息等事。
《日记》是心灵的镜子。在前一片断中，还是比较客观地记述两派的斗争，态度不偏不倚；可到后来，作为中国文学系主任的朱自清，似乎完全站在教授会立场，而与学生有点隔阂了。
不过，这并不意味着朱自清和学生持敌对的态度，他对学生始终是爱护和同情的。
29日是星期六，学生们刚起床不久，突然八辆满载军警的卡车闯进校门，停在宿舍前面，车上跳下手持步枪的士兵，以检查为名，冲进校舍。他们扣住三名学生要把他们带走，学生蜂涌而至，和他们展开了斗争，夺回自己同学，砸坏他们的汽车。下午，又来一批警察和宪兵，要搜查宿舍，逮捕黑名单上有名的人。学生们闻讯迅疾赶来，把他们驱入校门口的警卫室中，不让他们进入校园。
晚上，天空云层密布，又刮起了风，阴沉沉，冷飕飕的，整个清华园沉浸在一片黑暗中。夜已深了，朱自清还未就寝，正和陈竹隐谈话。忽然听见外面有急促而轻轻的叩门声，朱自清连忙去开门，只见在黑暗中站着两个惊恐瑟缩的女学生，她们是来避难的。原来，今夜二十九军士兵又闯进了学校搜查宿舍，骚扰了一个多小时，捕走了学生21人。朱自清夫妇热情地将两个女学生让进家中，为她们张罗了住宿，共同度过不安的夜晚。
开春以来，风风雨雨，遇到的尽是不开心的事。只有一件使他稍感惬意，那就是3月间，散文《你我》由商务印书馆出版了。这部散文是郑振铎要他编的，因此他于去年开始搜集近十年所写的文章，计29篇，分为两辑，甲辑是随笔，乙辑是序跋和读书录。但是，不幸之事又接踵而来。4月底，他应邀往张家口旅游，登赐儿山，从山顶俯瞰张家口风光。翌日往大同，乘人力车去云冈，路面崎岖不平，中途下车数次。石窟中石刻极为宏伟壮丽，在洞中逗留了三个小时。回北平后，又为教学事忙得团团转。5月30日，他吃过午饭后，忽然接到三弟从扬州寄来的信，拆开一看，不禁惊呆了，原来母亲病重，催他急速汇款回去。朱自清惶恐万分，连忙拿了金戒指乘车进城兑换，没有成交。晚上，在朋友家中留宿，第二天回到家中，就接到父亲来信，说母亲已于5月28日五时一刻去世了。朱自清十分悲伤，因工作繁忙无法回去奔丧，只把钱款汇回。至7月初，他乘暑假之便立即回扬州看望，父亲看他回来十分高兴，向他出示自己为其母亲所撰之挽联：
来归近五十载，内外少闲言，子成列，女有家，绕膝孙枝，你原无憾；
卧病历百余天，膏盲伏二竖，祷无灵，医罔效，伤心梁梅，我独何堪。
三弟向他详细叙述母亲生病情形和平日疼爱子孙之情况。朱自清虽然悲哀，但当他看到父亲身体尚好，孩子们亦健康活泼时，心中又十分欣慰。在家住了一些时候，回到北平时暑假已经将尽了。
新学年开始了，朱自清开“中国文学批评史”，这是一门新课，不易对付，遂集中精力准备，哪里也没去。清华大学有个“清华文学会”，成员多是文学系进步学生，“文学会”的前身系清华“左联”小组领导下的“国防文艺社”，为了贯彻统一战线政策，乃将它扩大为“清华文学会”，由赵俪、陈国良等人负责，在二院平房找了一间空房充当会所。10月19日下午，大雪纷飞，狂风怒号，文学会一些干部正在商量事情，突然一个人闯进会所，一边用手扑打身上的积雪，一边气喘吁吁地说：“鲁迅先生逝世了！”
众人大吃一惊，一看原来是朱自清。他刚从城里回来，从那里听到不幸消息，特地赶来报信的。
“清华文学会”准备举行追悼会，朱自清写了封介绍信，让他们到鲁迅先生家向朱夫人借来照片和文稿。10月24日，“清华文学会”在同方部举行鲁迅先生追悼大会，朱自清和闻一多都出席，并作了讲演，对鲁迅的逝世表示沉痛的哀悼。11月16日，朱自清特地进城到鲁迅家访问朱夫人，谈了很久，朱夫人告诉他许多关于鲁迅的事情。
第二天，他和冯友兰等一起到绥远劳军，对前线抗敌官兵表示敬意。事情的原委是这样的：8月间，日本唆使伪蒙军进攻绥远东部，傅作义部队在绥远人民支援下迎击顽敌，大获全胜；11月，日军与伪蒙军配合，再次向绥东进攻，绥远军民再度合作，予以痛歼，并收复百灵庙和大庙。捷报频传，举国欢腾，掀起了援绥抗日的热潮，朱自清等人就是代表北平各界往绥远慰劳的。在绥远三天，20日下午，自绥远动身赴平地泉，然后回北平。
没有多久，时局又有戏剧性的变化。10月间，东北军张学良、杨虎城携手合作，决定联共抗日，蒋介石觉察到他们的行动，立即调动军队准备弹压，并亲往西安“训话”，压迫张、杨继续“剿共”。12月4日，蒋介石再度往西安，继续迫张、杨反共，张学良向蒋“哭谏”，要他改变“攘外必先安内”的误国政策，又遭蒋之斥责。11月9日，为“一二·九”运动周年纪念日，西安万余青年学生举行爱国请愿游行，要求停止内战，一致抗日。蒋介石电令张、杨镇压，张学良不仅不执行，反而向爱国学生保证，在一星期内用事实答复他们的要求。
12日凌晨，在这个中国历史上值得大书特书的日子里，张学良毅然发动“兵谏”，派兵到临潼华清池拘禁了蒋介石及其重要将领十余人，提出了停止内战、实行民主、坚持抗日的八项主张，并致电中共中央，邀请中共派代表至西安共商救国大计。这就是震惊中外的“西安事变”。
消息传到北平，人们对真相不很明了，议论纷纷，莫衷一是。朱自清心中也很惶惑不安，这是他12月13日的《日记》：
得知张学良在西安扣蒋消息，惟详细情形仍不知，此真一大不幸。
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