1月6日“皖南事变”爆发。
1月12日接到中共中央和苏北新四军关于新四军皖南部队遵命北移，途遭国民党军包围、袭击的急电后，与周恩来立即向国民党谈判联络代表张冲提出抗议，要求急电制止。
1月13日和周恩来向何应钦、白崇禧、刘为章、张冲提出最严重抗议，要他们立刻转达蒋介石，要求立刻解除对新四军的围攻。
1月14日陪同周恩来会见苏联驻华使馆武官崔可夫，听取他对解决“皖南事变”问题的建议。
同日和周恩来再次致函蒋介石，要他下令立即停战撤围。
1月17日获悉国民党当局悍然宣布新四军“叛乱”并取消新四军番号的通令后，和周恩来再次向张冲提出严重抗议。
1月19日主持南方局军事组人员编印成《新四军皖南部队惨被围歼真象》的传单，随后向国内外秘密散发。
本月陪同周恩来多次与沈钧儒、邹韬奋、黄炎培等爱国民主人士交谈，揭露国民党制造“皖南事变”的真相。
2月3日从重庆返回延安。
2月14日根据中共中央的决定，任中共中央军事委员会参谋长兼十八集团军参谋长。
2月23日致函国民党谈判代表张冲，重申中国共产党对“皖南事变”和蒋介石1月17日命令的立常4月30日在《解放》杂志上发表《评国民党抗日反共的两面政策》一文。
5月5日在延安在职干部纪念马克思诞辰123周年学习会上，作了题为《加紧学习马克思主义的政治与军事》的报告。
6月9日与毛泽东、朱德、王稼祥联名向刘伯承、邓小平等发出《关于冀南平原对敌斗争的指示》。
6月组织总参谋部有关人员研究讨论苏德战争爆发后的日军动向问题。
向中共中央建议，中共的战略思想和战争准备的重点应当放在日军南下方面，为中共中央制定战略思想和决策提供了重要依据。
9月12日出席中共中央政治局扩大会议，并在会上发言。
10月29日根据叶剑英的提议，中央军委正式作出《关于建立情报网的决定》。
11月7日与王稼祥共同主持起草的《关于抗日根据地军事建设的指示》由中央军委正式下发部队执行。
11月兼任中央教育委员会委员、军事学院副院长。
12月8日太平洋战争爆发。
1942年45岁
2月25日为《八路军军政杂志》题词。
3月与朱德等出席在延安召开的高级技术干部会议。
4月8日和毛泽东、朱德、王稼祥向彭德怀、左权、聂荣臻、刘伯承、邓小平等发出《关于由华北抽兵准备应付第三次反共高潮》的指示。
夏组织参谋部人员分析研究苏德战场上两军力量对比及消长趋势。认为斯大林格勒保卫战胜利是整个苏德战争的转折点，对中国抗日战争的发展十分有利。将此意见上报中共中央，受到毛泽东、朱德的赞许。
11月7日在《解放日报》上发表《评苏德战争——纪念十月革命二十五周年》一文。
12月16日在《延安日报》上发表《刘伯承同志五十寿祝》诗二首。
1943年46岁
2月7日和毛泽东、朱德、王稼样向各战略区发出《关于主动加强统战工作的指示》。
2月23日为纪念苏联红军建军25周年，在《解放日报》上发表《实行军事教育革命》一文。
3月16日和20日参加中共中央政治局会议。会议通过了《中央关于中央机构调整及精简的决定》。
7月出席军委检查留守兵团工作会议，并发言。
夏国民党调动50万军队准备进攻陕甘宁边区，为此向中共中央提出在加强军事防御的同时，着重实施政治战、宣传战的方案，被毛泽东、朱德所采纳并付诸实施。迫使国民党顽固派停止了这次大规模反共磨擦。
1944年47岁
5月21日在延安出席中国共产党六届七中全会。
6月9日为由重庆抵达延安的“中外记者西北参观团”一行21人设宴洗尘。
6月22日向中外记者作《中共抗战一般情况的介绍》的长篇报告，在国内外产生了广泛的影响。
7月22日以美军上校包瑞德为组长的美军观察组由重庆飞抵延安。
8月3日同美军观察组会谈，详细介绍了敌后战场情况和中国共产党领导的抗日武装力量的编制与装备等情况。
8月6日在《解放日报》上发表《八路军七年来在华北抗战的概况》一文。
12月16日陪同朱德总司令与美军观察组组长包瑞德上校会谈有关双方军事合作问题。
1945年48岁
4月23日至6月11日以大后方代表团团长的身份出席中国共产党第七次全国代表大会。当选为中央委员。
6月24日出席由周恩来召集的在延安的南方局各有关同志座谈会，并作了发言。
8月15日日本宣布无条件投降。抗日战争随之胜利结束。
8月28日中共中央主席毛泽东和周恩来、王若飞赴重庆，同国民党进行谈判。双方代表于10月10日签定了《国民政府与中共代表会谈纪要》（即“双十协定”）。
10月8日在《解放日报》上发表《为美军拟在烟台登陆事的郑重声明》。
11月4日为美军干涉中国内政事，发表抗议通电。11月19日在《新华日报》上发表《关于和战的谈话》。
11月27日在延安举行记者招待会，发表《关于中国内战问题》的谈话，阐明了内战根源，分析了内战的前途。
12月9日中共中央决定，由周恩来、董必武、王若飞、邓颖超、叶剑英、陆定一、吴玉章组成中国共产党出席政治协商会议的代表团。
12月16日和周恩来、吴玉章、邓颖超、陆定一等由延安飞抵重庆。在机场对记者就如何停止军事冲突、成立军事三人小组等问题发表谈话。
12月18日和周恩来、董必武等举行中外记者招待会，并发表谈话。
12月22日美国总统特使马歇尔以“调处”中国内战的名义来华，抵达重庆。23日，与周恩来、董必武访晤马歇尔。12月24日与周恩来在中共代表团驻地招待文化界人士。
12月27日与周恩来、王若飞同国民党代表王世杰、张群、邵力子在国民参政会就全面停止内战和政治协商会议的有关问题进行了商谈。
12月31日与周恩来、王若飞函复中国民主同盟主席张澜。重申中共无条件全面停止内战的主张，表示完全同意于明岁元旦国共双方下令所属部队，即日停止武力冲突。
1946年49岁
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